1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>
\r
3 <runnerClassName>compbio.runner.muscle.Muscle</runnerClassName>
\r
4 <options isRequired="false">
\r
5 <name>Group sequences</name>
\r
6 <description>Group sequences by similarity (this is the default) or preserve the input order</description>
\r
7 <optionNames>-group</optionNames>
\r
8 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
9 <defaultValue>-group</defaultValue>
\r
11 <!-- optionNames>-stable</optionNames this is commented out as it contain bug see muscle web site-->
\r
12 <options isRequired="false">
\r
13 <name>Anchor optimisation</name>
\r
14 <description>Enable/disable anchor optimization in tree dependent refinement iterations</description>
\r
15 <optionNames>-anchors</optionNames>
\r
16 <optionNames>-noanchors</optionNames>
\r
17 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
18 <defaultValue>-anchors</defaultValue>
\r
20 <options isRequired="false">
\r
21 <name>Root alignment computation method</name>
\r
22 <description>Use Steven Brenner's method for computing the root alignment.</description>
\r
23 <optionNames>-brenner</optionNames>
\r
24 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
26 <!-- This option make sense only in conjunction with -tree which we do not currently support
\r
27 <options isRequired="false">
\r
28 <name>Fast clustering of input sequences</name>
\r
29 <description>Perform fast clustering of input sequences.</description>
\r
30 <optionNames>-cluster</optionNames>
\r
31 <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>
\r
34 <options isRequired="false">
\r
36 <description>Use dimer approximation for the SP score (faster, slightly less accurate)</description>
\r
37 <optionNames>-dimer</optionNames>
\r
38 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
40 <options isRequired="false">
\r
41 <name>Diagonal</name>
\r
42 <description>Use diagonal optimizations. Faster, especially for closely related sequences, but may be less accurate.</description>
\r
43 <optionNames>-diags</optionNames>
\r
44 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
46 <options isRequired="false">
\r
47 <name>Diagonal 1</name>
\r
48 <description>Use diagonal optimizations in first iteration (faster for similar sequences)</description>
\r
49 <optionNames>-diags1</optionNames>
\r
50 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
52 <options isRequired="false">
\r
53 <name>Profile scoring method</name>
\r
54 <description>le - use log-expectation profile score VTML240 (default for amino acid sequences.)
\r
55 sp - use sum-of-pairs protein profile score (PAM200).
\r
56 sv - use sum-of-pairs profile score (VTML240)</description>
\r
57 <optionNames>-le</optionNames>
\r
58 <optionNames>-sp</optionNames>
\r
59 <optionNames>-sv</optionNames>
\r
60 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
61 <defaultValue>-le</defaultValue>
\r
63 <prmSeparator> </prmSeparator>
\r
64 <parameters isRequired="false">
\r
65 <name>Sequence type</name>
\r
66 <description>Sequence type - Amino acid/Nucleotide </description>
\r
67 <optionNames>-seqtype</optionNames>
\r
68 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
69 <defaultValue>auto</defaultValue>
\r
70 <possibleValues>auto</possibleValues>
\r
71 <possibleValues>protein</possibleValues>
\r
72 <possibleValues>nucleo</possibleValues>
\r
74 <parameters isRequired="false">
\r
75 <name>Maxiters</name>
\r
76 <description>Maximum number of iterations (integer, default 16)</description>
\r
77 <optionNames>-maxiters</optionNames>
\r
78 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
79 <defaultValue>16</defaultValue>
\r
81 <type>Integer</type>
\r
86 <parameters isRequired="false">
\r
88 <description>Substitution Matrix to use</description>
\r
89 <optionNames>-matrix</optionNames>
\r
90 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
91 <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>
\r
92 <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>
\r
93 <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>
\r
94 <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>
\r
95 <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>
\r
96 <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>
\r
97 <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>
\r
98 <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>
\r
99 <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>
\r
100 <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>
\r
101 <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>
\r
102 <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>
\r
103 <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>
\r
104 <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>
\r
105 <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>
\r
106 <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>
\r
107 <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>
\r
108 <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>
\r
109 <possibleValues>GONNET</possibleValues>
\r
110 <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>
\r
111 <possibleValues>MATCH</possibleValues>
\r
112 <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>
\r
113 <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>
\r
114 <possibleValues>PAM10</possibleValues>
\r
115 <possibleValues>PAM100</possibleValues>
\r
116 <possibleValues>PAM110</possibleValues>
\r
117 <possibleValues>PAM120</possibleValues>
\r
118 <possibleValues>PAM130</possibleValues>
\r
119 <possibleValues>PAM140</possibleValues>
\r
120 <possibleValues>PAM150</possibleValues>
\r
121 <possibleValues>PAM160</possibleValues>
\r
122 <possibleValues>PAM170</possibleValues>
\r
123 <possibleValues>PAM180</possibleValues>
\r
124 <possibleValues>PAM190</possibleValues>
\r
125 <possibleValues>PAM20</possibleValues>
\r
126 <possibleValues>PAM200</possibleValues>
\r
127 <possibleValues>PAM210</possibleValues>
\r
128 <possibleValues>PAM220</possibleValues>
\r
129 <possibleValues>PAM230</possibleValues>
\r
130 <possibleValues>PAM240</possibleValues>
\r
131 <possibleValues>PAM250</possibleValues>
\r
132 <possibleValues>PAM260</possibleValues>
\r
133 <possibleValues>PAM270</possibleValues>
\r
134 <possibleValues>PAM280</possibleValues>
\r
135 <possibleValues>PAM290</possibleValues>
\r
136 <possibleValues>PAM30</possibleValues>
\r
137 <possibleValues>PAM300</possibleValues>
\r
138 <possibleValues>PAM310</possibleValues>
\r
139 <possibleValues>PAM320</possibleValues>
\r
140 <possibleValues>PAM330</possibleValues>
\r
141 <possibleValues>PAM340</possibleValues>
\r
142 <possibleValues>PAM350</possibleValues>
\r
143 <possibleValues>PAM360</possibleValues>
\r
144 <possibleValues>PAM370</possibleValues>
\r
145 <possibleValues>PAM380</possibleValues>
\r
146 <possibleValues>PAM390</possibleValues>
\r
147 <possibleValues>PAM40</possibleValues>
\r
148 <possibleValues>PAM400</possibleValues>
\r
149 <possibleValues>PAM410</possibleValues>
\r
150 <possibleValues>PAM420</possibleValues>
\r
151 <possibleValues>PAM430</possibleValues>
\r
152 <possibleValues>PAM440</possibleValues>
\r
153 <possibleValues>PAM450</possibleValues>
\r
154 <possibleValues>PAM460</possibleValues>
\r
155 <possibleValues>PAM470</possibleValues>
\r
156 <possibleValues>PAM480</possibleValues>
\r
157 <possibleValues>PAM490</possibleValues>
\r
158 <possibleValues>PAM50</possibleValues>
\r
159 <possibleValues>PAM500</possibleValues>
\r
160 <possibleValues>PAM60</possibleValues>
\r
161 <possibleValues>PAM70</possibleValues>
\r
162 <possibleValues>PAM80</possibleValues>
\r
163 <possibleValues>PAM90</possibleValues>
\r
166 <name>Gap open penalty</name>
\r
167 <description>Gap opening penalty. Must be negative</description>
\r
168 <optionNames>-gapopen</optionNames>
\r
169 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
170 <defaultValue>-12.0</defaultValue>
\r
178 <name>Gap extension penalty</name>
\r
179 <description>Gap extension penalty. Must be negative</description>
\r
180 <optionNames>-gapextend</optionNames>
\r
181 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
182 <defaultValue>-1.0</defaultValue>
\r
190 <name>Center</name>
\r
191 <description>Center parameter. Should be negative.</description>
\r
192 <optionNames>-center</optionNames>
\r
193 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
194 <defaultValue>0.0</defaultValue>
\r
203 <description>Window size for determining whether a region is hydrophobic.</description>
\r
204 <optionNames>-hydro</optionNames>
\r
205 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
206 <defaultValue>5</defaultValue>
\r
208 <type>Integer</type>
\r
214 <name>Hydrofactor</name>
\r
215 <description>Multiplier for gap open/close penalties in hydrophobic regions.</description>
\r
216 <optionNames>-hydrofactor</optionNames>
\r
217 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
218 <defaultValue>1.2</defaultValue>
\r
225 <parameters isRequired="false">
\r
226 <name>cluster1</name>
\r
227 <description>Clustering method to use on the iteration 1</description>
\r
228 <optionNames>-cluster1</optionNames>
\r
229 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
230 <defaultValue>upgma</defaultValue>
\r
231 <possibleValues>upgma</possibleValues>
\r
233 <parameters isRequired="false">
\r
234 <name>cluster2</name>
\r
235 <description>Clustering method to use on the iteration 2 and all subsequent itarations</description>
\r
236 <optionNames>-cluster2</optionNames>
\r
237 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
238 <defaultValue>upgmb</defaultValue>
\r
239 <possibleValues>upgmb</possibleValues>
\r
240 <possibleValues>neighborjoining</possibleValues>
\r
242 <parameters isRequired="false">
\r
243 <name>Sequence weighting scheme 1</name>
\r
244 <description>Sequence weighting scheme to use on the iteration 1 and 2
\r
245 none=all sequences have equal weight.
\r
246 henikoff=Henikoff & Henikoff weighting scheme.
\r
247 henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.
\r
248 clustalw=CLUSTALW method.
\r
249 threeway=Gotoh three-way method</description>
\r
250 <optionNames>-weight1</optionNames>
\r
251 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
252 <defaultValue>clustalw</defaultValue>
\r
253 <possibleValues>none</possibleValues>
\r
254 <possibleValues>henikoff</possibleValues>
\r
255 <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>
\r
256 <possibleValues>gsc</possibleValues>
\r
257 <possibleValues>clustalw</possibleValues>
\r
258 <possibleValues>threeway</possibleValues>
\r
260 <parameters isRequired="false">
\r
261 <name>Sequence weighting scheme 2</name>
\r
262 <description>Sequence weighting scheme to use on the iteration 3 and all subsequent
\r
263 iterations for tree-dependent refinement.
\r
264 none=all sequences have equal weight.
\r
265 henikoff=Henikoff & Henikoff weighting scheme.
\r
266 henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.
\r
267 clustalw=CLUSTALW method.
\r
268 threeway=Gotoh three-way method</description>
\r
269 <optionNames>-weight2</optionNames>
\r
270 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
271 <defaultValue>clustalw</defaultValue>
\r
272 <possibleValues>none</possibleValues>
\r
273 <possibleValues>henikoff</possibleValues>
\r
274 <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>
\r
275 <possibleValues>gsc</possibleValues>
\r
276 <possibleValues>clustalw</possibleValues>
\r
277 <possibleValues>threeway</possibleValues>
\r
279 <parameters isRequired="false">
\r
280 <name>Distance1</name>
\r
281 <description>Distance measure for iteration 1. Defaults Kmer6_6 (for amino ) or Kmer4_6 (for nucleo)</description>
\r
282 <optionNames>-distance1</optionNames>
\r
283 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
284 <defaultValue>kmer6_6</defaultValue>
\r
285 <possibleValues>kmer6_6</possibleValues>
\r
286 <possibleValues>kmer20_3</possibleValues>
\r
287 <possibleValues>kbit20_3</possibleValues>
\r
288 <possibleValues>kmer20_4</possibleValues>
\r
289 <possibleValues>kmer4_6</possibleValues>
\r