datamodel/compbio/data/sequence/MultiAnnotatedSequence.java

   1 package compbio.data.sequence;\r
   2 \r
   3 import java.util.EnumMap;\r
   4 import java.util.List;\r
   5 import java.util.Map;\r
   6 \r
   7 import compbio.util.annotation.NotThreadSafe;\r
   8 \r
   9 /**\r
  10  * TODO complete\r
  11  * \r
  12  * @author pvtroshin\r
  13  * \r
  14  * @param <T>\r
  15  *            enum type\r
  16  */\r
  17 @NotThreadSafe\r
  18 public class MultiAnnotatedSequence<T extends Enum<T>> {\r
  19 \r
  20         private final Map<T, List<Float>> annotations;\r
  21 \r
  22         public MultiAnnotatedSequence(Class<T> enumeration) {\r
  23                 this.annotations = new EnumMap<T, List<Float>>(enumeration);\r
  24         }\r
  25 \r
  26         public void addAnnotation(T type, List<Float> annotation) {\r
  27                 assert type != null : "Type is expected";\r
  28                 assert annotation != null : "Not empty value is expected!";\r
  29                 if (!annotations.isEmpty()) {\r
  30                         assert annotations.values().iterator().next().size() == annotation\r
  31                                         .size() : "Annotations must contain the same number of elements!";\r
  32                 }\r
  33                 this.annotations.put(type, annotation);\r
  34         }\r
  35 \r
  36         public Map<T, List<Float>> getAnnotations() {\r
  37                 return new EnumMap<T, List<Float>>(this.annotations);\r
  38         }\r
  39 \r
  40         @Override\r
  41         public int hashCode() {\r
  42                 final int prime = 31;\r
  43                 int result = 1;\r
  44                 result = prime * result\r
  45                                 + ((annotations == null) ? 0 : annotations.hashCode());\r
  46                 return result;\r
  47         }\r
  48 \r
  49         @Override\r
  50         public boolean equals(Object obj) {\r
  51                 if (this == obj)\r
  52                         return true;\r
  53                 if (obj == null)\r
  54                         return false;\r
  55                 if (getClass() != obj.getClass())\r
  56                         return false;\r
  57                 MultiAnnotatedSequence other = (MultiAnnotatedSequence) obj;\r
  58                 if (annotations == null) {\r
  59                         if (other.annotations != null)\r
  60                                 return false;\r
  61                 } else if (!annotations.equals(other.annotations))\r
  62                         return false;\r
  63                 return true;\r
  64         }\r
  65 \r
  66         @Override\r
  67         public String toString() {\r
  68                 String value = "";\r
  69                 for (Map.Entry<T, List<Float>> annt : annotations.entrySet()) {\r
  70                         value += annt.getKey() + " ";\r
  71                         value += annt.getValue() + "\n";\r
  72                 }\r
  73                 return value;\r
  74         }\r
  75 \r
  76         public JalviewAnnotation toJalviewAnnotation() {\r
  77                 // TODO Auto-generated method stub\r
  78                 return null;\r
  79         }\r
  80 }\r