forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Archaeopteryx.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.io.File;
  29
  30 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  31 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  32 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  33 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  34 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  35 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  36 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  37 import org.forester.util.ForesterUtil;
  38
  39 public final class Archaeopteryx {
  40
  41     public static MainFrame createApplication( final Phylogeny phylogeny ) {
  42         final Phylogeny[] phylogenies = new Phylogeny[ 1 ];
  43         phylogenies[ 0 ] = phylogeny;
  44         return createApplication( phylogenies, "", "" );
  45     }
  46
  47     public static MainFrame createApplication( final Phylogeny phylogeny, final Configuration config, final String title ) {
  48         final Phylogeny[] phylogenies = new Phylogeny[ 1 ];
  49         phylogenies[ 0 ] = phylogeny;
  50         return MainFrameApplication.createInstance( phylogenies, config, title );
  51     }
  52     public static MainFrame createApplication( final Phylogeny[] phylogenies, final Configuration config, final String title ) {
  53         return MainFrameApplication.createInstance( phylogenies, config, title );
  54     }
  55
  56     public static MainFrame createApplication( final Phylogeny[] phylogenies ) {
  57         return createApplication( phylogenies, "", "" );
  58     }
  59
  60     public static MainFrame createApplication( final Phylogeny[] phylogenies,
  61                                                final String config_file_name,
  62                                                final String title ) {
  63         return MainFrameApplication.createInstance( phylogenies, config_file_name, title );
  64     }
  65
  66     public static MainFrame main( final String args[] ) {
  67         Phylogeny[] phylogenies = null;
  68         String config_filename = null;
  69         Configuration conf = null;
  70         File f = null;
  71         try {
  72             int filename_index = 0;
  73             if ( args.length == 0 ) {
  74                 conf = new Configuration( null, false, false, true );
  75             }
  76             else if ( args.length > 0 ) {
  77                 // check for a config file
  78                 if ( args[ 0 ].startsWith( "-c" ) ) {
  79                     config_filename = args[ 1 ];
  80                     filename_index += 2;
  81                 }
  82                 if ( args[ 0 ].startsWith( "-open" ) ) {
  83                     filename_index += 1;
  84                 }
  85                 conf = new Configuration( config_filename, false, false, true );
  86                 if ( args.length > filename_index ) {
  87                     f = new File( args[ filename_index ] );
  88                     final String err = ForesterUtil.isReadableFile( f );
  89                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( err ) ) {
  90                         ForesterUtil.fatalError( AptxConstants.PRG_NAME, err );
  91                     }
  92                     boolean nhx_or_nexus = false;
  93                     final PhylogenyParser p = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( f, conf
  94                                                                                            .isValidatePhyloXmlAgainstSchema() );
  95                     if ( p instanceof NHXParser ) {
  96                         nhx_or_nexus = true;
  97                         final NHXParser nhx = ( NHXParser ) p;
  98                         nhx.setReplaceUnderscores( conf.isReplaceUnderscoresInNhParsing() );
  99                         nhx.setIgnoreQuotes( false );
 100                         nhx.setTaxonomyExtraction( conf.getTaxonomyExtraction() );
 101                     }
 102                     else if ( p instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
 103                         nhx_or_nexus = true;
 104                         final NexusPhylogeniesParser nex = ( NexusPhylogeniesParser ) p;
 105                         nex.setReplaceUnderscores( conf.isReplaceUnderscoresInNhParsing() );
 106                         nex.setIgnoreQuotes( false );
 107                     }
 108                     else if ( p instanceof PhyloXmlParser ) {
 109                         MainFrameApplication.warnIfNotPhyloXmlValidation( conf );
 110                     }
 111                     phylogenies = PhylogenyMethods.readPhylogenies( p, f );
 112                     if ( nhx_or_nexus && conf.isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() ) {
 113                         for( final Phylogeny phy : phylogenies ) {
 114                             PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy, "" );
 115                         }
 116                     }
 117                 }
 118             }
 119         }
 120         catch ( final Exception e ) {
 121             ForesterUtil.fatalError( AptxConstants.PRG_NAME, "failed to start: " + e.getLocalizedMessage() );
 122         }
 123         String title = "";
 124         if ( f != null ) {
 125             title = f.getName();
 126         }
 127         File current_dir = null;
 128         if ( ( phylogenies != null ) && ( phylogenies.length > 0 ) ) {
 129             current_dir = new File( "." );
 130         }
 131         try {
 132            return MainFrameApplication.createInstance( phylogenies, conf, title, current_dir );
 133         }
 134         catch ( final OutOfMemoryError e ) {
 135             AptxUtil.outOfMemoryError( e );
 136         }
 137         catch ( final Exception e ) {
 138             AptxUtil.unexpectedException( e );
 139         }
 140         catch ( final Error e ) {
 141             AptxUtil.unexpectedError( e );
 142         }
 143     return null;}
 144 }