1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>
\r
3 <runnerClassName>compbio.runner.msa.Muscle</runnerClassName>
\r
6 This is the only option possible so no point in having it
\r
7 <options isRequired="false">
\r
8 <name>Group sequences</name>
\r
9 <description>Group sequences by similarity (this is the default) or preserve the input order</description>
\r
10 <optionNames>-group</optionNames>
\r
11 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
12 <defaultValue>-group</defaultValue>
\r
16 <!-- optionNames>-stable</optionNames this is commented out as it contain bug see muscle web site-->
\r
18 <options isRequired="false">
\r
19 <name>Anchor optimisation</name>
\r
21 Enable/disable anchor optimization in tree dependent refinement iterations
\r
23 <optionNames>-anchors</optionNames>
\r
24 <optionNames>-noanchors</optionNames>
\r
25 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
26 <defaultValue>-anchors</defaultValue>
\r
29 <!-- Programs failures often with this option
\r
30 <options isRequired="false">
\r
31 <name>Window refine</name>
\r
32 <description>Refine an alignment by dividing it into non-overlapping windows and re-aligning each window. Typically used for whole-genome nucleotide alignments</description>
\r
33 <optionNames>-refinew</optionNames>
\r
34 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
35 <defaultValue>-refinew</defaultValue>
\r
39 <options isRequired="false">
\r
40 <name>Root alignment computation method</name>
\r
42 Use Steven Brenner's method for computing the root alignment.
\r
44 <optionNames>-brenner</optionNames>
\r
45 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
48 <!-- This option make sense only in conjunction with -tree which we do not currently support
\r
49 <options isRequired="false">
\r
50 <name>Fast clustering of input sequences</name>
\r
51 <description>Perform fast clustering of input sequences.</description>
\r
52 <optionNames>-cluster</optionNames>
\r
53 <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>
\r
57 <options isRequired="false">
\r
60 Use dimer approximation for the SP score (faster, slightly less accurate)
\r
62 <optionNames>-dimer</optionNames>
\r
63 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
66 <options isRequired="false">
\r
67 <name>Diagonal</name>
\r
69 Use diagonal optimizations. Faster, especially for closely related sequences, but may be less accurate.
\r
71 <optionNames>-diags</optionNames>
\r
72 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
75 <options isRequired="false">
\r
76 <name>Diagonal 1</name>
\r
78 Use diagonal optimizations in first iteration (faster for similar sequences)
\r
80 <optionNames>-diags1</optionNames>
\r
81 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
84 <options isRequired="false">
\r
85 <name>Profile scoring method</name>
\r
87 le - use log-expectation profile score VTML240 (default for amino acid sequences.)
\r
88 sp - use sum-of-pairs protein profile score (PAM200).
\r
89 sv - use sum-of-pairs profile score (VTML240)</description>
\r
90 <optionNames>-le</optionNames>
\r
91 <optionNames>-sp</optionNames>
\r
92 <optionNames>-sv</optionNames>
\r
93 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
94 <defaultValue>-le</defaultValue>
\r
97 <prmSeparator> </prmSeparator>
\r
99 <parameters isRequired="false">
\r
100 <name>Sequence type</name>
\r
102 Sequence type - Amino acid/Nucleotide
\r
104 <optionNames>-seqtype</optionNames>
\r
105 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
106 <defaultValue>auto</defaultValue>
\r
107 <possibleValues>auto</possibleValues>
\r
108 <possibleValues>protein</possibleValues>
\r
109 <possibleValues>dna</possibleValues>
\r
110 <possibleValues>rna</possibleValues>
\r
113 <parameters isRequired="false">
\r
114 <name>Maxiters</name>
\r
116 Maximum number of iterations (integer, default 16)
\r
118 <optionNames>-maxiters</optionNames>
\r
119 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
120 <defaultValue>16</defaultValue>
\r
122 <type>Integer</type>
\r
128 <!-- disable as refinew is disabled
\r
129 <parameters isRequired="false">
\r
130 <name>Maxiters</name>
\r
131 <description>Length of window for Window Refine (-refinew)</description>
\r
132 <optionNames>-refinewindow</optionNames>
\r
133 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
134 <defaultValue>200</defaultValue>
\r
136 <type>Integer</type>
\r
143 <parameters isRequired="false">
\r
144 <name>Diagonal break</name>
\r
146 Maximum distance between two diagonals that allows them to merge into one diagonal
\r
148 <optionNames>-diagbreak</optionNames>
\r
149 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
150 <defaultValue>1</defaultValue>
\r
152 <type>Integer</type>
\r
158 <parameters isRequired="false">
\r
159 <name>Diagonal length</name>
\r
160 <description>Minimum length of diagonal</description>
\r
161 <optionNames>-diaglength</optionNames>
\r
162 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
163 <defaultValue>24</defaultValue>
\r
165 <type>Integer</type>
\r
171 <parameters isRequired="false">
\r
172 <name>Diagonal margin</name>
\r
174 Discard this many positions at ends of diagonal
\r
176 <optionNames>-diagmargin</optionNames>
\r
177 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
178 <defaultValue>5</defaultValue>
\r
180 <type>Integer</type>
\r
186 <parameters isRequired="false">
\r
187 <name>Anchor spacing</name>
\r
189 Minimum spacing between anchor columns
\r
191 <optionNames>-anchorspacing</optionNames>
\r
192 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
193 <defaultValue>32</defaultValue>
\r
195 <type>Integer</type>
\r
201 <parameters isRequired="false">
\r
202 <name>Matrix</name>
\r
204 Substitution Matrix to use
\r
206 <optionNames>-matrix</optionNames>
\r
207 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
208 <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>
\r
209 <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>
\r
210 <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>
\r
211 <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>
\r
212 <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>
\r
213 <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>
\r
214 <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>
\r
215 <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>
\r
216 <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>
\r
217 <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>
\r
218 <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>
\r
219 <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>
\r
220 <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>
\r
221 <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>
\r
222 <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>
\r
223 <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>
\r
224 <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>
\r
225 <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>
\r
226 <possibleValues>GONNET</possibleValues>
\r
227 <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>
\r
228 <possibleValues>MATCH</possibleValues>
\r
229 <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>
\r
230 <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>
\r
231 <possibleValues>PAM10</possibleValues>
\r
232 <possibleValues>PAM100</possibleValues>
\r
233 <possibleValues>PAM110</possibleValues>
\r
234 <possibleValues>PAM120</possibleValues>
\r
235 <possibleValues>PAM130</possibleValues>
\r
236 <possibleValues>PAM140</possibleValues>
\r
237 <possibleValues>PAM150</possibleValues>
\r
238 <possibleValues>PAM160</possibleValues>
\r
239 <possibleValues>PAM170</possibleValues>
\r
240 <possibleValues>PAM180</possibleValues>
\r
241 <possibleValues>PAM190</possibleValues>
\r
242 <possibleValues>PAM20</possibleValues>
\r
243 <possibleValues>PAM200</possibleValues>
\r
244 <possibleValues>PAM210</possibleValues>
\r
245 <possibleValues>PAM220</possibleValues>
\r
246 <possibleValues>PAM230</possibleValues>
\r
247 <possibleValues>PAM240</possibleValues>
\r
248 <possibleValues>PAM250</possibleValues>
\r
249 <possibleValues>PAM260</possibleValues>
\r
250 <possibleValues>PAM270</possibleValues>
\r
251 <possibleValues>PAM280</possibleValues>
\r
252 <possibleValues>PAM290</possibleValues>
\r
253 <possibleValues>PAM30</possibleValues>
\r
254 <possibleValues>PAM300</possibleValues>
\r
255 <possibleValues>PAM310</possibleValues>
\r
256 <possibleValues>PAM320</possibleValues>
\r
257 <possibleValues>PAM330</possibleValues>
\r
258 <possibleValues>PAM340</possibleValues>
\r
259 <possibleValues>PAM350</possibleValues>
\r
260 <possibleValues>PAM360</possibleValues>
\r
261 <possibleValues>PAM370</possibleValues>
\r
262 <possibleValues>PAM380</possibleValues>
\r
263 <possibleValues>PAM390</possibleValues>
\r
264 <possibleValues>PAM40</possibleValues>
\r
265 <possibleValues>PAM400</possibleValues>
\r
266 <possibleValues>PAM410</possibleValues>
\r
267 <possibleValues>PAM420</possibleValues>
\r
268 <possibleValues>PAM430</possibleValues>
\r
269 <possibleValues>PAM440</possibleValues>
\r
270 <possibleValues>PAM450</possibleValues>
\r
271 <possibleValues>PAM460</possibleValues>
\r
272 <possibleValues>PAM470</possibleValues>
\r
273 <possibleValues>PAM480</possibleValues>
\r
274 <possibleValues>PAM490</possibleValues>
\r
275 <possibleValues>PAM50</possibleValues>
\r
276 <possibleValues>PAM500</possibleValues>
\r
277 <possibleValues>PAM60</possibleValues>
\r
278 <possibleValues>PAM70</possibleValues>
\r
279 <possibleValues>PAM80</possibleValues>
\r
280 <possibleValues>PAM90</possibleValues>
\r
284 <name>Gap open penalty</name>
\r
286 Gap opening penalty. Must be negative
\r
288 <optionNames>-gapopen</optionNames>
\r
289 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
290 <defaultValue>-12.0</defaultValue>
\r
299 <name>Gap extension penalty</name>
\r
301 Gap extension penalty. Must be negative
\r
303 <optionNames>-gapextend</optionNames>
\r
304 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
305 <defaultValue>-1.0</defaultValue>
\r
314 <name>Center</name>
\r
316 Center parameter. Should be negative.
\r
318 <optionNames>-center</optionNames>
\r
319 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
320 <defaultValue>0.0</defaultValue>
\r
331 Window size for determining whether a region is hydrophobic.
\r
333 <optionNames>-hydro</optionNames>
\r
334 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
335 <defaultValue>5</defaultValue>
\r
337 <type>Integer</type>
\r
344 <name>Hydrofactor</name>
\r
346 Multiplier for gap open/close penalties in hydrophobic regions.
\r
348 <optionNames>-hydrofactor</optionNames>
\r
349 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
350 <defaultValue>1.2</defaultValue>
\r
358 <name>Minimum anchor score</name>
\r
360 Minimum score a column must have to be an anchor
\r
361 (default depends on the profile scoring function!)
\r
363 <optionNames>-minbestcolscore</optionNames>
\r
364 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
365 <defaultValue>1.2</defaultValue>
\r
374 <name>Minimum smoothed anchor score</name>
\r
376 Minimum smoothed score a column must have to be an anchor
\r
377 (default depends on the profile scoring function!)
\r
379 <optionNames>-minsmoothscore</optionNames>
\r
380 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
381 <defaultValue>1.2</defaultValue>
\r
389 <parameters isRequired="false">
\r
390 <name>cluster1</name>
\r
392 Clustering method to use on the iteration 1
\r
394 <optionNames>-cluster1</optionNames>
\r
395 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
396 <defaultValue>upgma</defaultValue>
\r
397 <possibleValues>upgma</possibleValues>
\r
400 <parameters isRequired="false">
\r
401 <name>cluster2</name>
\r
403 Clustering method to use on the iteration 2 and all subsequent itarations
\r
405 <optionNames>-cluster2</optionNames>
\r
406 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
407 <defaultValue>upgmb</defaultValue>
\r
408 <possibleValues>upgmb</possibleValues>
\r
409 <possibleValues>neighborjoining</possibleValues>
\r
412 <parameters isRequired="false">
\r
413 <name>Sequence weighting scheme 1</name>
\r
415 Sequence weighting scheme to use on the iteration 1 and 2
\r
416 none=all sequences have equal weight.
\r
417 henikoff=Henikoff & Henikoff weighting scheme.
\r
418 henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.
\r
419 clustalw=CLUSTALW method. threeway=Gotoh three-way method
\r
421 <optionNames>-weight1</optionNames>
\r
422 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
423 <defaultValue>clustalw</defaultValue>
\r
424 <possibleValues>none</possibleValues>
\r
425 <possibleValues>henikoff</possibleValues>
\r
426 <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>
\r
427 <possibleValues>gsc</possibleValues>
\r
428 <possibleValues>clustalw</possibleValues>
\r
429 <possibleValues>threeway</possibleValues>
\r
432 <parameters isRequired="false">
\r
433 <name>Sequence weighting scheme 2</name>
\r
435 Sequence weighting scheme to use on the iteration 3 and all subsequent
\r
436 iterations for tree-dependent refinement.
\r
437 none=all sequences have equal weight.
\r
438 henikoff=Henikoff & Henikoff weighting scheme.
\r
439 henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.
\r
440 clustalw=CLUSTALW method.
\r
441 threeway=Gotoh three-way method
\r
443 <optionNames>-weight2</optionNames>
\r
444 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
445 <defaultValue>clustalw</defaultValue>
\r
446 <possibleValues>none</possibleValues>
\r
447 <possibleValues>henikoff</possibleValues>
\r
448 <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>
\r
449 <possibleValues>gsc</possibleValues>
\r
450 <possibleValues>clustalw</possibleValues>
\r
451 <possibleValues>threeway</possibleValues>
\r
454 <parameters isRequired="false">
\r
455 <name>Distance1</name>
\r
457 Distance measure for iteration 1. Defaults Kmer6_6 (for amino ) or Kmer4_6 (for nucleo)
\r
459 <optionNames>-distance1</optionNames>
\r
460 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
461 <defaultValue>kmer6_6</defaultValue>
\r
462 <possibleValues>kmer6_6</possibleValues>
\r
463 <possibleValues>kmer20_3</possibleValues>
\r
464 <possibleValues>kbit20_3</possibleValues>
\r
465 <possibleValues>kmer20_4</possibleValues>
\r
466 <possibleValues>kmer4_6</possibleValues>
\r