forester/java/src/org/forester/phylogeny/iterators/PreorderTreeIterator.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.phylogeny.iterators;
  27
  28 import java.util.NoSuchElementException;
  29 import java.util.Stack;
  30
  31 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  32 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  33
  34 // import java.util.Iterator; TODO should implement this, not some iterator of
  35 // this package.
  36 /*
  37  * @author Christian M. Zmasek
  38  *
  39  * @version 1.020 -- last modified: 10/10/05
  40  */
  41 public class PreorderTreeIterator implements PhylogenyNodeIterator {
  42
  43     final private Phylogeny            _tree;
  44     final private Stack<PhylogenyNode> _stack;
  45
  46     /**
  47      * @param tree
  48      *            Phylogeny for which a Iterator is to be constructed.
  49      */
  50     public PreorderTreeIterator( final Phylogeny tree ) throws IllegalArgumentException {
  51         if ( tree.isEmpty() ) {
  52             throw new IllegalArgumentException( "Attempt to use PreorderTreeIterator on empty tree." );
  53         }
  54         _stack = new Stack<PhylogenyNode>();
  55         _tree = tree;
  56         reset();
  57     }
  58
  59     public PreorderTreeIterator( final PhylogenyNode node ) throws IllegalArgumentException {
  60         _stack = new Stack<PhylogenyNode>();
  61         _tree = null;
  62         reset( node );
  63     }
  64
  65     private Stack<PhylogenyNode> getStack() {
  66         return _stack;
  67     }
  68
  69     private Phylogeny getTree() {
  70         return _tree;
  71     }
  72
  73     /*
  74      * (non-Javadoc)
  75      *
  76      * @see java.util.Iterator#hasNext()
  77      */
  78     public boolean hasNext() {
  79         return !getStack().isEmpty();
  80     }
  81
  82     /**
  83      * Advances the Iterator by one.
  84      */
  85     public PhylogenyNode next() throws NoSuchElementException {
  86         if ( !hasNext() ) {
  87             throw new NoSuchElementException( "Attempt to call \"next()\" on iterator which has no more next elements." );
  88         }
  89         final PhylogenyNode node = getStack().pop();
  90         if ( !node.isExternal() ) {
  91             for( int i = node.getNumberOfDescendants() - 1; i >= 0; --i ) {
  92                 getStack().push( node.getChildNode( i ) );
  93             }
  94         }
  95         return node;
  96     } // next()
  97
  98     /**
  99      * Not supported.
 100      *
 101      */
 102     public void remove() {
 103         throw new UnsupportedOperationException();
 104     }
 105
 106     public void reset() {
 107         getStack().clear();
 108         getStack().push( getTree().getRoot() );
 109     }
 110
 111     private void reset( final PhylogenyNode node ) {
 112         getStack().clear();
 113         getStack().push( node );
 114     }
 115 } // End of class PreorderTreeIterator.