binaries/src/globplot/biopython-1.50/Bio/clistfnsmodule.c

   1 /* Copyright 2000 by Jeffrey Chang.  All rights reserved.
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   4  * as part of this package.
   5  *
   6  * clistfnsmodule.c
   7  * Created 3 Jun 2000
   8  */
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  10 #include "Python.h"
  11 #include <math.h>
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  15
  16 /************************************** Exported Functions ***********/
  17
  18 static char clistfns_count__doc__[] =
  19 "count(items) -> dict of counts of each item\n\
  20 \n\
  21 Count the number of times each item appears in a list of data.\n\
  22 \n\
  23 ";
  24
  25 static PyObject *clistfns_count(PyObject *self, PyObject *args)
  26 {
  27     int i;
  28     PyObject *items, *counts;
  29     PyObject *item, *count, *newcount;
  30     long int current;
  31
  32     if(!PyArg_ParseTuple(args, "O", &items))
  33         return NULL;
  34     if(!PySequence_Check(items)) {
  35         PyErr_SetString(PyExc_TypeError, "expected sequence type");
  36         return NULL;
  37     }
  38
  39     if(!(counts = PyDict_New()))
  40         return NULL;
  41
  42     /* Go through the loop, counting how often each item appears. */
  43     i = 0;
  44     while(1) {
  45         if(!(item = PySequence_GetItem(items, i)))  {
  46             PyErr_Clear(); /* clear the exception set by PySequence_GetItem */
  47             break;         /* no more numbers */
  48         }
  49
  50         if(!(count = PyDict_GetItem(counts, item))) {
  51             newcount = PyInt_FromLong(1);  /* New item, set count to 1 */
  52         }
  53         else {
  54             current = PyInt_AsLong(count);
  55             newcount = PyInt_FromLong(current+1);
  56         }
  57
  58         PyDict_SetItem(counts, item, newcount);
  59         Py_DECREF(newcount);
  60         Py_DECREF(item);
  61         if(PyErr_Occurred())
  62             return NULL;
  63
  64         i++;
  65     }
  66
  67     return counts;
  68 }
  69
  70
  71 static char clistfns_contents__doc__[] =
  72 "contents(items) -> dict of item -> percentage\n\
  73 \n\
  74 Summarize the contents of the list in terms of the percentages of each\n\
  75 item.  For example, if an item appears 3 times in a list with 10 items,\n\
  76 it is in 0.3 of the list\n\
  77 \n\
  78 ";
  79
  80 static PyObject *clistfns_contents(PyObject *self, PyObject *args)
  81 {
  82     int i;
  83     PyObject *items, *counts, *percentages;
  84     PyObject *countitems, *countitem;
  85     PyObject *key, *count, *perc;
  86     long c;
  87     double total;
  88
  89     if(!PyArg_ParseTuple(args, "O", &items))
  90         return NULL;
  91     if(!PySequence_Check(items)) {
  92         PyErr_SetString(PyExc_TypeError, "expected mapping type");
  93         return NULL;
  94     }
  95     if((total = PySequence_Length(items)) == -1) {
  96         PyErr_SetString(PyExc_ValueError, "I couldn't get length of item.");
  97         return NULL;
  98     }
  99
 100     counts = clistfns_count(self, args);
 101     if(!counts || PyErr_Occurred())
 102         return NULL;
 103
 104     if(!(percentages = PyDict_New())) {
 105         Py_DECREF(counts);
 106         return NULL;
 107     }
 108
 109     /* Loop through every element in counts, calculating the probabilities. */
 110     if(!(countitems = PyMapping_Items(counts))) {
 111         Py_DECREF(counts);
 112         Py_DECREF(percentages);
 113         return NULL;
 114     }
 115
 116     /* Go through the loop, counting how often each item appears. */
 117     i = 0;
 118     while(1) {
 119         if(!(countitem = PyList_GetItem(countitems, i))) {
 120             PyErr_Clear(); /* clear the exception set by PyList_GetItem */
 121             break;         /* no more numbers */
 122         }
 123         key = PyTuple_GetItem(countitem, 0);
 124         count = PyTuple_GetItem(countitem, 1);
 125         c = PyInt_AsLong(count);
 126         perc = PyFloat_FromDouble((double)c / total);
 127         PyDict_SetItem(percentages, key, perc);
 128         Py_DECREF(perc);
 129         if(PyErr_Occurred())   /* PyDict_SetItem failed */
 130             break;
 131         i++;
 132     }
 133     if(PyErr_Occurred()) {
 134         Py_DECREF(percentages);
 135         percentages = NULL;
 136     }
 137     Py_DECREF(countitems);
 138     Py_DECREF(counts);
 139
 140     return percentages;
 141 }
 142
 143
 144 /************************************** Module definition stuff ******/
 145
 146 static PyMethodDef clistfnsMethods[] = {
 147     {"count", clistfns_count, METH_VARARGS, clistfns_count__doc__},
 148     {"contents", clistfns_contents, METH_VARARGS, clistfns_contents__doc__},
 149     {NULL, NULL}
 150 };
 151
 152 static char clistfns__doc__[] =
 153 "This provides helper functions for the listfns module.\n\
 154 You should never import this module on its own.\n\
 155 \n\
 156 ";
 157
 158 void initclistfns(void)
 159 {
 160     (void) Py_InitModule3("clistfns", clistfnsMethods, clistfns__doc__);
 161 }