binaries/src/probcons/ProjectPairwise.cc

   1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   2 // ProjectPairwise
   3 //
   4 // Program for projecting multiple alignments to all pairwise
   5 // alignments.
   6 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   7
   8 #include "SafeVector.h"
   9 #include "MultiSequence.h"
  10 #include <string>
  11 #include <sstream>
  12 #include <iomanip>
  13 #include <iostream>
  14 #include <list>
  15 #include <set>
  16 #include <limits>
  17 #include <cstdio>
  18 #include <cstdlib>
  19 #include <cerrno>
  20 #include <iomanip>
  21 #include <string.h>
  22
  23 bool compressGaps = true;
  24
  25 /////////////////////////////////////////////////////////////////
  26 // main()
  27 //
  28 // Main program.
  29 /////////////////////////////////////////////////////////////////
  30
  31 int main (int argc, char **argv){
  32
  33   // check arguments
  34   if (argc < 2){
  35     cerr << "Usage: project ALIGNMENT [-nocompressgaps]" << endl;
  36     exit (1);
  37   }
  38
  39   for (int i = 2; i < argc; i++){
  40     if (strcmp (argv[i], "-nocompressgaps") == 0)
  41       compressGaps = false;
  42     else {
  43       cerr << "Unrecognized option: " << argv[i] << endl;
  44       exit (1);
  45     }
  46   }
  47
  48   MultiSequence *align = new MultiSequence (string (argv[1])); assert (align);
  49
  50   int N = align->GetNumSequences();
  51   for (int i = 0; i < N; i++){
  52     for (int j = i+1; j < N; j++){
  53       string name = align->GetSequence(i)->GetHeader() + "-" + align->GetSequence(j)->GetHeader() + ".fasta";
  54       ofstream outfile (name.c_str());
  55
  56       if (compressGaps){
  57         set<int> s;
  58         s.insert (i); s.insert (j);
  59         MultiSequence *proj = align->Project (s);
  60         proj->WriteMFA (outfile);
  61         delete proj;
  62       }
  63       else {
  64         align->GetSequence(i)->WriteMFA (outfile, 60);
  65         align->GetSequence(j)->WriteMFA (outfile, 60);
  66       }
  67       outfile.close();
  68     }
  69   }
  70
  71   delete align;
  72 }