1 ################################################################################
2 # Makefile for probcons
3 ################################################################################
5 ################################################################################
6 # 1) Choose C++ compiler.
7 ################################################################################
11 ################################################################################
13 # a) DEBUG mode -- no optimizations, enable SafeVector checking, no inlining
14 # b) PROFILE mode -- for gprof
16 ################################################################################
18 OTHERFLAGS = -DNumInsertStates=1 -DVERSION="1.10"
21 #CXXFLAGS = -g -W -Wall -pedantic -DENABLE_CHECKS -fno-inline $(OTHERFLAGS)
24 #CXXFLAGS = -pg -W -Wall -pedantic $(OTHERFLAGS)
27 #CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -mmmx -msse -msse2 -mfpmath=sse -march=pentium4 -mcpu=pentium4 -funroll-loops -fomit-frame-pointer
28 CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -funroll-loops
30 ################################################################################
32 ################################################################################
35 #compare project makegnuplot
40 #probcons : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h Main.cc
41 probcons : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h
42 $(CXX) $(CXXFLAGS) -lm -o probcons Main.cc
44 compare : MultiSequence.h Sequence.h FileBuffer.h SafeVector.h CompareToRef.cc
45 $(CXX) $(CXXFLAGS) -o compare CompareToRef.cc
47 fixref : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h FixRef.cc
48 $(CXX) $(CXXFLAGS) -o fixref FixRef.cc
50 project : MultiSequence.h Sequence.h SafeVector.h ProjectPairwise.cc
51 $(CXX) $(CXXFLAGS) -o project ProjectPairwise.cc
53 makegnuplot : MakeGnuPlot.cc
54 $(CXX) $(CXXFLAGS) -o makegnuplot MakeGnuPlot.cc