2 SHOWBESTC = mshowbest.c
7 # normal search programs are pv3compfa, etc.
8 # each main program requires a worker pv3compfa/c34.workfa
10 PROGS= pv34compfa pv34compsw pv34compfx pv34comptfx pv34compfy pv34comptfy pv34compfs pv34comptfs
12 WPROGS = c34.workfa c34.worksw c34.workgsw c34.workfx c34.worktfx c34.workfy c34.worktfy c34.workfs c34.worktfs
13 # ps4compfa, etc provides a summaries of effectiveness, require superfamily
14 # annotated database. ps4compss uses c34.worksw instead of c34.workgsw, thus
15 # allowing high gap penalties.
17 SPROGS = ps34compfa ps34compsw ps34compss ps34compfx ps34compfy ps34comptfx ps34comptfy
19 # report highest unrelated sequences
20 UPROGS = pu34compfa pu34compsw pu34compfx pu34comptfx pu34compfy pu34comptfy
22 vall : $(PROGS) $(WPROGS)
24 uall : $(UPROGS) $(WPROGS)
26 sall : $(SPROGS) $(WPROGS)
28 all : $(PROGS) $(UPROGS) $(SPROGS) $(WPROGS)
31 rm -f *.o $(PROGS) $(WPROGS) $(SPROGS) $(UPROGS)
33 install : $(PROGS) $(WPROGS)
34 cp $(PROGS) $(WPROGS) $(XDIR)
36 sinstall : $(SPROGS) $(WPROGS)
37 cp $(SPROGS) $(WPROGS) $(XDIR)
39 uinstall : $(UPROGS) $(WPROGS)
40 cp $(UPROGS) $(WPROGS) $(XDIR)
42 pv34compfa : p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o ${LGETLIB} $(NCBL_LIB)
43 $(CC) $(HFLAGS) pv34compfa p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o ${LGETLIB} $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
45 ps34compfa : p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
46 $(CC) $(HFLAGS) ps34compfa p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
48 pu34compfa : p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o c_dispn.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
49 $(CC) $(HFLAGS) pu34compfa p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o c_dispn.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
51 pr4compfa : p2_complib.o compacc.o showrel.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
52 $(CC) $(HFLAGS) pr4compfa p2_complib.o compacc.o showrel.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
54 pv34compsw : p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
55 $(CC) $(HFLAGS) pv34compsw p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
57 ps34compsw : p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
58 $(CC) $(HFLAGS) ps34compsw p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
60 pu34compsw : p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o c_dispn.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
61 $(CC) $(HFLAGS) pu34compsw p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o c_dispn.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
63 pv34compss : p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_ssw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
64 $(CC) $(HFLAGS) pv34compss p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_ssw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
66 ps34compss : p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_ssw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
67 $(CC) $(HFLAGS) ps34compss p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_ssw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
69 pu34compss : p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_ssw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o c_dispn.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
70 $(CC) $(HFLAGS) pu34compss p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_ssw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o c_dispn.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
72 pv34compfs : p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fs.o scaleswts.o $(NRAND).o tatstats_fs.o last_tat.o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
73 $(CC) $(HFLAGS) pv34compfs p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fs.o scaleswts.o $(NRAND).o tatstats_fs.o last_tat.o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
75 pv34compfx : p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
76 $(CC) $(HFLAGS) pv34compfx p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
78 ps34compfx : p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
79 $(CC) $(HFLAGS) ps34compfx p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
81 pu34compfx : p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
82 $(CC) $(HFLAGS) pu34compfx p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
84 pv34compfy : p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
85 $(CC) $(HFLAGS) pv34compfy p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
87 ps34compfy : p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
88 $(CC) $(HFLAGS) ps34compfy p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
90 pu34compfy : p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
91 $(CC) $(HFLAGS) pu34compfy p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
93 pv34comptfx : p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
94 $(CC) $(HFLAGS) pv34comptfx p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
96 ps34comptfx : p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
97 $(CC) $(HFLAGS) ps34comptfx p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
99 pu34comptfx : p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
100 $(CC) $(HFLAGS) pu34comptfx p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
102 pv34comptfy : p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
103 $(CC) $(HFLAGS) pv34comptfy p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
105 ps34comptfy : p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
106 $(CC) $(HFLAGS) ps34comptfy p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
108 pu34comptfy : p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
109 $(CC) $(HFLAGS) pu34comptfy p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
111 pv34comptfs : p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfs.o scaleswts.o $(NRAND).o tatstats_fs.o last_tat.o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
112 $(CC) $(HFLAGS) pv34comptfs p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfs.o scaleswts.o $(NRAND).o tatstats_fs.o last_tat.o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
114 c34.workfa : p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o
115 $(NCC) $(NFLAGS) c34.workfa p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o $(PLIB) $(LIB_WM)
117 c34.worksw : p2_workcomp.o dropnsw.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o
118 $(NCC) $(NFLAGS) c34.worksw p2_workcomp.o dropnsw.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o $(PLIB) $(LIB_WM)
120 c34.workgsw : p2_workcomp.o $(DROPGSW_O) workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o
121 $(NCC) $(NFLAGS) c34.workgsw p2_workcomp.o $(DROPGSW_O) workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o $(PLIB) $(LIB_WM)
123 c34.worknw : p2_workcomp.o dropnw.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o
124 $(NCC) $(NFLAGS) c34.worknw p2_workcomp.o dropnw.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o $(PLIB) $(LIB_WM)
126 c34.workfx : p2_workcomp.o drop_fx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o
127 $(NCC) $(NFLAGS) c34.workfx p2_workcomp.o drop_fx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o $(PLIB) $(LIB_WM)
129 c34.workfs : p2_workcomp.o drop_fs.o workacc.o $(NRAND).o tatstats_fs.o faatran.o
130 $(NCC) $(NFLAGS) c34.workfs p2_workcomp.o drop_fs.o workacc.o $(NRAND).o tatstats_fs.o faatran.o $(PLIB) $(LIB_WM)
132 c34.worktfs : p2_workcomp.o drop_tfs.o workacc.o $(NRAND).o tatstats_fs.o faatran.o
133 $(NCC) $(NFLAGS) c34.worktfs p2_workcomp.o drop_tfs.o workacc.o $(NRAND).o tatstats_fs.o faatran.o $(PLIB) $(LIB_WM)
135 c34.workfy : p2_workcomp.o drop_fz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o
136 $(NCC) $(NFLAGS) c34.workfy p2_workcomp.o drop_fz.o workacc.o $(NRAND).o karlin.o faatran.o $(PLIB) $(LIB_WM)
138 c34.worktfx : p2_workcomp.o drop_tfx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o
139 $(NCC) $(NFLAGS) c34.worktfx p2_workcomp.o drop_tfx.o workacc.o $(NRAND).o karlin.o faatran.o $(PLIB) $(LIB_WM)
141 c34.worktfy : p2_workcomp.o drop_tfz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o
142 $(NCC) $(NFLAGS) c34.worktfy p2_workcomp.o drop_tfz.o workacc.o $(NRAND).o karlin.o faatran.o $(PLIB) $(LIB_WM)
144 p2_complib.o : p2_complib.c msg.h defs.h upam.h uascii.h param.h structs.h
145 $(CC) -DWORKERPGM=\"c34.work\" $(CFLAGS) p2_complib.c
147 p2_workcomp.o : p2_workcomp.c structs.h msg.h defs.h p_mw.h w_mw.h upam.h uascii.h param.h
148 $(NCC) $(CFLAGS) p2_workcomp.c