forester/java/src/org/forester/rio/TestRIO.java

   1
   2 package org.forester.rio;
   3
   4 import org.forester.datastructures.IntMatrix;
   5 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
   6 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
   7 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
   8 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods.PhylogenyNodeField;
   9 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  10 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  11 import org.forester.rio.RIO.REROOTING;
  12 import org.forester.sdi.SDIutil.ALGORITHM;
  13 import org.forester.sdi.SDIutil.TaxonomyComparisonBase;
  14 import org.forester.util.ForesterUtil;
  15
  16 public final class TestRIO {
  17
  18     private final static String PATH_TO_TEST_DATA = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
  19                                                           + "test_data" + ForesterUtil.getFileSeparator();
  20
  21     public static boolean test() {
  22         if ( !testRIO_GSDIR() ) {
  23             return false;
  24         }
  25         return true;
  26     }
  27
  28     private static boolean testRIO_GSDIR() {
  29         try {
  30             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  31             final NHXParser nhx = new NHXParser();
  32             nhx.setReplaceUnderscores( false );
  33             nhx.setIgnoreQuotes( true );
  34             nhx.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
  35             final String gene_trees_1_str = "(((((MOUSE,RAT),HUMAN),CAEEL),YEAST),ARATH);"
  36                     + "((((MOUSE,RAT),HUMAN),(ARATH,YEAST)),CAEEL);" + "((MOUSE,RAT),(((ARATH,YEAST),CAEEL),HUMAN));"
  37                     + "(((((MOUSE,HUMAN),RAT),CAEEL),YEAST),ARATH);" + "((((HUMAN,MOUSE),RAT),(ARATH,YEAST)),CAEEL);";
  38             final Phylogeny[] gene_trees_1 = factory.create( gene_trees_1_str, nhx );
  39             final String species_trees_1_str = "(((((MOUSE,RAT),HUMAN),CAEEL),YEAST),ARATH);";
  40             final Phylogeny species_tree_1 = factory.create( species_trees_1_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  41             species_tree_1.setRooted( true );
  42             PhylogenyMethods.transferNodeNameToField( species_tree_1, PhylogenyNodeField.TAXONOMY_CODE, true );
  43             //Archaeopteryx.createApplication( species_trees_1 );
  44             RIO rio = new RIO( gene_trees_1, species_tree_1, ALGORITHM.GSDIR, REROOTING.BY_ALGORITHM, "", true, false );
  45             if ( rio.getAnalyzedGeneTrees().length != 5 ) {
  46                 return false;
  47             }
  48             if ( rio.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
  49                 return false;
  50             }
  51             if ( rio.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.CODE ) {
  52                 return false;
  53             }
  54             if ( rio.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
  55                 return false;
  56             }
  57             IntMatrix m = RIO.calculateOrthologTable( rio.getAnalyzedGeneTrees(), true );
  58             // System.out.println( m.toString() );
  59             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "ARATH,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  60                 return false;
  61             }
  62             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "CAEEL,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  63                 return false;
  64             }
  65             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "HUMAN,5,5,5,5,3,5" ) ) {
  66                 return false;
  67             }
  68             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "MOUSE,5,5,5,5,3,5" ) ) {
  69                 return false;
  70             }
  71             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "RAT,5,5,3,3,5,5" ) ) {
  72                 return false;
  73             }
  74             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "YEAST,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  75                 return false;
  76             }
  77             //
  78             final Phylogeny[] gene_trees_2 = factory.create( gene_trees_1_str, nhx );
  79             final String species_trees_2_str = "((((MOUSE,RAT,HUMAN),CAEEL),YEAST),ARATH);";
  80             final Phylogeny species_tree_2 = factory.create( species_trees_2_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  81             species_tree_2.setRooted( true );
  82             PhylogenyMethods.transferNodeNameToField( species_tree_2, PhylogenyNodeField.TAXONOMY_CODE, true );
  83             rio = new RIO( gene_trees_2, species_tree_2, ALGORITHM.GSDIR, REROOTING.BY_ALGORITHM, null, true, false );
  84             m = RIO.calculateOrthologTable( rio.getAnalyzedGeneTrees(), true );
  85             // System.out.println( m.toString() );
  86             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "ARATH,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  87                 return false;
  88             }
  89             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "CAEEL,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  90                 return false;
  91             }
  92             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "HUMAN,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  93                 return false;
  94             }
  95             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "MOUSE,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  96                 return false;
  97             }
  98             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "RAT,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  99                 return false;
 100             }
 101             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "YEAST,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 102                 return false;
 103             }
 104         }
 105         catch ( final Exception e ) {
 106             e.printStackTrace( System.out );
 107             return false;
 108         }
 109         return true;
 110     }
 111
 112     public static void main( final String[] args ) {
 113         if ( !testRIO_GSDIR() ) {
 114             System.out.println( "testRIO GSDIR failed" );
 115         }
 116         else {
 117             System.out.println( "OK" );
 118         }
 119     }
 120 }