Fix core WST file
[jabaws.git] / binaries / src / tcoffee / t_coffee_source / matrices.h
1
2 char *amino_acid_order = "ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ";
3
4 //Jones Taylor Thornton, tm matrix, 
5 //H JOND940101
6 //D The 250 PAM transmembrane protein exchange matrix (Jones et al., 1994)
7 //R LIT:2006072 PMID:8112466
8 //A Jones, D.T., Taylor, W.R. and Thornton, J.M.
9 //T A mutation data matrix for transmembrane proteins
10 //J FEBS Lett. 339, 269-275 (1994)
11 int jtttm250mt[]={
12   2,
13   0,   0,
14   0,   0,   6,
15   0,   0,  -3,  12,
16   0,   0,  -3,   8,  13,
17  -2,   0,   1,  -6,  -6,   5,
18   1,   0,  -1,   3,   3,  -4,   6,
19  -3,   0,  -1,   3,   2,  -3,  -3,  11,
20   0,   0,  -1,  -3,  -4,  -1,  -2,  -4,   2,
21  -2,   0,  -3,   3,   1,  -5,  -1,   4,  -4,  12,
22  -2,   0,  -1,  -5,  -5,   1,  -4,  -4,   1,  -4,   3,
23  -1,   0,  -1,  -3,  -3,   0,  -3,  -3,   1,  -1,   1,   3,
24  -1,   0,  -1,   6,   1,  -4,  -2,   3,  -3,   5,  -4,  -2,  11,
25   0,   0,  -4,  -2,  -3,  -4,  -2,  -4,  -3,  -4,  -1,  -3,  -2,  11,
26  -2,   0,  -3,   2,   7,  -4,  -1,   7,  -4,   6,  -2,  -2,   3,   0,  11,
27  -1,   0,  -1,   1,   2,  -4,   0,   5,  -3,   9,  -3,   0,   2,  -3,   6,   7,
28   2,   0,   1,   0,   0,  -1,   1,  -2,  -1,  -1,  -2,  -2,   2,  -1,  -1,  -1,   3,
29   1,   0,   0,   0,  -1,  -2,   0,  -2,   0,  -2,  -1,   0,   1,  -1,  -2,  -1,   2,   3,
30   0,   0,   0,  -3,  -2,  -1,  -1,  -4,   2,  -4,   0,   1,  -3,  -3,  -4,  -2,  -1,   0,   2,
31  -4,   0,   1,  -4,  -3,  -3,  -2,  -1,  -3,   3,  -2,  -2,  -3,  -6,   0,   5,  -3,  -4,  -2,  12,
32   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
33  -3,   0,   3,  -2,  -5,   2,  -5,   6,  -4,   1,  -3,  -3,  -1,  -5,   0,  -1,   0,  -3,  -4,  -2,   0,  10,
34   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0};
35
36
37 int blosum30mt[]={
38   4,
39   0,  5,
40  -3, -2, 17,
41   0,  5, -3,  9,
42   0,  0,  1,  1,  6,
43  -2, -3, -3, -5, -4, 10,
44   0,  0, -4, -1, -2, -3,  8,
45  -2, -2, -5, -2,  0, -3, -3, 14,
46   0, -2, -2, -4, -3,  0, -1, -2,  6,
47   0,  0, -3,  0,  2, -1, -1, -2, -2,  4,
48  -1, -1,  0, -1, -1,  2, -2, -1,  2, -2,  4,
49   1, -2, -2, -3, -1, -2, -2,  2,  1,  2,  2,  6,
50   0,  4, -1,  1, -1, -1,  0, -1,  0,  0, -2,  0,  8,
51  -1, -2, -3, -1,  1, -4, -1,  1, -3,  1, -3, -4, -3, 11,
52   1, -1, -2, -1,  2, -3, -2,  0, -2,  0, -2, -1, -1,  0,  8,
53  -1, -2, -2, -1, -1, -1, -2, -1, -3,  1, -2,  0, -2, -1,  3,  8,
54   1,  0, -2,  0,  0, -1,  0, -1, -1,  0, -2, -2,  0, -1, -1, -1,  4,
55   1,  0, -2, -1, -2, -2, -2, -2,  0, -1,  0,  0,  1,  0,  0, -3,  2,  5,
56   1, -2, -2, -2, -3,  1, -3, -3,  4, -2,  1,  0, -2, -4, -3, -1, -1,  1,  5,
57  -5, -5, -2, -4, -1,  1,  1, -5, -3, -2, -2, -3, -7, -3, -1,  0, -3, -5, -3, 20,
58   0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1,  0,  0,  0,  0,  0, -1,  0, -1,  0,  0,  0, -2, -1,
59  -4, -3, -6, -1, -2,  3, -3,  0, -1, -1,  3, -1, -4, -2, -1,  0, -2, -1,  1,  5, -1,  9,
60   0,  0,  0,  0,  5, -4, -2,  0, -3,  1, -1, -1, -1,  0,  4,  0, -1, -1, -3, -1,  0, -2,  4};
61
62 int blosum40mt[]={
63   5,
64  -1,  5,
65  -2, -2, 16,
66  -1,  6, -2,  9,
67  -1,  1, -2,  2,  7,
68  -3, -3, -2, -4, -3,  9,
69   1, -1, -3, -2, -3, -3,  8,
70  -2,  0, -4,  0,  0, -2, -2, 13,
71  -1, -3, -4, -4, -4,  1, -4, -3,  6,
72  -1,  0, -3,  0,  1, -3, -2, -1, -3,  6,
73  -2, -3, -2, -3, -2,  2, -4, -2,  2, -2,  6,
74  -1, -3, -3, -3, -2,  0, -2,  1,  1, -1,  3,  7,
75  -1,  4, -2,  2, -1, -3,  0,  1, -2,  0, -3, -2,  8,
76  -2, -2, -5, -2,  0, -4, -1, -2, -2, -1, -4, -2, -2, 11,
77   0,  0, -4, -1,  2, -4, -2,  0, -3,  1, -2, -1,  1, -2,  8,
78  -2, -1, -3, -1, -1, -2, -3,  0, -3,  3, -2, -1,  0, -3,  2,  9,
79   1,  0, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  1, -1,  5,
80   0,  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1,  0, -1, -1,  0,  0, -1, -2,  2,  6,
81   0, -3, -2, -3, -3,  0, -4, -4,  4, -2,  2,  1, -3, -3, -3, -2, -1,  1,  5,
82  -3, -4, -6, -5, -2,  1, -2, -5, -3, -2, -1, -2, -4, -4, -1, -2, -5, -4, -3, 19,
83   0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -2, -1, -1,  0,  0, -1, -2, -1,
84  -2, -3, -4, -3, -2,  4, -3,  2,  0, -1,  0,  1, -2, -3, -1, -1, -2, -1, -1,  3, -1,  9,
85  -1,  2, -3,  1,  5, -4, -2,  0, -4,  1, -2, -2,  0, -1,  4,  0,  0, -1, -3, -2, -1, -2,  5};
86
87 int blosum45mt[]={
88   5,
89  -1,  4,
90  -1, -2, 12,
91  -2,  5, -3,  7,
92  -1,  1, -3,  2,  6,
93  -2, -3, -2, -4, -3,  8,
94   0, -1, -3, -1, -2, -3,  7,
95  -2,  0, -3,  0,  0, -2, -2, 10,
96  -1, -3, -3, -4, -3,  0, -4, -3,  5,
97  -1,  0, -3,  0,  1, -3, -2, -1, -3,  5,
98  -1, -3, -2, -3, -2,  1, -3, -2,  2, -3,  5,
99  -1, -2, -2, -3, -2,  0, -2,  0,  2, -1,  2,  6,
100  -1,  4, -2,  2,  0, -2,  0,  1, -2,  0, -3, -2,  6,
101  -1, -2, -4, -1,  0, -3, -2, -2, -2, -1, -3, -2, -2,  9,
102  -1,  0, -3,  0,  2, -4, -2,  1, -2,  1, -2,  0,  0, -1,  6,
103  -2, -1, -3, -1,  0, -2, -2,  0, -3,  3, -2, -1,  0, -2,  1,  7,
104   1,  0, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2, -1, -3, -2,  1, -1,  0, -1,  4,
105   0,  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  2,  5,
106   0, -3, -1, -3, -3,  0, -3, -3,  3, -2,  1,  1, -3, -3, -3, -2, -1,  0,  5,
107  -2, -4, -5, -4, -3,  1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -4, -3, -2, -2, -4, -3, -3, 15,  
108   0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,  0,  0, -1, -2, -1,
109  -2, -2, -3, -2, -2,  3, -3,  2,  0, -1,  0,  0, -2, -3, -1, -1, -2, -1, -1,  3, -1,  8,
110  -1,  2, -3,  1,  4, -3, -2,  0, -3,  1, -2, -1,  0, -1,  4,  0,  0, -1, -3, -2, -1, -2,  4};
111
112 int blosum50mt[] = {
113    5,
114   -2,   5,
115   -1,  -3,  13,
116   -2,   5,  -4,   8,
117   -1,   1,  -3,   2,   6,
118   -3,  -4,  -2,  -5,  -3,   8,
119    0,  -1,  -3,  -1,  -3,  -4,   8,
120   -2,   0,  -3,  -1,   0,  -1,  -2,  10,
121   -1,  -4,  -2,  -4,  -4,   0,  -4,  -4,   5,
122   -1,   0,  -3,  -1,   1,  -4,  -2,   0,  -3,   6,
123   -2,  -4,  -2,  -4,  -3,   1,  -4,  -3,   2,  -3,   5,
124   -1,  -3,  -2,  -4,  -2,   0,  -3,  -1,   2,  -2,   3,   7,
125   -1,   4,  -2,   2,   0,  -4,   0,   1,  -3,   0,  -4,  -2,   7,
126   -1,  -2,  -4,  -1,  -1,  -4,  -2,  -2,  -3,  -1,  -4,  -3,  -2,  10,
127   -1,   0,  -3,   0,   2,  -4,  -2,   1,  -3,   2,  -2,   0,   0,  -1,   7,
128   -2,  -1,  -4,  -2,   0,  -3,  -3,   0,  -4,   3,  -3,  -2,  -1,  -3,   1,   7,
129    1,   0,  -1,   0,  -1,  -3,   0,  -1,  -3,   0,  -3,  -2,   1,  -1,   0,  -1,   5,
130    0,   0,  -1,  -1,  -1,  -2,  -2,  -2,  -1,  -1,  -1,  -1,   0,  -1,  -1,  -1,   2,   5,
131    0,  -4,  -1,  -4,  -3,  -1,  -4,  -4,   4,  -3,   1,   1,  -3,  -3,  -3,  -3,  -2,   0,   5,
132   -3,  -5,  -5,  -5,  -3,   1,  -3,  -3,  -3,  -3,  -2,  -1,  -4,  -4,  -1,  -3,  -4,  -3,  -3,  15,
133   -1,  -1,  -2,  -1,  -1,  -2,  -2,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,  -2,  -1,  -1,  -1,   0,  -1,  -3,  -1,
134   -2,  -3,  -3,  -3,  -2,   4,  -3,   2,  -1,  -2,  -1,   0,  -2,  -3,  -1,  -1,  -2,  -2,  -1,   2,  -1,   8,
135   -1,   2,  -3,   1,   5,  -4,  -2,   0,  -3,   1,  -3,  -1,   0,  -1,   4,   0,   0,  -1,  -3,  -2,  -1,  -2,   5};
136
137
138 int blosum55mt[]={
139   5,
140  -2,  5,
141   0, -4, 13,
142  -2,  5, -4,  8,
143  -1,  1, -4,  2,  7,
144  -3, -5, -3, -5, -4,  9,
145   0, -1, -3, -2, -3, -4,  8,
146  -2,  0, -4, -1, -1, -1, -2, 11,
147  -2, -4, -2, -4, -4,  0, -5, -4,  6,
148  -1,  0, -4, -1,  1, -4, -2,  0, -4,  6,
149  -2, -4, -2, -5, -4,  1, -5, -3,  2, -3,  6,
150  -1, -3, -2, -4, -3,  0, -3, -2,  2, -2,  3,  8,
151  -2,  4, -3,  2,  0, -4,  0,  1, -4,  0, -4, -3,  8,
152  -1, -2, -3, -2, -1, -5, -3, -3, -3, -1, -4, -3, -2, 10,
153  -1,  0, -4,  0,  2, -4, -2,  1, -4,  2, -3,  0,  0, -1,  7,
154  -2, -1, -4, -2,  0, -3, -3,  0, -4,  3, -3, -2, -1, -3,  1,  8,
155   2,  0, -1,  0,  0, -3,  0, -1, -3,  0, -3, -2,  1, -1,  0, -1,  5,
156   0, -1, -1, -1, -1, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -1,  0, -1, -1, -1,  2,  6,
157   0, -4, -1, -4, -3, -1, -4, -4,  4, -3,  1,  1, -4, -3, -3, -3, -2,  0,  5,
158  -4, -5, -4, -5, -3,  2, -3, -3, -3, -4, -3, -2, -5, -5, -2, -3, -4, -3, -4, 15,
159  -1, -1, -2, -2, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -3, -1,
160  -2, -3, -3, -3, -2,  4, -4,  2, -1, -2, -1, -1, -2, -4, -1, -2, -2, -2, -2,  3, -1,  9,
161  -1,  2, -4,  1,  5, -4, -3,  0, -4,  1, -3, -2,  0, -1,  4,  0,  0, -1, -3, -3, -1, -2,  5};
162
163 int blosum62mt[]={
164   4,
165  -2,  4,
166   0, -3,  9,
167  -2,  4, -3,  6,
168  -1,  1, -4,  2,  5,
169  -2, -3, -2, -3, -3,  6,
170   0, -1, -3, -1, -2, -3,  6,
171  -2,  0, -3, -1,  0, -1, -2,  8,
172  -1, -3, -1, -3, -3,  0, -4, -3,  4,
173  -1,  0, -3, -1,  1, -3, -2, -1, -3,  5,
174  -1, -4, -1, -4, -3,  0, -4, -3,  2, -2,  4,
175  -1, -3, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  2,  5,
176  -2,  3, -3,  1,  0, -3,  0,  1, -3,  0, -3, -2,  6,
177  -1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -3, -2, -2,  7,
178  -1,  0, -3,  0,  2, -3, -2,  0, -3,  1, -2,  0,  0, -1,  5,
179  -1, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  0, -3,  2, -2, -1,  0, -2,  1,  5,
180   1,  0, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2,  0, -2, -1,  1, -1,  0, -1,  4,
181   0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  1,  5,
182   0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3,  3, -2,  1,  1, -3, -2, -2, -3, -2,  0,  4,
183  -3, -4, -2, -4, -3,  1, -2, -2, -3, -3, -2, -1, -4, -4, -2, -3, -3, -2, -3, 11,
184   0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1,  0,  0, -1, -2, -1,
185  -2, -3, -2, -3, -2,  3, -3,  2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -2, -1,  2, -1,  7,
186  -1,  1, -3,  1,  4, -3, -2,  0, -3,  1, -3, -1,  0, -1,  3,  0,  0, -1, -2, -3, -1, -2,  4};
187
188 int blosum62mt3[]={
189   0,
190  -2,  0,
191   0, -3,  0,
192  -2,  4, -3,  0,
193  -1,  1, -4,  2,  0,
194  -2, -3, -2, -3, -3,  0,
195   0, -1, -3, -1, -2, -3,  0,
196  -2,  0, -3, -1,  0, -1, -2,  0,
197  -1, -3, -1, -3, -3,  0, -4, -3,  0,
198  -1,  0, -3, -1,  1, -3, -2, -1, -3,  0,
199  -1, -4, -1, -4, -3,  0, -4, -3,  2, -2,  0,
200  -1, -3, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  2,  0,
201  -2,  3, -3,  1,  0, -3,  0,  1, -3,  0, -3, -2,  0,
202  -1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -3, -2, -2,  0,
203  -1,  0, -3,  0,  2, -3, -2,  0, -3,  1, -2,  0,  0, -1,  0,
204  -1, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  0, -3,  2, -2, -1,  0, -2,  1,  0,
205   1,  0, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2,  0, -2, -1,  1, -1,  0, -1,  0,
206   0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  1,  0,
207   0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3,  3, -2,  1,  1, -3, -2, -2, -3, -2,  0,  0,
208  -3, -4, -2, -4, -3,  1, -2, -2, -3, -3, -2, -1, -4, -4, -2, -3, -3, -2, -3, 0,
209   0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1,  0,  0, -1, -2, 0,
210  -2, -3, -2, -3, -2,  3, -3,  2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -2, -1,  2, -1,  0,
211  -1,  1, -3,  1,  4, -3, -2,  0, -3,  1, -3, -1,  0, -1,  3,  0,  0, -1, -2, -3, -1, -2,  0};
212
213 int blosum62mt2[]={
214   0,
215  -2,  4,
216   0, -3,  0,
217  -2,  4, -3,  2,
218  -1,  1, -4,  2,  2,
219  -2, -3, -2, -3, -3,  3,
220   0, -1, -3, -1, -2, -3,  0,
221  -2,  0, -3, -1,  0, -1, -2,  2,
222  -1, -3, -1, -3, -3,  0, -4, -3,  2,
223  -1,  0, -3, -1,  1, -3, -2, -1, -3,  2,
224  -1, -4, -1, -4, -3,  0, -4, -3,  2, -2,  1,
225  -1, -3, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  2,  0,
226  -2,  3, -3,  1,  0, -3,  0,  1, -3,  0, -3, -2,  0,
227  -1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -3, -2, -2,  0,
228  -1,  0, -3,  0,  2, -3, -2,  0, -3,  1, -2,  0,  0, -1,  2,
229  -1, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  0, -3,  2, -2, -1,  0, -2,  1,  0,
230   1,  0, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2,  0, -2, -1,  1, -1,  0, -1,  1,
231   0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  1,  1,
232   0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3,  3, -2,  1,  1, -3, -2, -2, -3, -2,  0,  1,
233  -3, -4, -2, -4, -3,  1, -2, -2, -3, -3, -2, -1, -4, -4, -2, -3, -3, -2, -3, 1,
234   0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1,  0,  0, -1, -2, -1,
235  -2, -3, -2, -3, -2,  3, -3,  2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -2, -1,  2, -1,  3,
236  -1,  1, -3,  1,  4, -3, -2,  0, -3,  1, -3, -1,  0, -1,  3,  0,  0, -1, -2, -3, -1, -2,  4};
237  
238
239 int blosum80mt[]={
240   7,
241  -3,  6,
242  -1, -6, 13,
243  -3,  6, -7, 10,
244  -2,  1, -7,  2,  8,
245  -4, -6, -4, -6, -6, 10,
246   0, -2, -6, -3, -4, -6,  9,
247  -3, -1, -7, -2,  0, -2, -4, 12,
248  -3, -6, -2, -7, -6, -1, -7, -6,  7,
249  -1, -1, -6, -2,  1, -5, -3, -1, -5,  8,
250  -3, -7, -3, -7, -6,  0, -7, -5,  2, -4,  6,
251  -2, -5, -3, -6, -4,  0, -5, -4,  2, -3,  3,  9,
252  -3,  5, -5,  2, -1, -6, -1,  1, -6,  0, -6, -4,  9,
253  -1, -4, -6, -3, -2, -6, -5, -4, -5, -2, -5, -4, -4, 12,
254  -2, -1, -5, -1,  3, -5, -4,  1, -5,  2, -4, -1,  0, -3,  9,
255  -3, -2, -6, -3, -1, -5, -4,  0, -5,  3, -4, -3, -1, -3,  1,  9,
256   2,  0, -2, -1, -1, -4, -1, -2, -4, -1, -4, -3,  1, -2, -1, -2,  7,
257   0, -1, -2, -2, -2, -4, -3, -3, -2, -1, -3, -1,  0, -3, -1, -2,  2,  8,
258  -1, -6, -2, -6, -4, -2, -6, -5,  4, -4,  1,  1, -5, -4, -4, -4, -3,  0,  7,
259  -5, -8, -5, -8, -6,  0, -6, -4, -5, -6, -4, -3, -7, -7, -4, -5, -6, -5, -5, 16,
260  -1, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -5, -2,
261  -4, -5, -5, -6, -5,  4, -6,  3, -3, -4, -2, -3, -4, -6, -3, -4, -3, -3, -3,  3, -3, 11,
262  -2,  0, -7,  1,  6, -6, -4,  0, -6,  1, -5, -3, -1, -2,  5,  0, -1, -2, -4, -5, -1, -4,  6};
263
264 int pam120mt[]={
265   3,
266   0,  4,
267  -3, -6,  9,
268   0,  4, -7,  5,
269   0,  3, -7,  3,  5,
270  -4, -5, -6, -7, -7,  8,
271   1,  0, -4,  0, -1, -5,  5,
272  -3,  1, -4,  0, -1, -3, -4,  7,
273  -1, -3, -3, -3, -3,  0, -4, -4,  6,
274  -2,  0, -7, -1, -1, -7, -3, -2, -3,  5,
275  -3, -4, -7, -5, -4,  0, -5, -3,  1, -4,  5,
276  -2, -4, -6, -4, -3, -1, -4, -4,  1,  0,  3,  8,
277  -1,  3, -5,  2,  1, -4,  0,  2, -2,  1, -4, -3,  4,
278   1, -2, -4, -3, -2, -5, -2, -1, -3, -2, -3, -3, -2,  6,
279  -1,  0, -7,  1,  2, -6, -3,  3, -3,  0, -2, -1,  0,  0,  6,
280  -3, -2, -4, -3, -3, -5, -4,  1, -2,  2, -4, -1, -1, -1,  1,  6,
281   1,  0,  0,  0, -1, -3,  1, -2, -2, -1, -4, -2,  1,  1, -2, -1,  3,
282   1,  0, -3, -1, -2, -4, -1, -3,  0, -1, -3, -1,  0, -1, -2, -2,  2,  4,
283   0, -3, -3, -3, -3, -3, -2, -3,  3, -4,  1,  1, -3, -2, -3, -3, -2,  0,  5,
284  -7, -6, -8, -8, -8, -1, -8, -3, -6, -5, -3, -6, -4, -7, -6,  1, -2, -6, -8, 12,
285  -1, -1, -4, -2, -1, -3, -2, -2, -1, -2, -2, -2, -1, -2, -1, -2, -1, -1, -1, -5, -2,
286  -4, -3, -1, -5, -5,  4, -6, -1, -2, -5, -2, -4, -2, -6, -5, -5, -3, -3, -3, -2, -3,  8,
287  -1,  2, -7,  3,  4, -6, -2,  1, -3, -1, -3, -2,  0, -1,  4, -1, -1, -2, -3, -7, -1, -5,  4};
288
289 int pam160mt[]={
290   2,
291   0,  3,
292  -2, -4,  9,
293   0,  3, -5,  4,
294   0,  2, -5,  3,  4,
295  -3, -4, -5, -6, -5,  7,
296   1,  0, -3,  0,  0, -4,  4,
297  -2,  1, -3,  0,  0, -2, -3,  6,
298  -1, -2, -2, -3, -2,  0, -3, -3,  5,
299  -2,  0, -5,  0, -1, -5, -2, -1, -2,  4,
300  -2, -4, -6, -4, -3,  1, -4, -2,  2, -3,  5,
301  -1, -3, -5, -3, -2,  0, -3, -3,  2,  0,  3,  7,
302   0,  2, -4,  2,  1, -3,  0,  2, -2,  1, -3, -2,  3,
303   1, -1, -3, -2, -1, -4, -1, -1, -2, -2, -3, -2, -1,  5,
304  -1,  1, -5,  1,  2, -5, -2,  2, -2,  0, -2, -1,  0,  0,  5,
305  -2, -1, -3, -2, -2, -4, -3,  1, -2,  3, -3, -1, -1, -1,  1,  6,
306   1,  0,  0,  0,  0, -3,  1, -1, -2, -1, -3, -2,  1,  1, -1, -1,  2,
307   1,  0, -2, -1, -1, -3, -1, -2,  0,  0, -2, -1,  0,  0, -1, -1,  1,  3,
308   0, -2, -2, -3, -2, -2, -2, -2,  3, -3,  1,  1, -2, -2, -2, -3, -1,  0,  4,
309  -5, -5, -7, -6, -7, -1, -7, -3, -5, -4, -2, -4, -4, -5, -5,  1, -2, -5, -6, 12,
310   0, -1, -3, -1, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -2, -1,  0, -1, -1, -1,  0,  0, -1, -4, -1,
311  -3, -3,  0, -4, -4,  5, -5,  0, -2, -4, -2, -3, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -3, -1, -3,  8,
312   0,  2, -5,  2,  3, -5, -1,  1, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  3,  0, -1, -1, -2, -6, -1, -4,  3};
313
314 int pam250mt[]={
315   2,
316   0,  3,
317  -2, -4, 12,
318   0,  3, -5,  4,
319   0,  3, -5,  3,  4,
320  -3, -4, -4, -6, -5,  9,
321   1,  0, -3,  1,  0, -5,  5,
322  -1,  1, -3,  1,  1, -2, -2,  6,
323  -1, -2, -2, -2, -2,  1, -3, -2,  5,
324  -1,  1, -5,  0,  0, -5, -2,  0, -2,  5,
325  -2, -3, -6, -4, -3,  2, -4, -2,  2, -3,  6,
326  -1, -2, -5, -3, -2,  0, -3, -2,  2,  0,  4,  6,
327   0,  2, -4,  2,  1, -3,  0,  2, -2,  1, -3, -2,  2,
328   1, -1, -3, -1, -1, -5,  0,  0, -2, -1, -3, -2,  0,  6,
329   0,  1, -5,  2,  2, -5, -1,  3, -2,  1, -2, -1,  1,  0,  4,
330  -2, -1, -4, -1, -1, -4, -3,  2, -2,  3, -3,  0,  0,  0,  1,  6,
331   1,  0,  0,  0,  0, -3,  1, -1, -1,  0, -3, -2,  1,  1, -1,  0,  2,
332   1,  0, -2,  0,  0, -3,  0, -1,  0,  0, -2, -1,  0,  0, -1, -1,  1,  3,
333   0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2,  4, -2,  2,  2, -2, -1, -2, -2, -1,  0,  4,
334  -6, -5, -8, -7, -7,  0, -7, -3, -5, -3, -2, -4, -4, -6, -5,  2, -2, -5, -6, 17,
335   0, -1, -3, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  0,  0, -1, -4, -1,
336  -3, -3,  0, -4, -4,  7, -5,  0, -1, -4, -1, -2, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -2,  0, -2, 10,
337   0,  2, -5,  3,  3, -5,  0,  2, -2,  0, -3, -2,  1,  0,  3,  0,  0, -1, -2, -6, -1, -4,  3};
338
339 int pam350mt[]={
340   2,
341   1,  3,
342  -2, -5, 18,
343   1,  3, -6,  4,
344   1,  3, -6,  4,  4,
345  -4, -5, -5, -6, -6, 13,
346   2,  1, -4,  1,  1, -6,  5,
347  -1,  1, -4,  1,  1, -2, -2,  7,
348   0, -2, -3, -2, -2,  2, -2, -2,  5,
349  -1,  1, -6,  1,  0, -6, -1,  1, -2,  5,
350  -2, -4, -7, -4, -4,  3, -4, -2,  4, -3,  8,
351  -1, -2, -6, -3, -2,  1, -3, -2,  3,  0,  5,  6,
352   0,  2, -4,  2,  2, -4,  1,  2, -2,  1, -3, -2,  2,
353   1,  0, -3,  0,  0, -5,  0,  0, -2, -1, -3, -2,  0,  6,
354   0,  2, -6,  2,  3, -5, -1,  3, -2,  1, -2, -1,  1,  1,  4,
355  -1,  0, -4, -1,  0, -5, -2,  2, -2,  4, -3,  0,  1,  0,  2,  7,
356   1,  1,  0,  1,  0, -4,  1, -1, -1,  0, -3, -2,  1,  1,  0,  0,  1,
357   1,  0, -2,  0,  0, -3,  1, -1,  0,  0, -2, -1,  1,  1,  0, -1,  1,  2,
358   0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2,  4, -2,  3,  2, -2, -1, -2, -3, -1,  0,  5,
359  -7, -6,-10, -8, -8,  1, -8, -3, -6, -4, -2, -5, -5, -7, -5,  4, -3, -6, -7, 27,
360   0,  0, -3, -1,  0, -2, -1,  0,  0, -1, -1,  0,  0,  0,  0, -1,  0,  0,  0, -5, -1,
361  -4, -4,  1, -5, -5, 11, -6,  0,  0, -5,  0, -2, -3, -6, -5, -5, -3, -3, -2,  1, -2, 14,
362   0,  2, -6,  3,  3, -6,  0,  2, -2,  1, -3, -2,  2,  0,  3,  1,  0,  0, -2, -7,  0, -5,  3};
363
364 int md_40mt[]={
365   9,
366   0,  0,
367  -7,  0, 16,
368  -6,  0,-13, 11,
369  -5,  0,-15,  3, 11,
370 -11,  0, -5,-15,-16, 13,
371  -3,  0, -7, -4, -4,-15, 10,
372  -9,  0, -6, -4, -8, -7,-10, 14,
373  -6,  0,-11,-12,-12, -5,-13,-11, 11,
374  -8,  0,-12, -8, -3,-16, -9, -6,-11, 11,
375  -9,  0,-10,-14,-13, -1,-14, -7, -1,-12,  9,
376  -6,  0, -9,-12,-11, -7,-12, -9,  1, -7,  1, 14,
377  -6,  0, -8,  1, -5,-12, -5,  0, -8, -1,-12, -9, 12,
378  -2,  0,-11,-11,-11,-11, -9, -4,-11,-10, -5,-10, -9, 12,
379  -7,  0,-12, -6,  0,-14, -9,  2,-12, -1, -6, -8, -5, -3, 12,
380  -7,  0, -5,-10, -8,-15, -4,  0,-10,  3, -9, -8, -6, -6,  0, 11,
381   0,  0, -2, -6, -8, -6, -2, -6, -8, -7, -7, -8,  1, -1, -7, -5,  9,
382   1,  0, -7, -8, -8,-11, -7, -7, -2, -5, -9, -2, -2, -4, -7, -6,  1, 10,
383  -1,  0, -7, -9, -8, -6, -8,-12,  4,-12, -2,  0,-10, -9,-11,-11, -7, -4, 10,
384 -14,  0, -4,-15,-15, -7, -7,-13,-13,-13, -8,-11,-14,-14,-11, -4, -9,-12,-10, 18,
385   0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
386 -13,  0, -2, -8,-14,  2,-13,  2, -9,-13, -9,-11, -6,-13, -9,-10, -7,-10,-11, -6,  0, 14,
387   0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0};
388
389 int md_120mt[]={
390   6,
391   0,  0,
392  -3,  0, 14,
393  -2,  0, -7,  8,
394  -2,  0, -8,  5,  8,
395  -6,  0, -2, -9,-10, 11,
396   0,  0, -3,  0, -1, -9,  8,
397  -4,  0, -2, -1, -3, -2, -4, 11,
398  -1,  0, -5, -7, -7, -1, -6, -6,  7,
399  -4,  0, -6, -2,  0, -9, -4, -1, -6,  8,
400  -4,  0, -5, -8, -8,  2, -8, -4,  2, -6,  7,
401  -2,  0, -5, -7, -6, -2, -6, -5,  3, -4,  3, 10,
402  -1,  0, -3,  3, -1, -6, -1,  2, -4,  1, -6, -5,  8,
403   0,  0, -5, -5, -5, -5, -4, -1, -5, -4, -2, -5, -3,  9,
404  -3,  0, -6, -1,  2, -7, -4,  4, -6,  2, -3, -4, -1,  0,  9,
405  -3,  0, -2, -4, -3, -8, -1,  2, -6,  4, -5, -4, -2, -2,  2,  8,
406   2,  0,  0, -2, -3, -3,  0, -2, -3, -3, -3, -3,  2,  1, -3, -2,  5,
407   2,  0, -3, -3, -4, -6, -2, -3,  0, -2, -4,  0,  1,  0, -3, -3,  2,  6,
408   1,  0, -3, -5, -5, -2, -4, -6,  5, -6,  1,  2, -5, -4, -6, -6, -3,  0,  7,
409  -8,  0,  0, -9, -9, -3, -3, -6, -7, -6, -4, -6, -8, -8, -6, -1, -5, -7, -6, 17,
410   0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
411  -7,  0,  2, -4, -7,  5, -8,  4, -5, -7, -4, -6, -2, -7, -4, -5, -3, -6, -6, -2,  0, 12,
412   0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0};
413
414 int md_250mt[]={
415   2,
416   0,  0,
417  -1,  0, 11,
418  -1,  0, -3,  5,
419  -1,  0, -4,  4,  5,
420  -3,  0,  0, -5, -5,  8,
421   1,  0, -1,  1,  1, -5,  5,
422  -2,  0,  0,  0,  0,  0, -2,  6,
423   0,  0, -2, -3, -3,  0, -3, -3,  4,
424  -1,  0, -3,  0,  1, -5, -1,  1, -3,  5,
425  -1,  0, -2, -4, -4,  2, -4, -2,  2, -3,  5,
426   0,  0, -2, -3, -3,  0, -3, -2,  3, -2,  3,  6,
427   0,  0, -1,  2,  1, -3,  0,  1, -2,  1, -3, -2,  3,
428   1,  0, -2, -2, -2, -2, -1,  0, -2, -1,  0, -2, -1,  6,
429  -1,  0, -3,  0,  2, -4, -1,  3, -3,  2, -2, -2,  0,  0,  5,
430  -1,  0, -1, -1,  0, -4,  0,  2, -3,  4, -3, -2,  0, -1,  2,  5,
431   1,  0,  1,  0, -1, -2,  1, -1, -1, -1, -2, -1,  1,  1, -1, -1,  2,
432   2,  0, -1, -1, -1, -2,  0, -1,  1, -1, -1,  0,  1,  1, -1, -1,  1,  2,
433   1,  0, -2, -3, -2,  0, -2, -3,  4, -3,  2,  2, -2, -1, -3, -3, -1,  0,  4,
434  -4,  0,  1, -5, -5, -1, -1, -3, -4, -3, -2, -3, -4, -4, -3,  0, -3, -4, -3, 15,
435   0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
436  -3,  0,  2, -2, -4,  5, -4,  4, -2, -3, -1, -3, -1, -3, -2, -2, -1, -3, -3,  0,  0,  9,
437   0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0};
438
439 int md_350mt[]={
440   1,
441   0,  0,
442   0,  0,  9,
443   0,  0, -2,  3,
444   0,  0, -2,  3,  3,
445  -2,  0,  1, -3, -4,  6,
446   1,  0,  0,  1,  1, -3,  4,
447  -1,  0,  0,  0,  0,  0, -1,  3,
448   0,  0, -1, -2, -2,  1, -2, -2,  3,
449  -1,  0, -1,  0,  1, -3,  0,  1, -2,  3,
450  -1,  0, -1, -3, -3,  2, -2, -1,  2, -2,  3,
451   0,  0, -1, -2, -2,  1, -2, -1,  2, -2,  2,  3,
452   0,  0, -1,  1,  1, -2,  0,  1, -1,  1, -2, -1,  2,
453   1,  0, -1, -1, -1, -2, -1,  0, -1, -1,  0, -1,  0,  4,
454  -1,  0, -2,  1,  1, -2,  0,  2, -2,  2, -1, -1,  0,  0,  3,
455  -1,  0,  0,  0,  0, -3,  0,  1, -2,  3, -2, -1,  0,  0,  2,  3,
456   1,  0,  0,  0,  0, -1,  1,  0, -1,  0, -1, -1,  1,  1,  0,  0,  1,
457   1,  0,  0,  0, -1, -1,  0, -1,  0,  0, -1,  0,  0,  1, -1,  0,  1,  1,
458   0,  0, -1, -2, -2,  0, -1, -2,  2, -2,  1,  2, -1, -1, -2, -2,  0,  0,  2,
459  -3,  0,  1, -4, -3,  0, -1, -2, -3, -2, -1, -2, -3, -3, -2,  0, -2, -3, -2, 14,
460   0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
461  -2,  0,  2, -2, -2,  5, -3,  3, -1, -2,  0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -2, -2,  0,  0,  7,
462   0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0};
463
464 int idmat[]={
465 10,
466  0, 10,
467  0, 0, 10,
468  0, 0, 0, 10,
469  0, 0, 0, 0, 10,
470  0, 0, 0, 0, 0, 10,
471  0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
472  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
473  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
474  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
475  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
476  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
477  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
478  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
479  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
480  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
481  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
482  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
483  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10,
484  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10,
485  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10,
486  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10,
487  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10};
488
489 int dna_idmat[]={
490 10,
491  -1, 10,
492  -1, -1, 10,
493  -1, -1, -1, 10,
494  -1, -1, -1, -1, 10,
495  -1, -1, -1, -1, -1, 10,
496  -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
497  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
498  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
499  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
500  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
501  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
502  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
503  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
504  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
505  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
506  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
507  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
508  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,10,
509  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,10,
510  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,10,
511  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,10,
512  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,10};
513
514 int est_idmat[]={
515 10,
516  -10, 10,
517  -10, -10, 10,
518  -10, -10, -10, 10,
519  -10, -10, -10, -10, 10,
520  -10, -10, -10, -10, -10, 10,
521  -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
522  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
523  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
524  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
525  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
526  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
527  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
528  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
529  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
530  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
531  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
532  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
533  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10,10,
534  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10,10,
535  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10,10,
536  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10,10,
537  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10,10};
538
539 /*These are the three structure specific matrices descibed by Luthy, R., McLachlan, A.D. and Eisenberg, D.
540   in  Proteins 10, 229-239 (1991), taken from http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html
541   ID: coil :LUTR910107 
542   ID: alpha:LUTR910108
543   ID: beta :LUTR910109
544 */
545 int coil_mat []={
546  11, 
547   0,   0, 
548   3,   0, 108, 
549   2,   0,  -5,  27, 
550   2,   0,   7,  -9,  15, 
551 -15,   0,   3, -11,  -4,  83, 
552   1,   0,   4, -15,  -4,   2,  41, 
553   5,   0,   4, 108,  -6, -13,  -3,  55, 
554  27,   0, -11,   3,  -2, -14,   0,  -1,  49, 
555  -9,   0,   3,   4, -21,  -2,  -3,  -4,  -7,  38, 
556  -5,   0,  14,   7,  -5,   2,   2,  -6,  -3,   1,  48, 
557  -9,   0,   3,   4,  -6, -16, -23,  -9,  -7,  -1,   7,  52, 
558  28,   0,   1,   2,  27,   7,  -5,  -9,  -9, 108, -15,   3,  10, 
559 108,   0,   8,  14,  41,   0,  -2,  -4, -10,  -3,   1, -15,   4,  58, 
560  10,   0,   3,  -9,   3,  -4,   3,   3,   8,   6, -15,  15,   5,  -6,  14, 
561   1,   0,  10,   3,   1, 108,   5,  27,  -5,  -9,  -9, -15,   2,   3,   2,  28, 
562   3,   0, -15,   3,  -3,  -8, -12,  -5,  -6,  -9, -19, -14,   4,   4,  -2,   7,  19, 
563   7,   0,   6,   3,   0,  -7,  55, -18,  -8,  -7,   6, -20, -11,   2,  -5,   4,   3,  31, 
564 -11,   0,  -6, -15, -23,  -6,  -4,  -3,  19, -15,  -6, -22,   3, -11,  -4,  14,  -1,  -7,  37, 
565   4,   0,  15,   3,   2,  -8,  -1, -12, -22,  -2,   5, -19,  14,   4, -21,   4,   0,  -9,  -1, 129, 
566   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 
567   4,   0,  -4,   8,  -3, -30,  -6,  49, -10,  -7, -12, -18,   3,   3,  -6, -11,   3,   2,   2,  -5,   0,  59, 
568   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0 };
569
570 int alpha_mat []={
571  23, 
572   0,   0, 
573   5,   0,  51, 
574   1,   0,   4,  28, 
575   0,   0,   5,   1,  23, 
576  -4,   0,   5,   1,   3,  88, 
577   3,   0,   5,  -4,   2,   4,  37, 
578   7,   0,   6,  51,   3,   5,  -6,  52, 
579  28,   0,   1,   1,   6, -21,   2,  -6,  38, 
580   1,   0,   0,   5,   4,  -2,   3,  -7, -10,  34, 
581   4,   0,  11,   5,   4,   3,   5,  -6, -19,  -6,  45, 
582   1,   0,   4,   6,   3, -23,  -5, -12, -14,  -4,   9,  40, 
583  19,   0,   3,   0,  28,   5,   4,   1,   1,  51,  -4,   1,  13, 
584  51,   0,  10,  11,  37,   1,   1,  -6,  -8,  -5,   2, -22,   5,  59, 
585  13,   0,   1,   1,   0,   2,   4,   5,  10,   7,  -5,  23,   7,   3,  11, 
586  -1,   0,  13,   5,   3,  51,   7,  28,   4,   1,   1,  -4,   1,   1,   0,  19, 
587   1,   0,  -5,   0,  -6,   2,  -1, -10, -14,  -9,  -6, -22,   6,   3,   6,   5,  17, 
588   5,   0,   7,   4,   2,   3,  52,  -8, -18,   3,   4, -24,   1,   4,   4,   5,   2,  14, 
589   1,   0,   3,  -5,  -5,   5,  -7, -19,   7,  -6,  -2, -28,   4,   7,   3,  11,   2, -38,  40, 
590   5,   0,  23,   5,   5,   5,  -6,  -9, -19,  -2,   3,  -4,  11,   5,   4,   6,   2, -43,  -8, 162, 
591   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 
592   6,   0,   2,  10,   3,  -2,  -6,  38, -14,  -7,  -1, -19,   0,   5,   3,   1,   4, -29,  -6, -19,   0,  97, 
593   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0 };
594
595 int beta_mat []={
596  23, 
597   0,   0, 
598   4,   0,  97, 
599   1,   0,  -5,  49, 
600  -1,   0,   9,  -5,  31, 
601 -16,   0,   8, -11,   6,  57, 
602   2,   0,   7, -16,  12,   8,  54, 
603  13,   0,   9,  97,   2, -30,  -4,  55, 
604  49,   0, -11,   0,   0, -22,   2,  -7,  28, 
605 -19,   0,   0,   7, -18,   2,  17, -12, -10,  34, 
606  -5,   0,  31,   9,   1,   7,  13,  -9,  -7,  -3,  34, 
607  -5,   0,   2,   9,   4,  -9, -12, -17, -13,   1,  14,  25, 
608  40,   0,   2,  -1,  49,   9,  -5, -19,  -5,  97, -16,   0,  15, 
609  97,   0,  17,  31,  54,   5,   5, -13, -34,  -2,   8, -11,   7,  78, 
610  15,   0,   0, -19,   0,  12,   2,   8,  17,  11, -21,  31,  13,   2,  31, 
611  -2,   0,  15,   4,   2,  97,  13,  49,  -5,  -5, -19, -16,   1,   0,  -1,  40, 
612   0,   0, -21,   0,  -4,  -6,  -5, -13, -12,  -5, -23,  -9,   9,   7,   0,   9,  26, 
613   9,   0,  11,   2,   2,   2,  55, -11, -14, -28,  12, -21, -11,   1,   1,   7,   4,  21, 
614 -11,   0,   2, -21, -12,  -2, -12,  -7,  13,   2,  -1, -13,   2, -10,   6,  31,   2, -22,  23, 
615   7,   0,  31,   8,  13,  -7,  -7, -15, -15,  -3,  10, -31,  31,   6, -18,   9,   6, -17,  -5, 133, 
616   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 
617   9,   0,  12,  17,  17, -12,  -9,  28, -13,  -3,   0, -12,   0,   8,   4, -11,   2,  -5,  -5,  -5,   0,  47, 
618   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0 };
619 /*EXPERIMENTAL MATRICES: Blosum Series*/
620 /*Blosum Series rescaled on blosum62mt, 
621 Lambda Blosum30mt=17
622 Lambda Blosum62mt=10
623 Lambda Blosum80mt=4.5
624 */
625
626 int rblosum30mt []={
627  52, 
628  33,  56, 
629  18,  23, 113, 
630  33,  56,  18,  75, 
631  33,  33,  37,  37,  61, 
632  23,  18,  18,   9,  14,  80, 
633  33,  33,  14,  28,  23,  18,  71, 
634  23,  23,   9,  23,  33,  18,  18,  99, 
635  33,  23,  23,  14,  18,  33,  28,  23,  61, 
636  33,  33,  18,  33,  42,  28,  28,  23,  23,  52, 
637  28,  28,  33,  28,  28,  42,  23,  28,  42,  23,  52, 
638  37,  23,  23,  18,  28,  23,  23,  42,  37,  42,  42,  61, 
639  33,  52,  28,  37,  28,  28,  33,  28,  33,  33,  23,  33,  71, 
640  28,  23,  18,  28,  37,  14,  28,  37,  18,  37,  18,  14,  18,  85, 
641  37,  28,  23,  28,  42,  18,  23,  33,  23,  33,  23,  28,  28,  33,  71, 
642  28,  23,  23,  28,  28,  28,  23,  28,  18,  37,  23,  33,  23,  28,  47,  71, 
643  37,  33,  23,  33,  33,  28,  33,  28,  28,  33,  23,  23,  33,  28,  28,  28,  52, 
644  37,  33,  23,  28,  23,  23,  23,  23,  33,  28,  33,  33,  37,  33,  33,  18,  42,  56, 
645  37,  23,  23,  23,  18,  37,  18,  18,  52,  23,  37,  33,  23,  14,  18,  28,  28,  37,  56, 
646   9,   9,  23,  14,  28,  37,  37,   9,  18,  23,  23,  18,   0,  18,  28,  33,  18,   9,  18, 128, 
647   0,  -1,  -2,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,   0,   0,   0,   0,   0,  -1,   0,  -1,   0,   0,   0,  -2,  -1, 
648  -4,  -3,  -6,  -1,  -2,   3,  -3,   0,  -1,  -1,   3,  -1,  -4,  -2,  -1,   0,  -2,  -1,   1,   5,  -1,   9, 
649   0,   0,   0,   0,   5,  -4,  -2,   0,  -3,   1,  -1,  -1,  -1,   0,   4,   0,  -1,  -1,  -3,  -1,   0,  -2,   4, 
650
651
652 };
653
654  
655
656 int rblosum62mt[]={
657  80, 
658  20,  80, 
659  40,  10, 130, 
660  20,  80,  10, 100, 
661  30,  50,   0,  60,  90, 
662  20,  10,  20,  10,  10, 100, 
663  40,  30,  10,  30,  20,  10, 100, 
664  20,  40,  10,  30,  40,  30,  20, 120, 
665  30,  10,  30,  10,  10,  40,   0,  10,  80, 
666  30,  40,  10,  30,  50,  10,  20,  30,  10,  90, 
667  30,   0,  30,   0,  10,  40,   0,  10,  60,  20,  80, 
668  30,  10,  30,  10,  20,  40,  10,  20,  50,  30,  60,  90, 
669  20,  70,  10,  50,  40,  10,  40,  50,  10,  40,  10,  20, 100, 
670  30,  20,  10,  30,  30,   0,  20,  20,  10,  30,  10,  20,  20, 110, 
671  30,  40,  10,  40,  60,  10,  20,  40,  10,  50,  20,  40,  40,  30,  90, 
672  30,  30,  10,  20,  40,  10,  20,  40,  10,  60,  20,  30,  40,  20,  50,  90, 
673  50,  40,  30,  40,  40,  20,  40,  30,  20,  40,  20,  30,  50,  30,  40,  30,  80, 
674  40,  30,  30,  30,  30,  20,  20,  20,  30,  30,  30,  30,  40,  30,  30,  30,  50,  90, 
675  40,  10,  30,  10,  20,  30,  10,  10,  70,  20,  50,  50,  10,  20,  20,  10,  20,  40,  80, 
676  10,   0,  20,   0,  10,  50,  20,  20,  10,  10,  20,  30,   0,   0,  20,  10,  10,  20,  10, 150, 
677   0,  -1,  -2,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,  -2,  -1,  -1,   0,   0,  -1,  -2,  -1, 
678  -2,  -3,  -2,  -3,  -2,   3,  -3,   2,  -1,  -2,  -1,  -1,  -2,  -3,  -1,  -2,  -2,  -2,  -1,   2,  -1,   7, 
679  -1,   1,  -3,   1,   4,  -3,  -2,   0,  -3,   1,  -3,  -1,   0,  -1,   3,   0,   0,  -1,  -2,  -3,  -1,  -2,   4, 
680
681  };
682 int rblosum80mt[]={
683 77, 
684  25,  72, 
685  36,  10, 108, 
686  25,  72,   5,  93, 
687  31,  46,   5,  51,  82, 
688  20,  10,  20,  10,  10,  93, 
689  41,  31,  10,  25,  20,  10,  87, 
690  25,  36,   5,  31,  41,  31,  20, 103, 
691  25,  10,  31,   5,  10,  36,   5,  10,  77, 
692  36,  36,  10,  31,  46,  15,  25,  36,  15,  82, 
693  25,   5,  25,   5,  10,  41,   5,  15,  51,  20,  72, 
694  31,  15,  25,  10,  20,  41,  15,  20,  51,  25,  56,  87, 
695  25,  67,  15,  51,  36,  10,  36,  46,  10,  41,  10,  20,  87, 
696  36,  20,  10,  25,  31,  10,  15,  20,  15,  31,  15,  20,  20, 103, 
697  31,  36,  15,  36,  56,  15,  20,  46,  15,  51,  20,  36,  41,  25,  87, 
698  25,  31,  10,  25,  36,  15,  20,  41,  15,  56,  20,  25,  36,  25,  46,  87, 
699  51,  41,  31,  36,  36,  20,  36,  31,  20,  36,  20,  25,  46,  31,  36,  31,  77, 
700  41,  36,  31,  31,  31,  20,  25,  25,  31,  36,  25,  36,  41,  25,  36,  31,  51,  82, 
701  36,  10,  31,  10,  20,  31,  10,  15,  62,  20,  46,  46,  15,  20,  20,  20,  25,  41,  77, 
702  15,   0,  15,   0,  10,  41,  10,  20,  15,  10,  20,  25,   5,   5,  20,  15,  10,  15,  15, 124, 
703  -1,  -3,  -4,  -3,  -2,  -3,  -3,  -2,  -2,  -2,  -2,  -2,  -2,  -3,  -2,  -2,  -1,  -1,  -2,  -5,  -2, 
704  -4,  -5,  -5,  -6,  -5,   4,  -6,   3,  -3,  -4,  -2,  -3,  -4,  -6,  -3,  -4,  -3,  -3,  -3,   3,  -3,  11, 
705  -2,   0,  -7,   1,   6,  -6,  -4,   0,  -6,   1,  -5,  -3,  -1,  -2,   5,   0,  -1,  -2,  -4,  -5,  -1,  -4,   6,   
706 };
707 int rpam120mt[]={
708  52, 
709  38,  57, 
710  24,   9,  81, 
711  38,  57,   4,  62, 
712  38,  52,   4,  52,  62, 
713  19,  14,   9,   4,   4,  77, 
714  43,  38,  19,  38,  33,  14,  62, 
715  24,  43,  19,  38,  33,  24,  19,  72, 
716  33,  24,  24,  24,  24,  38,  19,  19,  67, 
717  28,  38,   4,  33,  33,   4,  24,  28,  24,  62, 
718  24,  19,   4,  14,  19,  38,  14,  24,  43,  19,  62, 
719  28,  19,   9,  19,  24,  33,  19,  19,  43,  38,  52,  77, 
720  33,  52,  14,  48,  43,  19,  38,  48,  28,  43,  19,  24,  57, 
721  43,  28,  19,  24,  28,  14,  28,  33,  24,  28,  24,  24,  28,  67, 
722  33,  38,   4,  43,  48,   9,  24,  52,  24,  38,  28,  33,  38,  38,  67, 
723  24,  28,  19,  24,  24,  14,  19,  43,  28,  48,  19,  33,  33,  33,  43,  67, 
724  43,  38,  38,  38,  33,  24,  43,  28,  28,  33,  19,  28,  43,  43,  28,  33,  52, 
725  43,  38,  24,  33,  28,  19,  33,  24,  38,  33,  24,  33,  38,  33,  28,  28,  48,  57, 
726  38,  24,  24,  24,  24,  24,  28,  24,  52,  19,  43,  43,  24,  28,  24,  24,  28,  38,  62, 
727   4,   9,   0,   0,   0,  33,   0,  24,   9,  14,  24,   9,  19,   4,   9,  43,  28,   9,   0,  96, 
728  -1,  -1,  -4,  -2,  -1,  -3,  -2,  -2,  -1,  -2,  -2,  -2,  -1,  -2,  -1,  -2,  -1,  -1,  -1,  -5,  -2, 
729  -4,  -3,  -1,  -5,  -5,   4,  -6,  -1,  -2,  -5,  -2,  -4,  -2,  -6,  -5,  -5,  -3,  -3,  -3,  -2,  -3,   8, 
730  -1,   2,  -7,   3,   4,  -6,  -2,   1,  -3,  -1,  -3,  -2,   0,  -1,   4,  -1,  -1,  -2,  -3,  -7,  -1,  -5,   4, 
731 };
732 int  rpam160mt[]={
733  47, 
734  36,  52, 
735  26,  15,  83, 
736  36,  52,  10,  57, 
737  36,  47,  10,  52,  57, 
738  20,  15,  10,   5,  10,  73, 
739  41,  36,  20,  36,  36,  15,  57, 
740  26,  41,  20,  36,  36,  26,  20,  68, 
741  31,  26,  26,  20,  26,  36,  20,  20,  62, 
742  26,  36,  10,  36,  31,  10,  26,  31,  26,  57, 
743  26,  15,   5,  15,  20,  41,  15,  26,  47,  20,  62, 
744  31,  20,  10,  20,  26,  36,  20,  20,  47,  36,  52,  73, 
745  36,  47,  15,  47,  41,  20,  36,  47,  26,  41,  20,  26,  52, 
746  41,  31,  20,  26,  31,  15,  31,  31,  26,  26,  20,  26,  31,  62, 
747  31,  41,  10,  41,  47,  10,  26,  47,  26,  36,  26,  31,  36,  36,  62, 
748  26,  31,  20,  26,  26,  15,  20,  41,  26,  52,  20,  31,  31,  31,  41,  68, 
749  41,  36,  36,  36,  36,  20,  41,  31,  26,  31,  20,  26,  41,  41,  31,  31,  47, 
750  41,  36,  26,  31,  31,  20,  31,  26,  36,  36,  26,  31,  36,  36,  31,  31,  41,  52, 
751  36,  26,  26,  20,  26,  26,  26,  26,  52,  20,  41,  41,  26,  26,  26,  20,  31,  36,  57, 
752  10,  10,   0,   5,   0,  31,   0,  20,  10,  15,  26,  15,  15,  10,  10,  41,  26,  10,   5,  99, 
753   0,  -1,  -3,  -1,  -1,  -3,  -1,  -1,  -1,  -1,  -2,  -1,   0,  -1,  -1,  -1,   0,   0,  -1,  -4,  -1, 
754  -3,  -3,   0,  -4,  -4,   5,  -5,   0,  -2,  -4,  -2,  -3,  -2,  -5,  -4,  -4,  -3,  -3,  -3,  -1,  -3,   8, 
755   0,   2,  -5,   2,   3,  -5,  -1,   1,  -2,   0,  -3,  -2,   1,  -1,   3,   0,  -1,  -1,  -2,  -6,  -1,  -4,   3, 
756 };
757 int rpam250mt[]={
758  42, 
759  34,  47, 
760  25,  17,  85, 
761  34,  47,  12,  51, 
762  34,  47,  12,  47,  51, 
763  21,  17,  17,   8,  12,  72, 
764  38,  34,  21,  38,  34,  12,  55, 
765  30,  38,  21,  38,  38,  25,  25,  60, 
766  30,  25,  25,  25,  25,  38,  21,  25,  55, 
767  30,  38,  12,  34,  34,  12,  25,  34,  25,  55, 
768  25,  21,   8,  17,  21,  42,  17,  25,  42,  21,  60, 
769  30,  25,  12,  21,  25,  34,  21,  25,  42,  34,  51,  60, 
770  34,  42,  17,  42,  38,  21,  34,  42,  25,  38,  21,  25,  42, 
771  38,  30,  21,  30,  30,  12,  34,  34,  25,  30,  21,  25,  34,  60, 
772  34,  38,  12,  42,  42,  12,  30,  47,  25,  38,  25,  30,  38,  34,  51, 
773  25,  30,  17,  30,  30,  17,  21,  42,  25,  47,  21,  34,  34,  34,  38,  60, 
774  38,  34,  34,  34,  34,  21,  38,  30,  30,  34,  21,  25,  38,  38,  30,  34,  42, 
775  38,  34,  25,  34,  34,  21,  34,  30,  34,  34,  25,  30,  34,  34,  30,  30,  38,  47, 
776  34,  25,  25,  25,  25,  30,  30,  25,  51,  25,  42,  42,  25,  30,  25,  25,  30,  34,  51, 
777   8,  12,   0,   4,   4,  34,   4,  21,  12,  21,  25,  17,  17,   8,  12,  42,  25,  12,   8, 107, 
778   0,  -1,  -3,  -1,  -1,  -2,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,   0,  -1,  -1,  -1,   0,   0,  -1,  -4,  -1, 
779  -3,  -3,   0,  -4,  -4,   7,  -5,   0,  -1,  -4,  -1,  -2,  -2,  -5,  -4,  -4,  -3,  -3,  -2,   0,  -2,  10, 
780   0,   2,  -5,   3,   3,  -5,   0,   2,  -2,   0,  -3,  -2,   1,   0,   3,   0,   0,  -1,  -2,  -6,  -1,  -4,   3, 
781 };
782 int rpam350mt[]={
783  39, 
784  36,  43, 
785  26,  16,  92, 
786  36,  43,  13,  46, 
787  36,  43,  13,  46,  46, 
788  19,  16,  16,  13,  13,  76, 
789  39,  36,  19,  36,  36,  13,  49, 
790  29,  36,  19,  36,  36,  26,  26,  56, 
791  33,  26,  23,  26,  26,  39,  26,  26,  49, 
792  29,  36,  13,  36,  33,  13,  29,  36,  26,  49, 
793  26,  19,   9,  19,  19,  43,  19,  26,  46,  23,  59, 
794  29,  26,  13,  23,  26,  36,  23,  26,  43,  33,  49,  53, 
795  33,  39,  19,  39,  39,  19,  36,  39,  26,  36,  23,  26,  39, 
796  36,  33,  23,  33,  33,  16,  33,  33,  26,  29,  23,  26,  33,  53, 
797  33,  39,  13,  39,  43,  16,  29,  43,  26,  36,  26,  29,  36,  36,  46, 
798  29,  33,  19,  29,  33,  16,  26,  39,  26,  46,  23,  33,  36,  33,  39,  56, 
799  36,  36,  33,  36,  33,  19,  36,  29,  29,  33,  23,  26,  36,  36,  33,  33,  36, 
800  36,  33,  26,  33,  33,  23,  36,  29,  33,  33,  26,  29,  36,  36,  33,  29,  36,  39, 
801  33,  26,  26,  26,  26,  29,  29,  26,  46,  26,  43,  39,  26,  29,  26,  23,  29,  33,  49, 
802   9,  13,   0,   6,   6,  36,   6,  23,  13,  19,  26,  16,  16,   9,  16,  46,  23,  13,   9, 122, 
803   0,   0,  -3,  -1,   0,  -2,  -1,   0,   0,  -1,  -1,   0,   0,   0,   0,  -1,   0,   0,   0,  -5,  -1, 
804  -4,  -4,   1,  -5,  -5,  11,  -6,   0,   0,  -5,   0,  -2,  -3,  -6,  -5,  -5,  -3,  -3,  -2,   1,  -2,  14, 
805   0,   2,  -6,   3,   3,  -6,   0,   2,  -2,   1,  -3,  -2,   2,   0,   3,   1,   0,   0,  -2,  -7,   0,  -5,   3, 
806 };
807 int ralpha_mat []={
808  42, 
809  27,  27, 
810  31,  27,  60, 
811  28,  27,  30,  46, 
812  27,  27,  31,  28,  42, 
813  25,  27,  31,  28,  29,  84, 
814  29,  27,  31,  25,  29,  30,  51, 
815  32,  27,  31,  60,  29,  31,  23,  61, 
816  46,  27,  28,  28,  31,  14,  29,  23,  52, 
817  28,  27,  27,  31,  30,  26,  29,  23,  21,  49, 
818  30,  27,  35,  31,  30,  29,  31,  23,  15,  23,  57, 
819  28,  27,  30,  31,  29,  12,  24,  20,  18,  25,  33,  53, 
820  40,  27,  29,  27,  46,  31,  30,  28,  28,  60,  25,  28,  36, 
821  60,  27,  34,  35,  51,  28,  28,  23,  22,  24,  29,  13,  31,  66, 
822  36,  27,  28,  28,  27,  29,  30,  31,  34,  32,  24,  42,  32,  29,  35, 
823  27,  27,  36,  31,  29,  60,  32,  46,  30,  28,  28,  25,  28,  28,  27,  40, 
824  28,  27,  24,  27,  23,  29,  27,  21,  18,  22,  23,  13,  31,  29,  31,  31,  38, 
825  31,  27,  32,  30,  29,  29,  61,  22,  16,  29,  30,  12,  28,  30,  30,  31,  29,  36, 
826  28,  27,  29,  24,  24,  31,  23,  15,  32,  23,  26,   9,  30,  32,  29,  35,  29,   3,  53, 
827  31,  27,  42,  31,  31,  31,  23,  22,  15,  26,  29,  25,  35,  31,  30,  31,  29,   0,  22, 132, 
828   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 
829   6,   0,   2,  10,   3,  -2,  -6,  38, -14,  -7,  -1, -19,   0,   5,   3,   1,   4, -29,  -6, -19,   0,  97, 
830   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 
831 };
832
833 int rbeta_mat[]={
834  44, 
835  26,  26, 
836  29,  26, 102, 
837  27,  26,  22,  64, 
838  25,  26,  33,  22,  50, 
839  14,  26,  32,  17,  31,  70, 
840  28,  26,  31,  14,  35,  32,  68, 
841  36,  26,  33, 102,  28,   3,  23,  69, 
842  64,  26,  17,  26,  26,   9,  28,  21,  48, 
843  11,  26,  26,  31,  12,  28,  39,  17,  18,  52, 
844  22,  26,  50,  33,  27,  31,  36,  19,  21,  24,  52, 
845  22,  26,  28,  33,  29,  19,  17,  13,  16,  27,  37,  45, 
846  57,  26,  28,  25,  64,  33,  22,  11,  22, 102,  14,  26,  38, 
847 102,  26,  39,  50,  68,  30,  30,  16,   0,  24,  32,  17,  31,  87, 
848  38,  26,  26,  11,  26,  35,  28,  32,  39,  35,  10,  50,  36,  28,  50, 
849  24,  26,  38,  29,  28, 102,  36,  64,  22,  22,  11,  14,  27,  26,  25,  57, 
850  26,  26,  10,  26,  23,  21,  22,  16,  17,  22,   8,  19,  33,  31,  26,  33,  46, 
851  33,  26,  35,  28,  28,  28,  69,  17,  15,   4,  35,  10,  17,  27,  27,  31,  29,  42, 
852  17,  26,  28,  10,  17,  24,  17,  21,  36,  28,  25,  16,  28,  18,  31,  50,  28,   9,  44, 
853  31,  26,  50,  32,  36,  21,  21,  14,  14,  24,  34,   2,  50,  31,  12,  33,  31,  13,  22, 130, 
854   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 
855   9,   0,  12,  17,  17, -12,  -9,  28, -13,  -3,   0, -12,   0,   8,   4, -11,   2,  -5,  -5,  -5,   0,  47, 
856   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 
857 };
858 int rcoil_mat[]={
859  36, 
860  27,  27, 
861  29,  27, 124, 
862  28,  27,  22,  51, 
863  28,  27,  33,  18,  40, 
864  13,  27,  29,  17,  23, 101, 
865  27,  27,  30,  13,  23,  28,  64, 
866  31,  27,  30, 124,  21,  15,  24,  76, 
867  51,  27,  17,  29,  25,  14,  27,  26,  71, 
868  18,  27,  29,  30,   8,  25,  24,  23,  20,  61, 
869  22,  27,  39,  33,  22,  28,  28,  21,  24,  27,  70, 
870  18,  27,  29,  30,  21,  12,   6,  18,  20,  26,  33,  73, 
871  52,  27,  27,  28,  51,  33,  22,  18,  18, 124,  13,  29,  36, 
872 124,  27,  34,  39,  64,  27,  25,  23,  18,  24,  27,  13,  30,  79, 
873  36,  27,  29,  18,  29,  23,  29,  29,  34,  32,  13,  40,  31,  21,  39, 
874  27,  27,  36,  29,  27, 124,  31,  51,  22,  18,  18,  13,  28,  29,  28,  52, 
875  29,  27,  13,  29,  24,  19,  16,  22,  21,  18,   9,  14,  30,  30,  25,  33,  44, 
876  33,  27,  32,  29,  27,  20,  76,  10,  19,  20,  32,   9,  17,  28,  22,  30,  29,  55, 
877  17,  27,  21,  13,   6,  21,  23,  24,  44,  13,  21,   7,  29,  17,  23,  39,  26,  20,  60, 
878  30,  27,  40,  29,  28,  19,  26,  16,   7,  25,  31,   9,  39,  30,   8,  30,  27,  18,  26, 143, 
879   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 
880   4,   0,  -4,   8,  -3, -30,  -6,  49, -10,  -7, -12, -18,   3,   3,  -6, -11,   3,   2,   2,  -5,   0,  59, 
881   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 
882 };
883 int tmpam250mt[]={
884   2, 
885   0,   0, 
886   2,   0,   6, 
887  -1,   0,   0,  12, 
888   0,   0,   6,  -1,  13, 
889  -3,   0,   1,  -3,   3,   5, 
890   1,   0,   3,  -3,   1,   7,   6, 
891   6,   0,   2,   6,   0,  -1,  -3,  11, 
892  12,   0,  -3,  -2,  -2,  -5,   5,   0,   2, 
893  -1,   0,   0,   3,  -1,   0,   3,  -3,  -3,  12, 
894   0,   0,  11,   6,   3,   5,   3,  -3,  -2,  -2,   3, 
895  -1,   0,   2,   2,  -1,  -2,  -1,  -3,  -4,  -1,   9,   3, 
896   7,   0,   1,   0,  12,   6,   0,  -1,  -1,   6,  -3,  -2,  11, 
897   6,   0,   8,  11,   6,   0,   2,  -4,  -1,  -2,   3,  -4,   3,  11, 
898  11,   0,  -2,  -1,   0,   1,   2,   1,   8,   7,  -3,  13,   6,   0,  11, 
899  -1,   0,  11,   2,   1,   6,   6,  12,   0,  -1,  -1,  -3,  -1,  -2,   0,   7, 
900  -2,   0,  -3,   0,  -3,  -3,  -3,  -4,  -2,  -3,  -3,  -4,   2,   2,  -2,   6,   3, 
901   6,   0,   7,   2,   5,  -2,  11,  -2,  -5,  -1,   6,  -6,  -3,  -1,   3,   3,   1,   3, 
902  -3,   0,   0,  -3,  -1,   0,  -3,  -2,   1,  -3,   4,  -6,   2,   1,   3,  11,   0,  -3,   2, 
903   3,   0,  13,   1,   3,  -2,   0,  -4,  -4,  -2,   1,   1,  11,   2,  -1,   2,  -1,  -4,  -1,  12, 
904   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 
905   2,   0,   1,   8,   3,  -4,  -3,   2,  -4,  -3,  -1,  -4,   0,   0,  -1,  -3,   1,   5,   0,  -3,   0,  10, 
906   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, };
907 int  rtmpam250mt[]={
908  32, 
909  24,  24, 
910  32,  24,  49, 
911  20,  24,  24,  73, 
912  24,  24,  49,  20,  77, 
913  12,  24,  28,  12,  36,  45, 
914  28,  24,  36,  12,  28,  53,  49, 
915  49,  24,  32,  49,  24,  20,  12,  69, 
916  73,  24,  12,  16,  16,   4,  45,  24,  32, 
917  20,  24,  24,  36,  20,  24,  36,  12,  12,  73, 
918  24,  24,  69,  49,  36,  45,  36,  12,  16,  16,  36, 
919  20,  24,  32,  32,  20,  16,  20,  12,   8,  20,  61,  36, 
920  53,  24,  28,  24,  73,  49,  24,  20,  20,  49,  12,  16,  69, 
921  49,  24,  57,  69,  49,  24,  32,   8,  20,  16,  36,   8,  36,  69, 
922  69,  24,  16,  20,  24,  28,  32,  28,  57,  53,  12,  77,  49,  24,  69, 
923  20,  24,  69,  32,  28,  49,  49,  73,  24,  20,  20,  12,  20,  16,  24,  53, 
924  16,  24,  12,  24,  12,  12,  12,   8,  16,  12,  12,   8,  32,  32,  16,  49,  36, 
925  49,  24,  53,  32,  45,  16,  69,  16,   4,  20,  49,   0,  12,  20,  36,  36,  28,  36, 
926  12,  24,  24,  12,  20,  24,  12,  16,  28,  12,  40,   0,  32,  28,  36,  69,  24,  12,  32, 
927  36,  24,  77,  28,  36,  16,  24,   8,   8,  16,  28,  28,  69,  32,  20,  32,  20,   8,  20,  73, 
928   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 
929   2,   0,   1,   8,   3,  -4,  -3,   2,  -4,  -3,  -1,  -4,   0,   0,  -1,  -3,   1,   5,   0,  -3,   0,  10, 
930   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 
931 };
932 int promoter_tf1[]={
933   0, 
934   0,   0, 
935   0,   0,   0, 
936   0,   0,   0,   6, 
937   0,   0,   0,   1,   6, 
938   0,   0,   0,   2,   2,   5, 
939   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 
940   0,   0,   0,   2,   2,   1,   0,   6, 
941   0,   0,   0,   1,  -1,  -1,   0,  -2,   6, 
942   0,   0,   0,  -3,   1,  -2,   0,  -3,   1,   6, 
943   0,   0,   0,  -2,  -1,   2,   0,  -2,   2,   1,   6, 
944   0,   0,   0,  -1,  -1,  -1,   0,   1,   2,   2,   2,   6, 
945   0,   0,   0,   1,  -1,   0,   0,  -2,   1,  -2,  -1,  -1,   6, 
946   0,   0,   0,  -2,   2,  -1,   0,  -2,  -2,   1,  -2,  -1,   2,   6, 
947   0,   0,   0,  -3,  -3,   2,   0,  -4,  -3,  -3,   0,  -3,   1,   0,   4, 
948   0,   0,   0,  -2,  -1,  -2,   0,   2,  -2,  -2,  -2,   2,   1,   2,   0,   6, 
949   0,   0,   0,   1,  -1,  -1,   0,  -1,   1,  -2,  -2,  -1,   1,  -2,  -3,  -1,   6, 
950   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 
951   0,   0,   0,  -2,   2,  -2,   0,  -2,  -1,   2,  -2,   0,  -2,   1,  -3,  -1,   1,   0,   6, 
952   0,   0,   0,  -2,  -2,   2,   0,  -2,  -2,  -2,   2,  -1,  -1,  -2,   0,  -1,   2,   0,   1,   5, 
953   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 
954   0,   0,   0,  -1,  -2,  -2,   0,   2,  -2,  -2,  -2,   2,  -2,  -3,  -4,   1,   2,   0,   2,   1,   0,   6, 
955   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
956 }; 
957 int blosumR[]={
958   0, 
959   0,   0, 
960   0,   0,   0, 
961   0,   0,   0,   6, 
962   0,   0,   0,   1,   6, 
963   0,   0,   0,   2,   2,   5, 
964   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 
965   0,   0,   0,   2,   2,   1,   0,   6, 
966   0,   0,   0,   1,  -1,  -1,   0,  -2,   6, 
967   0,   0,   0,  -3,   1,  -2,   0,  -3,   1,   6, 
968   0,   0,   0,  -2,  -1,   2,   0,  -2,   2,   1,   6, 
969   0,   0,   0,  -1,  -1,  -1,   0,   1,   2,   2,   2,   6, 
970   0,   0,   0,   1,  -1,   0,   0,  -2,   1,  -2,  -1,  -1,   6, 
971   0,   0,   0,  -2,   2,  -1,   0,  -2,  -2,   1,  -2,  -1,   2,   6, 
972   0,   0,   0,  -3,  -3,   2,   0,  -4,  -3,  -3,   0,  -3,   1,   0,   4, 
973   0,   0,   0,  -2,  -1,  -2,   0,   2,  -2,  -2,  -2,   2,   1,   2,   0,   6, 
974   0,   0,   0,   1,  -1,  -1,   0,  -1,   1,  -2,  -2,  -1,   1,  -2,  -3,  -1,   6, 
975   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 
976   0,   0,   0,  -2,   2,  -2,   0,  -2,  -1,   2,  -2,   0,  -2,   1,  -3,  -1,   1,   0,   6, 
977   0,   0,   0,  -2,  -2,   2,   0,  -2,  -2,  -2,   2,  -1,  -1,  -2,   0,  -1,   2,   0,   1,   5, 
978   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 
979   0,   0,   0,  -1,  -2,  -2,   0,   2,  -2,  -2,  -2,   2,  -2,  -3,  -4,   1,   2,   0,   2,   1,   0,   6, 
980   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,};
981 /******************************COPYRIGHT NOTICE*******************************/
982 /*© Centro de Regulacio Genomica */
983 /*and */
984 /*Cedric Notredame */
985 /*Fri Feb 18 08:27:45 CET 2011 - Revision 596. */
986 /*All rights reserved.*/
987 /*This file is part of T-COFFEE.*/
988 /**/
989 /*    T-COFFEE is free software; you can redistribute it and/or modify*/
990 /*    it under the terms of the GNU General Public License as published by*/
991 /*    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or*/
992 /*    (at your option) any later version.*/
993 /**/
994 /*    T-COFFEE is distributed in the hope that it will be useful,*/
995 /*    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of*/
996 /*    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the*/
997 /*    GNU General Public License for more details.*/
998 /**/
999 /*    You should have received a copy of the GNU General Public License*/
1000 /*    along with Foobar; if not, write to the Free Software*/
1001 /*    Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA*/
1002 /*...............................................                                                                                      |*/
1003 /*  If you need some more information*/
1004 /*  cedric.notredame@europe.com*/
1005 /*...............................................                                                                                                                                     |*/
1006 /**/
1007 /**/
1008 /*      */
1009 /******************************COPYRIGHT NOTICE*******************************/