conf/settings/JpredParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <runnerConfig>\r
   3     <runnerClassName>compbio.runner.predictors.Jpred</runnerClassName>\r
   4 \r
   5     <options>\r
   6         <name>Prediction without PSI-BLAST hits</name>\r
   7         <description>\r
   8             Toggle allowing Jpred to make predictions even when there are no\r
   9             PSI-BLAST hits.\r
  10         </description>\r
  11         <optionNames>-pred-nohits</optionNames>\r
  12         <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
  13     </options>\r
  14 \r
  15     <options>\r
  16         <name>JABAWS configuration</name>\r
  17         <description>\r
  18             Configure Jpred to work within JABAWS\r
  19         </description>\r
  20         <optionNames>-jabaws</optionNames>\r
  21         <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
  22     </options>\r
  23 \r
  24     <prmSeparator> </prmSeparator>\r
  25 \r
  26     <parameters isRequired="false">\r
  27         <name>UNIREF database</name>\r
  28         <description>\r
  29             Path to UNIREF database for PSI-BLAST querying\r
  30         </description>\r
  31         <optionNames>-dbpath</optionNames>\r
  32         <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
  33         <defaultValue>/data/UNIREFdb</defaultValue>\r
  34      </parameters>\r
  35 \r
  36     <parameters isRequired="true">\r
  37         <name>UNIREF database name</name>\r
  38         <description>\r
  39             Number of (combined guide tree/HMM) iterations\r
  40         </description>\r
  41         <optionNames>-dbname</optionNames>\r
  42         <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
  43         <defaultValue>ported_db</defaultValue>\r
  44         <possibleValues>uniref90</possibleValues>\r
  45         <possibleValues>ported_db</possibleValues>\r
  46         <possibleValues>cluster</possibleValues>\r
  47     </parameters>\r
  48 \r
  49      <parameters isRequired="false">\r
  50         <name>Number of CPUs</name>\r
  51         <description>\r
  52             Number of CPU used by Jpred. Maximum value is 8\r
  53         </description>\r
  54         <optionNames>-ncpu</optionNames>\r
  55         <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
  56         <defaultValue>1</defaultValue>\r
  57         <validValue>\r
  58             <type>Integer</type>\r
  59             <min>1</min>\r
  60             <max>8</max>\r
  61         </validValue>\r
  62     </parameters>\r
  63 \r
  64 </runnerConfig>\r