binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/fast_tree_header.h

   1 /*!
   2  * Node of a Tree
   3  */
   4 typedef struct
   5 {
   6         ///number of this node
   7         int name;
   8         ///left child
   9         int left;
  10         ///right child
  11         int right;
  12 //  ///weight of the node
  13 //      double weight;
  14         ///position of the leafs during construction
  15         int *index;
  16         ///position of...
  17         int *index2;
  18         ///number of leafes below this node
  19         int num_leafs;
  20 }
  21 Tree_fastal;
  22
  23
  24
  25 /*!
  26  * Saves all important paramters for the PartTree algorithm
  27  *
  28  */
  29 typedef struct
  30 {
  31         ///Size of the ktup
  32         short ktup;
  33         ///power
  34         short ng;
  35         ///number of possible ktup
  36         int tsize;
  37         ///subgroup size
  38         int subgroup;
  39         ///File with the ktup tables
  40         FILE *ktup_table_f;
  41         ///Index of the positions in the ktup file
  42         long *ktup_positions;
  43         ///number of sequences
  44         int num_sequences;
  45         ///length of the sequences
  46         int *seq_lengths;
  47         ///threshold for filter
  48         double threshold;
  49         /*! \brief An Integer array to save the tree
  50         *
  51         * Always three fields in this array belong together. The first two denote the number of the children the third one the number of the current node.
  52         */
  53         Tree_fastal *tree;
  54         /// Current position in the tree
  55         int pos_tree;
  56 }
  57 PartTree_param;
  58
  59
  60
  61 //*******************************   METHODS   ***********************************
  62
  63
  64 //*********** ktup-distance ***************
  65 void makepointtable_fast(int *coded_seq, int ktup, int ng, int length);
  66 void makecompositiontable_fastal(FILE* tables_f, int *table, int *pointt, int length);
  67 void get_table(short *table, FILE *tables, long index);
  68
  69
  70
  71 void make_fast_tree(char *file_name, int n, int ktup);
  72 int make_pos_len_index_of_file(char *file_name, char *ktable_f, long **file_positions, int **seq_lengths, int ktup, int is_dna);
  73 int make_pos_len_index_of_file_retree(char *file_name, long **file_positions, int **seq_lengths);
  74 // void ktup_one2all(FILE *seq_f, int* file_positions, int *least_similar);
  75
  76
  77 int **make_distance_matrix(FILE *table_f, long *file_positions, int *sequence_group, int number, int **dist_mat);
  78 int euclidean_dist(FILE* ktup_f, long pos1, long pos2, short *table1, short *table2, int length);
  79 int euclidean_dist_half(FILE* ktup_f, long pos2, short *table1, short *table2, int length);
  80
  81 void partTree_r(PartTree_param *param_set);
  82 void partTree_retree(PartTree_param *param_set);
  83 void make_partTree(char *sequence_f, char *tree_f, int ktup, int subgroup, int is_dna, int retree);
  84
  85 int filter(int *sequence_group, int **dist_mat, int *seed_set_cleaned, PartTree_param *param_set);
  86 int fast_aln2sim_mat2 (char *seq1, char *seq2);
  87
  88
  89
  90
  91
  92
  93
  94 /**
  95  * \brief Struct to save the features for a set of sequences.
  96  *
  97  */
  98 typedef struct
  99 {
 100         /// The number of this sequence.
 101         int seq_number;
 102         /// The feature to use in qsort.
 103         int *elem_2_compare;
 104         /// An element of features.
 105         double *features;
 106 }
 107 Cluster_info;
 108
 109
 110 int                             cluster_recursive(int start, int end, Cluster_info* matrix, int dim, double *mean, double *variance, int *elem_2_compare, FILE* tree_f, int *node);
 111 int*                    recode_sequence(char * seq, int seq_length, int *char2value, int alphabet_size, int word_length);
 112 double*                 get_features(int *recoded_seq, int seq_length, int k_tup, int max_coding, int max_dist, int num_features);
 113 Cluster_info*   feature_extract(char *seq_file_name, int max_dist, int k_tup, int *char2value, int alphabet_size, int *elem_2_compare, int *num_seq_p, int num_features);
 114 void                    compute_oligomer_distance_tree(char *seq_file_name, int* char2value, char *tree_file_name, int max_dist, int word_length, int alphabet_size);
 115
 116 /******************************COPYRIGHT NOTICE*******************************/
 117 /*© Centro de Regulacio Genomica */
 118 /*and */
 119 /*Cedric Notredame */
 120 /*Fri Feb 18 08:27:45 CET 2011 - Revision 596. */
 121 /*All rights reserved.*/
 122 /*This file is part of T-COFFEE.*/
 123 /**/
 124 /*    T-COFFEE is free software; you can redistribute it and/or modify*/
 125 /*    it under the terms of the GNU General Public License as published by*/
 126 /*    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or*/
 127 /*    (at your option) any later version.*/
 128 /**/
 129 /*    T-COFFEE is distributed in the hope that it will be useful,*/
 130 /*    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of*/
 131 /*    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the*/
 132 /*    GNU General Public License for more details.*/
 133 /**/
 134 /*    You should have received a copy of the GNU General Public License*/
 135 /*    along with Foobar; if not, write to the Free Software*/
 136 /*    Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA*/
 137 /*...............................................                                                                                      |*/
 138 /*  If you need some more information*/
 139 /*  cedric.notredame@europe.com*/
 140 /*...............................................                                                                                                                                     |*/
 141 /**/
 142 /**/
 143 /*      */
 144 /******************************COPYRIGHT NOTICE*******************************/