binaries/src/iupred/gjutil.h

   1 #ifndef GJ_UTIL_H
   2 #define GJ_UTIL_H
   3
   4 /*
   5 $Id: gjutil.h,v 1.8 2002/08/09 12:30:31 geoff Exp $
   6 */
   7
   8 #include <stdio.h>
   9
  10
  11 typedef int GJ_LIM;              /* type for limits - e.g. max buffer length */
  12 typedef int GJ_PEN;              /* type for gap penalties */
  13 typedef int GJ_FLG;              /* Flag type - usually just 1 or 0 */
  14 typedef float GJ_FLOAT;          /* Single precision floating point type */
  15 typedef double GJ_DBL;           /* a double precision floating point type */
  16 typedef int GJ_S_COUNT;          /* small counter */
  17 typedef long GJ_L_COUNT;         /* long counter */
  18
  19 typedef struct {                    /* structure to hold a filename and */
  20   char *name;                    /* associated handle */
  21   FILE *handle;
  22 } GJFILE;
  23
  24 struct tokens {                  /* structure to hold tokens parsed from */
  25   int ntok;                      /* string with strtok */
  26   char **tok;
  27 };
  28
  29 typedef struct {
  30   int min;
  31   int max;
  32 } IRANGE;
  33
  34 typedef struct {
  35   char *val;
  36   int i;
  37 } CWORK;
  38
  39 int Sworkcomp(const void *left, const void *right);
  40 void GJindexxS(char **arrin,int n,int *indx);
  41
  42 #define STD_FILES extern FILE *std_in,*std_out,*std_err
  43
  44 /* utility.h function definitions */
  45
  46 void *GJmalloc(size_t);
  47 void *GJrealloc(void *,size_t);
  48 void *GJmallocNQ(size_t);
  49 void *GJreallocNQ(void *,size_t);
  50 void GJfree(void *);
  51 void GJerror(const char *);
  52 char *GJstrdup(const char *);
  53 char *GJstoupper(const char *);
  54 char *GJstolower(const char *);
  55 char *GJstoup(char *);
  56 char *GJstolo(char *);
  57
  58 FILE *GJfopen(const char *, const char *,int);
  59 int  GJfclose(FILE *,int);
  60 GJFILE *GJfilemake(const char *name,const char *type,int action);
  61 GJFILE *GJfilerename(GJFILE *ret_val, const char *name);
  62 GJFILE *GJfileclose(GJFILE *ret_val,int action);
  63 GJFILE *GJfileopen(GJFILE *ret_val,const char *type,int action);
  64 GJFILE *GJfileclean(GJFILE *fval,int action);
  65 void GJinitfile(void);
  66
  67 char *GJfnonnull(char *);
  68 char *GJstrappend(char *,char *);
  69 char *GJremovechar(char *,char);
  70 char *GJremovechar2(char *string,char c);
  71 char *GJstrcreate(size_t, char *);
  72 char *GJstrlocate(char *,char *);
  73 char *GJsubchar(char *,char,char);
  74 char *GJstrtok(char *,const char *);
  75 void error(const char *, int);
  76 unsigned char **uchararr(int,int);
  77 void ucharfree(unsigned char **array,int i);
  78 double **GJdarr(int i,int j);
  79 void GJdarrfree(double **array,int i);
  80 signed   char **chararr(int,int);
  81 void GJCinit(signed char **,int ,int ,char );
  82 void mcheck(void *, char *);
  83 char *GJstrblank(char *, int);
  84 void GJUCinit(unsigned char **,int ,int ,unsigned char );
  85 char *GJcat(int N,...);
  86 struct tokens *GJgettokens(const char *delims, char *buff);
  87 void GJfreetokens(struct tokens *tok);
  88 char * GJtoktostr(struct tokens *tok, char delim, int s, int e);
  89 void GJ_start_clock(void);
  90 void GJ_stop_clock(FILE *fp);
  91 char *GJstrrename(char *old,const char *new);
  92 void GJindexx(int *arrin,int n,int *indx);
  93 void GJindexxD(double *arrin,int n,int *indx);
  94 void GJindexxS(char **arrin,int n,int *indx);
  95 int GJbsearchINXS(char **cod, int n, char *query);
  96 int GJbsearchINX_IS(char **cod, int *inx, int n, char *query);
  97
  98 void GJpline(FILE *fp,char c,int n);
  99 char *GJlocaltime(void);
 100 void GJpstring(FILE *fp,char *s,int n);
 101
 102 IRANGE *irange(int *ivec, int n);
 103
 104 /*
 105 $Log: gjutil.h,v $
 106 Revision 1.8  2002/08/09 12:30:31  geoff
 107 Experiment with different weighting schemes.
 108 Changes to build_profile to accommodate new schemes
 109 pwf 3  Complex clustering to get sequence weights at each position
 110 pwf 4  Dirichlet mixture alone
 111 pwf 5  Dirichlet mixture + psiblast windowing + blosum weights
 112 pwf 6  local blosum matrix calculation + HH sequence weights + blosum
 113
 114 Also add wander_check opton
 115 Also add option to turn off sw7 bug work around.
 116 Add option to suppress multiple alignment output
 117 Add gjnoc2 to distribution
 118
 119 Revision 1.7  2000/12/21 17:25:44  geoff
 120 Add the option to output the sequence fragments from the multiple alignment
 121 output option in fasta or pir format.  Unlike the block file output, these
 122 fragments contain the complete sequence between the start and end points, including
 123 any parts deleted in the alignment process.
 124 Add appropriate commands to scanps_alias.dat, getpars and getcmd.
 125
 126 Revision 1.6  1999/11/17 21:06:47  geoff
 127 Add setup_caleb and other changes to swpp2 and so on.
 128
 129 Revision 1.5  1997/06/27 07:17:32  gjb
 130 Added rlic.c linfo.h and
 131 changes to gjutil.c to give better support for
 132 token manipulation
 133
 134 Revision 1.4  1997/05/12 11:10:54  gjb
 135 Re-added gjutil.c and gjutil.h to repository
 136 after deleting them
 137
 138 Revision 1.2  1997/05/12 10:47:52  gjb
 139 Modified CVS header and log position
 140
 141 */
 142 #endif  /* GJ_UTIL_H */
 143