1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>
\r
3 <runnerClassName>compbio.runner.msa.Probcons</runnerClassName>
\r
5 <!-- This is requires training -t, but training output probabil file instead of the alignment
\r
7 <name>Reestimate EP</name>
\r
8 <description>Reestimate emission probabilities.</description>
\r
9 <optionNames>-e</optionNames>
\r
10 <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>
\r
15 <name>Output aligned</name>
\r
17 Output sequences in alignment order rather than input order
\r
19 <optionNames>-a</optionNames>
\r
20 <furtherDetails>prog_docs/probcons.pdf</furtherDetails>
\r
23 <prmSeparator> </prmSeparator>
\r
25 <!-- unsupported in practice
\r
28 <description>Protein weight matrix. Specifies the emission probabilities that are to be used for scoring alignments.</description>
\r
29 <optionNames>-m</optionNames>
\r
30 <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>
\r
31 <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>
\r
32 <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>
\r
33 <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>
\r
34 <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>
\r
35 <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>
\r
36 <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>
\r
37 <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>
\r
38 <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>
\r
39 <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>
\r
40 <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>
\r
41 <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>
\r
42 <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>
\r
43 <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>
\r
44 <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>
\r
45 <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>
\r
46 <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>
\r
47 <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>
\r
48 <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>
\r
49 <possibleValues>GONNET</possibleValues>
\r
50 <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>
\r
51 <possibleValues>MATCH</possibleValues>
\r
52 <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>
\r
53 <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>
\r
54 <possibleValues>PAM10</possibleValues>
\r
55 <possibleValues>PAM100</possibleValues>
\r
56 <possibleValues>PAM110</possibleValues>
\r
57 <possibleValues>PAM120</possibleValues>
\r
58 <possibleValues>PAM130</possibleValues>
\r
59 <possibleValues>PAM140</possibleValues>
\r
60 <possibleValues>PAM150</possibleValues>
\r
61 <possibleValues>PAM160</possibleValues>
\r
62 <possibleValues>PAM170</possibleValues>
\r
63 <possibleValues>PAM180</possibleValues>
\r
64 <possibleValues>PAM190</possibleValues>
\r
65 <possibleValues>PAM20</possibleValues>
\r
66 <possibleValues>PAM200</possibleValues>
\r
67 <possibleValues>PAM210</possibleValues>
\r
68 <possibleValues>PAM220</possibleValues>
\r
69 <possibleValues>PAM230</possibleValues>
\r
70 <possibleValues>PAM240</possibleValues>
\r
71 <possibleValues>PAM250</possibleValues>
\r
72 <possibleValues>PAM260</possibleValues>
\r
73 <possibleValues>PAM270</possibleValues>
\r
74 <possibleValues>PAM280</possibleValues>
\r
75 <possibleValues>PAM290</possibleValues>
\r
76 <possibleValues>PAM30</possibleValues>
\r
77 <possibleValues>PAM300</possibleValues>
\r
78 <possibleValues>PAM310</possibleValues>
\r
79 <possibleValues>PAM320</possibleValues>
\r
80 <possibleValues>PAM330</possibleValues>
\r
81 <possibleValues>PAM340</possibleValues>
\r
82 <possibleValues>PAM350</possibleValues>
\r
83 <possibleValues>PAM360</possibleValues>
\r
84 <possibleValues>PAM370</possibleValues>
\r
85 <possibleValues>PAM380</possibleValues>
\r
86 <possibleValues>PAM390</possibleValues>
\r
87 <possibleValues>PAM40</possibleValues>
\r
88 <possibleValues>PAM400</possibleValues>
\r
89 <possibleValues>PAM410</possibleValues>
\r
90 <possibleValues>PAM420</possibleValues>
\r
91 <possibleValues>PAM430</possibleValues>
\r
92 <possibleValues>PAM440</possibleValues>
\r
93 <possibleValues>PAM450</possibleValues>
\r
94 <possibleValues>PAM460</possibleValues>
\r
95 <possibleValues>PAM470</possibleValues>
\r
96 <possibleValues>PAM480</possibleValues>
\r
97 <possibleValues>PAM490</possibleValues>
\r
98 <possibleValues>PAM50</possibleValues>
\r
99 <possibleValues>PAM500</possibleValues>
\r
100 <possibleValues>PAM60</possibleValues>
\r
101 <possibleValues>PAM70</possibleValues>
\r
102 <possibleValues>PAM80</possibleValues>
\r
103 <possibleValues>PAM90</possibleValues>
\r
108 <name>Rounds of pre-training before aligning the sequences</name>
\r
110 This specifies the number of rounds of EM to be applied on the set of sequences being
\r
111 aligned. This option is used in case the default parameters are not appropriate for the
\r
112 particular sequences being aligned; in general, this option is not recommended as it may
\r
113 lead to unstable alignment parameters.
\r
115 <optionNames>-pre</optionNames>
\r
116 <furtherDetails>prog_docs/probcons.pdf</furtherDetails>
\r
117 <defaultValue>0</defaultValue>
\r
119 <type>Integer</type>
\r
126 <name>Passes of iterative refinement</name>
\r
128 This specifies the number of iterations of iterative refinement to be performed.
\r
129 In each stage of iterative refinement, the set of sequences in the alignment is
\r
130 randomly partitioned into two groups. After projecting the alignments to these
\r
131 groups, the two groups are realigned, resulting in an alignment whose objective
\r
132 score is guaranteed to be at least that of the original alignment
\r
134 <optionNames>-ir</optionNames>
\r
135 <furtherDetails>prog_docs/probcons.pdf</furtherDetails>
\r
136 <defaultValue>100</defaultValue>
\r
138 <type>Integer</type>
\r
145 <name>Passes of consistency transformation</name>
\r
147 Each pass applies one round of the consistency transformation on the set of sequences.
\r
148 The consistency transformation is described in detail in the mentioned papers. In each
\r
149 round, the aligner computes the consistency transformation for each pair of sequences
\r
150 using all other sequences. The aligner then updates the posterior probability matrices of
\r
151 the pairwise alignments.
\r
153 <optionNames>-c</optionNames>
\r
154 <furtherDetails>prog_docs/probcons.pdf</furtherDetails>
\r
155 <defaultValue>2</defaultValue>
\r
157 <type>Integer</type>
\r