binaries/src/disembl/biopython-1.50/Bio/Transcribe.py

   1 """Code to transcribe DNA into RNA or back (OBSOLETE).
   2
   3 You are now encouraged to use the Seq object methods or the functions
   4 in Bio.Seq instead.
   5
   6 This module is now considered to be obsolete, and is likely to be deprecated
   7 in a future release of Biopython, and later removed.
   8 """
   9
  10 from Bio import Alphabet, Seq
  11 from Bio.Alphabet import IUPAC
  12
  13 class Transcribe:
  14     def __init__(self, dna_alphabet, rna_alphabet):
  15         self.dna_alphabet = dna_alphabet
  16         self.rna_alphabet = rna_alphabet
  17
  18     def transcribe(self, dna):
  19         assert dna.alphabet == self.dna_alphabet, \
  20                "transcribe has the wrong DNA alphabet"
  21         s = dna.data
  22         return Seq.Seq(s.replace("T", "U"), self.rna_alphabet)
  23     def back_transcribe(self, rna):
  24         assert rna.alphabet == self.rna_alphabet, \
  25                "back transcribe has the wrong RNA alphabet"
  26         s = rna.data
  27         return Seq.Seq(s.replace("U", "T"), self.dna_alphabet)
  28
  29 generic_transcriber = Transcribe(Alphabet.generic_dna,
  30                                  Alphabet.generic_rna)
  31 ambiguous_transcriber = Transcribe(IUPAC.ambiguous_dna,
  32                                    IUPAC.ambiguous_rna)
  33 unambiguous_transcriber = Transcribe(IUPAC.unambiguous_dna,
  34                                      IUPAC.unambiguous_rna)