binaries/src/muscle/distfunc.cpp

   1 #include "muscle.h"\r
   2 #include "distfunc.h"\r
   3 #include <assert.h>\r
   4 \r
   5 DistFunc::DistFunc()\r
   6         {\r
   7         m_Dists = 0;\r
   8         m_uCount = 0;\r
   9         m_uCacheCount = 0;\r
  10         m_Names = 0;\r
  11         m_Ids = 0;\r
  12         }\r
  13 \r
  14 DistFunc::~DistFunc()\r
  15         {\r
  16         if (0 != m_Names)\r
  17                 {\r
  18                 for (unsigned i = 0; i < m_uCount; ++i)\r
  19                         free(m_Names[i]);\r
  20                 }\r
  21         delete[] m_Dists;\r
  22         delete[] m_Names;\r
  23         delete[] m_Ids;\r
  24         }\r
  25 \r
  26 float DistFunc::GetDist(unsigned uIndex1, unsigned uIndex2) const\r
  27         {\r
  28         return m_Dists[VectorIndex(uIndex1, uIndex2)];\r
  29         }\r
  30 \r
  31 unsigned DistFunc::GetCount() const\r
  32         {\r
  33         return m_uCount;\r
  34         }\r
  35 \r
  36 void DistFunc::SetCount(unsigned uCount)\r
  37         {\r
  38         m_uCount = uCount;\r
  39         if (uCount <= m_uCacheCount)\r
  40                 return;\r
  41         delete[] m_Dists;\r
  42         m_Dists = new float[VectorLength()];\r
  43         m_Names = new char *[m_uCount];\r
  44         m_Ids = new unsigned[m_uCount];\r
  45         m_uCacheCount = uCount;\r
  46 \r
  47         memset(m_Names, 0, m_uCount*sizeof(char *));\r
  48         memset(m_Ids, 0xff, m_uCount*sizeof(unsigned));\r
  49         memset(m_Dists, 0, VectorLength()*sizeof(float));\r
  50         }\r
  51 \r
  52 void DistFunc::SetDist(unsigned uIndex1, unsigned uIndex2, float dDist)\r
  53         {\r
  54         m_Dists[VectorIndex(uIndex1, uIndex2)] = dDist;\r
  55         m_Dists[VectorIndex(uIndex2, uIndex1)] = dDist;\r
  56         }\r
  57 \r
  58 unsigned DistFunc::VectorIndex(unsigned uIndex1, unsigned uIndex2) const\r
  59         {\r
  60         assert(uIndex1 < m_uCount && uIndex2 < m_uCount);\r
  61         return uIndex1*m_uCount + uIndex2;\r
  62         }\r
  63 \r
  64 unsigned DistFunc::VectorLength() const\r
  65         {\r
  66         return m_uCount*m_uCount;\r
  67         }\r
  68 \r
  69 void DistFunc::SetName(unsigned uIndex, const char szName[])\r
  70         {\r
  71         assert(uIndex < m_uCount);\r
  72         m_Names[uIndex] = strsave(szName);\r
  73         }\r
  74 \r
  75 void DistFunc::SetId(unsigned uIndex, unsigned uId)\r
  76         {\r
  77         assert(uIndex < m_uCount);\r
  78         m_Ids[uIndex] = uId;\r
  79         }\r
  80 \r
  81 const char *DistFunc::GetName(unsigned uIndex) const\r
  82         {\r
  83         assert(uIndex < m_uCount);\r
  84         return m_Names[uIndex];\r
  85         }\r
  86 \r
  87 unsigned DistFunc::GetId(unsigned uIndex) const\r
  88         {\r
  89         assert(uIndex < m_uCount);\r
  90         return m_Ids[uIndex];\r
  91         }\r
  92 \r
  93 void DistFunc::LogMe() const\r
  94         {\r
  95         Log("DistFunc::LogMe count=%u\n", m_uCount);\r
  96         Log("                     ");\r
  97         for (unsigned i = 0; i < m_uCount; ++i)\r
  98                 Log(" %7u", i);\r
  99         Log("\n");\r
 100 \r
 101         Log("                     ");\r
 102         for (unsigned i = 0; i < m_uCount; ++i)\r
 103                 Log(" %7.7s", m_Names[i] ? m_Names[i] : "");\r
 104         Log("\n");\r
 105 \r
 106         for (unsigned i = 0; i < m_uCount; ++i)\r
 107                 {\r
 108                 Log("%4u  %10.10s  :  ", i, m_Names[i] ? m_Names[i] : "");\r
 109                 for (unsigned j = 0; j <= i; ++j)\r
 110                         Log(" %7.4g", GetDist(i, j));\r
 111                 Log("\n");\r
 112                 }\r
 113         }\r