datamodel/compbio/metadata/PresetManager.java

   1 /* Copyright (c) 2009 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 1.0  \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package compbio.metadata;\r
  20 \r
  21 import java.util.List;\r
  22 \r
  23 import javax.xml.bind.ValidationException;\r
  24 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;\r
  25 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;\r
  26 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;\r
  27 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;\r
  28 \r
  29 import compbio.util.Util;\r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * Collection of presets and methods to manipulate them @see {@link Preset}\r
  33  * \r
  34  * @author pvtroshin\r
  35  * \r
  36  * @version 1.0 December 2009\r
  37  * @param <T>\r
  38  *            type of executable.\r
  39  */\r
  40 @XmlRootElement(name = "presets")\r
  41 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)\r
  42 public class PresetManager<T> {\r
  43 \r
  44         @XmlElement(required = true)\r
  45         String runnerClassName;\r
  46 \r
  47         @XmlElement(required = true)\r
  48         List<Preset<T>> preset;\r
  49 \r
  50         public static final String LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET = "# LocalEngineExecutionLimit #";\r
  51 \r
  52         public List<Preset<T>> getPresets() {\r
  53                 return preset;\r
  54         }\r
  55 \r
  56         public void setPresets(List<Preset<T>> presets) {\r
  57                 this.preset = presets;\r
  58         }\r
  59 \r
  60         /**\r
  61          * \r
  62          * @return fully qualified class name of type T\r
  63          */\r
  64         public String getRunnerClassName() {\r
  65                 return runnerClassName;\r
  66         }\r
  67 \r
  68         public void setRunnerClassName(String runnerClassName) {\r
  69                 this.runnerClassName = runnerClassName;\r
  70         }\r
  71 \r
  72         /**\r
  73          * \r
  74          * @param presetName\r
  75          * @return preset by its name, null if no preset found\r
  76          */\r
  77         public Preset<T> getPresetByName(String presetName) {\r
  78                 for (Preset<T> p : preset) {\r
  79                         if (p.getName().equalsIgnoreCase(presetName)) {\r
  80                                 return p;\r
  81                         }\r
  82                 }\r
  83                 return null;\r
  84         }\r
  85 \r
  86         boolean isComposite(String value) {\r
  87                 assert value != null;\r
  88                 return value.contains(" ");\r
  89         }\r
  90 \r
  91         boolean containsValue(List<String> values, String value) {\r
  92                 assert !Util.isEmpty(value);\r
  93                 for (String v : values) {\r
  94                         if (v.equals(value)) {\r
  95                                 return true;\r
  96                         }\r
  97                 }\r
  98                 return false;\r
  99         }\r
 100 \r
 101         boolean isNumeric(String value) {\r
 102                 assert value != null;\r
 103                 try {\r
 104                         Double.parseDouble(value);\r
 105                         return true;\r
 106                 } catch (NumberFormatException e) {\r
 107                         // ignore\r
 108                         return false;\r
 109                 }\r
 110         }\r
 111 \r
 112         /**\r
 113          * Checks whether preset option and parameter are defined in RunnerConfig\r
 114          * object.\r
 115          * \r
 116          * TODO handle parameters with values properly!\r
 117          * \r
 118          * @throws ValidationException\r
 119          *             if preset is found to be invalid.\r
 120          * \r
 121          */\r
 122         public void validate(RunnerConfig<T> options) throws ValidationException {\r
 123                 for (Preset<T> p : preset) {\r
 124                         if (Util.isEmpty(p.name)) {\r
 125                                 throw new ValidationException("Preset name must not be empty!");\r
 126                         }\r
 127                         List<String> optionNames = p.getOptions();\r
 128                         if (optionNames == null || optionNames.size() == 0) {\r
 129                                 throw new ValidationException(\r
 130                                                 "At lease one option must be defined for a preset!");\r
 131                         }\r
 132                         for (String oName : optionNames) {\r
 133                                 if (isComposite(oName)) {\r
 134                                         String name = oName.split(" ")[0];\r
 135                                         Argument<T> arg = getArgument(options, name);\r
 136                                         String value = oName.split(" ")[1];\r
 137                                         // Ignore numeric values\r
 138                                         if (!isNumeric(value)\r
 139                                                         && !containsValue(arg.getPossibleValues(), value)) {\r
 140                                                 throw new ValidationException("Value " + value\r
 141                                                                 + " is not found in the option " + name);\r
 142                                         }\r
 143                                 } else {\r
 144                                         getArgument(options, oName);\r
 145                                 }\r
 146                         }\r
 147                 }\r
 148         }\r
 149 \r
 150         Argument<T> getArgument(RunnerConfig<T> options, String optionName)\r
 151                         throws ValidationException {\r
 152                 Argument<T> arg = options.getArgumentByOptionName(optionName);\r
 153                 if (arg == null) {\r
 154                         throw new ValidationException(\r
 155                                         "Option "\r
 156                                                         + optionName\r
 157                                                         + " is not found in the option list (<RunnerName>Parameter.xml file)");\r
 158                 }\r
 159                 return arg;\r
 160         }\r
 161 \r
 162         @Override\r
 163         public String toString() {\r
 164                 String value = "Runner: " + this.runnerClassName;\r
 165                 for (Preset<T> p : preset) {\r
 166                         value += p.toString() + "\n";\r
 167                 }\r
 168                 return value;\r
 169         }\r
 170 \r
 171 }\r