1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>
\r
3 <runnerClassName>compbio.runner.conservation.AACon</runnerClassName>
\r
5 <name>Normalize</name>
\r
6 <description>Normalize the results. The results of the calculation by different methods will all be scaled to the range between 0 and 1, so that they are comparable</description>
\r
7 <optionNames>-n</optionNames>
\r
8 <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>
\r
10 <prmSeparator>=</prmSeparator>
\r
12 <name>Calculation method</name>
\r
13 <description>The method of the calculation to use</description>
\r
14 <optionNames>-m</optionNames>
\r
15 <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>
\r
16 <defaultValue>SHENKIN</defaultValue>
\r
17 <possibleValues>KABAT</possibleValues>
\r
18 <possibleValues>JORES</possibleValues>
\r
19 <possibleValues>SCHNEIDER</possibleValues>
\r
20 <possibleValues>SHENKIN</possibleValues>
\r
21 <possibleValues>GERSTEIN</possibleValues>
\r
22 <possibleValues>TAYLOR_GAPS</possibleValues>
\r
23 <possibleValues>TAYLOR_NO_GAPS</possibleValues>
\r
24 <possibleValues>ZVELIBIL</possibleValues>
\r
25 <possibleValues>KARLIN</possibleValues>
\r
26 <possibleValues>ARMON</possibleValues>
\r
27 <possibleValues>THOMPSON</possibleValues>
\r
28 <possibleValues>NOT_LANCET</possibleValues>
\r
29 <possibleValues>MIRNY</possibleValues>
\r
30 <possibleValues>WILLIAMSON</possibleValues>
\r
31 <possibleValues>LANDGRAF</possibleValues>
\r
32 <possibleValues>SANDER</possibleValues>
\r
33 <possibleValues>VALDAR</possibleValues>
\r
34 <possibleValues>SMERFS</possibleValues>
\r