1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>
\r
3 <runnerClassName>compbio.runner.clustal.ClustalW</runnerClassName>
\r
6 <description>Residue-specific gaps off</description>
\r
7 <optionNames>-NOPGAP</optionNames>
\r
8 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>
\r
11 <name>No transition weighting</name>
\r
12 <description>Disable sequence weighting</description>
\r
13 <optionNames>-NOWEIGHTS</optionNames>
\r
14 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>
\r
18 <description>Hydrophilic gaps off</description>
\r
19 <optionNames>-NOHGAP</optionNames>
\r
20 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>
\r
22 <prmSeparator>=</prmSeparator>
\r
24 <name>Transition weighting</name>
\r
25 <description>Type of the sequence (PROTEIN or DNA)</description>
\r
26 <optionNames>-TRANSWEIGHT</optionNames>
\r
27 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>
\r
28 <defaultValue>0.5</defaultValue>
\r
37 <description>Type of the sequence (PROTEIN or DNA)</description>
\r
38 <optionNames>-TYPE</optionNames>
\r
39 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>
\r
40 <defaultValue>PROTEIN</defaultValue>
\r
41 <possibleValues>PROTEIN</possibleValues>
\r
42 <possibleValues>DNA</possibleValues>
\r
45 <name>OUTORDER</name>
\r
46 <description>As per INPUT or ALIGNED</description>
\r
47 <optionNames>-OUTORDER</optionNames>
\r
48 <defaultValue>INPUT</defaultValue>
\r
49 <possibleValues>INPUT</possibleValues>
\r
50 <possibleValues>ALIGNED</possibleValues>
\r
54 <description>Protein weight matrix</description>
\r
55 <optionNames>-MATRIX</optionNames>
\r
56 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>
\r
57 <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>
\r
58 <!-- Clustal build in matrices
\r
59 <possibleValues>BLOSUM</possibleValues>
\r
60 <possibleValues>PAM</possibleValues>
\r
61 <possibleValues>ID</possibleValues>
\r
62 <possibleValues>GONNET</possibleValues>
\r
64 <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>
\r
65 <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>
\r
66 <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>
\r
67 <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>
\r
68 <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>
\r
69 <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>
\r
70 <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>
\r
71 <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>
\r
72 <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>
\r
73 <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>
\r
74 <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>
\r
75 <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>
\r
76 <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>
\r
77 <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>
\r
78 <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>
\r
79 <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>
\r
80 <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>
\r
81 <possibleValues>GONNET</possibleValues>
\r
82 <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>
\r
83 <possibleValues>MATCH</possibleValues>
\r
84 <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>
\r
85 <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>
\r
86 <possibleValues>PAM10</possibleValues>
\r
87 <possibleValues>PAM100</possibleValues>
\r
88 <possibleValues>PAM110</possibleValues>
\r
89 <possibleValues>PAM120</possibleValues>
\r
90 <possibleValues>PAM130</possibleValues>
\r
91 <possibleValues>PAM140</possibleValues>
\r
92 <possibleValues>PAM150</possibleValues>
\r
93 <possibleValues>PAM160</possibleValues>
\r
94 <possibleValues>PAM170</possibleValues>
\r
95 <possibleValues>PAM180</possibleValues>
\r
96 <possibleValues>PAM190</possibleValues>
\r
97 <possibleValues>PAM20</possibleValues>
\r
98 <possibleValues>PAM200</possibleValues>
\r
99 <possibleValues>PAM210</possibleValues>
\r
100 <possibleValues>PAM220</possibleValues>
\r
101 <possibleValues>PAM230</possibleValues>
\r
102 <possibleValues>PAM240</possibleValues>
\r
103 <possibleValues>PAM250</possibleValues>
\r
104 <possibleValues>PAM260</possibleValues>
\r
105 <possibleValues>PAM270</possibleValues>
\r
106 <possibleValues>PAM280</possibleValues>
\r
107 <possibleValues>PAM290</possibleValues>
\r
108 <possibleValues>PAM30</possibleValues>
\r
109 <possibleValues>PAM300</possibleValues>
\r
110 <possibleValues>PAM310</possibleValues>
\r
111 <possibleValues>PAM320</possibleValues>
\r
112 <possibleValues>PAM330</possibleValues>
\r
113 <possibleValues>PAM340</possibleValues>
\r
114 <possibleValues>PAM350</possibleValues>
\r
115 <possibleValues>PAM360</possibleValues>
\r
116 <possibleValues>PAM370</possibleValues>
\r
117 <possibleValues>PAM380</possibleValues>
\r
118 <possibleValues>PAM390</possibleValues>
\r
119 <possibleValues>PAM40</possibleValues>
\r
120 <possibleValues>PAM400</possibleValues>
\r
121 <possibleValues>PAM410</possibleValues>
\r
122 <possibleValues>PAM420</possibleValues>
\r
123 <possibleValues>PAM430</possibleValues>
\r
124 <possibleValues>PAM440</possibleValues>
\r
125 <possibleValues>PAM450</possibleValues>
\r
126 <possibleValues>PAM460</possibleValues>
\r
127 <possibleValues>PAM470</possibleValues>
\r
128 <possibleValues>PAM480</possibleValues>
\r
129 <possibleValues>PAM490</possibleValues>
\r
130 <possibleValues>PAM50</possibleValues>
\r
131 <possibleValues>PAM500</possibleValues>
\r
132 <possibleValues>PAM60</possibleValues>
\r
133 <possibleValues>PAM70</possibleValues>
\r
134 <possibleValues>PAM80</possibleValues>
\r
135 <possibleValues>PAM90</possibleValues>
\r
138 <name>GAPOPEN</name>
\r
139 <description>Gap opening penalty</description>
\r
140 <optionNames>-GAPOPEN</optionNames>
\r
141 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>
\r
142 <defaultValue>10</defaultValue>
\r
150 <name>-GAPEXT</name>
\r
151 <description>Gap extension penalty</description>
\r
152 <optionNames>-GAPEXT</optionNames>
\r
153 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>
\r
154 <defaultValue>0.1</defaultValue>
\r
162 <name>ENDGAPS</name>
\r
163 <description>End gap separation pen</description>
\r
164 <optionNames>-ENDGAPS</optionNames>
\r
165 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>
\r
166 <defaultValue>0.5</defaultValue>
\r
174 <name>GAPDIST</name>
\r
175 <description>Gap separation pen. range</description>
\r
176 <optionNames>-GAPDIST</optionNames>
\r
177 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>
\r
178 <defaultValue>1</defaultValue>
\r
180 <type>Integer</type>
\r