datamodel/compbio/data/sequence/MultiAnnotatedSequence.java

   1 package compbio.data.sequence;\r
   2 \r
   3 import java.util.ArrayList;\r
   4 import java.util.EnumMap;\r
   5 import java.util.List;\r
   6 import java.util.Map;\r
   7 \r
   8 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;\r
   9 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;\r
  10 \r
  11 import compbio.util.annotation.NotThreadSafe;\r
  12 \r
  13 /**\r
  14  * TODO complete\r
  15  * \r
  16  * @author pvtroshin\r
  17  * \r
  18  * @param <T>\r
  19  *            enum type\r
  20  */\r
  21 @NotThreadSafe\r
  22 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)\r
  23 public class MultiAnnotatedSequence<T extends Enum<T>> {\r
  24 \r
  25         private EnumMap<T, ArrayList<Float>> annotations;\r
  26 \r
  27         MultiAnnotatedSequence() {\r
  28                 // default constructor for JAXB\r
  29         }\r
  30 \r
  31         public MultiAnnotatedSequence(Class<T> enumeration) {\r
  32                 this.annotations = new EnumMap<T, ArrayList<Float>>(enumeration);\r
  33         }\r
  34 \r
  35         public void addAnnotation(T type, ArrayList<Float> annotation) {\r
  36                 assert type != null : "Type is expected";\r
  37                 assert annotation != null : "Not empty value is expected!";\r
  38                 if (!annotations.isEmpty()) {\r
  39                         assert annotations.values().iterator().next().size() == annotation\r
  40                                         .size() : "Annotations must contain the same number of elements!";\r
  41                 }\r
  42                 this.annotations.put(type, annotation);\r
  43         }\r
  44 \r
  45         public Map<T, List<Float>> getAnnotations() {\r
  46                 return new EnumMap<T, List<Float>>(this.annotations);\r
  47         }\r
  48 \r
  49         @Override\r
  50         public int hashCode() {\r
  51                 final int prime = 31;\r
  52                 int result = 1;\r
  53                 result = prime * result\r
  54                                 + ((annotations == null) ? 0 : annotations.hashCode());\r
  55                 return result;\r
  56         }\r
  57 \r
  58         @Override\r
  59         public boolean equals(Object obj) {\r
  60                 if (this == obj)\r
  61                         return true;\r
  62                 if (obj == null)\r
  63                         return false;\r
  64                 if (getClass() != obj.getClass())\r
  65                         return false;\r
  66                 MultiAnnotatedSequence other = (MultiAnnotatedSequence) obj;\r
  67                 if (annotations == null) {\r
  68                         if (other.annotations != null)\r
  69                                 return false;\r
  70                 } else if (!annotations.equals(other.annotations))\r
  71                         return false;\r
  72                 return true;\r
  73         }\r
  74 \r
  75         @Override\r
  76         public String toString() {\r
  77                 String value = "";\r
  78                 for (Map.Entry<T, ArrayList<Float>> annt : annotations.entrySet()) {\r
  79                         value += annt.getKey() + " ";\r
  80                         value += annt.getValue() + "\n";\r
  81                 }\r
  82                 return value;\r
  83         }\r
  84 \r
  85         public JalviewAnnotation toJalviewAnnotation() {\r
  86                 // TODO Auto-generated method stub\r
  87                 return null;\r
  88         }\r
  89 }\r