2 SHOWBESTC = mshowbest.c
7 TPROGS = ssearch34_t fasta34_t fasts34_t tfasta34_t fastx34_t tfastx34_t fasty34_t tfasty34_t tfasts34_t fastm34_t fastf34_t tfastf34_t prss34_t prfx34_t
9 SPROGS = fasta34 ssearch34 fasts34 tfasta34 fastx34 tfastx34 fasty34 tfasty34 tfasts34 fastm34 tfastm34 prss34 prfx34 fastf34 tfastf34
13 XTPROGS = fastx34_t tfastx34_t fasty34_t tfasty34_t
14 XPROGS = fastx34 tfastx34 fasty34 tfasty34
16 PROGS = $(SPROGS) $(TPROGS)
24 xall: $(XTPROGS) $(XPROGS) $(ZTPROGS) $(ZPROGS)
38 fasta34 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o $(DROPNFA_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
39 $(CC) $(HFLAGS) fasta34 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o $(DROPNFA_O) scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M)
41 fasta34u : $(COMP_LIBO) compacc.o showun.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o $(DROPNFA_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
42 $(CC) $(HFLAGS) fasta34u $(COMP_LIBO) compacc.o showun.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o $(DROPNFA_O) scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o$(LIB_M)
44 fasta34r : $(COMP_LIBO) compacc.o showrel.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o $(DROPNFA_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
45 $(CC) $(HFLAGS) fasta34r $(COMP_LIBO) compacc.o showrel.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o $(DROPNFA_O) scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o$(LIB_M)
47 fasta34s : $(COMP_LIBO) compacc.o showsum.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o $(DROPNFA_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
48 $(CC) $(HFLAGS) fasta34s $(COMP_LIBO) compacc.o showsum.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o $(DROPNFA_O) scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M)
50 fastx34 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o karlin.o drop_fx.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o
51 $(CC) $(HFLAGS) fastx34 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fx.o drop_fx.o scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M)
53 fastx34u_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o c_dispn.o htime.o apam.o doinit.o init_fx.o faatran.o scaleswn.o karlin.o drop_fx.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
54 $(CC) $(HFLAGS) fastx34u_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o apam.o doinit.o init_fx.o drop_fx.o faatran.o scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
56 fasty34 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o karlin.o drop_fz.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o
57 $(CC) $(HFLAGS) fasty34 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fy.o drop_fz.o scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M)
59 fastf34 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_ff.o scaleswts.o last_tat.o tatstats_ff.o karlin.o drop_ff.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
60 $(CC) $(HFLAGS) fastf34 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_ff.o drop_ff.o scaleswts.o last_tat.o tatstats_ff.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M)
62 fastf34u : $(COMP_LIBO) compacc.o showun.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_ff.o scaleswtf.o karlin.o drop_ff.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
63 $(CC) $(HFLAGS) fastf34u $(COMP_LIBO) compacc.o showun.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_ff.o drop_ff.o scaleswtf.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M)
65 fastf34s : $(COMP_LIBO) compacc.o showsum.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_ff.o scaleswtf.o karlin.o drop_ff.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
66 $(CC) $(HFLAGS) fastf34s $(COMP_LIBO) compacc.o showsum.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_ff.o drop_ff.o scaleswtf.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M)
68 fasts34 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fs.o scaleswts.o last_tat.o tatstats_fs.o karlin.o drop_fs.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
69 $(CC) $(HFLAGS) fasts34 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fs.o drop_fs.o scaleswts.o last_tat.o tatstats_fs.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M)
71 fastm34 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fm.o scaleswts.o last_tat.o tatstats_fm.o karlin.o drop_fm.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
72 $(CC) $(HFLAGS) fastm34 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fm.o drop_fm.o scaleswts.o last_tat.o tatstats_fm.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M)
74 tfastx34 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o karlin.o drop_tfx.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o
75 $(CC) $(HFLAGS) tfastx34 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfx.o drop_tfx.o scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M)
77 tfasty34 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o karlin.o drop_tfz.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o
78 $(CC) $(HFLAGS) tfasty34 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfy.o drop_tfz.o scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M)
80 tfastf34 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tf.o scaleswtf.o last_tat.o tatstats_ff.o karlin.o drop_tff.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o $(NRAND).o url_subs.o
81 $(CC) $(HFLAGS) tfastf34 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tf.o drop_tff.o scaleswtf.o last_tat.o tatstats_ff.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M)
83 tfastf34s : $(COMP_LIBO) compacc.o showsum.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tf.o scaleswtf.o karlin.o drop_tff.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o $(NRAND).o url_subs.o
84 $(CC) $(HFLAGS) tfastf34s $(COMP_LIBO) compacc.o showsum.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tf.o drop_tff.o scaleswtf.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M)
86 tfasts34 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfs.o scaleswts.o tatstats_fs.o last_tat.o karlin.o drop_tfs.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o $(NRAND).o url_subs.o
87 $(CC) $(HFLAGS) tfasts34 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfs.o drop_tfs.o scaleswts.o tatstats_fs.o last_tat.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M)
89 tfastm34 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfm.o scaleswts.o tatstats_fm.o last_tat.o karlin.o drop_tfm.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o $(NRAND).o url_subs.o
90 $(CC) $(HFLAGS) tfastm34 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfm.o drop_tfm.o scaleswts.o tatstats_fm.o last_tat.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M)
92 ssearch34 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o $(DROPGSW_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o pssm_asn_subs.o
93 $(CC) $(HFLAGS) ssearch34 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_sw.o $(DROPGSW_O) scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o pssm_asn_subs.o $(LIB_M)
95 osearch34 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_ssw.o scaleswn.o karlin.o dropnsw.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
96 $(CC) $(HFLAGS) osearch34 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_ssw.o dropnsw.o scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M)
98 usearch34 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o dropnsw.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
99 $(CC) $(HFLAGS) usearch34 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_sw.o dropnsw.o scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M)
101 prss34 : rcomp_lib.o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rss.o scaleswn.o karlin.o $(DROPRSS_O) llgetaa.o showbest.o mshowalign.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o pssm_asn_subs.o
102 $(CC) $(HFLAGS) prss34 rcomp_lib.o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rss.o $(DROPRSS_O) scaleswn.o karlin.o llgetaa.o showbest.o mshowalign.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o pssm_asn_subs.o $(LIB_M)
104 prfx34 : rcomp_lib.o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rfx.o scaleswn.o karlin.o drop_fx.o llgetaa.o showbest.o mshowalign.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o faatran.o
105 $(CC) $(HFLAGS) prfx34 rcomp_lib.o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rfx.o drop_fx.o scaleswn.o karlin.o llgetaa.o showbest.o mshowalign.o c_dispn.o lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M)
107 prss34o : rcomp_lib.o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rss.o scaleswn.o karlin.o $(DROPRSS_O) llgetaa.o showrss.o lib_sel.o $(NRAND).o pssm_asn_subs.o
108 $(CC) $(HFLAGS) prss34o rcomp_lib.o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rss.o $(DROPRSS_O) scaleswn.o karlin.o llgetaa.o showrss.o lib_sel.o $(NRAND).o pssm_asn_subs.o $(LIB_M)
110 prfx34o : rcomp_lib.o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rfx.o scaleswn.o karlin.o drop_fx.o llgetaa.o showrss.o lib_sel.o $(NRAND).o faatran.o
111 $(CC) $(HFLAGS) prfx34o rcomp_lib.o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rfx.o drop_fx.o scaleswn.o karlin.o llgetaa.o showrss.o lib_sel.o faatran.o $(NRAND).o $(LIB_M)
113 ssearch34_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o $(DROPGSW_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o pssm_asn_subs.o
114 $(CC) $(HFLAGS) ssearch34_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_sw.o $(DROPGSW_O) scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o pssm_asn_subs.o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
116 ssearch34s_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showsum.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o $(DROPGSW_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
117 $(CC) $(HFLAGS) ssearch34s_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showsum.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_sw.o $(DROPGSW_O) scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
119 ssearch34u_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o $(DROPGSW_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
120 $(CC) $(HFLAGS) ssearch34u_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o apam.o doinit.o init_sw.o $(DROPGSW_O) scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
122 osearch34_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o dropnsw.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
123 $(CC) $(HFLAGS) osearch34_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_sw.o dropnsw.o scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
125 usearch34_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o dropnsw.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
126 $(CC) $(HFLAGS) usearch34_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_sw.o dropnsw.o scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
128 fasta34_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o $(DROPNFA_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
129 $(CC) $(HFLAGS) fasta34_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o $(DROPNFA_O) scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
131 fasta34s_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showsum.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o $(DROPNFA_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
132 $(CC) $(HFLAGS) fasta34s_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showsum.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o $(DROPNFA_O) scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
134 fasta34u_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o $(DROPNFA_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
135 $(CC) $(HFLAGS) fasta34u_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o $(DROPNFA_O) scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
137 fasta34r_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showrel.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o $(DROPNFA_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
138 $(CC) $(HFLAGS) fasta34r_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showrel.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o $(DROPNFA_O) scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
140 fastf34_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_ff.o scaleswtf.o last_tat.o tatstats_ff.o karlin.o drop_ff.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
141 $(CC) $(HFLAGS) fastf34_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_ff.o drop_ff.o scaleswtf.o last_tat.o tatstats_ff.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
143 fastf34s_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showsum.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_ff.o scaleswtf.o karlin.o drop_ff.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
144 $(CC) $(HFLAGS) fastf34s_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showsum.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_ff.o drop_ff.o scaleswtf.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
146 fasts34_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fs.o scaleswts.o last_tat.o tatstats_fs.o karlin.o drop_fs.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
147 $(CC) $(HFLAGS) fasts34_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fs.o drop_fs.o scaleswts.o last_tat.o tatstats_fs.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
149 fastm34_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fs.o scaleswts.o last_tat.o tatstats_fm.o karlin.o drop_fm.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
150 $(CC) $(HFLAGS) fastm34_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fs.o drop_fm.o scaleswts.o last_tat.o tatstats_fm.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
152 fastx34_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o c_dispn.o htime.o apam.o doinit.o init_fx.o faatran.o scaleswn.o karlin.o drop_fx.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
153 $(CC) $(HFLAGS) fastx34_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fx.o drop_fx.o faatran.o scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
155 fasty34_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o c_dispn.o htime.o apam.o doinit.o init_fy.o faatran.o scaleswn.o karlin.o drop_fz.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
156 $(CC) $(HFLAGS) fasty34_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fy.o drop_fz.o faatran.o scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
158 tfasta34 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfa.o scaleswn.o karlin.o $(DROPTFA_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o
159 $(CC) $(HFLAGS) tfasta34 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfa.o $(DROPTFA_O) scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M)
161 tfasta34_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o c_dispn.o htime.o apam.o doinit.o init_tfa.o scaleswn.o karlin.o $(DROPTFA_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o
162 $(CC) $(HFLAGS) tfasta34_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfa.o $(DROPTFA_O) scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
164 tfastf34_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o c_dispn.o htime.o apam.o doinit.o init_tf.o scaleswtf.o last_tat.o tatstats_ff.o karlin.o drop_tff.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o $(NRAND).o url_subs.o
165 $(CC) $(HFLAGS) tfastf34_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tf.o drop_tff.o scaleswtf.o last_tat.o tatstats_ff.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
167 tfasts34_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o c_dispn.o htime.o apam.o doinit.o init_tfs.o scaleswts.o last_tat.o tatstats_fs.o karlin.o drop_tfs.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o $(NRAND).o url_subs.o
168 $(CC) $(HFLAGS) tfasts34_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfs.o drop_tfs.o scaleswts.o last_tat.o tatstats_fs.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
170 tfastx34_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o karlin.o drop_tfx.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o
171 $(CC) $(HFLAGS) tfastx34_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfx.o drop_tfx.o scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
173 tfasty34_t : $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o karlin.o drop_tfz.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o
174 $(CC) $(HFLAGS) tfasty34_t $(COMP_THRO) work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfy.o drop_tfz.o scaleswn.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
176 prss34_t : rcomp_thr.o work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rss.o scaleswn.o karlin.o $(DROPRSS_O) llgetaa.o showbest.o $(SHOWALIGN).o c_dispn.o url_subs.o lib_sel.o $(NRAND).o pssm_asn_subs.o
177 $(CC) $(HFLAGS) prss34_t rcomp_thr.o work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rss.o $(DROPRSS_O) scaleswn.o karlin.o llgetaa.o showbest.o $(SHOWALIGN).o c_dispn.o url_subs.o lib_sel.o $(NRAND).o pssm_asn_subs.o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
179 prss34o_t : rcomp_thr.o work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rss.o scaleswn.o karlin.o $(DROPRSS_O) llgetaa.o showrss.o lib_sel.o $(NRAND).o pssm_asn_subs.o
180 $(CC) $(HFLAGS) prss34o_t rcomp_thr.o work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rss.o $(DROPRSS_O) scaleswn.o karlin.o llgetaa.o showrss.o lib_sel.o $(NRAND).o pssm_asn_subs.o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
182 prfx34_t : rcomp_thr.o work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rfx.o scaleswn.o karlin.o drop_fx.o llgetaa.o showbest.o mshowalign.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o faatran.o
183 $(CC) $(HFLAGS) prfx34_t rcomp_thr.o work_thr.o $(THR_SUBS).o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rfx.o drop_fx.o scaleswn.o karlin.o llgetaa.o showbest.o mshowalign.o c_dispn.o lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)
185 comp_lib.o : comp_lib.c mw.h structs.h defs.h param.h
186 $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c comp_lib.c
188 comp_mlib.o : comp_lib.c mw.h structs.h defs.h param.h
189 $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -DCOMP_MLIB -c comp_lib.c -o comp_mlib.o
191 rcomp_lib.o : comp_lib.c mw.h structs.h defs.h param.h
192 $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DPRSS comp_lib.c -o rcomp_lib.o
194 comp_thr.o : comp_lib.c mw.h structs.h defs.h param.h thr.h
195 $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -DCOMP_THR -c comp_lib.c -o comp_thr.o
197 comp_mthr.o : comp_lib.c mw.h structs.h defs.h param.h thr.h
198 $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -DCOMP_THR -DCOMP_MLIB -c comp_lib.c -o comp_mthr.o
200 rcomp_thr.o : comp_lib.c mw.h structs.h defs.h param.h thr.h
201 $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -DPRSS -DCOMP_THR -c comp_lib.c -o rcomp_thr.o
203 work_thr.o : work_thr.c mw.h structs.h defs.h param.h thr.h
204 $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c work_thr.c
206 print_pssm : print_pssm.c getseq.c karlin.c apam.c
207 $(CC) -o print_pssm $(CFLAGS) print_pssm.c getseq.c karlin.c apam.c $(LIB_M)
209 map_db : map_db.c uascii.h ncbl2_head.h
210 $(CC) -o map_db map_db.c
213 $(CC) -o list_db list_db.c