binaries/src/globplot/biopython-1.50/Bio/cMarkovModelmodule.c

   1 /* cMarkovModelmodule.c
   2  * jchang
   3  * Created: 1/13/01
   4  * Last modified: 11/26/02
   5  *
   6  * This optimizes some of the functions in MarkovModel.py.
   7  */
   8
   9 #include "Python.h"
  10 #include "csupport.h"
  11
  12
  13 /* Functions in this module. */
  14
  15 static char cMarkovModel__logadd__doc__[] =
  16 "_logadd(logx, logy) -> log(x+y)\n";
  17
  18 static PyObject *cMarkovModel__logadd(PyObject *self, PyObject *args)
  19 {
  20     PyObject *py_logx, *py_logy;
  21     double logx, logy, minxy;
  22     double sum;
  23
  24     if(!PyArg_ParseTuple(args, "OO", &py_logx, &py_logy))
  25         return NULL;
  26     logx = PyNumber_AsDouble(py_logx);
  27     logy = PyNumber_AsDouble(py_logy);
  28     if(PyErr_Occurred())
  29         return NULL;
  30
  31     if(logy-logx > 100.0) {
  32         Py_INCREF(py_logy);
  33         return py_logy;
  34     } else if (logx-logy > 100.0) {
  35         Py_INCREF(py_logx);
  36         return py_logx;
  37     }
  38     minxy = (logx < logy) ? logx : logy;
  39     sum = minxy + log(exp(logx-minxy) + exp(logy-minxy));
  40     return PyFloat_FromDouble(sum);
  41 }
  42
  43
  44 /* Module definition stuff */
  45
  46 static PyMethodDef CMarkovModelMethods[] = {
  47   {"_logadd", cMarkovModel__logadd, METH_VARARGS, cMarkovModel__logadd__doc__},
  48   {NULL, NULL}
  49 };
  50
  51 static char cMarkovModel__doc__[] =
  52 "This module provides optimized replacement functions for MarkovModel.\n\
  53 ";
  54
  55 void initcMarkovModel(void)
  56 {
  57   Py_InitModule3("cMarkovModel", CMarkovModelMethods, cMarkovModel__doc__);
  58 }
  59
  60
  61