1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>
\r
3 <runnerClassName>compbio.runner.muscle.Muscle</runnerClassName>
\r
5 This is the only option possible so no point in having it
\r
6 <options isRequired="false">
\r
7 <name>Group sequences</name>
\r
8 <description>Group sequences by similarity (this is the default) or preserve the input order</description>
\r
9 <optionNames>-group</optionNames>
\r
10 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
11 <defaultValue>-group</defaultValue>
\r
14 <!-- optionNames>-stable</optionNames this is commented out as it contain bug see muscle web site-->
\r
15 <options isRequired="false">
\r
16 <name>Anchor optimisation</name>
\r
17 <description>Enable/disable anchor optimization in tree dependent refinement iterations</description>
\r
18 <optionNames>-anchors</optionNames>
\r
19 <optionNames>-noanchors</optionNames>
\r
20 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
21 <defaultValue>-anchors</defaultValue>
\r
23 <!-- Programs failures often with this option
\r
24 <options isRequired="false">
\r
25 <name>Window refine</name>
\r
26 <description>Refine an alignment by dividing it into non-overlapping windows and re-aligning each window. Typically used for whole-genome nucleotide alignments</description>
\r
27 <optionNames>-refinew</optionNames>
\r
28 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
29 <defaultValue>-refinew</defaultValue>
\r
32 <options isRequired="false">
\r
33 <name>Root alignment computation method</name>
\r
34 <description>Use Steven Brenner's method for computing the root alignment.</description>
\r
35 <optionNames>-brenner</optionNames>
\r
36 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
38 <!-- This option make sense only in conjunction with -tree which we do not currently support
\r
39 <options isRequired="false">
\r
40 <name>Fast clustering of input sequences</name>
\r
41 <description>Perform fast clustering of input sequences.</description>
\r
42 <optionNames>-cluster</optionNames>
\r
43 <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>
\r
46 <options isRequired="false">
\r
48 <description>Use dimer approximation for the SP score (faster, slightly less accurate)</description>
\r
49 <optionNames>-dimer</optionNames>
\r
50 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
52 <options isRequired="false">
\r
53 <name>Diagonal</name>
\r
54 <description>Use diagonal optimizations. Faster, especially for closely related sequences, but may be less accurate.</description>
\r
55 <optionNames>-diags</optionNames>
\r
56 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
58 <options isRequired="false">
\r
59 <name>Diagonal 1</name>
\r
60 <description>Use diagonal optimizations in first iteration (faster for similar sequences)</description>
\r
61 <optionNames>-diags1</optionNames>
\r
62 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
64 <options isRequired="false">
\r
65 <name>Profile scoring method</name>
\r
66 <description>le - use log-expectation profile score VTML240 (default for amino acid sequences.)
\r
67 sp - use sum-of-pairs protein profile score (PAM200).
\r
68 sv - use sum-of-pairs profile score (VTML240)</description>
\r
69 <optionNames>-le</optionNames>
\r
70 <optionNames>-sp</optionNames>
\r
71 <optionNames>-sv</optionNames>
\r
72 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
73 <defaultValue>-le</defaultValue>
\r
75 <prmSeparator> </prmSeparator>
\r
76 <parameters isRequired="false">
\r
77 <name>Sequence type</name>
\r
78 <description>Sequence type - Amino acid/Nucleotide </description>
\r
79 <optionNames>-seqtype</optionNames>
\r
80 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
81 <defaultValue>auto</defaultValue>
\r
82 <possibleValues>auto</possibleValues>
\r
83 <possibleValues>protein</possibleValues>
\r
84 <possibleValues>dna</possibleValues>
\r
85 <possibleValues>rna</possibleValues>
\r
87 <parameters isRequired="false">
\r
88 <name>Maxiters</name>
\r
89 <description>Maximum number of iterations (integer, default 16)</description>
\r
90 <optionNames>-maxiters</optionNames>
\r
91 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
92 <defaultValue>16</defaultValue>
\r
94 <type>Integer</type>
\r
99 <!-- disable as refinew is disabled
\r
100 <parameters isRequired="false">
\r
101 <name>Maxiters</name>
\r
102 <description>Length of window for Window Refine (-refinew)</description>
\r
103 <optionNames>-refinewindow</optionNames>
\r
104 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
105 <defaultValue>200</defaultValue>
\r
107 <type>Integer</type>
\r
113 <parameters isRequired="false">
\r
114 <name>Diagonal break</name>
\r
115 <description>Maximum distance between two diagonals that allows them to merge into one diagonal</description>
\r
116 <optionNames>-diagbreak</optionNames>
\r
117 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
118 <defaultValue>1</defaultValue>
\r
120 <type>Integer</type>
\r
125 <parameters isRequired="false">
\r
126 <name>Diagonal length</name>
\r
127 <description>Minimum length of diagonal</description>
\r
128 <optionNames>-diaglength</optionNames>
\r
129 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
130 <defaultValue>24</defaultValue>
\r
132 <type>Integer</type>
\r
137 <parameters isRequired="false">
\r
138 <name>Diagonal margin</name>
\r
139 <description>Discard this many positions at ends of diagonal</description>
\r
140 <optionNames>-diagmargin</optionNames>
\r
141 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
142 <defaultValue>5</defaultValue>
\r
144 <type>Integer</type>
\r
149 <parameters isRequired="false">
\r
150 <name>Anchor spacing</name>
\r
151 <description>Minimum spacing between anchor columns</description>
\r
152 <optionNames>-anchorspacing</optionNames>
\r
153 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
154 <defaultValue>32</defaultValue>
\r
156 <type>Integer</type>
\r
161 <parameters isRequired="false">
\r
162 <name>Matrix</name>
\r
163 <description>Substitution Matrix to use</description>
\r
164 <optionNames>-matrix</optionNames>
\r
165 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
166 <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>
\r
167 <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>
\r
168 <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>
\r
169 <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>
\r
170 <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>
\r
171 <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>
\r
172 <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>
\r
173 <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>
\r
174 <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>
\r
175 <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>
\r
176 <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>
\r
177 <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>
\r
178 <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>
\r
179 <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>
\r
180 <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>
\r
181 <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>
\r
182 <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>
\r
183 <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>
\r
184 <possibleValues>GONNET</possibleValues>
\r
185 <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>
\r
186 <possibleValues>MATCH</possibleValues>
\r
187 <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>
\r
188 <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>
\r
189 <possibleValues>PAM10</possibleValues>
\r
190 <possibleValues>PAM100</possibleValues>
\r
191 <possibleValues>PAM110</possibleValues>
\r
192 <possibleValues>PAM120</possibleValues>
\r
193 <possibleValues>PAM130</possibleValues>
\r
194 <possibleValues>PAM140</possibleValues>
\r
195 <possibleValues>PAM150</possibleValues>
\r
196 <possibleValues>PAM160</possibleValues>
\r
197 <possibleValues>PAM170</possibleValues>
\r
198 <possibleValues>PAM180</possibleValues>
\r
199 <possibleValues>PAM190</possibleValues>
\r
200 <possibleValues>PAM20</possibleValues>
\r
201 <possibleValues>PAM200</possibleValues>
\r
202 <possibleValues>PAM210</possibleValues>
\r
203 <possibleValues>PAM220</possibleValues>
\r
204 <possibleValues>PAM230</possibleValues>
\r
205 <possibleValues>PAM240</possibleValues>
\r
206 <possibleValues>PAM250</possibleValues>
\r
207 <possibleValues>PAM260</possibleValues>
\r
208 <possibleValues>PAM270</possibleValues>
\r
209 <possibleValues>PAM280</possibleValues>
\r
210 <possibleValues>PAM290</possibleValues>
\r
211 <possibleValues>PAM30</possibleValues>
\r
212 <possibleValues>PAM300</possibleValues>
\r
213 <possibleValues>PAM310</possibleValues>
\r
214 <possibleValues>PAM320</possibleValues>
\r
215 <possibleValues>PAM330</possibleValues>
\r
216 <possibleValues>PAM340</possibleValues>
\r
217 <possibleValues>PAM350</possibleValues>
\r
218 <possibleValues>PAM360</possibleValues>
\r
219 <possibleValues>PAM370</possibleValues>
\r
220 <possibleValues>PAM380</possibleValues>
\r
221 <possibleValues>PAM390</possibleValues>
\r
222 <possibleValues>PAM40</possibleValues>
\r
223 <possibleValues>PAM400</possibleValues>
\r
224 <possibleValues>PAM410</possibleValues>
\r
225 <possibleValues>PAM420</possibleValues>
\r
226 <possibleValues>PAM430</possibleValues>
\r
227 <possibleValues>PAM440</possibleValues>
\r
228 <possibleValues>PAM450</possibleValues>
\r
229 <possibleValues>PAM460</possibleValues>
\r
230 <possibleValues>PAM470</possibleValues>
\r
231 <possibleValues>PAM480</possibleValues>
\r
232 <possibleValues>PAM490</possibleValues>
\r
233 <possibleValues>PAM50</possibleValues>
\r
234 <possibleValues>PAM500</possibleValues>
\r
235 <possibleValues>PAM60</possibleValues>
\r
236 <possibleValues>PAM70</possibleValues>
\r
237 <possibleValues>PAM80</possibleValues>
\r
238 <possibleValues>PAM90</possibleValues>
\r
241 <name>Gap open penalty</name>
\r
242 <description>Gap opening penalty. Must be negative</description>
\r
243 <optionNames>-gapopen</optionNames>
\r
244 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
245 <defaultValue>-12.0</defaultValue>
\r
253 <name>Gap extension penalty</name>
\r
254 <description>Gap extension penalty. Must be negative</description>
\r
255 <optionNames>-gapextend</optionNames>
\r
256 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
257 <defaultValue>-1.0</defaultValue>
\r
265 <name>Center</name>
\r
266 <description>Center parameter. Should be negative.</description>
\r
267 <optionNames>-center</optionNames>
\r
268 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
269 <defaultValue>0.0</defaultValue>
\r
278 <description>Window size for determining whether a region is hydrophobic.</description>
\r
279 <optionNames>-hydro</optionNames>
\r
280 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
281 <defaultValue>5</defaultValue>
\r
283 <type>Integer</type>
\r
289 <name>Hydrofactor</name>
\r
290 <description>Multiplier for gap open/close penalties in hydrophobic regions.</description>
\r
291 <optionNames>-hydrofactor</optionNames>
\r
292 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
293 <defaultValue>1.2</defaultValue>
\r
301 <name>Minimum anchor score</name>
\r
302 <description>Minimum score a column must have to be an anchor (default depends on the profile scoring function!)</description>
\r
303 <optionNames>-minbestcolscore</optionNames>
\r
304 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
305 <defaultValue>1.2</defaultValue>
\r
313 <name>Minimum smoothed anchor score</name>
\r
314 <description>Minimum smoothed score a column must have to be an anchor (default depends on the profile scoring function!)</description>
\r
315 <optionNames>-minsmoothscore</optionNames>
\r
316 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
317 <defaultValue>1.2</defaultValue>
\r
324 <parameters isRequired="false">
\r
325 <name>cluster1</name>
\r
326 <description>Clustering method to use on the iteration 1</description>
\r
327 <optionNames>-cluster1</optionNames>
\r
328 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
329 <defaultValue>upgma</defaultValue>
\r
330 <possibleValues>upgma</possibleValues>
\r
332 <parameters isRequired="false">
\r
333 <name>cluster2</name>
\r
334 <description>Clustering method to use on the iteration 2 and all subsequent itarations</description>
\r
335 <optionNames>-cluster2</optionNames>
\r
336 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
337 <defaultValue>upgmb</defaultValue>
\r
338 <possibleValues>upgmb</possibleValues>
\r
339 <possibleValues>neighborjoining</possibleValues>
\r
341 <parameters isRequired="false">
\r
342 <name>Sequence weighting scheme 1</name>
\r
343 <description>Sequence weighting scheme to use on the iteration 1 and 2
\r
344 none=all sequences have equal weight.
\r
345 henikoff=Henikoff & Henikoff weighting scheme.
\r
346 henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.
\r
347 clustalw=CLUSTALW method.
\r
348 threeway=Gotoh three-way method</description>
\r
349 <optionNames>-weight1</optionNames>
\r
350 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
351 <defaultValue>clustalw</defaultValue>
\r
352 <possibleValues>none</possibleValues>
\r
353 <possibleValues>henikoff</possibleValues>
\r
354 <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>
\r
355 <possibleValues>gsc</possibleValues>
\r
356 <possibleValues>clustalw</possibleValues>
\r
357 <possibleValues>threeway</possibleValues>
\r
359 <parameters isRequired="false">
\r
360 <name>Sequence weighting scheme 2</name>
\r
361 <description>Sequence weighting scheme to use on the iteration 3 and all subsequent
\r
362 iterations for tree-dependent refinement.
\r
363 none=all sequences have equal weight.
\r
364 henikoff=Henikoff & Henikoff weighting scheme.
\r
365 henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.
\r
366 clustalw=CLUSTALW method.
\r
367 threeway=Gotoh three-way method</description>
\r
368 <optionNames>-weight2</optionNames>
\r
369 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
370 <defaultValue>clustalw</defaultValue>
\r
371 <possibleValues>none</possibleValues>
\r
372 <possibleValues>henikoff</possibleValues>
\r
373 <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>
\r
374 <possibleValues>gsc</possibleValues>
\r
375 <possibleValues>clustalw</possibleValues>
\r
376 <possibleValues>threeway</possibleValues>
\r
378 <parameters isRequired="false">
\r
379 <name>Distance1</name>
\r
380 <description>Distance measure for iteration 1. Defaults Kmer6_6 (for amino ) or Kmer4_6 (for nucleo)</description>
\r
381 <optionNames>-distance1</optionNames>
\r
382 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
383 <defaultValue>kmer6_6</defaultValue>
\r
384 <possibleValues>kmer6_6</possibleValues>
\r
385 <possibleValues>kmer20_3</possibleValues>
\r
386 <possibleValues>kbit20_3</possibleValues>
\r
387 <possibleValues>kmer20_4</possibleValues>
\r
388 <possibleValues>kmer4_6</possibleValues>
\r