1 /* Concurrent read version */
2 /* 20-June-1986 universal pam file */
4 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: upam.h,v 1.19 2006/02/07 17:58:19 wrp Exp $ */
6 /* modified to accomodate both lower and upper case amino acid numbers
19 #define NMAP MAXHASH+1
25 /*extern int gdelval, ggapval;*/
27 /* char sqnam[]="aa"; */
28 /* char sqtype[]="protein"; */
30 char aa[MAXSQ+1] = {"\0ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*\0"};
31 char aax[MAXSQ+1] = {"\0ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*arndcqeghilkmfpstwyvbzx*\0"};
33 int naa = 24; /* this should be calculated from aa[] */
36 /* haa[] used to map all valid amino acid codes into a hash value;
37 now, there is an additional hash value - not-mapped - NM */
39 /* this has been expanded to accomodate '*' */
41 NMAP,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,3,7,NMAP,NMAP,
42 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,3,7,NMAP,NMAP};
45 NMAP,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,3,7,NMAP,
46 NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,
47 NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,
51 PAM 250 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049
52 Expected score = -0.844, Entropy = 0.354 bits
53 Lowest score = -8, Highest score = 17
63 1,-3, 0, 1,-3,-1, 0, 5,
64 -1, 2, 2, 1,-3, 3, 1,-2, 6,
65 -1,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-3,-2, 5,
66 -2,-3,-3,-4,-6,-2,-3,-4,-2, 2, 6,
67 -1, 3, 1, 0,-5, 1, 0,-2, 0,-2,-3, 5,
68 -1, 0,-2,-3,-5,-1,-2,-3,-2, 2, 4, 0, 6,
69 -4,-4,-4,-6,-4,-5,-5,-5,-2, 1, 2,-5, 0, 9,
70 1, 0,-1,-1,-3, 0,-1,-1, 0,-2,-3,-1,-2,-5, 6,
71 1, 0, 1, 0, 0,-1, 0, 1,-1,-1,-3, 0,-2,-3, 1, 2,
72 1,-1, 0, 0,-2,-1, 0, 0,-1, 0,-2, 0,-1,-3, 0, 1, 3,
73 -6, 2,-4,-7,-8,-5,-7,-7,-3,-5,-2,-3,-4, 0,-6,-2,-5,17,
74 -3,-4,-2,-4, 0,-4,-4,-5, 0,-1,-1,-4,-2, 7,-5,-3,-3, 0,10,
75 0,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-1,-2, 4, 2,-2, 2,-1,-1,-1, 0,-6,-2, 4,
76 0,-1, 2, 3,-4, 1, 2, 0, 1,-2,-3, 1,-2,-5,-1, 0, 0,-5,-3,-2, 2,
77 0, 0, 1, 3,-5, 3, 3,-1, 2,-2,-3, 0,-2,-5, 0, 0,-1,-6,-4,-2, 2, 3,
78 0,-1, 0,-1,-3,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 0, 0,-4,-2,-1,-1,-1,-1,
79 0,-1, 0,-1,-3,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 0, 0,-4,-2,-1,-1,-1,-1, 8};
82 This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93]
83 PAM 120 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574
84 Expected score = -1.64, Entropy = 0.979 bits
85 Lowest score = -8, Highest score = 12
95 1,-4, 0, 0,-5,-3,-1, 5,
96 -3, 1, 2, 0,-4, 3,-1,-4, 7,
97 -1,-2,-2,-3,-3,-3,-3,-4,-4, 6,
98 -3,-4,-4,-5,-7,-2,-4,-5,-3, 1, 5,
99 -2, 2, 1,-1,-7, 0,-1,-3,-2,-2,-4, 5,
100 -2,-1,-3,-4,-6,-1,-4,-4,-4, 1, 3, 0, 8,
101 -4,-4,-4,-7,-6,-6,-6,-5,-2, 0, 0,-6,-1, 8,
102 1,-1,-2,-2,-3, 0,-1,-2,-1,-3,-3,-2,-3,-5, 6,
103 1,-1, 1, 0,-1,-2,-1, 1,-2,-2,-4,-1,-2,-3, 1, 3,
104 1,-2, 0,-1,-3,-2,-2,-1,-3, 0,-3,-1,-1,-4,-1, 2, 4,
105 -7, 1,-5,-8,-8,-6,-8,-8,-5,-7,-5,-5,-7,-1,-7,-2,-6, 12,
106 -4,-6,-2,-5,-1,-5,-4,-6,-1,-2,-3,-6,-4, 4,-6,-3,-3,-1, 8,
107 0,-3,-3,-3,-2,-3,-3,-2,-3, 3, 1,-4, 1,-3,-2,-2, 0,-8,-3, 5,
108 0,-2, 3, 4,-6, 0, 3, 0, 1,-3,-4, 0,-4,-5,-2, 0, 0,-6,-3,-3, 4,
109 -1,-1, 0, 3,-7, 4, 4,-2, 1,-3,-3,-1,-2,-6,-1,-1,-2,-7,-5,-3, 2, 4,
110 -1,-2,-1,-2,-4,-1,-1,-2,-2,-1,-2,-2,-2,-3,-2,-1,-1,-5,-3,-1,-1,-1,-2,
111 -1,-2,-1,-2,-4,-1,-1,-2,-2,-1,-2,-2,-2,-3,-2,-1,-1,-5,-3,-1,-1,-1,-2, 6};
116 # This matrix was produced with scripts written by
117 # Tobias Mueller and Sven Rahmann [June-2001].
119 # VTML160 substitution matrix, Units = Third-Bits
120 # Expected Score = -1.297840 Third-Bits
121 # Lowest Score = -7, Highest Score = 16
123 # Entropy H = 0.562489 Bits
134 -1, -1, 0, 3, -5, 2, 6,
135 0, -3, 0, -1, -2, -3, -2, 8,
136 -2, 1, 1, 0, -2, 2, -1, -3, 9,
137 -1, -4, -4, -6, -1, -4, -5, -7, -4, 6,
138 -2, -3, -4, -6, -4, -2, -4, -6, -3, 3, 6,
139 -1, 4, 0, 0, -4, 2, 1, -2, 0, -4, -3, 5,
140 -1, -2, -3, -5, -1, -1, -3, -5, -3, 2, 4, -2, 8,
141 -3, -5, -5, -7, -4, -4, -6, -6, 0, 0, 2, -5, 1, 9,
142 0, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -3, -2, -4, -3, -1, -4, -5, 9,
143 1, -1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, -1, -3, -3, -1, -3, -3, 0, 4,
144 1, -1, 0, -1, 0, -1, -1, -2, -1, -1, -2, -1, -1, -3, -1, 2, 5,
145 -5, -4, -5, -7, -7, -6, -7, -5, -1, -2, -1, -5, -4, 3, -5, -4, -6, 16,
146 -3, -3, -2, -5, -1, -4, -3, -5, 3, -2, -1, -3, -2, 6, -6, -2, -3, 4, 10,
147 0, -4, -4, -4, 1, -3, -3, -5, -3, 4, 2, -3, 1, -1, -3, -2, 0, -5, -3, 5,
148 -1, -2, 5, 6, -4, 0, 2, -1, 0, -5, -5, 0, -4, -6, -2, 1, 0, -6, -3, -4, 5,
149 -1, 0, 0, 3, -5, 4, 5, -2, 0, -4, -3, 2, -3, -5, -1, 0, -1, -7, -4, -3, 2, 5,
150 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
151 -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, 6};
154 Matrix made by matblas from blosum50.iij
155 BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units
156 Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
157 Cluster Percentage: >= 50
158 Entropy = 0.4808, Expected = -0.3573
167 -1, 0, 0, 2,-3, 2, 6,
168 0,-3, 0,-1,-3,-2,-3, 8,
169 -2, 0, 1,-1,-3, 1, 0,-2,10,
170 -1,-4,-3,-4,-2,-3,-4,-4,-4, 5,
171 -2,-3,-4,-4,-2,-2,-3,-4,-3, 2, 5,
172 -1, 3, 0,-1,-3, 2, 1,-2, 0,-3,-3, 6,
173 -1,-2,-2,-4,-2, 0,-2,-3,-1, 2, 3,-2, 7,
174 -3,-3,-4,-5,-2,-4,-3,-4,-1, 0, 1,-4, 0, 8,
175 -1,-3,-2,-1,-4,-1,-1,-2,-2,-3,-4,-1,-3,-4,10,
176 1,-1, 1, 0,-1, 0,-1, 0,-1,-3,-3, 0,-2,-3,-1, 5,
177 0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 2, 5,
178 -3,-3,-4,-5,-5,-1,-3,-3,-3,-3,-2,-3,-1, 1,-4,-4,-3,15,
179 -2,-1,-2,-3,-3,-1,-2,-3, 2,-1,-1,-2, 0, 4,-3,-2,-2, 2, 8,
180 0,-3,-3,-4,-1,-3,-3,-4,-4, 4, 1,-3, 1,-1,-3,-2, 0,-3,-1, 5,
181 -2,-1, 4, 5,-3, 0, 1,-1, 0,-4,-4, 0,-3,-4,-2, 0, 0,-5,-3,-4, 5,
182 -1, 0, 0, 1,-3, 4, 5,-2, 0,-3,-3, 1,-1,-4,-1, 0,-1,-2,-2,-3, 2, 5,
183 -1,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1, 0,-3,-1,-1,-1,-1,-1,
184 -1,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1, 0,-3,-1,-1,-1,-1,-1, 7};
187 A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * */
192 -11,-18, -3, 12, /* D */
193 -13,-10,-14,-20, 17, /* C */
194 -13, -5,-11,-13,-19, 13, /* Q */
195 -10,-15,-12, -2,-22, -5, 12, /* E */
196 -8, -9,-11, -9,-12,-16, -9, 11, /* G */
197 -16, -5, -5,-10,-12, -3,-15,-16, 16, /* H */
198 -13,-17,-14,-19,-17,-20,-19,-21,-18, 12, /* I */
199 -15,-14,-19,-21,-16,-12,-20,-21,-13, -7, 10, /* L */
200 -14, -2, -6,-15,-21, -6, -8,-15,-13,-17,-18, 12, /* K */
201 -13,-14,-15,-18,-15,-14,-18,-19,-15, -4, -4,-12, 16, /* M */
202 -18,-22,-19,-22,-11,-22,-23,-22,-14,-11, -6,-23,-14, 14, /* F */
203 -7,-12,-17,-18,-18, -8,-17,-16,-10,-19,-10,-16,-17,-17, 13, /* P */
204 -5,-10, -4,-12, -7,-13,-15, -7,-11,-14,-13,-13,-15,-11, -6, 11, /* S */
205 -4,-12, -7,-14,-14,-13,-15,-14,-13, -7,-16,-10, -7,-19, -9, -4, 12, /* T */
206 -21, -9,-21,-21,-10,-17,-21,-13,-21,-21,-13,-21,-17,-13,-21,-15,-18, 18, /* W */
207 -20,-17,-12,-13, -7,-16,-21,-20, -3,-15,-16,-20,-17, -3,-20,-12,-17,-12, 15, /* Y */
208 -6,-17,-17,-15,-12,-17,-14,-13,-19, -1, -8,-18, -5,-12,-16,-14,-10,-16,-18, 11, /* V */
209 -12,-15, 5, 5,-17,-12, -7,-10, -7,-16,-20,-11,-17,-21,-17, -8,-10,-22,-13,-16, 13, /* B */
210 -16,-18,-17, -8,-32, 1, 9,-17,-17,-29,-26,-11,-24,-34,-21,-21,-21,-29,-29,-22, -9, 13, /* Z */
211 -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
212 -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 9};
220 -10, -3, -8, -9,-16, 13,
221 -7,-11, -9, 1,-19, -3, 11,
222 -5, -6, -8, -6, -9,-12, -7, 11,
223 -12, -3, -2, -7, -9, 0,-12,-13, 15,
224 -10,-14,-11,-16,-14,-16,-16,-17,-14, 12,
225 -12,-11,-15,-18,-13, -9,-17,-18,-10, -4, 10,
226 -11, 0, -4,-12,-17, -3, -5,-12, -9,-14,-15, 12,
227 -9,-11,-12,-15,-12,-11,-15,-16,-12, -1, -2, -9, 15,
228 -15,-19,-16,-19, -8,-18,-20,-19,-11, -8, -4,-19,-10, 13,
229 -5, -9,-13,-15,-14, -5,-14,-12, -7,-15, -7,-13,-14,-14, 12,
230 -2, -8, -1, -9, -4,-10,-12, -5, -8,-11,-10,-10,-12, -8, -3, 10,
231 -1, -9, -4,-11,-10,-10,-12,-11,-10, -4,-12, -7, -4,-15, -7, -1, 11,
232 -17, -6,-18,-18, -7,-14,-18,-10,-17,-17,-10,-17,-14,-10,-18,-12,-15, 18,
233 -16,-14, -9,-11, -4,-12,-18,-17, 0,-12,-12,-17,-14, 0,-16, -9,-13, -9, 14,
234 -3,-14,-14,-12, -9,-14,-11,-11,-15, 2, -5,-15, -2, -9,-13,-11, -7,-13,-14, 11,
235 -9,-12, 6, 6,-14, -9, -4, -7, -4,-13,-17, -8,-13,-18,-14, -5, -7,-19,-10,-13, 12,
236 -12,-13,-13, -4,-27, 4, 10,-13,-12,-24,-21, -6,-20,-29,-17,-17,-17,-24,-24,-18, -6, 12,
237 -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
238 -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 9 };
246 -7, 0, -5, -6,-12, 12,
247 -5, -8, -5, 3,-15, 0, 11,
248 -3, -4, -5, -4, -7, -9, -4, 10,
249 -9, 0, 0, -4, -6, 2, -8,-10, 14,
250 -6,-10, -8,-12,-11,-12,-12,-13,-11, 11,
251 -9, -9,-12,-14,-10, -6,-13,-14, -7, -1, 9,
252 -8, 3, -1, -8,-12, -1, -3, -9, -6,-11,-12, 11,
253 -6, -8, -9,-12, -9, -8,-11,-12, -9, 1, 1, -7, 14,
254 -11,-15,-12,-15, -5,-14,-16,-15, -7, -5, -1,-16, -7, 13,
255 -2, -6, -9,-11,-11, -3,-11, -9, -4,-11, -5,-10,-10,-11, 12,
256 0, -5, 1, -6, -2, -7, -8, -2, -6, -8, -7, -7, -8, -6, -1, 9,
257 1, -6, -2, -8, -7, -7, -8, -7, -7, -2, -9, -5, -2,-11, -4, 1, 10,
258 -14, -4,-14,-15, -4,-11,-15, -7,-13,-13, -8,-13,-11, -7,-14, -9,-12, 18,
259 -13,-10, -6, -8, -2, -9,-14,-13, 2, -9, -9,-13,-11, 2,-13, -7,-10, -6, 14,
260 -1,-11,-10, -9, -7,-11, -8, -8,-12, 4, -2,-12, 0, -6, -9, -7, -4,-10,-11, 10,
261 -6, -8, 6, 6,-10, -6, -1, -4, -2,-10,-13, -5,-10,-14,-10, -3, -5,-15, -7,-10, 11,
262 -8, -8, -8, 0,-21, 6, 10, -8, -7,-18,-16, -3,-15,-23,-12,-12,-12,-19,-18,-14, -3, 11,
263 -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
264 -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 9};
267 Matrix made by matblas from blosum62.iij
268 * column uses minimum score
269 BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
270 Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
271 Cluster Percentage: >= 62
272 Entropy = 0.6979, Expected = -0.5209
282 -1, 0, 0, 2,-4, 2, 5,
283 0,-2, 0,-1,-3,-2,-2, 6,
284 -2, 0, 1,-1,-3, 0, 0,-2, 8,
285 -1,-3,-3,-3,-1,-3,-3,-4,-3, 4,
286 -1,-2,-3,-4,-1,-2,-3,-4,-3, 2, 4,
287 -1, 2, 0,-1,-3, 1, 1,-2,-1,-3,-2, 5,
288 -1,-1,-2,-3,-1, 0,-2,-3,-2, 1, 2,-1, 5,
289 -2,-3,-3,-3,-2,-3,-3,-3,-1, 0, 0,-3, 0, 6,
290 -1,-2,-2,-1,-3,-1,-1,-2,-2,-3,-3,-1,-2,-4, 7,
291 1,-1, 1, 0,-1, 0, 0, 0,-1,-2,-2, 0,-1,-2,-1, 4,
292 0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 1, 5,
293 -3,-3,-4,-4,-2,-2,-3,-2,-2,-3,-2,-3,-1, 1,-4,-3,-2,11,
294 -2,-2,-2,-3,-2,-1,-2,-3, 2,-1,-1,-2,-1, 3,-3,-2,-2, 2, 7,
295 0,-3,-3,-3,-1,-2,-2,-3,-3, 3, 1,-2, 1,-1,-2,-2, 0,-3,-1, 4,
296 -2,-1, 3, 4,-3, 0, 1,-1, 0,-3,-4, 0,-3,-3,-2, 0,-1,-4,-3,-3, 4,
297 -1, 0, 0, 1,-3, 3, 4,-2, 0,-3,-3, 1,-1,-3,-1, 0,-1,-3,-2,-2, 1, 4,
298 0,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2, 0, 0,-2,-1,-1,-1,-1,-1,
299 0,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2, 0, 0,-2,-1,-1,-1,-1,-1, 6};
301 /* blosum80 in 1/2 bit units (previous versions had 1/3 bit units) */
303 Matrix made by matblas from blosum80.iij
304 * column uses minimum score
305 BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
306 Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
307 Cluster Percentage: >= 80
308 Entropy = 0.9868, Expected = -0.7442
318 -1,-1,-1, 1,-5, 2, 6,
319 0,-3,-1,-2,-4,-2,-3, 6,
320 -2, 0, 0,-2,-4, 1, 0,-3, 8,
321 -2,-3,-4,-4,-2,-3,-4,-5,-4, 5,
322 -2,-3,-4,-5,-2,-3,-4,-4,-3, 1, 4,
323 -1, 2, 0,-1,-4, 1, 1,-2,-1,-3,-3, 5,
324 -1,-2,-3,-4,-2, 0,-2,-4,-2, 1, 2,-2, 6,
325 -3,-4,-4,-4,-3,-4,-4,-4,-2,-1, 0,-4, 0, 6,
326 -1,-2,-3,-2,-4,-2,-2,-3,-3,-4,-3,-1,-3,-4, 8,
327 1,-1, 0,-1,-2, 0, 0,-1,-1,-3,-3,-1,-2,-3,-1, 5,
328 0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-2,-1,-1,-2,-2, 1, 5,
329 -3,-4,-4,-6,-3,-3,-4,-4,-3,-3,-2,-4,-2, 0,-5,-4,-4,11,
330 -2,-3,-3,-4,-3,-2,-3,-4, 2,-2,-2,-3,-2, 3,-4,-2,-2, 2, 7,
331 0,-3,-4,-4,-1,-3,-3,-4,-4, 3, 1,-3, 1,-1,-3,-2, 0,-3,-2, 4,
332 -2,-2, 4, 4,-4, 0, 1,-1,-1,-4,-4,-1,-3,-4,-2, 0,-1,-5,-3,-4, 4,
333 -1, 0, 0, 1,-4, 3, 4,-3, 0,-4,-3, 1,-2,-4,-2, 0,-1,-4,-3,-3, 0, 4,
334 -1,-1,-1,-2,-3,-1,-1,-2,-2,-2,-2,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-3,-2,-1,-2,-1,-1,
335 -1,-1,-1,-2,-3,-1,-1,-2,-2,-2,-2,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-3,-2,-1,-2,-1,-1, 6};
353 char nt[MAXSQ+1] ={"\0ACGTURYMWSKDHVBNXACGTURYMWSKDHVBNX\0"};
354 char ntx[MAXSQ+1]={"\0ACGTURYMWSKDHVBNXacgturymwskdhvbnx\0"};
355 char ntc[MAXSQ+1]={"\0TGCAAYRKWSMHDBVNXtgcaayrkwsmhdbvnx\0"};
357 /* nt complement to encoding */
358 /* A:T C:G G:C T:A U:A */
359 int gc_nt[MAXSQ+1]={ 0, 4, 3, 2, 1, 1,
360 /* R:Y Y:R M:K W:W */
362 /* S:S K:M D:H H:D */
364 /* B:V V:B N:N X:X */
371 NMAP,0,1,2,3,3,0,1,0,0,1,2,0,0,0,1,NMAP,
372 NMAP,0,1,2,3,3,0,1,0,0,1,2,0,0,0,1,NMAP,NMAP};
373 int hntx[MAXSQ+1] = {
374 NMAP,0,1,2,3,3,0,1,0,0,1,2,0,0,0,1,NMAP,
375 NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,
376 NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP};
379 /* A C G T U R Y M W S K D H V B N X */
384 -4,-4,-4, 5, 5, /* U */
385 2,-1, 2,-1,-1, 2, /* R (A G)*/
386 -1, 2,-1, 2, 2,-2, 2, /* Y (C T)*/
387 2, 2,-1,-1,-1,-1,-1, 2, /* M (A C)*/
388 2,-1,-1, 2, 2, 1, 1, 1, 2, /* W (A T)*/
389 -1, 2, 2,-1,-1, 1, 1, 1,-1, 2, /* S (C G)*/
390 -1,-1, 2, 2, 2, 1, 1,-1, 1, 1, 2, /* K (G T)*/
391 1,-2, 1, 1, 1, 1,-1,-1, 1,-1, 1, 1, /* D (!C) */
392 1, 1,-2, 1, 1,-1, 1, 1, 1,-1,-1,-1, 1, /* H (!G) */
393 1, 1, 1,-2,-2, 1,-1, 1,-1, 1,-1,-1,-1, 1, /* V (!T) */
394 -2, 1, 1, 1, 1,-1, 1,-1,-1, 1, 1,-1,-1,-1, 1, /* B (!A) */
395 -1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1, /* N */
396 -1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1}; /* X */
397 /* A C G T U R Y M W S K D H V B N */
399 int *pam; /* Pam matrix- 1D */
402 int pamh1[MAXSQ+1]; /* used for kfact replacement */
404 /* Robinson & Robinson counts */
405 long rrcounts[25] = {
429 long rrtotal = 450431;
432 /* extern char sqnam[]; */
433 /* extern char sqtype[]; */
434 /* extern int gdelval, ggapval; */
436 extern char aa[MAXSQ+1];
437 extern char aax[MAXSQ+1];
438 extern char nt[MAXSQ+1];
439 extern char ntx[MAXSQ+1];
440 extern char ntc[MAXSQ+1];
441 extern int gc_nt[MAXSQ+1];
448 extern int haa[MAXSQ+1];
449 extern int haax[MAXSQ+1];
450 extern int hnt[MAXSQ+1];
451 extern int hntx[MAXSQ+1];
452 /* extern int had[MAXSQ+1]; */
454 extern int apam250[450];
455 extern int apam120[450];
456 extern int a_md10[450];
457 extern int a_md20[450];
458 extern int a_md40[450];
459 extern int abl50[450];
460 extern int abl62[450];
461 extern int abl80[450];
462 extern int npam[450];
466 extern int pamh1[MAXSQ+1];
467 extern long rrcounts[25];