datamodel/compbio/data/sequence/AnnotatedSequence.java

   1 package compbio.data.sequence;\r
   2 \r
   3 import java.util.Arrays;\r
   4 \r
   5 public class AnnotatedSequence extends FastaSequence {\r
   6 \r
   7     private final float[] annotation;\r
   8 \r
   9     public AnnotatedSequence(String id, String sequence, float[] annotation) {\r
  10         super(id, sequence);\r
  11         this.annotation = annotation;\r
  12         if (annotation == null || annotation.length != sequence.length()) {\r
  13             throw new IllegalArgumentException("The length of the annotation ("\r
  14                     + ((annotation != null) ? annotation.length : "0")\r
  15                     + ") does not match the length of the sequence ("\r
  16                     + sequence.length() + ")!");\r
  17         }\r
  18     }\r
  19 \r
  20     public AnnotatedSequence(FastaSequence fsequence, float[] annotation) {\r
  21         this(fsequence.getId(), fsequence.getSequence(), annotation);\r
  22     }\r
  23 \r
  24     public float[] getAnnotation() {\r
  25         return annotation;\r
  26     }\r
  27 \r
  28     @Override\r
  29     public int hashCode() {\r
  30         final int prime = 7;\r
  31         int result = super.hashCode();\r
  32         result = prime * result + Arrays.hashCode(annotation);\r
  33         return result;\r
  34     }\r
  35 \r
  36     @Override\r
  37     public boolean equals(Object obj) {\r
  38         if (this == obj)\r
  39             return true;\r
  40         if (!super.equals(obj))\r
  41             return false;\r
  42         if (getClass() != obj.getClass())\r
  43             return false;\r
  44         AnnotatedSequence other = (AnnotatedSequence) obj;\r
  45         if (!Arrays.equals(annotation, other.annotation))\r
  46             return false;\r
  47         return true;\r
  48     }\r
  49 \r
  50     @Override\r
  51     public String toString() {\r
  52         return super.toString() + "Annotation:\n "\r
  53                 + Arrays.toString(annotation) + "\n";\r
  54     }\r
  55 \r
  56 }\r