conf/settings/AAConParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <runnerConfig>\r
   3         <runnerClassName>compbio.runner.conservation.AACon</runnerClassName>\r
   4         <options>\r
   5                 <name>Normalize</name>\r
   6                 <description>Normalize the results. The results of the calculation by different methods will all be scaled to the range between 0 and 1, so that they are comparable</description>\r
   7                 <optionNames>-n</optionNames>\r
   8                 <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>\r
   9         </options>\r
  10         <prmSeparator>=</prmSeparator>\r
  11         <parameters>\r
  12                 <name>Calculation method</name>\r
  13                 <description>The method of the calculation to use</description>\r
  14                 <optionNames>-m</optionNames>\r
  15                 <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>\r
  16                 <defaultValue>SHENKIN</defaultValue>\r
  17         <possibleValues>KABAT</possibleValues>\r
  18         <possibleValues>JORES</possibleValues>\r
  19                 <possibleValues>SCHNEIDER</possibleValues>\r
  20                 <possibleValues>SHENKIN</possibleValues>\r
  21                 <possibleValues>GERSTEIN</possibleValues>\r
  22                 <possibleValues>TAYLOR_GAPS</possibleValues>\r
  23                 <possibleValues>TAYLOR_NO_GAPS</possibleValues> \r
  24         <possibleValues>ZVELIBIL</possibleValues>\r
  25         <possibleValues>KARLIN</possibleValues>\r
  26                 <possibleValues>ARMON</possibleValues>\r
  27                 <possibleValues>THOMPSON</possibleValues>\r
  28                 <possibleValues>NOT_LANCET</possibleValues>\r
  29                 <possibleValues>MIRNY</possibleValues>\r
  30                 <possibleValues>WILLIAMSON</possibleValues> \r
  31         <possibleValues>LANDGRAF</possibleValues>\r
  32         <possibleValues>SANDER</possibleValues>\r
  33         <possibleValues>VALDAR</possibleValues>\r
  34         <possibleValues>SMERFS</possibleValues>\r
  35         </parameters>\r
  36 </runnerConfig>\r