binaries/src/jpred/tests/todo.bash

   1 #define path to BLOSUM files
   2 setenv BLASTMAT /home/asherstnev/Projects/Jpred.project/jpred/branches/portable/data/blast
   3 ln -s /data/UNIREFdb databases
   4
   5 ####################################################################################################
   6 #  test of main binaries
   7 #
   8 # 1 core PHIBLAST check ()
   9 # 1 core PHIBLAST check ()
  10 ../bin/blastpgp -e0.05 -h0.01 -m6 -b10000 -v10000 -j3 -d /home/asherstnev/Projects/Jpred.project/jpred/branches/portable/tests/databases/uniref90.filt -i d16vpa_.fasta -Q test.test.profile -o test.test.blas
  11 # multi-core (-a3) PHIBLAST check
  12 ../bin/blastpgp -a4 -e0.05 -h0.01 -m6 -b10000 -v10000 -j3 -d /home/asherstnev/Projects/Jpred.project/jpred/branches/portable/tests/databases/uniref90.filt -i d16vpa_.fasta -Q test.test.profile -o test.test.blas
  13
  14 ####################################################################################################
  15 #  test of x86_64 binaries
  16 #
  17 # 1 core PHIBLAST check ()
  18 ../x86_64/blastpgp -e0.05 -h0.01 -m6 -b10000 -v10000 -j3 -d /home/asherstnev/Projects/Jpred.project/jpred/branches/portable/tests/databases/uniref90.filt -i d16vpa_.fasta -Q test.test.profile -o test.test.blas
  19 # multi-core (-a3) PHIBLAST check
  20 ../x86_64/blastpgp -a4 -e0.05 -h0.01 -m6 -b10000 -v10000 -j3 -d /home/asherstnev/Projects/Jpred.project/jpred/branches/portable/tests/databases/uniref90.filt -i d16vpa_.fasta -Q test.test.profile -o test.test.blas
  21
  22
  23 ####################################################################################################
  24 ../jpred.pl -seq -in d16vpa_.fas  -outfile d16vpa_.res.fasta      -dbname ported_db -dbpath /data/UNIREFdb/ -ncpu 4 -debug
  25 ../jpred.pl -seq -in d1b3aa_.fas  -outfile d1b3aa_.res.fasta      -dbname ported_db -dbpath /data/UNIREFdb/ -ncpu 4 -debug
  26 ../jpred.pl -seq -in T-state1.fas -outfile res_T-state1.res.fasta -dbname ported_db -dbpath /data/UNIREFdb/ -ncpu 4 -debug
  27 ../jpred.pl -seq -in T-state2.fas -outfile res_T-state2.res.fasta -dbname ported_db -dbpath /data/UNIREFdb/ -ncpu 4 -debug
  28
  29 ../jpred.pl -in alignment.msf   -outfile alignment_from_msf.res.fasta   -dbname ported_db -dbpath /data/UNIREFdb/ -ncpu 4 -debug
  30 ../jpred.pl -in alignment.blc   -outfile alignment_from_blc.res.fasta   -dbname ported_db -dbpath /data/UNIREFdb/ -ncpu 4 -debug
  31 ../jpred.pl -in alignment.fasta -outfile alignment_from_fasta.res.fasta -dbname ported_db -dbpath /data/UNIREFdb/ -ncpu 4 -debug