1 #define DEFAULTGOP_B -1530
2 #define DEFAULTGEP_B -00
3 #define DEFAULTOFS_B -123 /* +10 -- -50 teido ka ? */
5 void BLOSUMmtx( int n, double **matrix, double *freq, char *amino, char *amino_grp )
8 char locaminod[26] = "GASTPLIMVDNEQFYWKRHCXXX.-U";
10 // char locaminod[] = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX.-U";
11 char locaminod[] = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX.-J";
14 0, 3, 2, 2, 5, 2, 2, 0, 3, 1, 1, 3, 1, 4, 0, 0, 0, 4, 4, 1, 2, 2,
49 0, -1, -1, 1, 1, 2, 6,
50 0, -2, 0, -1, -4, -2, -2, 8,
51 -2, -1, -1, -2, -5, 0, 0, -3, 14,
52 0, -3, 0, -4, -2, -2, -3, -1, -2, 6,
53 -1, -2, -2, -1, 0, -2, -1, -2, -1, 2, 4,
54 0, 1, 0, 0, -3, 0, 2, -1, -2, -2, -2, 4,
55 1, 0, 0, -3, -2, -1, -1, -2, 2, 1, 2, 2, 6,
56 -2, -1, -1, -5, -3, -3, -4, -3, -3, 0, 2, -1, -2, 10,
57 -1, -1, -3, -1, -3, 0, 1, -1, 1, -3, -3, 1, -4, -4, 11,
58 1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -1, -2, 0, -2, -1, -1, 4,
59 1, -3, 1, -1, -2, 0, -2, -2, -2, 0, 0, -1, 0, -2, 0, 2, 5,
60 -5, 0, -7, -4, -2, -1, -1, 1, -5, -3, -2, -2, -3, 1, -3, -3, -5, 20,
61 -4, 0, -4, -1, -6, -1, -2, -3, 0, -1, 3, -1, -1, 3, -2, -2, -1, 5, 9,
62 1, -1, -2, -2, -2, -3, -3, -3, -3, 4, 1, -2, 0, 1, -4, -1, 1, -3, 1, 5,
63 0, -2, 4, 5, -2, -1, 0, 0, -2, -2, -1, 0, -2, -3, -2, 0, 0, -5, -3, -2, 5,
64 0, 0, -1, 0, 0, 4, 5, -2, 0, -3, -1, 1, -1, -4, 0, -1, -1, -1, -2, -3, 0, 4,
65 0, -1, 0, -1, -2, 0, -1, -1, -1, 0, 0, 0, 0, -1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, -1, 0, -1,
76 -1, 0, 0, 2, -3, 2, 6,
77 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 7,
78 -2, 0, 1, 0, -3, 1, 0, -2, 10,
79 -1, -3, -2, -4, -3, -2, -3, -4, -3, 5,
80 -1, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -3, -2, 2, 5,
81 -1, 3, 0, 0, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -3, 5,
82 -1, -1, -2, -3, -2, 0, -2, -2, 0, 2, 2, -1, 6,
83 -2, -2, -2, -4, -2, -4, -3, -3, -2, 0, 1, -3, 0, 8,
84 -1, -2, -2, -1, -4, -1, 0, -2, -2, -2, -3, -1, -2, -3, 9,
85 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -1, 4,
86 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 2, 5,
87 -2, -2, -4, -4, -5, -2, -3, -2, -3, -2, -2, -2, -2, 1, -3, -4, -3, 15,
88 -2, -1, -2, -2, -3, -1, -2, -3, 2, 0, 0, -1, 0, 3, -3, -2, -1, 3, 8,
89 0, -2, -3, -3, -1, -3, -3, -3, -3, 3, 1, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -3, -1, 5,
99 -1, 0, 0, 2, -3, 2, 6,
100 0, -3, 0, -1, -3, -2, -3, 8,
101 -2, 0, 1, -1, -3, 1, 0, -2, 10,
102 -1, -4, -3, -4, -2, -3, -4, -4, -4, 5,
103 -2, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -4, -3, 2, 5,
104 -1, 3, 0, -1, -3, 2, 1, -2, 0, -3, -3, 6,
105 -1, -2, -2, -4, -2, 0, -2, -3, -1, 2, 3, -2, 7,
106 -3, -3, -4, -5, -2, -4, -3, -4, -1, 0, 1, -4, 0, 8,
107 -1, -3, -2, -1, -4, -1, -1, -2, -2, -3, -4, -1, -3, -4, 10,
108 1, -1, 1, 0, -1, 0, -1, 0, -1, -3, -3, 0, -2, -3, -1, 5,
109 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 2, 5,
110 -3, -3, -4, -5, -5, -1, -3, -3, -3, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -4, -3, 15,
111 -2, -1, -2, -3, -3, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, 0, 4, -3, -2, -2, 2, 8,
112 0, -3, -3, -4, -1, -3, -3, -4, -4, 4, 1, -3, 1, -1, -3, -2, 0, -3, -1, 5,
122 -1, 0, 0, 2, -5, 3, 7,
123 0, -3, -1, -2, -4, -3, -3, 8,
124 -2, 0, 1, -2, -4, 1, 0, -3, 11,
125 -2, -4, -5, -5, -2, -4, -5, -6, -5, 6,
126 -2, -3, -5, -5, -2, -3, -4, -5, -4, 2, 6,
127 -1, 3, 0, -1, -5, 2, 1, -2, -1, -4, -4, 7,
128 -1, -2, -3, -5, -2, -1, -3, -4, -2, 2, 3, -2, 8,
129 -3, -4, -4, -5, -4, -5, -5, -5, -2, 0, 1, -5, 0, 9,
130 -1, -3, -3, -2, -4, -2, -2, -3, -3, -4, -4, -2, -4, -5, 11,
131 2, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -4, -4, 0, -2, -4, -1, 6,
132 0, -2, 0, -2, -1, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -1, -1, -3, -2, 2, 7,
133 -4, -4, -6, -6, -3, -3, -4, -4, -4, -4, -2, -4, -2, 1, -5, -4, -4, 16,
134 -3, -3, -3, -5, -4, -2, -3, -5, 3, -2, -2, -3, -1, 4, -4, -3, -2, 3, 10,
135 0, -4, -4, -5, -1, -3, -4, -5, -5, 4, 1, -3, 1, -1, -4, -2, 0, -4, -2, 6,
145 -2, -1, -1, 2, -7, 3, 8,
146 0, -4, -1, -3, -6, -4, -4, 9,
147 -3, 0, 1, -2, -7, 1, 0, -4, 12,
148 -3, -5, -6, -7, -2, -5, -6, -7, -6, 7,
149 -3, -4, -6, -7, -3, -4, -6, -7, -5, 2, 6,
150 -1, 3, 0, -2, -6, 2, 1, -3, -1, -5, -4, 8,
151 -2, -3, -4, -6, -3, -1, -4, -5, -4, 2, 3, -3, 9,
152 -4, -5, -6, -6, -4, -5, -6, -6, -2, -1, 0, -5, 0, 10,
153 -1, -3, -4, -3, -6, -3, -2, -5, -4, -5, -5, -2, -4, -6, 12,
154 2, -2, 1, -1, -2, -1, -1, -1, -2, -4, -4, -1, -3, -4, -2, 7,
155 0, -2, 0, -2, -2, -1, -2, -3, -3, -2, -3, -1, -1, -4, -3, 2, 8,
156 -5, -5, -7, -8, -5, -4, -6, -6, -4, -5, -4, -6, -3, 0, -7, -6, -5, 16,
157 -4, -4, -4, -6, -5, -3, -5, -6, 3, -3, -2, -4, -3, 4, -6, -3, -3, 3, 11,
158 -1, -4, -5, -6, -2, -4, -4, -6, -5, 4, 1, -4, 1, -2, -4, -3, 0, -5, -3, 7,
165 -0.3, -0.3, 2.2, 4.7,
166 0.5, -2.2, -1.8, -3.2, 11.5,
167 -0.2, 1.5, 0.7, 0.9, -2.4, 2.7,
168 0.0, 0.4, 0.9, 2.7, -3.0, 1.7, 3.6,
169 0.5, -1.0, 0.4, 0.1, -2.0, -1.0, -0.8, 6.6,
170 -0.8, 0.6, 1.2, 0.4, -1.3, 1.2, 0.4, -1.4, 6.0,
171 -0.8, -2.4, -2.8, -3.8, -1.1, -1.9, -2.7, -4.5, -2.2, 4.0,
172 -1.2, -2.2, -3.0, -4.0, -1.5, -1.6, -2.8, -4.4, -1.9, 2.8, 4.0,
173 -0.4, 2.7, 0.8, 0.5, -2.8, 1.5, 1.2, -1.1, 0.6, -2.1, -2.1, 3.2,
174 -0.7, -1.7, -2.2, -3.0, -0.9, -1.0, -2.0, -3.5, -1.3, 2.5, 2.8, -1.4, 4.3,
175 -2.3, -3.2, -3.1, -4.5, -0.8, -2.6, -3.9, -5.2, -0.1, 1.0, 2.0, -3.3, 1.6, 7.0,
176 0.3, -0.9, -0.9, -0.7, -3.1, -0.2, -0.5, -1.6, -1.1, -2.6, -2.3, -0.6, -2.4, -3.8, 7.6,
177 1.1, -0.2, 0.9, 0.5, 0.1, 0.2, 0.2, 0.4, -0.2, -1.8, -2.1, 0.1, -1.4, -2.8, 0.4, 2.2,
178 0.6, -0.2, 0.5, 0.0, -0.5, 0.0, -0.1, -1.1, -0.3, -0.6, -1.3, 0.1, -0.6, -2.2, 0.1, 1.5, 2.5,
179 -3.6, -1.6, -3.6, -5.2, -1.0, -2.7, -4.3, -4.0, -0.8, -1.8, -0.7, -3.5, -1.0, 3.6, -5.0, -3.3, -3.5, 14.2,
180 -2.2, -1.8, -1.4, -2.8, -0.5, -1.7, -2.7, -4.0, 2.2, -0.7, 0.0, -2.1, -0.2, 5.1, -3.1, -1.9, -1.9, 4.1, 7.8,
181 0.1, -2.0, -2.2, -2.9, 0.0, -1.5, -1.9, -3.3, -2.0, 3.1, 1.8, -1.7, 1.6, 0.1, -1.8, -1.0, 0.0, -2.6, -1.1, 3.4,
188 if( n == 30 ) tmpmtx = tmpmtx30;
189 else if( n == 45 ) tmpmtx = tmpmtx45;
190 else if( n == 50 ) tmpmtx = tmpmtx50;
191 else if( n == 62 ) tmpmtx = tmpmtx62;
192 else if( n == 80 ) tmpmtx = tmpmtx80;
193 else if( n == 0 ) tmpmtx = tmpmtx0;
194 else if( n == -1 ) tmpmtx = loadaamtx();
197 fprintf( stderr, "blosum %d ?\n", n );
202 for( i=0; i<20; i++ )
204 for( j=0; j<=i; j++ )
206 matrix[i][j] = matrix[j][i] = (double)tmpmtx[count++];
209 if( n == -1 && tmpmtx[400] != -1.0 )
211 for( i=0; i<20; i++ ) freq[i] = tmpmtx[400+i];
213 for( i=0; i<20; i++ ) av += freq[i];
214 for( i=0; i<20; i++ ) freq[i] /= av;
217 for( i=0; i<20; i++ ) freq[i] = freqd[i];
221 for( i=0; i<20; i++ )
224 fprintf( stdout, "av = %f\n", av );
226 for( i=0; i<20; i++ ) for( j=0; j<20; j++ )
233 for( i=0; i<20; i++ )
235 fprintf( stdout, "freq[%d] = %f\n", i, freq[i] );
237 for( j=0; j<20; j++ )
240 wav += freq[i] * freq[j] * matrix[i][j];
242 wcount += freq[i] * freq[j];
248 fprintf( stdout, "av = %f\n", av );
249 fprintf( stdout, "wav = %f\n", wav );
250 fprintf( stdout, "wcount = %f\n", wcount );
251 fprintf( stdout, "tmptmp = %f\n", tmptmp );
253 for( i=0; i<20; i++ )
255 for( j=0; j<=i; j++ )
257 fprintf( stderr, "## %d-%d, %f\n", i, j, matrix[i][j] );
264 for( i=0; i<26; i++ ) amino[i] = locaminod[i];
265 for( i=0; i<26; i++ ) amino_grp[(int)amino[i]] = locgrpd[i];