binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/matrices.h

   1
   2 char *amino_acid_order = "ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ";
   3
   4 //Jones Taylor Thornton, tm matrix,
   5 //H JOND940101
   6 //D The 250 PAM transmembrane protein exchange matrix (Jones et al., 1994)
   7 //R LIT:2006072 PMID:8112466
   8 //A Jones, D.T., Taylor, W.R. and Thornton, J.M.
   9 //T A mutation data matrix for transmembrane proteins
  10 //J FEBS Lett. 339, 269-275 (1994)
  11 int jtttm250mt[]={
  12   2,
  13   0,   0,
  14   0,   0,   6,
  15   0,   0,  -3,  12,
  16   0,   0,  -3,   8,  13,
  17  -2,   0,   1,  -6,  -6,   5,
  18   1,   0,  -1,   3,   3,  -4,   6,
  19  -3,   0,  -1,   3,   2,  -3,  -3,  11,
  20   0,   0,  -1,  -3,  -4,  -1,  -2,  -4,   2,
  21  -2,   0,  -3,   3,   1,  -5,  -1,   4,  -4,  12,
  22  -2,   0,  -1,  -5,  -5,   1,  -4,  -4,   1,  -4,   3,
  23  -1,   0,  -1,  -3,  -3,   0,  -3,  -3,   1,  -1,   1,   3,
  24  -1,   0,  -1,   6,   1,  -4,  -2,   3,  -3,   5,  -4,  -2,  11,
  25   0,   0,  -4,  -2,  -3,  -4,  -2,  -4,  -3,  -4,  -1,  -3,  -2,  11,
  26  -2,   0,  -3,   2,   7,  -4,  -1,   7,  -4,   6,  -2,  -2,   3,   0,  11,
  27  -1,   0,  -1,   1,   2,  -4,   0,   5,  -3,   9,  -3,   0,   2,  -3,   6,   7,
  28   2,   0,   1,   0,   0,  -1,   1,  -2,  -1,  -1,  -2,  -2,   2,  -1,  -1,  -1,   3,
  29   1,   0,   0,   0,  -1,  -2,   0,  -2,   0,  -2,  -1,   0,   1,  -1,  -2,  -1,   2,   3,
  30   0,   0,   0,  -3,  -2,  -1,  -1,  -4,   2,  -4,   0,   1,  -3,  -3,  -4,  -2,  -1,   0,   2,
  31  -4,   0,   1,  -4,  -3,  -3,  -2,  -1,  -3,   3,  -2,  -2,  -3,  -6,   0,   5,  -3,  -4,  -2,  12,
  32   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
  33  -3,   0,   3,  -2,  -5,   2,  -5,   6,  -4,   1,  -3,  -3,  -1,  -5,   0,  -1,   0,  -3,  -4,  -2,   0,  10,
  34   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0};
  35
  36
  37 int blosum30mt[]={
  38   4,
  39   0,  5,
  40  -3, -2, 17,
  41   0,  5, -3,  9,
  42   0,  0,  1,  1,  6,
  43  -2, -3, -3, -5, -4, 10,
  44   0,  0, -4, -1, -2, -3,  8,
  45  -2, -2, -5, -2,  0, -3, -3, 14,
  46   0, -2, -2, -4, -3,  0, -1, -2,  6,
  47   0,  0, -3,  0,  2, -1, -1, -2, -2,  4,
  48  -1, -1,  0, -1, -1,  2, -2, -1,  2, -2,  4,
  49   1, -2, -2, -3, -1, -2, -2,  2,  1,  2,  2,  6,
  50   0,  4, -1,  1, -1, -1,  0, -1,  0,  0, -2,  0,  8,
  51  -1, -2, -3, -1,  1, -4, -1,  1, -3,  1, -3, -4, -3, 11,
  52   1, -1, -2, -1,  2, -3, -2,  0, -2,  0, -2, -1, -1,  0,  8,
  53  -1, -2, -2, -1, -1, -1, -2, -1, -3,  1, -2,  0, -2, -1,  3,  8,
  54   1,  0, -2,  0,  0, -1,  0, -1, -1,  0, -2, -2,  0, -1, -1, -1,  4,
  55   1,  0, -2, -1, -2, -2, -2, -2,  0, -1,  0,  0,  1,  0,  0, -3,  2,  5,
  56   1, -2, -2, -2, -3,  1, -3, -3,  4, -2,  1,  0, -2, -4, -3, -1, -1,  1,  5,
  57  -5, -5, -2, -4, -1,  1,  1, -5, -3, -2, -2, -3, -7, -3, -1,  0, -3, -5, -3, 20,
  58   0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1,  0,  0,  0,  0,  0, -1,  0, -1,  0,  0,  0, -2, -1,
  59  -4, -3, -6, -1, -2,  3, -3,  0, -1, -1,  3, -1, -4, -2, -1,  0, -2, -1,  1,  5, -1,  9,
  60   0,  0,  0,  0,  5, -4, -2,  0, -3,  1, -1, -1, -1,  0,  4,  0, -1, -1, -3, -1,  0, -2,  4};
  61
  62 int blosum40mt[]={
  63   5,
  64  -1,  5,
  65  -2, -2, 16,
  66  -1,  6, -2,  9,
  67  -1,  1, -2,  2,  7,
  68  -3, -3, -2, -4, -3,  9,
  69   1, -1, -3, -2, -3, -3,  8,
  70  -2,  0, -4,  0,  0, -2, -2, 13,
  71  -1, -3, -4, -4, -4,  1, -4, -3,  6,
  72  -1,  0, -3,  0,  1, -3, -2, -1, -3,  6,
  73  -2, -3, -2, -3, -2,  2, -4, -2,  2, -2,  6,
  74  -1, -3, -3, -3, -2,  0, -2,  1,  1, -1,  3,  7,
  75  -1,  4, -2,  2, -1, -3,  0,  1, -2,  0, -3, -2,  8,
  76  -2, -2, -5, -2,  0, -4, -1, -2, -2, -1, -4, -2, -2, 11,
  77   0,  0, -4, -1,  2, -4, -2,  0, -3,  1, -2, -1,  1, -2,  8,
  78  -2, -1, -3, -1, -1, -2, -3,  0, -3,  3, -2, -1,  0, -3,  2,  9,
  79   1,  0, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  1, -1,  5,
  80   0,  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1,  0, -1, -1,  0,  0, -1, -2,  2,  6,
  81   0, -3, -2, -3, -3,  0, -4, -4,  4, -2,  2,  1, -3, -3, -3, -2, -1,  1,  5,
  82  -3, -4, -6, -5, -2,  1, -2, -5, -3, -2, -1, -2, -4, -4, -1, -2, -5, -4, -3, 19,
  83   0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -2, -1, -1,  0,  0, -1, -2, -1,
  84  -2, -3, -4, -3, -2,  4, -3,  2,  0, -1,  0,  1, -2, -3, -1, -1, -2, -1, -1,  3, -1,  9,
  85  -1,  2, -3,  1,  5, -4, -2,  0, -4,  1, -2, -2,  0, -1,  4,  0,  0, -1, -3, -2, -1, -2,  5};
  86
  87 int blosum45mt[]={
  88   5,
  89  -1,  4,
  90  -1, -2, 12,
  91  -2,  5, -3,  7,
  92  -1,  1, -3,  2,  6,
  93  -2, -3, -2, -4, -3,  8,
  94   0, -1, -3, -1, -2, -3,  7,
  95  -2,  0, -3,  0,  0, -2, -2, 10,
  96  -1, -3, -3, -4, -3,  0, -4, -3,  5,
  97  -1,  0, -3,  0,  1, -3, -2, -1, -3,  5,
  98  -1, -3, -2, -3, -2,  1, -3, -2,  2, -3,  5,
  99  -1, -2, -2, -3, -2,  0, -2,  0,  2, -1,  2,  6,
 100  -1,  4, -2,  2,  0, -2,  0,  1, -2,  0, -3, -2,  6,
 101  -1, -2, -4, -1,  0, -3, -2, -2, -2, -1, -3, -2, -2,  9,
 102  -1,  0, -3,  0,  2, -4, -2,  1, -2,  1, -2,  0,  0, -1,  6,
 103  -2, -1, -3, -1,  0, -2, -2,  0, -3,  3, -2, -1,  0, -2,  1,  7,
 104   1,  0, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2, -1, -3, -2,  1, -1,  0, -1,  4,
 105   0,  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  2,  5,
 106   0, -3, -1, -3, -3,  0, -3, -3,  3, -2,  1,  1, -3, -3, -3, -2, -1,  0,  5,
 107  -2, -4, -5, -4, -3,  1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -4, -3, -2, -2, -4, -3, -3, 15,
 108   0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,  0,  0, -1, -2, -1,
 109  -2, -2, -3, -2, -2,  3, -3,  2,  0, -1,  0,  0, -2, -3, -1, -1, -2, -1, -1,  3, -1,  8,
 110  -1,  2, -3,  1,  4, -3, -2,  0, -3,  1, -2, -1,  0, -1,  4,  0,  0, -1, -3, -2, -1, -2,  4};
 111
 112 int blosum50mt[] = {
 113    5,
 114   -2,   5,
 115   -1,  -3,  13,
 116   -2,   5,  -4,   8,
 117   -1,   1,  -3,   2,   6,
 118   -3,  -4,  -2,  -5,  -3,   8,
 119    0,  -1,  -3,  -1,  -3,  -4,   8,
 120   -2,   0,  -3,  -1,   0,  -1,  -2,  10,
 121   -1,  -4,  -2,  -4,  -4,   0,  -4,  -4,   5,
 122   -1,   0,  -3,  -1,   1,  -4,  -2,   0,  -3,   6,
 123   -2,  -4,  -2,  -4,  -3,   1,  -4,  -3,   2,  -3,   5,
 124   -1,  -3,  -2,  -4,  -2,   0,  -3,  -1,   2,  -2,   3,   7,
 125   -1,   4,  -2,   2,   0,  -4,   0,   1,  -3,   0,  -4,  -2,   7,
 126   -1,  -2,  -4,  -1,  -1,  -4,  -2,  -2,  -3,  -1,  -4,  -3,  -2,  10,
 127   -1,   0,  -3,   0,   2,  -4,  -2,   1,  -3,   2,  -2,   0,   0,  -1,   7,
 128   -2,  -1,  -4,  -2,   0,  -3,  -3,   0,  -4,   3,  -3,  -2,  -1,  -3,   1,   7,
 129    1,   0,  -1,   0,  -1,  -3,   0,  -1,  -3,   0,  -3,  -2,   1,  -1,   0,  -1,   5,
 130    0,   0,  -1,  -1,  -1,  -2,  -2,  -2,  -1,  -1,  -1,  -1,   0,  -1,  -1,  -1,   2,   5,
 131    0,  -4,  -1,  -4,  -3,  -1,  -4,  -4,   4,  -3,   1,   1,  -3,  -3,  -3,  -3,  -2,   0,   5,
 132   -3,  -5,  -5,  -5,  -3,   1,  -3,  -3,  -3,  -3,  -2,  -1,  -4,  -4,  -1,  -3,  -4,  -3,  -3,  15,
 133   -1,  -1,  -2,  -1,  -1,  -2,  -2,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,  -2,  -1,  -1,  -1,   0,  -1,  -3,  -1,
 134   -2,  -3,  -3,  -3,  -2,   4,  -3,   2,  -1,  -2,  -1,   0,  -2,  -3,  -1,  -1,  -2,  -2,  -1,   2,  -1,   8,
 135   -1,   2,  -3,   1,   5,  -4,  -2,   0,  -3,   1,  -3,  -1,   0,  -1,   4,   0,   0,  -1,  -3,  -2,  -1,  -2,   5};
 136
 137
 138 int blosum55mt[]={
 139   5,
 140  -2,  5,
 141   0, -4, 13,
 142  -2,  5, -4,  8,
 143  -1,  1, -4,  2,  7,
 144  -3, -5, -3, -5, -4,  9,
 145   0, -1, -3, -2, -3, -4,  8,
 146  -2,  0, -4, -1, -1, -1, -2, 11,
 147  -2, -4, -2, -4, -4,  0, -5, -4,  6,
 148  -1,  0, -4, -1,  1, -4, -2,  0, -4,  6,
 149  -2, -4, -2, -5, -4,  1, -5, -3,  2, -3,  6,
 150  -1, -3, -2, -4, -3,  0, -3, -2,  2, -2,  3,  8,
 151  -2,  4, -3,  2,  0, -4,  0,  1, -4,  0, -4, -3,  8,
 152  -1, -2, -3, -2, -1, -5, -3, -3, -3, -1, -4, -3, -2, 10,
 153  -1,  0, -4,  0,  2, -4, -2,  1, -4,  2, -3,  0,  0, -1,  7,
 154  -2, -1, -4, -2,  0, -3, -3,  0, -4,  3, -3, -2, -1, -3,  1,  8,
 155   2,  0, -1,  0,  0, -3,  0, -1, -3,  0, -3, -2,  1, -1,  0, -1,  5,
 156   0, -1, -1, -1, -1, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -1,  0, -1, -1, -1,  2,  6,
 157   0, -4, -1, -4, -3, -1, -4, -4,  4, -3,  1,  1, -4, -3, -3, -3, -2,  0,  5,
 158  -4, -5, -4, -5, -3,  2, -3, -3, -3, -4, -3, -2, -5, -5, -2, -3, -4, -3, -4, 15,
 159  -1, -1, -2, -2, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -3, -1,
 160  -2, -3, -3, -3, -2,  4, -4,  2, -1, -2, -1, -1, -2, -4, -1, -2, -2, -2, -2,  3, -1,  9,
 161  -1,  2, -4,  1,  5, -4, -3,  0, -4,  1, -3, -2,  0, -1,  4,  0,  0, -1, -3, -3, -1, -2,  5};
 162
 163 int blosum62mt[]={
 164   4,
 165  -2,  4,
 166   0, -3,  9,
 167  -2,  4, -3,  6,
 168  -1,  1, -4,  2,  5,
 169  -2, -3, -2, -3, -3,  6,
 170   0, -1, -3, -1, -2, -3,  6,
 171  -2,  0, -3, -1,  0, -1, -2,  8,
 172  -1, -3, -1, -3, -3,  0, -4, -3,  4,
 173  -1,  0, -3, -1,  1, -3, -2, -1, -3,  5,
 174  -1, -4, -1, -4, -3,  0, -4, -3,  2, -2,  4,
 175  -1, -3, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  2,  5,
 176  -2,  3, -3,  1,  0, -3,  0,  1, -3,  0, -3, -2,  6,
 177  -1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -3, -2, -2,  7,
 178  -1,  0, -3,  0,  2, -3, -2,  0, -3,  1, -2,  0,  0, -1,  5,
 179  -1, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  0, -3,  2, -2, -1,  0, -2,  1,  5,
 180   1,  0, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2,  0, -2, -1,  1, -1,  0, -1,  4,
 181   0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  1,  5,
 182   0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3,  3, -2,  1,  1, -3, -2, -2, -3, -2,  0,  4,
 183  -3, -4, -2, -4, -3,  1, -2, -2, -3, -3, -2, -1, -4, -4, -2, -3, -3, -2, -3, 11,
 184   0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1,  0,  0, -1, -2, -1,
 185  -2, -3, -2, -3, -2,  3, -3,  2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -2, -1,  2, -1,  7,
 186  -1,  1, -3,  1,  4, -3, -2,  0, -3,  1, -3, -1,  0, -1,  3,  0,  0, -1, -2, -3, -1, -2,  4};
 187
 188 int blosum62mt3[]={
 189   0,
 190  -2,  0,
 191   0, -3,  0,
 192  -2,  4, -3,  0,
 193  -1,  1, -4,  2,  0,
 194  -2, -3, -2, -3, -3,  0,
 195   0, -1, -3, -1, -2, -3,  0,
 196  -2,  0, -3, -1,  0, -1, -2,  0,
 197  -1, -3, -1, -3, -3,  0, -4, -3,  0,
 198  -1,  0, -3, -1,  1, -3, -2, -1, -3,  0,
 199  -1, -4, -1, -4, -3,  0, -4, -3,  2, -2,  0,
 200  -1, -3, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  2,  0,
 201  -2,  3, -3,  1,  0, -3,  0,  1, -3,  0, -3, -2,  0,
 202  -1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -3, -2, -2,  0,
 203  -1,  0, -3,  0,  2, -3, -2,  0, -3,  1, -2,  0,  0, -1,  0,
 204  -1, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  0, -3,  2, -2, -1,  0, -2,  1,  0,
 205   1,  0, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2,  0, -2, -1,  1, -1,  0, -1,  0,
 206   0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  1,  0,
 207   0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3,  3, -2,  1,  1, -3, -2, -2, -3, -2,  0,  0,
 208  -3, -4, -2, -4, -3,  1, -2, -2, -3, -3, -2, -1, -4, -4, -2, -3, -3, -2, -3, 0,
 209   0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1,  0,  0, -1, -2, 0,
 210  -2, -3, -2, -3, -2,  3, -3,  2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -2, -1,  2, -1,  0,
 211  -1,  1, -3,  1,  4, -3, -2,  0, -3,  1, -3, -1,  0, -1,  3,  0,  0, -1, -2, -3, -1, -2,  0};
 212
 213 int blosum62mt2[]={
 214   0,
 215  -2,  4,
 216   0, -3,  0,
 217  -2,  4, -3,  2,
 218  -1,  1, -4,  2,  2,
 219  -2, -3, -2, -3, -3,  3,
 220   0, -1, -3, -1, -2, -3,  0,
 221  -2,  0, -3, -1,  0, -1, -2,  2,
 222  -1, -3, -1, -3, -3,  0, -4, -3,  2,
 223  -1,  0, -3, -1,  1, -3, -2, -1, -3,  2,
 224  -1, -4, -1, -4, -3,  0, -4, -3,  2, -2,  1,
 225  -1, -3, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  2,  0,
 226  -2,  3, -3,  1,  0, -3,  0,  1, -3,  0, -3, -2,  0,
 227  -1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -3, -2, -2,  0,
 228  -1,  0, -3,  0,  2, -3, -2,  0, -3,  1, -2,  0,  0, -1,  2,
 229  -1, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  0, -3,  2, -2, -1,  0, -2,  1,  0,
 230   1,  0, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2,  0, -2, -1,  1, -1,  0, -1,  1,
 231   0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  1,  1,
 232   0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3,  3, -2,  1,  1, -3, -2, -2, -3, -2,  0,  1,
 233  -3, -4, -2, -4, -3,  1, -2, -2, -3, -3, -2, -1, -4, -4, -2, -3, -3, -2, -3, 1,
 234   0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1,  0,  0, -1, -2, -1,
 235  -2, -3, -2, -3, -2,  3, -3,  2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -2, -1,  2, -1,  3,
 236  -1,  1, -3,  1,  4, -3, -2,  0, -3,  1, -3, -1,  0, -1,  3,  0,  0, -1, -2, -3, -1, -2,  4};
 237
 238
 239 int blosum80mt[]={
 240   7,
 241  -3,  6,
 242  -1, -6, 13,
 243  -3,  6, -7, 10,
 244  -2,  1, -7,  2,  8,
 245  -4, -6, -4, -6, -6, 10,
 246   0, -2, -6, -3, -4, -6,  9,
 247  -3, -1, -7, -2,  0, -2, -4, 12,
 248  -3, -6, -2, -7, -6, -1, -7, -6,  7,
 249  -1, -1, -6, -2,  1, -5, -3, -1, -5,  8,
 250  -3, -7, -3, -7, -6,  0, -7, -5,  2, -4,  6,
 251  -2, -5, -3, -6, -4,  0, -5, -4,  2, -3,  3,  9,
 252  -3,  5, -5,  2, -1, -6, -1,  1, -6,  0, -6, -4,  9,
 253  -1, -4, -6, -3, -2, -6, -5, -4, -5, -2, -5, -4, -4, 12,
 254  -2, -1, -5, -1,  3, -5, -4,  1, -5,  2, -4, -1,  0, -3,  9,
 255  -3, -2, -6, -3, -1, -5, -4,  0, -5,  3, -4, -3, -1, -3,  1,  9,
 256   2,  0, -2, -1, -1, -4, -1, -2, -4, -1, -4, -3,  1, -2, -1, -2,  7,
 257   0, -1, -2, -2, -2, -4, -3, -3, -2, -1, -3, -1,  0, -3, -1, -2,  2,  8,
 258  -1, -6, -2, -6, -4, -2, -6, -5,  4, -4,  1,  1, -5, -4, -4, -4, -3,  0,  7,
 259  -5, -8, -5, -8, -6,  0, -6, -4, -5, -6, -4, -3, -7, -7, -4, -5, -6, -5, -5, 16,
 260  -1, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -5, -2,
 261  -4, -5, -5, -6, -5,  4, -6,  3, -3, -4, -2, -3, -4, -6, -3, -4, -3, -3, -3,  3, -3, 11,
 262  -2,  0, -7,  1,  6, -6, -4,  0, -6,  1, -5, -3, -1, -2,  5,  0, -1, -2, -4, -5, -1, -4,  6};
 263
 264 int pam120mt[]={
 265   3,
 266   0,  4,
 267  -3, -6,  9,
 268   0,  4, -7,  5,
 269   0,  3, -7,  3,  5,
 270  -4, -5, -6, -7, -7,  8,
 271   1,  0, -4,  0, -1, -5,  5,
 272  -3,  1, -4,  0, -1, -3, -4,  7,
 273  -1, -3, -3, -3, -3,  0, -4, -4,  6,
 274  -2,  0, -7, -1, -1, -7, -3, -2, -3,  5,
 275  -3, -4, -7, -5, -4,  0, -5, -3,  1, -4,  5,
 276  -2, -4, -6, -4, -3, -1, -4, -4,  1,  0,  3,  8,
 277  -1,  3, -5,  2,  1, -4,  0,  2, -2,  1, -4, -3,  4,
 278   1, -2, -4, -3, -2, -5, -2, -1, -3, -2, -3, -3, -2,  6,
 279  -1,  0, -7,  1,  2, -6, -3,  3, -3,  0, -2, -1,  0,  0,  6,
 280  -3, -2, -4, -3, -3, -5, -4,  1, -2,  2, -4, -1, -1, -1,  1,  6,
 281   1,  0,  0,  0, -1, -3,  1, -2, -2, -1, -4, -2,  1,  1, -2, -1,  3,
 282   1,  0, -3, -1, -2, -4, -1, -3,  0, -1, -3, -1,  0, -1, -2, -2,  2,  4,
 283   0, -3, -3, -3, -3, -3, -2, -3,  3, -4,  1,  1, -3, -2, -3, -3, -2,  0,  5,
 284  -7, -6, -8, -8, -8, -1, -8, -3, -6, -5, -3, -6, -4, -7, -6,  1, -2, -6, -8, 12,
 285  -1, -1, -4, -2, -1, -3, -2, -2, -1, -2, -2, -2, -1, -2, -1, -2, -1, -1, -1, -5, -2,
 286  -4, -3, -1, -5, -5,  4, -6, -1, -2, -5, -2, -4, -2, -6, -5, -5, -3, -3, -3, -2, -3,  8,
 287  -1,  2, -7,  3,  4, -6, -2,  1, -3, -1, -3, -2,  0, -1,  4, -1, -1, -2, -3, -7, -1, -5,  4};
 288
 289 int pam160mt[]={
 290   2,
 291   0,  3,
 292  -2, -4,  9,
 293   0,  3, -5,  4,
 294   0,  2, -5,  3,  4,
 295  -3, -4, -5, -6, -5,  7,
 296   1,  0, -3,  0,  0, -4,  4,
 297  -2,  1, -3,  0,  0, -2, -3,  6,
 298  -1, -2, -2, -3, -2,  0, -3, -3,  5,
 299  -2,  0, -5,  0, -1, -5, -2, -1, -2,  4,
 300  -2, -4, -6, -4, -3,  1, -4, -2,  2, -3,  5,
 301  -1, -3, -5, -3, -2,  0, -3, -3,  2,  0,  3,  7,
 302   0,  2, -4,  2,  1, -3,  0,  2, -2,  1, -3, -2,  3,
 303   1, -1, -3, -2, -1, -4, -1, -1, -2, -2, -3, -2, -1,  5,
 304  -1,  1, -5,  1,  2, -5, -2,  2, -2,  0, -2, -1,  0,  0,  5,
 305  -2, -1, -3, -2, -2, -4, -3,  1, -2,  3, -3, -1, -1, -1,  1,  6,
 306   1,  0,  0,  0,  0, -3,  1, -1, -2, -1, -3, -2,  1,  1, -1, -1,  2,
 307   1,  0, -2, -1, -1, -3, -1, -2,  0,  0, -2, -1,  0,  0, -1, -1,  1,  3,
 308   0, -2, -2, -3, -2, -2, -2, -2,  3, -3,  1,  1, -2, -2, -2, -3, -1,  0,  4,
 309  -5, -5, -7, -6, -7, -1, -7, -3, -5, -4, -2, -4, -4, -5, -5,  1, -2, -5, -6, 12,
 310   0, -1, -3, -1, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -2, -1,  0, -1, -1, -1,  0,  0, -1, -4, -1,
 311  -3, -3,  0, -4, -4,  5, -5,  0, -2, -4, -2, -3, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -3, -1, -3,  8,
 312   0,  2, -5,  2,  3, -5, -1,  1, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  3,  0, -1, -1, -2, -6, -1, -4,  3};
 313
 314 int pam250mt[]={
 315   2,
 316   0,  3,
 317  -2, -4, 12,
 318   0,  3, -5,  4,
 319   0,  3, -5,  3,  4,
 320  -3, -4, -4, -6, -5,  9,
 321   1,  0, -3,  1,  0, -5,  5,
 322  -1,  1, -3,  1,  1, -2, -2,  6,
 323  -1, -2, -2, -2, -2,  1, -3, -2,  5,
 324  -1,  1, -5,  0,  0, -5, -2,  0, -2,  5,
 325  -2, -3, -6, -4, -3,  2, -4, -2,  2, -3,  6,
 326  -1, -2, -5, -3, -2,  0, -3, -2,  2,  0,  4,  6,
 327   0,  2, -4,  2,  1, -3,  0,  2, -2,  1, -3, -2,  2,
 328   1, -1, -3, -1, -1, -5,  0,  0, -2, -1, -3, -2,  0,  6,
 329   0,  1, -5,  2,  2, -5, -1,  3, -2,  1, -2, -1,  1,  0,  4,
 330  -2, -1, -4, -1, -1, -4, -3,  2, -2,  3, -3,  0,  0,  0,  1,  6,
 331   1,  0,  0,  0,  0, -3,  1, -1, -1,  0, -3, -2,  1,  1, -1,  0,  2,
 332   1,  0, -2,  0,  0, -3,  0, -1,  0,  0, -2, -1,  0,  0, -1, -1,  1,  3,
 333   0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2,  4, -2,  2,  2, -2, -1, -2, -2, -1,  0,  4,
 334  -6, -5, -8, -7, -7,  0, -7, -3, -5, -3, -2, -4, -4, -6, -5,  2, -2, -5, -6, 17,
 335   0, -1, -3, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  0,  0, -1, -4, -1,
 336  -3, -3,  0, -4, -4,  7, -5,  0, -1, -4, -1, -2, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -2,  0, -2, 10,
 337   0,  2, -5,  3,  3, -5,  0,  2, -2,  0, -3, -2,  1,  0,  3,  0,  0, -1, -2, -6, -1, -4,  3};
 338
 339 int pam350mt[]={
 340   2,
 341   1,  3,
 342  -2, -5, 18,
 343   1,  3, -6,  4,
 344   1,  3, -6,  4,  4,
 345  -4, -5, -5, -6, -6, 13,
 346   2,  1, -4,  1,  1, -6,  5,
 347  -1,  1, -4,  1,  1, -2, -2,  7,
 348   0, -2, -3, -2, -2,  2, -2, -2,  5,
 349  -1,  1, -6,  1,  0, -6, -1,  1, -2,  5,
 350  -2, -4, -7, -4, -4,  3, -4, -2,  4, -3,  8,
 351  -1, -2, -6, -3, -2,  1, -3, -2,  3,  0,  5,  6,
 352   0,  2, -4,  2,  2, -4,  1,  2, -2,  1, -3, -2,  2,
 353   1,  0, -3,  0,  0, -5,  0,  0, -2, -1, -3, -2,  0,  6,
 354   0,  2, -6,  2,  3, -5, -1,  3, -2,  1, -2, -1,  1,  1,  4,
 355  -1,  0, -4, -1,  0, -5, -2,  2, -2,  4, -3,  0,  1,  0,  2,  7,
 356   1,  1,  0,  1,  0, -4,  1, -1, -1,  0, -3, -2,  1,  1,  0,  0,  1,
 357   1,  0, -2,  0,  0, -3,  1, -1,  0,  0, -2, -1,  1,  1,  0, -1,  1,  2,
 358   0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2,  4, -2,  3,  2, -2, -1, -2, -3, -1,  0,  5,
 359  -7, -6,-10, -8, -8,  1, -8, -3, -6, -4, -2, -5, -5, -7, -5,  4, -3, -6, -7, 27,
 360   0,  0, -3, -1,  0, -2, -1,  0,  0, -1, -1,  0,  0,  0,  0, -1,  0,  0,  0, -5, -1,
 361  -4, -4,  1, -5, -5, 11, -6,  0,  0, -5,  0, -2, -3, -6, -5, -5, -3, -3, -2,  1, -2, 14,
 362   0,  2, -6,  3,  3, -6,  0,  2, -2,  1, -3, -2,  2,  0,  3,  1,  0,  0, -2, -7,  0, -5,  3};
 363
 364 int md_40mt[]={
 365   9,
 366   0,  0,
 367  -7,  0, 16,
 368  -6,  0,-13, 11,
 369  -5,  0,-15,  3, 11,
 370 -11,  0, -5,-15,-16, 13,
 371  -3,  0, -7, -4, -4,-15, 10,
 372  -9,  0, -6, -4, -8, -7,-10, 14,
 373  -6,  0,-11,-12,-12, -5,-13,-11, 11,
 374  -8,  0,-12, -8, -3,-16, -9, -6,-11, 11,
 375  -9,  0,-10,-14,-13, -1,-14, -7, -1,-12,  9,
 376  -6,  0, -9,-12,-11, -7,-12, -9,  1, -7,  1, 14,
 377  -6,  0, -8,  1, -5,-12, -5,  0, -8, -1,-12, -9, 12,
 378  -2,  0,-11,-11,-11,-11, -9, -4,-11,-10, -5,-10, -9, 12,
 379  -7,  0,-12, -6,  0,-14, -9,  2,-12, -1, -6, -8, -5, -3, 12,
 380  -7,  0, -5,-10, -8,-15, -4,  0,-10,  3, -9, -8, -6, -6,  0, 11,
 381   0,  0, -2, -6, -8, -6, -2, -6, -8, -7, -7, -8,  1, -1, -7, -5,  9,
 382   1,  0, -7, -8, -8,-11, -7, -7, -2, -5, -9, -2, -2, -4, -7, -6,  1, 10,
 383  -1,  0, -7, -9, -8, -6, -8,-12,  4,-12, -2,  0,-10, -9,-11,-11, -7, -4, 10,
 384 -14,  0, -4,-15,-15, -7, -7,-13,-13,-13, -8,-11,-14,-14,-11, -4, -9,-12,-10, 18,
 385   0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
 386 -13,  0, -2, -8,-14,  2,-13,  2, -9,-13, -9,-11, -6,-13, -9,-10, -7,-10,-11, -6,  0, 14,
 387   0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0};
 388
 389 int md_120mt[]={
 390   6,
 391   0,  0,
 392  -3,  0, 14,
 393  -2,  0, -7,  8,
 394  -2,  0, -8,  5,  8,
 395  -6,  0, -2, -9,-10, 11,
 396   0,  0, -3,  0, -1, -9,  8,
 397  -4,  0, -2, -1, -3, -2, -4, 11,
 398  -1,  0, -5, -7, -7, -1, -6, -6,  7,
 399  -4,  0, -6, -2,  0, -9, -4, -1, -6,  8,
 400  -4,  0, -5, -8, -8,  2, -8, -4,  2, -6,  7,
 401  -2,  0, -5, -7, -6, -2, -6, -5,  3, -4,  3, 10,
 402  -1,  0, -3,  3, -1, -6, -1,  2, -4,  1, -6, -5,  8,
 403   0,  0, -5, -5, -5, -5, -4, -1, -5, -4, -2, -5, -3,  9,
 404  -3,  0, -6, -1,  2, -7, -4,  4, -6,  2, -3, -4, -1,  0,  9,
 405  -3,  0, -2, -4, -3, -8, -1,  2, -6,  4, -5, -4, -2, -2,  2,  8,
 406   2,  0,  0, -2, -3, -3,  0, -2, -3, -3, -3, -3,  2,  1, -3, -2,  5,
 407   2,  0, -3, -3, -4, -6, -2, -3,  0, -2, -4,  0,  1,  0, -3, -3,  2,  6,
 408   1,  0, -3, -5, -5, -2, -4, -6,  5, -6,  1,  2, -5, -4, -6, -6, -3,  0,  7,
 409  -8,  0,  0, -9, -9, -3, -3, -6, -7, -6, -4, -6, -8, -8, -6, -1, -5, -7, -6, 17,
 410   0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
 411  -7,  0,  2, -4, -7,  5, -8,  4, -5, -7, -4, -6, -2, -7, -4, -5, -3, -6, -6, -2,  0, 12,
 412   0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0};
 413
 414 int md_250mt[]={
 415   2,
 416   0,  0,
 417  -1,  0, 11,
 418  -1,  0, -3,  5,
 419  -1,  0, -4,  4,  5,
 420  -3,  0,  0, -5, -5,  8,
 421   1,  0, -1,  1,  1, -5,  5,
 422  -2,  0,  0,  0,  0,  0, -2,  6,
 423   0,  0, -2, -3, -3,  0, -3, -3,  4,
 424  -1,  0, -3,  0,  1, -5, -1,  1, -3,  5,
 425  -1,  0, -2, -4, -4,  2, -4, -2,  2, -3,  5,
 426   0,  0, -2, -3, -3,  0, -3, -2,  3, -2,  3,  6,
 427   0,  0, -1,  2,  1, -3,  0,  1, -2,  1, -3, -2,  3,
 428   1,  0, -2, -2, -2, -2, -1,  0, -2, -1,  0, -2, -1,  6,
 429  -1,  0, -3,  0,  2, -4, -1,  3, -3,  2, -2, -2,  0,  0,  5,
 430  -1,  0, -1, -1,  0, -4,  0,  2, -3,  4, -3, -2,  0, -1,  2,  5,
 431   1,  0,  1,  0, -1, -2,  1, -1, -1, -1, -2, -1,  1,  1, -1, -1,  2,
 432   2,  0, -1, -1, -1, -2,  0, -1,  1, -1, -1,  0,  1,  1, -1, -1,  1,  2,
 433   1,  0, -2, -3, -2,  0, -2, -3,  4, -3,  2,  2, -2, -1, -3, -3, -1,  0,  4,
 434  -4,  0,  1, -5, -5, -1, -1, -3, -4, -3, -2, -3, -4, -4, -3,  0, -3, -4, -3, 15,
 435   0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
 436  -3,  0,  2, -2, -4,  5, -4,  4, -2, -3, -1, -3, -1, -3, -2, -2, -1, -3, -3,  0,  0,  9,
 437   0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0};
 438
 439 int md_350mt[]={
 440   1,
 441   0,  0,
 442   0,  0,  9,
 443   0,  0, -2,  3,
 444   0,  0, -2,  3,  3,
 445  -2,  0,  1, -3, -4,  6,
 446   1,  0,  0,  1,  1, -3,  4,
 447  -1,  0,  0,  0,  0,  0, -1,  3,
 448   0,  0, -1, -2, -2,  1, -2, -2,  3,
 449  -1,  0, -1,  0,  1, -3,  0,  1, -2,  3,
 450  -1,  0, -1, -3, -3,  2, -2, -1,  2, -2,  3,
 451   0,  0, -1, -2, -2,  1, -2, -1,  2, -2,  2,  3,
 452   0,  0, -1,  1,  1, -2,  0,  1, -1,  1, -2, -1,  2,
 453   1,  0, -1, -1, -1, -2, -1,  0, -1, -1,  0, -1,  0,  4,
 454  -1,  0, -2,  1,  1, -2,  0,  2, -2,  2, -1, -1,  0,  0,  3,
 455  -1,  0,  0,  0,  0, -3,  0,  1, -2,  3, -2, -1,  0,  0,  2,  3,
 456   1,  0,  0,  0,  0, -1,  1,  0, -1,  0, -1, -1,  1,  1,  0,  0,  1,
 457   1,  0,  0,  0, -1, -1,  0, -1,  0,  0, -1,  0,  0,  1, -1,  0,  1,  1,
 458   0,  0, -1, -2, -2,  0, -1, -2,  2, -2,  1,  2, -1, -1, -2, -2,  0,  0,  2,
 459  -3,  0,  1, -4, -3,  0, -1, -2, -3, -2, -1, -2, -3, -3, -2,  0, -2, -3, -2, 14,
 460   0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
 461  -2,  0,  2, -2, -2,  5, -3,  3, -1, -2,  0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -2, -2,  0,  0,  7,
 462   0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0};
 463
 464 int idmat[]={
 465 10,
 466  0, 10,
 467  0, 0, 10,
 468  0, 0, 0, 10,
 469  0, 0, 0, 0, 10,
 470  0, 0, 0, 0, 0, 10,
 471  0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
 472  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
 473  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
 474  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
 475  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
 476  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
 477  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
 478  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
 479  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
 480  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
 481  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
 482  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
 483  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10,
 484  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10,
 485  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10,
 486  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10,
 487  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10};
 488
 489 int dna_idmat[]={
 490 10,
 491  -1, 10,
 492  -1, -1, 10,
 493  -1, -1, -1, 10,
 494  -1, -1, -1, -1, 10,
 495  -1, -1, -1, -1, -1, 10,
 496  -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
 497  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
 498  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
 499  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
 500  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
 501  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
 502  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
 503  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
 504  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
 505  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
 506  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
 507  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 10,
 508  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,10,
 509  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,10,
 510  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,10,
 511  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,10,
 512  -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,10};
 513
 514 int est_idmat[]={
 515 10,
 516  -10, 10,
 517  -10, -10, 10,
 518  -10, -10, -10, 10,
 519  -10, -10, -10, -10, 10,
 520  -10, -10, -10, -10, -10, 10,
 521  -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
 522  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
 523  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
 524  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
 525  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
 526  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
 527  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
 528  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
 529  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
 530  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
 531  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
 532  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 10,
 533  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10,10,
 534  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10,10,
 535  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10,10,
 536  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10,10,
 537  -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10,10};
 538
 539 /*These are the three structure specific matrices descibed by Luthy, R., McLachlan, A.D. and Eisenberg, D.
 540   in  Proteins 10, 229-239 (1991), taken from http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html
 541   ID: coil :LUTR910107
 542   ID: alpha:LUTR910108
 543   ID: beta :LUTR910109
 544 */
 545 int coil_mat []={
 546  11,
 547   0,   0,
 548   3,   0, 108,
 549   2,   0,  -5,  27,
 550   2,   0,   7,  -9,  15,
 551 -15,   0,   3, -11,  -4,  83,
 552   1,   0,   4, -15,  -4,   2,  41,
 553   5,   0,   4, 108,  -6, -13,  -3,  55,
 554  27,   0, -11,   3,  -2, -14,   0,  -1,  49,
 555  -9,   0,   3,   4, -21,  -2,  -3,  -4,  -7,  38,
 556  -5,   0,  14,   7,  -5,   2,   2,  -6,  -3,   1,  48,
 557  -9,   0,   3,   4,  -6, -16, -23,  -9,  -7,  -1,   7,  52,
 558  28,   0,   1,   2,  27,   7,  -5,  -9,  -9, 108, -15,   3,  10,
 559 108,   0,   8,  14,  41,   0,  -2,  -4, -10,  -3,   1, -15,   4,  58,
 560  10,   0,   3,  -9,   3,  -4,   3,   3,   8,   6, -15,  15,   5,  -6,  14,
 561   1,   0,  10,   3,   1, 108,   5,  27,  -5,  -9,  -9, -15,   2,   3,   2,  28,
 562   3,   0, -15,   3,  -3,  -8, -12,  -5,  -6,  -9, -19, -14,   4,   4,  -2,   7,  19,
 563   7,   0,   6,   3,   0,  -7,  55, -18,  -8,  -7,   6, -20, -11,   2,  -5,   4,   3,  31,
 564 -11,   0,  -6, -15, -23,  -6,  -4,  -3,  19, -15,  -6, -22,   3, -11,  -4,  14,  -1,  -7,  37,
 565   4,   0,  15,   3,   2,  -8,  -1, -12, -22,  -2,   5, -19,  14,   4, -21,   4,   0,  -9,  -1, 129,
 566   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
 567   4,   0,  -4,   8,  -3, -30,  -6,  49, -10,  -7, -12, -18,   3,   3,  -6, -11,   3,   2,   2,  -5,   0,  59,
 568   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0 };
 569
 570 int alpha_mat []={
 571  23,
 572   0,   0,
 573   5,   0,  51,
 574   1,   0,   4,  28,
 575   0,   0,   5,   1,  23,
 576  -4,   0,   5,   1,   3,  88,
 577   3,   0,   5,  -4,   2,   4,  37,
 578   7,   0,   6,  51,   3,   5,  -6,  52,
 579  28,   0,   1,   1,   6, -21,   2,  -6,  38,
 580   1,   0,   0,   5,   4,  -2,   3,  -7, -10,  34,
 581   4,   0,  11,   5,   4,   3,   5,  -6, -19,  -6,  45,
 582   1,   0,   4,   6,   3, -23,  -5, -12, -14,  -4,   9,  40,
 583  19,   0,   3,   0,  28,   5,   4,   1,   1,  51,  -4,   1,  13,
 584  51,   0,  10,  11,  37,   1,   1,  -6,  -8,  -5,   2, -22,   5,  59,
 585  13,   0,   1,   1,   0,   2,   4,   5,  10,   7,  -5,  23,   7,   3,  11,
 586  -1,   0,  13,   5,   3,  51,   7,  28,   4,   1,   1,  -4,   1,   1,   0,  19,
 587   1,   0,  -5,   0,  -6,   2,  -1, -10, -14,  -9,  -6, -22,   6,   3,   6,   5,  17,
 588   5,   0,   7,   4,   2,   3,  52,  -8, -18,   3,   4, -24,   1,   4,   4,   5,   2,  14,
 589   1,   0,   3,  -5,  -5,   5,  -7, -19,   7,  -6,  -2, -28,   4,   7,   3,  11,   2, -38,  40,
 590   5,   0,  23,   5,   5,   5,  -6,  -9, -19,  -2,   3,  -4,  11,   5,   4,   6,   2, -43,  -8, 162,
 591   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
 592   6,   0,   2,  10,   3,  -2,  -6,  38, -14,  -7,  -1, -19,   0,   5,   3,   1,   4, -29,  -6, -19,   0,  97,
 593   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0 };
 594
 595 int beta_mat []={
 596  23,
 597   0,   0,
 598   4,   0,  97,
 599   1,   0,  -5,  49,
 600  -1,   0,   9,  -5,  31,
 601 -16,   0,   8, -11,   6,  57,
 602   2,   0,   7, -16,  12,   8,  54,
 603  13,   0,   9,  97,   2, -30,  -4,  55,
 604  49,   0, -11,   0,   0, -22,   2,  -7,  28,
 605 -19,   0,   0,   7, -18,   2,  17, -12, -10,  34,
 606  -5,   0,  31,   9,   1,   7,  13,  -9,  -7,  -3,  34,
 607  -5,   0,   2,   9,   4,  -9, -12, -17, -13,   1,  14,  25,
 608  40,   0,   2,  -1,  49,   9,  -5, -19,  -5,  97, -16,   0,  15,
 609  97,   0,  17,  31,  54,   5,   5, -13, -34,  -2,   8, -11,   7,  78,
 610  15,   0,   0, -19,   0,  12,   2,   8,  17,  11, -21,  31,  13,   2,  31,
 611  -2,   0,  15,   4,   2,  97,  13,  49,  -5,  -5, -19, -16,   1,   0,  -1,  40,
 612   0,   0, -21,   0,  -4,  -6,  -5, -13, -12,  -5, -23,  -9,   9,   7,   0,   9,  26,
 613   9,   0,  11,   2,   2,   2,  55, -11, -14, -28,  12, -21, -11,   1,   1,   7,   4,  21,
 614 -11,   0,   2, -21, -12,  -2, -12,  -7,  13,   2,  -1, -13,   2, -10,   6,  31,   2, -22,  23,
 615   7,   0,  31,   8,  13,  -7,  -7, -15, -15,  -3,  10, -31,  31,   6, -18,   9,   6, -17,  -5, 133,
 616   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
 617   9,   0,  12,  17,  17, -12,  -9,  28, -13,  -3,   0, -12,   0,   8,   4, -11,   2,  -5,  -5,  -5,   0,  47,
 618   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0 };
 619 /*EXPERIMENTAL MATRICES: Blosum Series*/
 620 /*Blosum Series rescaled on blosum62mt,
 621 Lambda Blosum30mt=17
 622 Lambda Blosum62mt=10
 623 Lambda Blosum80mt=4.5
 624 */
 625
 626 int rblosum30mt []={
 627  52,
 628  33,  56,
 629  18,  23, 113,
 630  33,  56,  18,  75,
 631  33,  33,  37,  37,  61,
 632  23,  18,  18,   9,  14,  80,
 633  33,  33,  14,  28,  23,  18,  71,
 634  23,  23,   9,  23,  33,  18,  18,  99,
 635  33,  23,  23,  14,  18,  33,  28,  23,  61,
 636  33,  33,  18,  33,  42,  28,  28,  23,  23,  52,
 637  28,  28,  33,  28,  28,  42,  23,  28,  42,  23,  52,
 638  37,  23,  23,  18,  28,  23,  23,  42,  37,  42,  42,  61,
 639  33,  52,  28,  37,  28,  28,  33,  28,  33,  33,  23,  33,  71,
 640  28,  23,  18,  28,  37,  14,  28,  37,  18,  37,  18,  14,  18,  85,
 641  37,  28,  23,  28,  42,  18,  23,  33,  23,  33,  23,  28,  28,  33,  71,
 642  28,  23,  23,  28,  28,  28,  23,  28,  18,  37,  23,  33,  23,  28,  47,  71,
 643  37,  33,  23,  33,  33,  28,  33,  28,  28,  33,  23,  23,  33,  28,  28,  28,  52,
 644  37,  33,  23,  28,  23,  23,  23,  23,  33,  28,  33,  33,  37,  33,  33,  18,  42,  56,
 645  37,  23,  23,  23,  18,  37,  18,  18,  52,  23,  37,  33,  23,  14,  18,  28,  28,  37,  56,
 646   9,   9,  23,  14,  28,  37,  37,   9,  18,  23,  23,  18,   0,  18,  28,  33,  18,   9,  18, 128,
 647   0,  -1,  -2,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,   0,   0,   0,   0,   0,  -1,   0,  -1,   0,   0,   0,  -2,  -1,
 648  -4,  -3,  -6,  -1,  -2,   3,  -3,   0,  -1,  -1,   3,  -1,  -4,  -2,  -1,   0,  -2,  -1,   1,   5,  -1,   9,
 649   0,   0,   0,   0,   5,  -4,  -2,   0,  -3,   1,  -1,  -1,  -1,   0,   4,   0,  -1,  -1,  -3,  -1,   0,  -2,   4,
 650
 651
 652 };
 653
 654
 655
 656 int rblosum62mt[]={
 657  80,
 658  20,  80,
 659  40,  10, 130,
 660  20,  80,  10, 100,
 661  30,  50,   0,  60,  90,
 662  20,  10,  20,  10,  10, 100,
 663  40,  30,  10,  30,  20,  10, 100,
 664  20,  40,  10,  30,  40,  30,  20, 120,
 665  30,  10,  30,  10,  10,  40,   0,  10,  80,
 666  30,  40,  10,  30,  50,  10,  20,  30,  10,  90,
 667  30,   0,  30,   0,  10,  40,   0,  10,  60,  20,  80,
 668  30,  10,  30,  10,  20,  40,  10,  20,  50,  30,  60,  90,
 669  20,  70,  10,  50,  40,  10,  40,  50,  10,  40,  10,  20, 100,
 670  30,  20,  10,  30,  30,   0,  20,  20,  10,  30,  10,  20,  20, 110,
 671  30,  40,  10,  40,  60,  10,  20,  40,  10,  50,  20,  40,  40,  30,  90,
 672  30,  30,  10,  20,  40,  10,  20,  40,  10,  60,  20,  30,  40,  20,  50,  90,
 673  50,  40,  30,  40,  40,  20,  40,  30,  20,  40,  20,  30,  50,  30,  40,  30,  80,
 674  40,  30,  30,  30,  30,  20,  20,  20,  30,  30,  30,  30,  40,  30,  30,  30,  50,  90,
 675  40,  10,  30,  10,  20,  30,  10,  10,  70,  20,  50,  50,  10,  20,  20,  10,  20,  40,  80,
 676  10,   0,  20,   0,  10,  50,  20,  20,  10,  10,  20,  30,   0,   0,  20,  10,  10,  20,  10, 150,
 677   0,  -1,  -2,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,  -2,  -1,  -1,   0,   0,  -1,  -2,  -1,
 678  -2,  -3,  -2,  -3,  -2,   3,  -3,   2,  -1,  -2,  -1,  -1,  -2,  -3,  -1,  -2,  -2,  -2,  -1,   2,  -1,   7,
 679  -1,   1,  -3,   1,   4,  -3,  -2,   0,  -3,   1,  -3,  -1,   0,  -1,   3,   0,   0,  -1,  -2,  -3,  -1,  -2,   4,
 680
 681  };
 682 int rblosum80mt[]={
 683 77,
 684  25,  72,
 685  36,  10, 108,
 686  25,  72,   5,  93,
 687  31,  46,   5,  51,  82,
 688  20,  10,  20,  10,  10,  93,
 689  41,  31,  10,  25,  20,  10,  87,
 690  25,  36,   5,  31,  41,  31,  20, 103,
 691  25,  10,  31,   5,  10,  36,   5,  10,  77,
 692  36,  36,  10,  31,  46,  15,  25,  36,  15,  82,
 693  25,   5,  25,   5,  10,  41,   5,  15,  51,  20,  72,
 694  31,  15,  25,  10,  20,  41,  15,  20,  51,  25,  56,  87,
 695  25,  67,  15,  51,  36,  10,  36,  46,  10,  41,  10,  20,  87,
 696  36,  20,  10,  25,  31,  10,  15,  20,  15,  31,  15,  20,  20, 103,
 697  31,  36,  15,  36,  56,  15,  20,  46,  15,  51,  20,  36,  41,  25,  87,
 698  25,  31,  10,  25,  36,  15,  20,  41,  15,  56,  20,  25,  36,  25,  46,  87,
 699  51,  41,  31,  36,  36,  20,  36,  31,  20,  36,  20,  25,  46,  31,  36,  31,  77,
 700  41,  36,  31,  31,  31,  20,  25,  25,  31,  36,  25,  36,  41,  25,  36,  31,  51,  82,
 701  36,  10,  31,  10,  20,  31,  10,  15,  62,  20,  46,  46,  15,  20,  20,  20,  25,  41,  77,
 702  15,   0,  15,   0,  10,  41,  10,  20,  15,  10,  20,  25,   5,   5,  20,  15,  10,  15,  15, 124,
 703  -1,  -3,  -4,  -3,  -2,  -3,  -3,  -2,  -2,  -2,  -2,  -2,  -2,  -3,  -2,  -2,  -1,  -1,  -2,  -5,  -2,
 704  -4,  -5,  -5,  -6,  -5,   4,  -6,   3,  -3,  -4,  -2,  -3,  -4,  -6,  -3,  -4,  -3,  -3,  -3,   3,  -3,  11,
 705  -2,   0,  -7,   1,   6,  -6,  -4,   0,  -6,   1,  -5,  -3,  -1,  -2,   5,   0,  -1,  -2,  -4,  -5,  -1,  -4,   6,
 706 };
 707 int rpam120mt[]={
 708  52,
 709  38,  57,
 710  24,   9,  81,
 711  38,  57,   4,  62,
 712  38,  52,   4,  52,  62,
 713  19,  14,   9,   4,   4,  77,
 714  43,  38,  19,  38,  33,  14,  62,
 715  24,  43,  19,  38,  33,  24,  19,  72,
 716  33,  24,  24,  24,  24,  38,  19,  19,  67,
 717  28,  38,   4,  33,  33,   4,  24,  28,  24,  62,
 718  24,  19,   4,  14,  19,  38,  14,  24,  43,  19,  62,
 719  28,  19,   9,  19,  24,  33,  19,  19,  43,  38,  52,  77,
 720  33,  52,  14,  48,  43,  19,  38,  48,  28,  43,  19,  24,  57,
 721  43,  28,  19,  24,  28,  14,  28,  33,  24,  28,  24,  24,  28,  67,
 722  33,  38,   4,  43,  48,   9,  24,  52,  24,  38,  28,  33,  38,  38,  67,
 723  24,  28,  19,  24,  24,  14,  19,  43,  28,  48,  19,  33,  33,  33,  43,  67,
 724  43,  38,  38,  38,  33,  24,  43,  28,  28,  33,  19,  28,  43,  43,  28,  33,  52,
 725  43,  38,  24,  33,  28,  19,  33,  24,  38,  33,  24,  33,  38,  33,  28,  28,  48,  57,
 726  38,  24,  24,  24,  24,  24,  28,  24,  52,  19,  43,  43,  24,  28,  24,  24,  28,  38,  62,
 727   4,   9,   0,   0,   0,  33,   0,  24,   9,  14,  24,   9,  19,   4,   9,  43,  28,   9,   0,  96,
 728  -1,  -1,  -4,  -2,  -1,  -3,  -2,  -2,  -1,  -2,  -2,  -2,  -1,  -2,  -1,  -2,  -1,  -1,  -1,  -5,  -2,
 729  -4,  -3,  -1,  -5,  -5,   4,  -6,  -1,  -2,  -5,  -2,  -4,  -2,  -6,  -5,  -5,  -3,  -3,  -3,  -2,  -3,   8,
 730  -1,   2,  -7,   3,   4,  -6,  -2,   1,  -3,  -1,  -3,  -2,   0,  -1,   4,  -1,  -1,  -2,  -3,  -7,  -1,  -5,   4,
 731 };
 732 int  rpam160mt[]={
 733  47,
 734  36,  52,
 735  26,  15,  83,
 736  36,  52,  10,  57,
 737  36,  47,  10,  52,  57,
 738  20,  15,  10,   5,  10,  73,
 739  41,  36,  20,  36,  36,  15,  57,
 740  26,  41,  20,  36,  36,  26,  20,  68,
 741  31,  26,  26,  20,  26,  36,  20,  20,  62,
 742  26,  36,  10,  36,  31,  10,  26,  31,  26,  57,
 743  26,  15,   5,  15,  20,  41,  15,  26,  47,  20,  62,
 744  31,  20,  10,  20,  26,  36,  20,  20,  47,  36,  52,  73,
 745  36,  47,  15,  47,  41,  20,  36,  47,  26,  41,  20,  26,  52,
 746  41,  31,  20,  26,  31,  15,  31,  31,  26,  26,  20,  26,  31,  62,
 747  31,  41,  10,  41,  47,  10,  26,  47,  26,  36,  26,  31,  36,  36,  62,
 748  26,  31,  20,  26,  26,  15,  20,  41,  26,  52,  20,  31,  31,  31,  41,  68,
 749  41,  36,  36,  36,  36,  20,  41,  31,  26,  31,  20,  26,  41,  41,  31,  31,  47,
 750  41,  36,  26,  31,  31,  20,  31,  26,  36,  36,  26,  31,  36,  36,  31,  31,  41,  52,
 751  36,  26,  26,  20,  26,  26,  26,  26,  52,  20,  41,  41,  26,  26,  26,  20,  31,  36,  57,
 752  10,  10,   0,   5,   0,  31,   0,  20,  10,  15,  26,  15,  15,  10,  10,  41,  26,  10,   5,  99,
 753   0,  -1,  -3,  -1,  -1,  -3,  -1,  -1,  -1,  -1,  -2,  -1,   0,  -1,  -1,  -1,   0,   0,  -1,  -4,  -1,
 754  -3,  -3,   0,  -4,  -4,   5,  -5,   0,  -2,  -4,  -2,  -3,  -2,  -5,  -4,  -4,  -3,  -3,  -3,  -1,  -3,   8,
 755   0,   2,  -5,   2,   3,  -5,  -1,   1,  -2,   0,  -3,  -2,   1,  -1,   3,   0,  -1,  -1,  -2,  -6,  -1,  -4,   3,
 756 };
 757 int rpam250mt[]={
 758  42,
 759  34,  47,
 760  25,  17,  85,
 761  34,  47,  12,  51,
 762  34,  47,  12,  47,  51,
 763  21,  17,  17,   8,  12,  72,
 764  38,  34,  21,  38,  34,  12,  55,
 765  30,  38,  21,  38,  38,  25,  25,  60,
 766  30,  25,  25,  25,  25,  38,  21,  25,  55,
 767  30,  38,  12,  34,  34,  12,  25,  34,  25,  55,
 768  25,  21,   8,  17,  21,  42,  17,  25,  42,  21,  60,
 769  30,  25,  12,  21,  25,  34,  21,  25,  42,  34,  51,  60,
 770  34,  42,  17,  42,  38,  21,  34,  42,  25,  38,  21,  25,  42,
 771  38,  30,  21,  30,  30,  12,  34,  34,  25,  30,  21,  25,  34,  60,
 772  34,  38,  12,  42,  42,  12,  30,  47,  25,  38,  25,  30,  38,  34,  51,
 773  25,  30,  17,  30,  30,  17,  21,  42,  25,  47,  21,  34,  34,  34,  38,  60,
 774  38,  34,  34,  34,  34,  21,  38,  30,  30,  34,  21,  25,  38,  38,  30,  34,  42,
 775  38,  34,  25,  34,  34,  21,  34,  30,  34,  34,  25,  30,  34,  34,  30,  30,  38,  47,
 776  34,  25,  25,  25,  25,  30,  30,  25,  51,  25,  42,  42,  25,  30,  25,  25,  30,  34,  51,
 777   8,  12,   0,   4,   4,  34,   4,  21,  12,  21,  25,  17,  17,   8,  12,  42,  25,  12,   8, 107,
 778   0,  -1,  -3,  -1,  -1,  -2,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,  -1,   0,  -1,  -1,  -1,   0,   0,  -1,  -4,  -1,
 779  -3,  -3,   0,  -4,  -4,   7,  -5,   0,  -1,  -4,  -1,  -2,  -2,  -5,  -4,  -4,  -3,  -3,  -2,   0,  -2,  10,
 780   0,   2,  -5,   3,   3,  -5,   0,   2,  -2,   0,  -3,  -2,   1,   0,   3,   0,   0,  -1,  -2,  -6,  -1,  -4,   3,
 781 };
 782 int rpam350mt[]={
 783  39,
 784  36,  43,
 785  26,  16,  92,
 786  36,  43,  13,  46,
 787  36,  43,  13,  46,  46,
 788  19,  16,  16,  13,  13,  76,
 789  39,  36,  19,  36,  36,  13,  49,
 790  29,  36,  19,  36,  36,  26,  26,  56,
 791  33,  26,  23,  26,  26,  39,  26,  26,  49,
 792  29,  36,  13,  36,  33,  13,  29,  36,  26,  49,
 793  26,  19,   9,  19,  19,  43,  19,  26,  46,  23,  59,
 794  29,  26,  13,  23,  26,  36,  23,  26,  43,  33,  49,  53,
 795  33,  39,  19,  39,  39,  19,  36,  39,  26,  36,  23,  26,  39,
 796  36,  33,  23,  33,  33,  16,  33,  33,  26,  29,  23,  26,  33,  53,
 797  33,  39,  13,  39,  43,  16,  29,  43,  26,  36,  26,  29,  36,  36,  46,
 798  29,  33,  19,  29,  33,  16,  26,  39,  26,  46,  23,  33,  36,  33,  39,  56,
 799  36,  36,  33,  36,  33,  19,  36,  29,  29,  33,  23,  26,  36,  36,  33,  33,  36,
 800  36,  33,  26,  33,  33,  23,  36,  29,  33,  33,  26,  29,  36,  36,  33,  29,  36,  39,
 801  33,  26,  26,  26,  26,  29,  29,  26,  46,  26,  43,  39,  26,  29,  26,  23,  29,  33,  49,
 802   9,  13,   0,   6,   6,  36,   6,  23,  13,  19,  26,  16,  16,   9,  16,  46,  23,  13,   9, 122,
 803   0,   0,  -3,  -1,   0,  -2,  -1,   0,   0,  -1,  -1,   0,   0,   0,   0,  -1,   0,   0,   0,  -5,  -1,
 804  -4,  -4,   1,  -5,  -5,  11,  -6,   0,   0,  -5,   0,  -2,  -3,  -6,  -5,  -5,  -3,  -3,  -2,   1,  -2,  14,
 805   0,   2,  -6,   3,   3,  -6,   0,   2,  -2,   1,  -3,  -2,   2,   0,   3,   1,   0,   0,  -2,  -7,   0,  -5,   3,
 806 };
 807 int ralpha_mat []={
 808  42,
 809  27,  27,
 810  31,  27,  60,
 811  28,  27,  30,  46,
 812  27,  27,  31,  28,  42,
 813  25,  27,  31,  28,  29,  84,
 814  29,  27,  31,  25,  29,  30,  51,
 815  32,  27,  31,  60,  29,  31,  23,  61,
 816  46,  27,  28,  28,  31,  14,  29,  23,  52,
 817  28,  27,  27,  31,  30,  26,  29,  23,  21,  49,
 818  30,  27,  35,  31,  30,  29,  31,  23,  15,  23,  57,
 819  28,  27,  30,  31,  29,  12,  24,  20,  18,  25,  33,  53,
 820  40,  27,  29,  27,  46,  31,  30,  28,  28,  60,  25,  28,  36,
 821  60,  27,  34,  35,  51,  28,  28,  23,  22,  24,  29,  13,  31,  66,
 822  36,  27,  28,  28,  27,  29,  30,  31,  34,  32,  24,  42,  32,  29,  35,
 823  27,  27,  36,  31,  29,  60,  32,  46,  30,  28,  28,  25,  28,  28,  27,  40,
 824  28,  27,  24,  27,  23,  29,  27,  21,  18,  22,  23,  13,  31,  29,  31,  31,  38,
 825  31,  27,  32,  30,  29,  29,  61,  22,  16,  29,  30,  12,  28,  30,  30,  31,  29,  36,
 826  28,  27,  29,  24,  24,  31,  23,  15,  32,  23,  26,   9,  30,  32,  29,  35,  29,   3,  53,
 827  31,  27,  42,  31,  31,  31,  23,  22,  15,  26,  29,  25,  35,  31,  30,  31,  29,   0,  22, 132,
 828   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
 829   6,   0,   2,  10,   3,  -2,  -6,  38, -14,  -7,  -1, -19,   0,   5,   3,   1,   4, -29,  -6, -19,   0,  97,
 830   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
 831 };
 832
 833 int rbeta_mat[]={
 834  44,
 835  26,  26,
 836  29,  26, 102,
 837  27,  26,  22,  64,
 838  25,  26,  33,  22,  50,
 839  14,  26,  32,  17,  31,  70,
 840  28,  26,  31,  14,  35,  32,  68,
 841  36,  26,  33, 102,  28,   3,  23,  69,
 842  64,  26,  17,  26,  26,   9,  28,  21,  48,
 843  11,  26,  26,  31,  12,  28,  39,  17,  18,  52,
 844  22,  26,  50,  33,  27,  31,  36,  19,  21,  24,  52,
 845  22,  26,  28,  33,  29,  19,  17,  13,  16,  27,  37,  45,
 846  57,  26,  28,  25,  64,  33,  22,  11,  22, 102,  14,  26,  38,
 847 102,  26,  39,  50,  68,  30,  30,  16,   0,  24,  32,  17,  31,  87,
 848  38,  26,  26,  11,  26,  35,  28,  32,  39,  35,  10,  50,  36,  28,  50,
 849  24,  26,  38,  29,  28, 102,  36,  64,  22,  22,  11,  14,  27,  26,  25,  57,
 850  26,  26,  10,  26,  23,  21,  22,  16,  17,  22,   8,  19,  33,  31,  26,  33,  46,
 851  33,  26,  35,  28,  28,  28,  69,  17,  15,   4,  35,  10,  17,  27,  27,  31,  29,  42,
 852  17,  26,  28,  10,  17,  24,  17,  21,  36,  28,  25,  16,  28,  18,  31,  50,  28,   9,  44,
 853  31,  26,  50,  32,  36,  21,  21,  14,  14,  24,  34,   2,  50,  31,  12,  33,  31,  13,  22, 130,
 854   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
 855   9,   0,  12,  17,  17, -12,  -9,  28, -13,  -3,   0, -12,   0,   8,   4, -11,   2,  -5,  -5,  -5,   0,  47,
 856   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
 857 };
 858 int rcoil_mat[]={
 859  36,
 860  27,  27,
 861  29,  27, 124,
 862  28,  27,  22,  51,
 863  28,  27,  33,  18,  40,
 864  13,  27,  29,  17,  23, 101,
 865  27,  27,  30,  13,  23,  28,  64,
 866  31,  27,  30, 124,  21,  15,  24,  76,
 867  51,  27,  17,  29,  25,  14,  27,  26,  71,
 868  18,  27,  29,  30,   8,  25,  24,  23,  20,  61,
 869  22,  27,  39,  33,  22,  28,  28,  21,  24,  27,  70,
 870  18,  27,  29,  30,  21,  12,   6,  18,  20,  26,  33,  73,
 871  52,  27,  27,  28,  51,  33,  22,  18,  18, 124,  13,  29,  36,
 872 124,  27,  34,  39,  64,  27,  25,  23,  18,  24,  27,  13,  30,  79,
 873  36,  27,  29,  18,  29,  23,  29,  29,  34,  32,  13,  40,  31,  21,  39,
 874  27,  27,  36,  29,  27, 124,  31,  51,  22,  18,  18,  13,  28,  29,  28,  52,
 875  29,  27,  13,  29,  24,  19,  16,  22,  21,  18,   9,  14,  30,  30,  25,  33,  44,
 876  33,  27,  32,  29,  27,  20,  76,  10,  19,  20,  32,   9,  17,  28,  22,  30,  29,  55,
 877  17,  27,  21,  13,   6,  21,  23,  24,  44,  13,  21,   7,  29,  17,  23,  39,  26,  20,  60,
 878  30,  27,  40,  29,  28,  19,  26,  16,   7,  25,  31,   9,  39,  30,   8,  30,  27,  18,  26, 143,
 879   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
 880   4,   0,  -4,   8,  -3, -30,  -6,  49, -10,  -7, -12, -18,   3,   3,  -6, -11,   3,   2,   2,  -5,   0,  59,
 881   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
 882 };
 883 int tmpam250mt[]={
 884   2,
 885   0,   0,
 886   2,   0,   6,
 887  -1,   0,   0,  12,
 888   0,   0,   6,  -1,  13,
 889  -3,   0,   1,  -3,   3,   5,
 890   1,   0,   3,  -3,   1,   7,   6,
 891   6,   0,   2,   6,   0,  -1,  -3,  11,
 892  12,   0,  -3,  -2,  -2,  -5,   5,   0,   2,
 893  -1,   0,   0,   3,  -1,   0,   3,  -3,  -3,  12,
 894   0,   0,  11,   6,   3,   5,   3,  -3,  -2,  -2,   3,
 895  -1,   0,   2,   2,  -1,  -2,  -1,  -3,  -4,  -1,   9,   3,
 896   7,   0,   1,   0,  12,   6,   0,  -1,  -1,   6,  -3,  -2,  11,
 897   6,   0,   8,  11,   6,   0,   2,  -4,  -1,  -2,   3,  -4,   3,  11,
 898  11,   0,  -2,  -1,   0,   1,   2,   1,   8,   7,  -3,  13,   6,   0,  11,
 899  -1,   0,  11,   2,   1,   6,   6,  12,   0,  -1,  -1,  -3,  -1,  -2,   0,   7,
 900  -2,   0,  -3,   0,  -3,  -3,  -3,  -4,  -2,  -3,  -3,  -4,   2,   2,  -2,   6,   3,
 901   6,   0,   7,   2,   5,  -2,  11,  -2,  -5,  -1,   6,  -6,  -3,  -1,   3,   3,   1,   3,
 902  -3,   0,   0,  -3,  -1,   0,  -3,  -2,   1,  -3,   4,  -6,   2,   1,   3,  11,   0,  -3,   2,
 903   3,   0,  13,   1,   3,  -2,   0,  -4,  -4,  -2,   1,   1,  11,   2,  -1,   2,  -1,  -4,  -1,  12,
 904   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
 905   2,   0,   1,   8,   3,  -4,  -3,   2,  -4,  -3,  -1,  -4,   0,   0,  -1,  -3,   1,   5,   0,  -3,   0,  10,
 906   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, };
 907 int  rtmpam250mt[]={
 908  32,
 909  24,  24,
 910  32,  24,  49,
 911  20,  24,  24,  73,
 912  24,  24,  49,  20,  77,
 913  12,  24,  28,  12,  36,  45,
 914  28,  24,  36,  12,  28,  53,  49,
 915  49,  24,  32,  49,  24,  20,  12,  69,
 916  73,  24,  12,  16,  16,   4,  45,  24,  32,
 917  20,  24,  24,  36,  20,  24,  36,  12,  12,  73,
 918  24,  24,  69,  49,  36,  45,  36,  12,  16,  16,  36,
 919  20,  24,  32,  32,  20,  16,  20,  12,   8,  20,  61,  36,
 920  53,  24,  28,  24,  73,  49,  24,  20,  20,  49,  12,  16,  69,
 921  49,  24,  57,  69,  49,  24,  32,   8,  20,  16,  36,   8,  36,  69,
 922  69,  24,  16,  20,  24,  28,  32,  28,  57,  53,  12,  77,  49,  24,  69,
 923  20,  24,  69,  32,  28,  49,  49,  73,  24,  20,  20,  12,  20,  16,  24,  53,
 924  16,  24,  12,  24,  12,  12,  12,   8,  16,  12,  12,   8,  32,  32,  16,  49,  36,
 925  49,  24,  53,  32,  45,  16,  69,  16,   4,  20,  49,   0,  12,  20,  36,  36,  28,  36,
 926  12,  24,  24,  12,  20,  24,  12,  16,  28,  12,  40,   0,  32,  28,  36,  69,  24,  12,  32,
 927  36,  24,  77,  28,  36,  16,  24,   8,   8,  16,  28,  28,  69,  32,  20,  32,  20,   8,  20,  73,
 928   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
 929   2,   0,   1,   8,   3,  -4,  -3,   2,  -4,  -3,  -1,  -4,   0,   0,  -1,  -3,   1,   5,   0,  -3,   0,  10,
 930   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
 931 };
 932 int promoter_tf1[]={
 933   0,
 934   0,   0,
 935   0,   0,   0,
 936   0,   0,   0,   6,
 937   0,   0,   0,   1,   6,
 938   0,   0,   0,   2,   2,   5,
 939   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
 940   0,   0,   0,   2,   2,   1,   0,   6,
 941   0,   0,   0,   1,  -1,  -1,   0,  -2,   6,
 942   0,   0,   0,  -3,   1,  -2,   0,  -3,   1,   6,
 943   0,   0,   0,  -2,  -1,   2,   0,  -2,   2,   1,   6,
 944   0,   0,   0,  -1,  -1,  -1,   0,   1,   2,   2,   2,   6,
 945   0,   0,   0,   1,  -1,   0,   0,  -2,   1,  -2,  -1,  -1,   6,
 946   0,   0,   0,  -2,   2,  -1,   0,  -2,  -2,   1,  -2,  -1,   2,   6,
 947   0,   0,   0,  -3,  -3,   2,   0,  -4,  -3,  -3,   0,  -3,   1,   0,   4,
 948   0,   0,   0,  -2,  -1,  -2,   0,   2,  -2,  -2,  -2,   2,   1,   2,   0,   6,
 949   0,   0,   0,   1,  -1,  -1,   0,  -1,   1,  -2,  -2,  -1,   1,  -2,  -3,  -1,   6,
 950   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
 951   0,   0,   0,  -2,   2,  -2,   0,  -2,  -1,   2,  -2,   0,  -2,   1,  -3,  -1,   1,   0,   6,
 952   0,   0,   0,  -2,  -2,   2,   0,  -2,  -2,  -2,   2,  -1,  -1,  -2,   0,  -1,   2,   0,   1,   5,
 953   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
 954   0,   0,   0,  -1,  -2,  -2,   0,   2,  -2,  -2,  -2,   2,  -2,  -3,  -4,   1,   2,   0,   2,   1,   0,   6,
 955   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
 956 };
 957 int blosumR[]={
 958   0,
 959   0,   0,
 960   0,   0,   0,
 961   0,   0,   0,   6,
 962   0,   0,   0,   1,   6,
 963   0,   0,   0,   2,   2,   5,
 964   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
 965   0,   0,   0,   2,   2,   1,   0,   6,
 966   0,   0,   0,   1,  -1,  -1,   0,  -2,   6,
 967   0,   0,   0,  -3,   1,  -2,   0,  -3,   1,   6,
 968   0,   0,   0,  -2,  -1,   2,   0,  -2,   2,   1,   6,
 969   0,   0,   0,  -1,  -1,  -1,   0,   1,   2,   2,   2,   6,
 970   0,   0,   0,   1,  -1,   0,   0,  -2,   1,  -2,  -1,  -1,   6,
 971   0,   0,   0,  -2,   2,  -1,   0,  -2,  -2,   1,  -2,  -1,   2,   6,
 972   0,   0,   0,  -3,  -3,   2,   0,  -4,  -3,  -3,   0,  -3,   1,   0,   4,
 973   0,   0,   0,  -2,  -1,  -2,   0,   2,  -2,  -2,  -2,   2,   1,   2,   0,   6,
 974   0,   0,   0,   1,  -1,  -1,   0,  -1,   1,  -2,  -2,  -1,   1,  -2,  -3,  -1,   6,
 975   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
 976   0,   0,   0,  -2,   2,  -2,   0,  -2,  -1,   2,  -2,   0,  -2,   1,  -3,  -1,   1,   0,   6,
 977   0,   0,   0,  -2,  -2,   2,   0,  -2,  -2,  -2,   2,  -1,  -1,  -2,   0,  -1,   2,   0,   1,   5,
 978   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
 979   0,   0,   0,  -1,  -2,  -2,   0,   2,  -2,  -2,  -2,   2,  -2,  -3,  -4,   1,   2,   0,   2,   1,   0,   6,
 980   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,};
 981 /******************************COPYRIGHT NOTICE*******************************/
 982 /*© Centro de Regulacio Genomica */
 983 /*and */
 984 /*Cedric Notredame */
 985 /*Fri Feb 18 08:27:45 CET 2011 - Revision 596. */
 986 /*All rights reserved.*/
 987 /*This file is part of T-COFFEE.*/
 988 /**/
 989 /*    T-COFFEE is free software; you can redistribute it and/or modify*/
 990 /*    it under the terms of the GNU General Public License as published by*/
 991 /*    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or*/
 992 /*    (at your option) any later version.*/
 993 /**/
 994 /*    T-COFFEE is distributed in the hope that it will be useful,*/
 995 /*    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of*/
 996 /*    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the*/
 997 /*    GNU General Public License for more details.*/
 998 /**/
 999 /*    You should have received a copy of the GNU General Public License*/
1000 /*    along with Foobar; if not, write to the Free Software*/
1001 /*    Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA*/
1002 /*...............................................                                                                                      |*/
1003 /*  If you need some more information*/
1004 /*  cedric.notredame@europe.com*/
1005 /*...............................................                                                                                                                                     |*/
1006 /**/
1007 /**/
1008 /*      */
1009 /******************************COPYRIGHT NOTICE*******************************/