1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes" ?>
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3 <runnerClassName>compbio.runner.mafft.Mafft</runnerClassName>
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4 <options isRequired="false">
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5 <name>Shared 6mers distance calculation</name>
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6 <description>Distance is calculated based on the number of shared 6mers. Default: on</description>
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7 <optionNames>--6merpair</optionNames>
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8 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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9 <defaultValue>--6merpair</defaultValue>
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11 <options isRequired="true">
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12 <name>Output sequences order</name>
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13 <description>--inputorder - Output order: same as input.
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14 --reorder - Output order: aligned. Default: same as input</description>
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15 <optionNames>--inputorder</optionNames>
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16 <optionNames>--reorder</optionNames>
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17 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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18 <defaultValue>--inputorder</defaultValue>
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20 <options isRequired="false">
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21 <name>Sequence type</name>
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23 --nuc - Assume the sequences are nucleotide.
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24 --amino - Assume the sequences are amino acid. </description>
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25 <optionNames>--amino</optionNames>
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26 <optionNames>--nuc</optionNames>
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27 <optionNames>--auto</optionNames>
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28 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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29 <defaultValue>--auto</defaultValue>
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31 <options isRequired="false">
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32 <name>Pairwise alignment computation method</name>
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35 All pairwise alignments are computed with the Needleman-Wunsch algorithm. More accurate but slower than --6merpair. Suitable for a set of globally alignable sequences. Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (G-INS-i). Default: off (6mer distance is used)
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37 All pairwise alignments are computed with a local algorithm with the generalized affine gap cost (Altschul 1998). More accurate but slower than --6merpair. Suitable when large internal gaps are expected. Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (E-INS-i). Default: off (6mer distance is used)
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39 All pairwise alignments are computed with FASTA (Pearson and Lipman 1988). FASTA is required. Default: off (6mer distance is used)
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41 All pairwise alignments are computed with the Smith-Waterman algorithm. More accurate but slower than --6merpair. Suitable for a set of locally alignable sequences. Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (L-INS-i). Default: off (6mer distance is used)
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43 <optionNames>--fastapair</optionNames>
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44 <optionNames>--genafpair</optionNames>
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45 <optionNames>--localpair</optionNames>
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46 <optionNames>--globalpair</optionNames>
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47 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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48 <defaultValue>--localpair</defaultValue>
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50 <options isRequired="false">
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51 <name>FFT approximation</name>
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52 <description>Use / Do not use FFT approximation in group-to-group alignment. Default: off</description>
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53 <optionNames>--nofft</optionNames>
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54 <optionNames>--fft</optionNames>
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55 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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56 <defaultValue>--nofft</defaultValue>
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58 <options isRequired="false">
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59 <name>No score</name>
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60 <description>Alignment score is not checked in the iterative refinement stage. Default: off (score is checked)</description>
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61 <optionNames>--noscore</optionNames>
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62 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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64 <options isRequired="false">
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65 <name>Part tree</name>
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67 --parttree - Use a fast tree-building method (PartTree, Katoh and Toh 2007) with the 6mer distance.
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68 --dpparttree - the PartTree algorithm is used with distances based on DP.
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69 Slightly more accurate and slower than --parttree.
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70 --fastaparttree - The PartTree algorithm is used with distances based on FASTA.
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71 Slightly more accurate and slower than --parttree.
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72 All methods recommended for a large number (> ~10,000) of sequences are input.
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74 <optionNames>--dpparttree</optionNames>
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75 <optionNames>--parttree</optionNames>
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76 <optionNames>--fastaparttree</optionNames>
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77 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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78 <defaultValue>--fastaparttree</defaultValue>
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80 <prmSeparator> </prmSeparator>
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81 <parameters isRequired="false">
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82 <name>Max iteration number</name>
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83 <description>number cycles of iterative refinement are performed. Default: 0</description>
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84 <optionNames>--maxiterate</optionNames>
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85 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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86 <defaultValue>0</defaultValue>
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88 <type>Integer</type>
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93 <parameters isRequired="false">
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94 <name>Partsize</name>
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95 <description>The number of partitions in the PartTree algorithm. Default: 50</description>
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96 <optionNames>--partsize</optionNames>
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97 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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98 <defaultValue>50</defaultValue>
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100 <type>Integer</type>
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104 <parameters isRequired="false">
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105 <name>Group size</name>
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106 <description>Do not make alignment larger than number sequences. Valid only with the --*parttree options. Default: the number of input sequences</description>
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107 <optionNames>--groupsize</optionNames>
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108 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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109 <defaultValue>20</defaultValue>
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111 <type>Integer</type>
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115 <parameters isRequired="false">
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116 <name>Guide tree rebuild</name>
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117 <description>Guide tree is built number times in the progressive stage. Valid with 6mer distance. Default: 2</description>
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118 <optionNames>--retree</optionNames>
\r
119 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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120 <defaultValue>2</defaultValue>
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122 <type>Integer</type>
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127 <parameters isRequired="false">
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128 <name>Gap opening penalty</name>
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129 <description>Gap opening penalty at group-to-group alignment. Default: 1.53</description>
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130 <optionNames>--op</optionNames>
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131 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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132 <defaultValue>1.53</defaultValue>
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138 <parameters isRequired="false">
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139 <name>Group-to-group gap extension penalty</name>
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140 <description>Offset value, which works like gap extension penalty, for group-to-group alignment. Deafult: 0.123</description>
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141 <optionNames>--ep</optionNames>
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142 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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143 <defaultValue>0.123</defaultValue>
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149 <parameters isRequired="false">
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150 <name>Gap opening penalty at local pairwise alignment</name>
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151 <description>Gap opening penalty at local pairwise alignment. Valid when the --localpair or --genafpair option is selected. Default: -2.00</description>
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152 <optionNames>--lop</optionNames>
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153 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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154 <defaultValue>-2.00</defaultValue>
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160 <parameters isRequired="false">
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161 <name>Matrix</name>
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162 <description>Substitution Matrix to use</description>
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163 <optionNames>--aamatrix</optionNames>
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164 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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165 <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>
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166 <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>
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167 <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>
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168 <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>
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169 <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>
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170 <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>
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171 <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>
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172 <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>
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173 <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>
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174 <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>
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175 <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>
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176 <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>
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177 <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>
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178 <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>
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179 <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>
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180 <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>
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181 <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>
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182 <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>
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183 <possibleValues>GONNET</possibleValues>
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184 <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>
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185 <possibleValues>MATCH</possibleValues>
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186 <possibleValues>PAM10</possibleValues>
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187 <possibleValues>PAM100</possibleValues>
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188 <possibleValues>PAM110</possibleValues>
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189 <possibleValues>PAM120</possibleValues>
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190 <possibleValues>PAM130</possibleValues>
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191 <possibleValues>PAM140</possibleValues>
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192 <possibleValues>PAM150</possibleValues>
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193 <possibleValues>PAM160</possibleValues>
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194 <possibleValues>PAM170</possibleValues>
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195 <possibleValues>PAM180</possibleValues>
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196 <possibleValues>PAM190</possibleValues>
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197 <possibleValues>PAM20</possibleValues>
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198 <possibleValues>PAM200</possibleValues>
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199 <possibleValues>PAM210</possibleValues>
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200 <possibleValues>PAM220</possibleValues>
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201 <possibleValues>PAM230</possibleValues>
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202 <possibleValues>PAM240</possibleValues>
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203 <possibleValues>PAM250</possibleValues>
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204 <possibleValues>PAM260</possibleValues>
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205 <possibleValues>PAM270</possibleValues>
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206 <possibleValues>PAM280</possibleValues>
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207 <possibleValues>PAM290</possibleValues>
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208 <possibleValues>PAM30</possibleValues>
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209 <possibleValues>PAM300</possibleValues>
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210 <possibleValues>PAM310</possibleValues>
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211 <possibleValues>PAM320</possibleValues>
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212 <possibleValues>PAM330</possibleValues>
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213 <possibleValues>PAM340</possibleValues>
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214 <possibleValues>PAM350</possibleValues>
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215 <possibleValues>PAM360</possibleValues>
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216 <possibleValues>PAM370</possibleValues>
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217 <possibleValues>PAM380</possibleValues>
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218 <possibleValues>PAM390</possibleValues>
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219 <possibleValues>PAM40</possibleValues>
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220 <possibleValues>PAM400</possibleValues>
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221 <possibleValues>PAM410</possibleValues>
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222 <possibleValues>PAM420</possibleValues>
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223 <possibleValues>PAM430</possibleValues>
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224 <possibleValues>PAM440</possibleValues>
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225 <possibleValues>PAM450</possibleValues>
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226 <possibleValues>PAM460</possibleValues>
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227 <possibleValues>PAM470</possibleValues>
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228 <possibleValues>PAM480</possibleValues>
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229 <possibleValues>PAM490</possibleValues>
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230 <possibleValues>PAM50</possibleValues>
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231 <possibleValues>PAM500</possibleValues>
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232 <possibleValues>PAM60</possibleValues>
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233 <possibleValues>PAM70</possibleValues>
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234 <possibleValues>PAM80</possibleValues>
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235 <possibleValues>PAM90</possibleValues>
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