binaries/src/disembl/biopython-1.50/Bio/HotRand.py

   1 # Copyright 2002 by Katharine Lindner.  All rights reserved.
   2 # This code is part of the Biopython distribution and governed by its
   3 # license.  Please see the LICENSE file that should have been included
   4 # as part of this package.
   5
   6 """handles true random numbers supplied from the the web server of fourmilab. Based on atmospheric noise.  The motivation is to support biosimulations that rely on random numbers.
   7 """
   8
   9 import urllib
  10
  11
  12 def hex_convert(text):
  13     import warnings
  14     warnings.warn("The function Bio.HotRand.hex_convert is deprecated. Instead of Bio.HotRand.hex_convert(text), please use int(text, 16) instead", DeprecationWarning)
  15     return int(text, 16)
  16
  17 def byte_concat( text ):
  18     val = 0
  19     numbytes = len( text )
  20     for i in range( 0, numbytes ):
  21         val = val * 256
  22         val = val + ord( text[ i ] )
  23
  24     return val
  25
  26 class HotCache:
  27
  28     def __init__( self  ):
  29 #        self.url = 'http://www.fourmilab.ch/cgi-bin/uncgi/Hotbits?num=5000&min=1&max=6&col=1'
  30         self.url = 'http://www.random.org/cgi-bin/randbyte?'
  31         self.query = { 'nbytes' : 128, 'fmt' : 'h' }
  32         self.fill_hot_cache()
  33
  34     def fill_hot_cache( self ):
  35         url = self.url + urllib.urlencode( self.query )
  36         fh = urllib.urlopen( url )
  37         self.hot_cache = fh.read()
  38         fh.close()
  39
  40     def next_num( self, num_digits = 4 ):
  41         cache = self.hot_cache
  42         numbytes = num_digits / 2
  43         if( len( cache ) % numbytes != 0 ):
  44             print 'len_cache is %d' % len( cache )
  45             raise ValueError
  46         if( cache == '' ):
  47             self.fill_hot_cache()
  48             cache = self.hot_cache
  49         hexdigits = cache[ :numbytes ]
  50         self.hot_cache = cache[ numbytes: ]
  51         return byte_concat( hexdigits )
  52
  53
  54
  55 class HotRandom:
  56
  57     def __init__( self ):
  58         self.hot_cache = HotCache( )
  59
  60     def hot_rand( self, high, low = 0 ):
  61         span = high - low
  62         val = self.hot_cache.next_num()
  63         val = ( span * val ) >> 16
  64         val = val + low
  65         return val
  66
  67
  68 if( __name__ == '__main__' ):
  69     hot_random = HotRandom()
  70     for j in range ( 0, 130 ):
  71         print hot_random.hot_rand( 25 )
  72     nums = [ '0000', 'abcd', '1234', '5555', '4321', 'aaaa', 'ffff' ]
  73     for num in nums:
  74         print hex_convert( num )
  75
  76
  77