1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes" ?>
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3 <runnerClassName>compbio.runner.mafft.Mafft</runnerClassName>
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5 <!-- ##################################################################################################### -->
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6 <!-- Mafft options -->
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7 <options isRequired="false">
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8 <name>Shared 6mers distance calculation</name>
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9 <description>Distance is calculated based on the number of shared 6mers. Default: on</description>
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10 <optionNames>--6merpair</optionNames>
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11 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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12 <defaultValue>--6merpair</defaultValue>
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15 <options isRequired="true">
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16 <name>Output sequences order</name>
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18 --inputorder - Output order: same as input.
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19 --reorder - Output order: aligned. Default: same as input
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21 <optionNames>--inputorder</optionNames>
\r
22 <optionNames>--reorder</optionNames>
\r
23 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
\r
24 <defaultValue>--inputorder</defaultValue>
\r
27 <options isRequired="false">
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28 <name>Sequence type</name>
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30 --nuc - Assume the sequences are nucleotide.
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31 --amino - Assume the sequences are amino acid.
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33 <optionNames>--amino</optionNames>
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34 <optionNames>--nuc</optionNames>
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35 <optionNames>--auto</optionNames>
\r
36 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
\r
37 <defaultValue>--auto</defaultValue>
\r
40 <options isRequired="false">
\r
41 <name>Pairwise alignment computation method</name>
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44 All pairwise alignments are computed with the Needleman-Wunsch algorithm.
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45 More accurate but slower than --6merpair. Suitable for a set of globally alignable sequences.
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46 Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (G-INS-i).
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47 Default: off (6mer distance is used)
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49 All pairwise alignments are computed with a local algorithm with the generalized affine gap cost (Altschul 1998).
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50 More accurate but slower than --6merpair. Suitable when large internal gaps are expected.
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51 Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (E-INS-i).
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52 Default: off (6mer distance is used)
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54 All pairwise alignments are computed with FASTA (Pearson and Lipman 1988). FASTA is required. Default: off (6mer distance is used)
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56 All pairwise alignments are computed with the Smith-Waterman algorithm. More accurate but slower than --6merpair. Suitable for a set of locally alignable sequences. Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (L-INS-i). Default: off (6mer distance is used)
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58 <optionNames>--fastapair</optionNames>
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59 <optionNames>--genafpair</optionNames>
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60 <optionNames>--localpair</optionNames>
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61 <optionNames>--globalpair</optionNames>
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62 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
\r
63 <defaultValue>--localpair</defaultValue>
\r
66 <options isRequired="false">
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67 <name>FFT approximation</name>
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68 <description>Use / Do not use FFT approximation in group-to-group alignment. Default: off</description>
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69 <optionNames>--nofft</optionNames>
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70 <optionNames>--fft</optionNames>
\r
71 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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72 <defaultValue>--nofft</defaultValue>
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75 <options isRequired="false">
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76 <name>No score</name>
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77 <description>Alignment score is not checked in the iterative refinement stage. Default: off (score is checked)</description>
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78 <optionNames>--noscore</optionNames>
\r
79 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
\r
82 <options isRequired="false">
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83 <name>Part tree</name>
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86 Use a fast tree-building method (PartTree, Katoh and Toh 2007) with the 6mer distance.
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88 the PartTree algorithm is used with distances based on DP. Slightly more accurate and slower than --parttree.
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90 The PartTree algorithm is used with distances based on FASTA. Slightly more accurate and slower than --parttree.
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91 All methods recommended for a large number (> ~10,000) of sequences are input.
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93 <optionNames>--dpparttree</optionNames>
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94 <optionNames>--parttree</optionNames>
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95 <optionNames>--fastaparttree</optionNames>
\r
96 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
\r
97 <defaultValue>--fastaparttree</defaultValue>
\r
100 <!-- ##################################################################################################### -->
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101 <!-- Mafft parameters -->
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102 <prmSeparator> </prmSeparator>
\r
104 <parameters isRequired="false">
\r
105 <name>Max iteration number</name>
\r
106 <description>number cycles of iterative refinement are performed. Default: 0</description>
\r
107 <optionNames>--maxiterate</optionNames>
\r
108 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
\r
109 <defaultValue>0</defaultValue>
\r
111 <type>Integer</type>
\r
117 <parameters isRequired="false">
\r
118 <name>Partsize</name>
\r
119 <description>The number of partitions in the PartTree algorithm. Default: 50</description>
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120 <optionNames>--partsize</optionNames>
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121 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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122 <defaultValue>50</defaultValue>
\r
124 <type>Integer</type>
\r
129 <parameters isRequired="false">
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130 <name>Group size</name>
\r
132 Do not make alignment larger than number sequences.
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133 Valid only with the --*parttree options. Default: the number of input sequences
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135 <optionNames>--groupsize</optionNames>
\r
136 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
\r
137 <defaultValue>20</defaultValue>
\r
139 <type>Integer</type>
\r
144 <parameters isRequired="false">
\r
145 <name>Guide tree rebuild</name>
\r
147 Guide tree is built number times in the progressive stage. Valid with 6mer distance. Default: 2
\r
149 <optionNames>--retree</optionNames>
\r
150 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
\r
151 <defaultValue>2</defaultValue>
\r
153 <type>Integer</type>
\r
159 <parameters isRequired="false">
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160 <name>Gap opening penalty</name>
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162 Gap opening penalty at group-to-group alignment. Default: 1.53
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164 <optionNames>--op</optionNames>
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165 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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166 <defaultValue>1.53</defaultValue>
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173 <parameters isRequired="false">
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174 <name>Group-to-group gap extension penalty</name>
\r
175 <description>Offset value, which works like gap extension penalty, for group-to-group alignment. Deafult: 0.123</description>
\r
176 <optionNames>--ep</optionNames>
\r
177 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
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178 <defaultValue>0.123</defaultValue>
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185 <parameters isRequired="false">
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186 <name>Gap opening penalty at local pairwise alignment</name>
\r
188 Gap opening penalty at local pairwise alignment. Valid when the --localpair or --genafpair option is selected. Default: -2.00
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190 <optionNames>--lop</optionNames>
\r
191 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
\r
192 <defaultValue>-2.00</defaultValue>
\r
199 <parameters isRequired="false">
\r
200 <name>Matrix</name>
\r
201 <description>Substitution Matrix to use</description>
\r
202 <optionNames>--aamatrix</optionNames>
\r
203 <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>
\r
204 <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>
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205 <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>
\r
206 <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>
\r
207 <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>
\r
208 <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>
\r
209 <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>
\r
210 <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>
\r
211 <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>
\r
212 <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>
\r
213 <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>
\r
214 <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>
\r
215 <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>
\r
216 <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>
\r
217 <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>
\r
218 <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>
\r
219 <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>
\r
220 <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>
\r
221 <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>
\r
222 <possibleValues>GONNET</possibleValues>
\r
223 <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>
\r
224 <possibleValues>MATCH</possibleValues>
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225 <possibleValues>PAM10</possibleValues>
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226 <possibleValues>PAM100</possibleValues>
\r
227 <possibleValues>PAM110</possibleValues>
\r
228 <possibleValues>PAM120</possibleValues>
\r
229 <possibleValues>PAM130</possibleValues>
\r
230 <possibleValues>PAM140</possibleValues>
\r
231 <possibleValues>PAM150</possibleValues>
\r
232 <possibleValues>PAM160</possibleValues>
\r
233 <possibleValues>PAM170</possibleValues>
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234 <possibleValues>PAM180</possibleValues>
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235 <possibleValues>PAM190</possibleValues>
\r
236 <possibleValues>PAM20</possibleValues>
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237 <possibleValues>PAM200</possibleValues>
\r
238 <possibleValues>PAM210</possibleValues>
\r
239 <possibleValues>PAM220</possibleValues>
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240 <possibleValues>PAM230</possibleValues>
\r
241 <possibleValues>PAM240</possibleValues>
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242 <possibleValues>PAM250</possibleValues>
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243 <possibleValues>PAM260</possibleValues>
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244 <possibleValues>PAM270</possibleValues>
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245 <possibleValues>PAM280</possibleValues>
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246 <possibleValues>PAM290</possibleValues>
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247 <possibleValues>PAM30</possibleValues>
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248 <possibleValues>PAM300</possibleValues>
\r
249 <possibleValues>PAM310</possibleValues>
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250 <possibleValues>PAM320</possibleValues>
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251 <possibleValues>PAM330</possibleValues>
\r
252 <possibleValues>PAM340</possibleValues>
\r
253 <possibleValues>PAM350</possibleValues>
\r
254 <possibleValues>PAM360</possibleValues>
\r
255 <possibleValues>PAM370</possibleValues>
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256 <possibleValues>PAM380</possibleValues>
\r
257 <possibleValues>PAM390</possibleValues>
\r
258 <possibleValues>PAM40</possibleValues>
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259 <possibleValues>PAM400</possibleValues>
\r
260 <possibleValues>PAM410</possibleValues>
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261 <possibleValues>PAM420</possibleValues>
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262 <possibleValues>PAM430</possibleValues>
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263 <possibleValues>PAM440</possibleValues>
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264 <possibleValues>PAM450</possibleValues>
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265 <possibleValues>PAM460</possibleValues>
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266 <possibleValues>PAM470</possibleValues>
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267 <possibleValues>PAM480</possibleValues>
\r
268 <possibleValues>PAM490</possibleValues>
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269 <possibleValues>PAM50</possibleValues>
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270 <possibleValues>PAM500</possibleValues>
\r
271 <possibleValues>PAM60</possibleValues>
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272 <possibleValues>PAM70</possibleValues>
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273 <possibleValues>PAM80</possibleValues>
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274 <possibleValues>PAM90</possibleValues>
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