binaries/src/globplot/biopython-1.50/Bio/distance.py

   1 """
   2 This module provides code for various distance measures.
   3
   4 Functions:
   5 euclidean       Euclidean distance between two points
   6 euclidean_py    Pure Python implementation of euclidean.
   7
   8 """
   9 # XXX cosine distance
  10
  11 import warnings
  12 warnings.warn("Bio.distance is deprecated. If you use this module, please notify the Biopython developers at biopython-dev@biopython.org", DeprecationWarning)
  13
  14 from numpy import *
  15
  16 def euclidean(x, y):
  17     """euclidean(x, y) -> euclidean distance between x and y"""
  18     if len(x) != len(y):
  19         raise ValueError("vectors must be same length")
  20     #return sqrt(sum((x-y)**2))
  21     # Optimization by John Corradi (JCorradi@msn.com)
  22     d = x-y
  23     return sqrt(dot(d, d))
  24
  25 def euclidean_py(x, y):
  26     """euclidean_py(x, y) -> euclidean distance between x and y"""
  27     # lightly modified from implementation by Thomas Sicheritz-Ponten.
  28     # This works faster than the Numeric implementation on shorter
  29     # vectors.
  30     if len(x) != len(y):
  31         raise ValueError("vectors must be same length")
  32     sum = 0
  33     for i in range(len(x)):
  34         sum += (x[i]-y[i])**2
  35     return sqrt(sum)