forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39 import java.util.SortedSet;
  40
  41 import org.forester.application.support_transfer;
  42 import org.forester.archaeopteryx.TreePanelUtil;
  43 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  44 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  45 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  46 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  47 import org.forester.go.TestGo;
  48 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  49 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  50 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  51 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  55 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  56 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  57 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  58 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  59 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  60 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  61 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
  62 import org.forester.msa.BasicMsa;
  63 import org.forester.msa.Mafft;
  64 import org.forester.msa.Msa;
  65 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  66 import org.forester.msa.MsaMethods;
  67 import org.forester.pccx.TestPccx;
  68 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  69 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  70 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  71 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  72 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Accession.Source;
  75 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  76 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  78 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  79 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  81 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  82 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  83 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  84 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  85 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  86 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  87 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  88 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  89 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  90 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  91 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  92 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  93 import org.forester.protein.BasicDomain;
  94 import org.forester.protein.BasicProtein;
  95 import org.forester.protein.Domain;
  96 import org.forester.protein.Protein;
  97 import org.forester.protein.ProteinId;
  98 import org.forester.rio.TestRIO;
  99 import org.forester.sdi.SDI;
 100 import org.forester.sdi.SDIR;
 101 import org.forester.sdi.TestGSDI;
 102 import org.forester.sequence.BasicSequence;
 103 import org.forester.sequence.Sequence;
 104 import org.forester.species.BasicSpecies;
 105 import org.forester.species.Species;
 106 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
 107 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
 108 import org.forester.tools.SupportCount;
 109 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 110 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 111 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 112 import org.forester.util.BasicTable;
 113 import org.forester.util.BasicTableParser;
 114 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 115 import org.forester.util.ForesterConstants;
 116 import org.forester.util.ForesterUtil;
 117 import org.forester.util.GeneralTable;
 118 import org.forester.util.SequenceAccessionTools;
 119 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 120 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 121 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 122 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 123 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 124 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 125 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 126
 127 @SuppressWarnings( "unused")
 128 public final class Test {
 129
 130     private final static boolean PERFORM_DB_TESTS          = true;
 131     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 132     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 133                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 134                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 135     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 136                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 137                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 138     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 139     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 140                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 141                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 142     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 143                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 144                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 145
 146     public static boolean testOverlapRemoval() {
 147         try {
 148             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 149             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", ( short ) 7, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 150             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", ( short ) 0, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 151             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", ( short ) 9, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 152             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", ( short ) 7, ( short ) 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 153             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
 154             covered.add( true ); // 0
 155             covered.add( false ); // 1
 156             covered.add( true ); // 2
 157             covered.add( false ); // 3
 158             covered.add( true ); // 4
 159             covered.add( true ); // 5
 160             covered.add( false ); // 6
 161             covered.add( true ); // 7
 162             covered.add( true ); // 8
 163             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d0, covered ) != 3 ) {
 164                 return false;
 165             }
 166             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d1, covered ) != 2 ) {
 167                 return false;
 168             }
 169             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d2, covered ) != 6 ) {
 170                 return false;
 171             }
 172             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d3, covered ) != 0 ) {
 173                 return false;
 174             }
 175             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d4, covered ) != 2 ) {
 176                 return false;
 177             }
 178             final Domain a = new BasicDomain( "a", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 179             final Domain b = new BasicDomain( "b", ( short ) 2, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 180             final Protein ab = new BasicProtein( "ab", "varanus", 0 );
 181             ab.addProteinDomain( a );
 182             ab.addProteinDomain( b );
 183             final Protein ab_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, ab );
 184             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 185                 return false;
 186             }
 187             if ( ab_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 188                 return false;
 189             }
 190             if ( !ab_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "a" ) ) {
 191                 return false;
 192             }
 193             final Protein ab_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 4, false, ab );
 194             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 195                 return false;
 196             }
 197             if ( ab_s1.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 198                 return false;
 199             }
 200             final Domain c = new BasicDomain( "c", ( short ) 20000, ( short ) 20500, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 201             final Domain d = new BasicDomain( "d",
 202                                               ( short ) 10000,
 203                                               ( short ) 10500,
 204                                               ( short ) 1,
 205                                               ( short ) 1,
 206                                               0.0000001,
 207                                               1 );
 208             final Domain e = new BasicDomain( "e", ( short ) 5000, ( short ) 5500, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 209             final Protein cde = new BasicProtein( "cde", "varanus", 0 );
 210             cde.addProteinDomain( c );
 211             cde.addProteinDomain( d );
 212             cde.addProteinDomain( e );
 213             final Protein cde_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, cde );
 214             if ( cde.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 215                 return false;
 216             }
 217             if ( cde_s0.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 218                 return false;
 219             }
 220             final Domain f = new BasicDomain( "f", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 221             final Domain g = new BasicDomain( "g", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 222             final Domain h = new BasicDomain( "h", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 223             final Domain i = new BasicDomain( "i", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 1 );
 224             final Domain i2 = new BasicDomain( "i", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 10 );
 225             final Protein fghi = new BasicProtein( "fghi", "varanus", 0 );
 226             fghi.addProteinDomain( f );
 227             fghi.addProteinDomain( g );
 228             fghi.addProteinDomain( h );
 229             fghi.addProteinDomain( i );
 230             fghi.addProteinDomain( i );
 231             fghi.addProteinDomain( i );
 232             fghi.addProteinDomain( i2 );
 233             final Protein fghi_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, fghi );
 234             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 235                 return false;
 236             }
 237             if ( fghi_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 238                 return false;
 239             }
 240             if ( !fghi_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "h" ) ) {
 241                 return false;
 242             }
 243             final Protein fghi_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, fghi );
 244             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 245                 return false;
 246             }
 247             if ( fghi_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 248                 return false;
 249             }
 250             final Domain j = new BasicDomain( "j", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 251             final Domain k = new BasicDomain( "k", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 252             final Domain l = new BasicDomain( "l", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 253             final Domain m = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 254             final Domain m0 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 255             final Domain m1 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 3, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 256             final Domain m2 = new BasicDomain( "m", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
 257             final Protein jklm = new BasicProtein( "jklm", "varanus", 0 );
 258             jklm.addProteinDomain( j );
 259             jklm.addProteinDomain( k );
 260             jklm.addProteinDomain( l );
 261             jklm.addProteinDomain( m );
 262             jklm.addProteinDomain( m0 );
 263             jklm.addProteinDomain( m1 );
 264             jklm.addProteinDomain( m2 );
 265             final Protein jklm_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, jklm );
 266             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 267                 return false;
 268             }
 269             if ( jklm_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 270                 return false;
 271             }
 272             if ( !jklm_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "l" ) ) {
 273                 return false;
 274             }
 275             final Protein jklm_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, jklm );
 276             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 277                 return false;
 278             }
 279             if ( jklm_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 280                 return false;
 281             }
 282             final Domain only = new BasicDomain( "only", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
 283             final Protein od = new BasicProtein( "od", "varanus", 0 );
 284             od.addProteinDomain( only );
 285             final Protein od_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, od );
 286             if ( od.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 287                 return false;
 288             }
 289             if ( od_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 290                 return false;
 291             }
 292         }
 293         catch ( final Exception e ) {
 294             e.printStackTrace( System.out );
 295             return false;
 296         }
 297         return true;
 298     }
 299
 300     public static boolean testEngulfingOverlapRemoval() {
 301         try {
 302             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", 0, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 303             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", 0, 1, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 304             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", 0, 2, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 305             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", 7, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 306             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", 7, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 307             final Domain d5 = new BasicDomain( "d4", 0, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 308             final Domain d6 = new BasicDomain( "d4", 4, 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 309             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
 310             covered.add( true ); // 0
 311             covered.add( false ); // 1
 312             covered.add( true ); // 2
 313             covered.add( false ); // 3
 314             covered.add( true ); // 4
 315             covered.add( true ); // 5
 316             covered.add( false ); // 6
 317             covered.add( true ); // 7
 318             covered.add( true ); // 8
 319             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d0, covered ) ) {
 320                 return false;
 321             }
 322             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d1, covered ) ) {
 323                 return false;
 324             }
 325             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d2, covered ) ) {
 326                 return false;
 327             }
 328             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d3, covered ) ) {
 329                 return false;
 330             }
 331             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d4, covered ) ) {
 332                 return false;
 333             }
 334             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d5, covered ) ) {
 335                 return false;
 336             }
 337             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d6, covered ) ) {
 338                 return false;
 339             }
 340             final Domain a = new BasicDomain( "a", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 341             final Domain b = new BasicDomain( "b", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
 342             final Domain c = new BasicDomain( "c", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
 343             final Protein abc = new BasicProtein( "abc", "nemve", 0 );
 344             abc.addProteinDomain( a );
 345             abc.addProteinDomain( b );
 346             abc.addProteinDomain( c );
 347             final Protein abc_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, abc );
 348             final Protein abc_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, true, abc );
 349             if ( abc.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 350                 return false;
 351             }
 352             if ( abc_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 353                 return false;
 354             }
 355             if ( abc_r2.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 356                 return false;
 357             }
 358             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "a" ) ) {
 359                 return false;
 360             }
 361             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
 362                 return false;
 363             }
 364             final Domain d = new BasicDomain( "d", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 365             final Domain e = new BasicDomain( "e", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
 366             final Domain f = new BasicDomain( "f", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
 367             final Protein def = new BasicProtein( "def", "nemve", 0 );
 368             def.addProteinDomain( d );
 369             def.addProteinDomain( e );
 370             def.addProteinDomain( f );
 371             final Protein def_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, false, def );
 372             final Protein def_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, true, def );
 373             if ( def.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 374                 return false;
 375             }
 376             if ( def_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 377                 return false;
 378             }
 379             if ( def_r2.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 380                 return false;
 381             }
 382             if ( !def_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "d" ) ) {
 383                 return false;
 384             }
 385             if ( !def_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "f" ) ) {
 386                 return false;
 387             }
 388             if ( !def_r2.getProteinDomain( 2 ).getDomainId().equals( "e" ) ) {
 389                 return false;
 390             }
 391         }
 392         catch ( final Exception e ) {
 393             e.printStackTrace( System.out );
 394             return false;
 395         }
 396         return true;
 397     }
 398
 399     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 400         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 401     }
 402
 403     public static void main( final String[] args ) {
 404         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 405         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 406                 + "]" );
 407         Locale.setDefault( Locale.US );
 408         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 409         int failed = 0;
 410         int succeeded = 0;
 411         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 412         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 413             System.out.println( "OK.]" );
 414         }
 415         else {
 416             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 417             System.out.println( "Testing aborted." );
 418             System.exit( -1 );
 419         }
 420         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 421         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 422             System.out.println( "OK.]" );
 423         }
 424         else {
 425             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 426             System.out.println( "Testing aborted." );
 427             System.exit( -1 );
 428         }
 429         final long start_time = new Date().getTime();
 430         System.out.print( "Basic node methods: " );
 431         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 432             System.out.println( "OK." );
 433             succeeded++;
 434         }
 435         else {
 436             System.out.println( "failed." );
 437             failed++;
 438         }
 439         System.out.print( "Protein id: " );
 440         if ( !testProteinId() ) {
 441             System.out.println( "failed." );
 442             failed++;
 443         }
 444         else {
 445             succeeded++;
 446         }
 447         System.out.println( "OK." );
 448         System.out.print( "Species: " );
 449         if ( !testSpecies() ) {
 450             System.out.println( "failed." );
 451             failed++;
 452         }
 453         else {
 454             succeeded++;
 455         }
 456         System.out.println( "OK." );
 457         System.out.print( "Basic domain: " );
 458         if ( !testBasicDomain() ) {
 459             System.out.println( "failed." );
 460             failed++;
 461         }
 462         else {
 463             succeeded++;
 464         }
 465         System.out.println( "OK." );
 466         System.out.print( "Basic protein: " );
 467         if ( !testBasicProtein() ) {
 468             System.out.println( "failed." );
 469             failed++;
 470         }
 471         else {
 472             succeeded++;
 473         }
 474         System.out.println( "OK." );
 475         System.out.print( "Sequence writer: " );
 476         if ( testSequenceWriter() ) {
 477             System.out.println( "OK." );
 478             succeeded++;
 479         }
 480         else {
 481             System.out.println( "failed." );
 482             failed++;
 483         }
 484         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 485         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 486             System.out.println( "OK." );
 487             succeeded++;
 488         }
 489         else {
 490             System.out.println( "failed." );
 491             failed++;
 492         }
 493         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 494             System.out.print( "Ebi Entry Retrieval: " );
 495             if ( Test.testEbiEntryRetrieval() ) {
 496                 System.out.println( "OK." );
 497                 succeeded++;
 498             }
 499             else {
 500                 System.out.println( "failed." );
 501                 failed++;
 502             }
 503         }
 504         ///////////////////////////////////////// System.exit( 0 );
 505         System.out.print( "UniProtKB id extraction: " );
 506         if ( Test.testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() ) {
 507             System.out.println( "OK." );
 508             succeeded++;
 509         }
 510         else {
 511             System.out.println( "failed." );
 512             failed++;
 513         }
 514         System.out.print( "Sequence DB tools 1: " );
 515         if ( testSequenceDbWsTools1() ) {
 516             System.out.println( "OK." );
 517             succeeded++;
 518         }
 519         else {
 520             System.out.println( "failed." );
 521             failed++;
 522         }
 523         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 524             System.out.print( "Sequence DB tools 2: " );
 525             if ( testSequenceDbWsTools2() ) {
 526                 System.out.println( "OK." );
 527                 succeeded++;
 528             }
 529             else {
 530                 System.out.println( "failed." );
 531                 failed++;
 532                 System.exit( -1 );
 533             }
 534         }
 535         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 536         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 537             System.out.println( "OK." );
 538             succeeded++;
 539         }
 540         else {
 541             System.out.println( "failed." );
 542             failed++;
 543         }
 544         //
 545         System.out.print( "Overlap removal: " );
 546         if ( !org.forester.test.Test.testOverlapRemoval() ) {
 547             System.out.println( "failed." );
 548             failed++;
 549         }
 550         else {
 551             succeeded++;
 552         }
 553         System.out.println( "OK." );
 554         System.out.print( "Engulfing overlap removal: " );
 555         if ( !Test.testEngulfingOverlapRemoval() ) {
 556             System.out.println( "failed." );
 557             failed++;
 558         }
 559         else {
 560             succeeded++;
 561         }
 562         System.out.println( "OK." );
 563         //
 564         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 565         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 566             System.out.println( "OK." );
 567             succeeded++;
 568         }
 569         else {
 570             System.out.println( "failed." );
 571             failed++;
 572         }
 573         System.out.print( "SN extraction: " );
 574         if ( Test.testExtractSNFromNodeName() ) {
 575             System.out.println( "OK." );
 576             succeeded++;
 577         }
 578         else {
 579             System.out.println( "failed." );
 580             failed++;
 581         }
 582         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 583         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 584             System.out.println( "OK." );
 585             succeeded++;
 586         }
 587         else {
 588             System.out.println( "failed." );
 589             failed++;
 590         }
 591         System.out.print( "Uri for Aptx web sequence accession: " );
 592         if ( Test.testCreateUriForSeqWeb() ) {
 593             System.out.println( "OK." );
 594             succeeded++;
 595         }
 596         else {
 597             System.out.println( "failed." );
 598             failed++;
 599         }
 600         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 601         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 602             System.out.println( "OK." );
 603             succeeded++;
 604         }
 605         else {
 606             System.out.println( "failed." );
 607             failed++;
 608         }
 609         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 610         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 611             System.out.println( "OK." );
 612             succeeded++;
 613         }
 614         else {
 615             System.out.println( "failed." );
 616             failed++;
 617         }
 618         System.out.print( "NH parsing: " );
 619         if ( Test.testNHParsing() ) {
 620             System.out.println( "OK." );
 621             succeeded++;
 622         }
 623         else {
 624             System.out.println( "failed." );
 625             failed++;
 626         }
 627         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 628         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 629             System.out.println( "OK." );
 630             succeeded++;
 631         }
 632         else {
 633             System.out.println( "failed." );
 634             failed++;
 635         }
 636         System.out.print( "NHX parsing: " );
 637         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 638             System.out.println( "OK." );
 639             succeeded++;
 640         }
 641         else {
 642             System.out.println( "failed." );
 643             failed++;
 644         }
 645         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 646         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 647             System.out.println( "OK." );
 648             succeeded++;
 649         }
 650         else {
 651             System.out.println( "failed." );
 652             failed++;
 653         }
 654         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 655         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 656             System.out.println( "OK." );
 657             succeeded++;
 658         }
 659         else {
 660             System.out.println( "failed." );
 661             failed++;
 662         }
 663         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 664         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 665             System.out.println( "OK." );
 666             succeeded++;
 667         }
 668         else {
 669             System.out.println( "failed." );
 670             failed++;
 671         }
 672         System.out.print( "Nexus tree parsing iterating: " );
 673         if ( Test.testNexusTreeParsingIterating() ) {
 674             System.out.println( "OK." );
 675             succeeded++;
 676         }
 677         else {
 678             System.out.println( "failed." );
 679             failed++;
 680         }
 681         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 682         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 683             System.out.println( "OK." );
 684             succeeded++;
 685         }
 686         else {
 687             System.out.println( "failed." );
 688             failed++;
 689         }
 690         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 691         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 692             System.out.println( "OK." );
 693             succeeded++;
 694         }
 695         else {
 696             System.out.println( "failed." );
 697             failed++;
 698         }
 699         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 700         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 701             System.out.println( "OK." );
 702             succeeded++;
 703         }
 704         else {
 705             System.out.println( "failed." );
 706             failed++;
 707         }
 708         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 709         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 710             System.out.println( "OK." );
 711             succeeded++;
 712         }
 713         else {
 714             System.out.println( "failed." );
 715             failed++;
 716         }
 717         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 718         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 719             System.out.println( "OK." );
 720             succeeded++;
 721         }
 722         else {
 723             System.out.println( "failed." );
 724             failed++;
 725         }
 726         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 727         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 728             System.out.println( "OK." );
 729             succeeded++;
 730         }
 731         else {
 732             System.out.println( "failed." );
 733             failed++;
 734         }
 735         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 736         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 737             System.out.println( "OK." );
 738             succeeded++;
 739         }
 740         else {
 741             System.out.println( "failed." );
 742             failed++;
 743         }
 744         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 745         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 746             System.out.println( "OK." );
 747             succeeded++;
 748         }
 749         else {
 750             System.out.println( "failed." );
 751             failed++;
 752         }
 753         System.out.print( "Copying of node data: " );
 754         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 755             System.out.println( "OK." );
 756             succeeded++;
 757         }
 758         else {
 759             System.out.println( "failed." );
 760             failed++;
 761         }
 762         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 763         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 764             System.out.println( "OK." );
 765             succeeded++;
 766         }
 767         else {
 768             System.out.println( "failed." );
 769             failed++;
 770         }
 771         System.out.print( "Tree methods: " );
 772         if ( Test.testTreeMethods() ) {
 773             System.out.println( "OK." );
 774             succeeded++;
 775         }
 776         else {
 777             System.out.println( "failed." );
 778             failed++;
 779         }
 780         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 781         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 782             System.out.println( "OK." );
 783             succeeded++;
 784         }
 785         else {
 786             System.out.println( "failed." );
 787             failed++;
 788         }
 789         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 790         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 791             System.out.println( "OK." );
 792             succeeded++;
 793         }
 794         else {
 795             System.out.println( "failed." );
 796             failed++;
 797         }
 798         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 799         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 800             System.out.println( "OK." );
 801             succeeded++;
 802         }
 803         else {
 804             System.out.println( "failed." );
 805             failed++;
 806         }
 807         System.out.print( "Re-id methods: " );
 808         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 809             System.out.println( "OK." );
 810             succeeded++;
 811         }
 812         else {
 813             System.out.println( "failed." );
 814             failed++;
 815         }
 816         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 817         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 818             System.out.println( "OK." );
 819             succeeded++;
 820         }
 821         else {
 822             System.out.println( "failed." );
 823             failed++;
 824         }
 825         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 826         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 827             System.out.println( "OK." );
 828             succeeded++;
 829         }
 830         else {
 831             System.out.println( "failed." );
 832             failed++;
 833         }
 834         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 835         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 836             System.out.println( "OK." );
 837             succeeded++;
 838         }
 839         else {
 840             System.out.println( "failed." );
 841             failed++;
 842         }
 843         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 844         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 845             System.out.println( "OK." );
 846             succeeded++;
 847         }
 848         else {
 849             System.out.println( "failed." );
 850             failed++;
 851         }
 852         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 853         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 854             System.out.println( "OK." );
 855             succeeded++;
 856         }
 857         else {
 858             System.out.println( "failed." );
 859             failed++;
 860         }
 861         System.out.print( "Rerooting: " );
 862         if ( Test.testRerooting() ) {
 863             System.out.println( "OK." );
 864             succeeded++;
 865         }
 866         else {
 867             System.out.println( "failed." );
 868             failed++;
 869         }
 870         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 871         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 872             System.out.println( "OK." );
 873             succeeded++;
 874         }
 875         else {
 876             System.out.println( "failed." );
 877             failed++;
 878         }
 879         System.out.print( "Node removal: " );
 880         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 881             System.out.println( "OK." );
 882             succeeded++;
 883         }
 884         else {
 885             System.out.println( "failed." );
 886             failed++;
 887         }
 888         System.out.print( "Support count: " );
 889         if ( Test.testSupportCount() ) {
 890             System.out.println( "OK." );
 891             succeeded++;
 892         }
 893         else {
 894             System.out.println( "failed." );
 895             failed++;
 896         }
 897         System.out.print( "Support transfer: " );
 898         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 899             System.out.println( "OK." );
 900             succeeded++;
 901         }
 902         else {
 903             System.out.println( "failed." );
 904             failed++;
 905         }
 906         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 907         if ( Test.testGetLCA() ) {
 908             System.out.println( "OK." );
 909             succeeded++;
 910         }
 911         else {
 912             System.out.println( "failed." );
 913             failed++;
 914         }
 915         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 916         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 917             System.out.println( "OK." );
 918             succeeded++;
 919         }
 920         else {
 921             System.out.println( "failed." );
 922             failed++;
 923         }
 924         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 925         if ( Test.testGetDistance() ) {
 926             System.out.println( "OK." );
 927             succeeded++;
 928         }
 929         else {
 930             System.out.println( "failed." );
 931             failed++;
 932         }
 933         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 934         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 935             System.out.println( "OK." );
 936             succeeded++;
 937         }
 938         else {
 939             System.out.println( "failed." );
 940             failed++;
 941         }
 942         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 943         if ( Test.testDataObjects() ) {
 944             System.out.println( "OK." );
 945             succeeded++;
 946         }
 947         else {
 948             System.out.println( "failed." );
 949             failed++;
 950         }
 951         System.out.print( "Properties map: " );
 952         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 953             System.out.println( "OK." );
 954             succeeded++;
 955         }
 956         else {
 957             System.out.println( "failed." );
 958             failed++;
 959         }
 960         System.out.print( "SDIse: " );
 961         if ( Test.testSDIse() ) {
 962             System.out.println( "OK." );
 963             succeeded++;
 964         }
 965         else {
 966             System.out.println( "failed." );
 967             failed++;
 968         }
 969         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 970         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 971             System.out.println( "OK." );
 972             succeeded++;
 973         }
 974         else {
 975             System.out.println( "failed." );
 976             failed++;
 977         }
 978         System.out.print( "GSDI: " );
 979         if ( TestGSDI.test() ) {
 980             System.out.println( "OK." );
 981             succeeded++;
 982         }
 983         else {
 984             System.out.println( "failed." );
 985             failed++;
 986         }
 987         System.out.print( "RIO: " );
 988         if ( TestRIO.test() ) {
 989             System.out.println( "OK." );
 990             succeeded++;
 991         }
 992         else {
 993             System.out.println( "failed." );
 994             failed++;
 995         }
 996         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 997         System.out.println();
 998         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 999             System.out.println( "OK." );
1000             succeeded++;
1001         }
1002         else {
1003             System.out.println( "failed." );
1004             failed++;
1005         }
1006         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
1007         System.out.println();
1008         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1009             System.out.println( "OK." );
1010             succeeded++;
1011         }
1012         else {
1013             System.out.println( "failed." );
1014             failed++;
1015         }
1016         System.out.print( "GO: " );
1017         System.out.println();
1018         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1019             System.out.println( "OK." );
1020             succeeded++;
1021         }
1022         else {
1023             System.out.println( "failed." );
1024             failed++;
1025         }
1026         System.out.print( "Modeling tools: " );
1027         if ( TestPccx.test() ) {
1028             System.out.println( "OK." );
1029             succeeded++;
1030         }
1031         else {
1032             System.out.println( "failed." );
1033             failed++;
1034         }
1035         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
1036         if ( Test.testSplitStrict() ) {
1037             System.out.println( "OK." );
1038             succeeded++;
1039         }
1040         else {
1041             System.out.println( "failed." );
1042             failed++;
1043         }
1044         System.out.print( "Split Matrix: " );
1045         if ( Test.testSplit() ) {
1046             System.out.println( "OK." );
1047             succeeded++;
1048         }
1049         else {
1050             System.out.println( "failed." );
1051             failed++;
1052         }
1053         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
1054         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
1055             System.out.println( "OK." );
1056             succeeded++;
1057         }
1058         else {
1059             System.out.println( "failed." );
1060             failed++;
1061         }
1062         System.out.print( "Basic table: " );
1063         if ( Test.testBasicTable() ) {
1064             System.out.println( "OK." );
1065             succeeded++;
1066         }
1067         else {
1068             System.out.println( "failed." );
1069             failed++;
1070         }
1071         System.out.print( "General table: " );
1072         if ( Test.testGeneralTable() ) {
1073             System.out.println( "OK." );
1074             succeeded++;
1075         }
1076         else {
1077             System.out.println( "failed." );
1078             failed++;
1079         }
1080         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
1081         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
1082             System.out.println( "OK." );
1083             succeeded++;
1084         }
1085         else {
1086             System.out.println( "failed." );
1087             failed++;
1088         }
1089         System.out.print( "General MSA parser: " );
1090         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
1091             System.out.println( "OK." );
1092             succeeded++;
1093         }
1094         else {
1095             System.out.println( "failed." );
1096             failed++;
1097         }
1098         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
1099         if ( Test.testFastaParser() ) {
1100             System.out.println( "OK." );
1101             succeeded++;
1102         }
1103         else {
1104             System.out.println( "failed." );
1105             failed++;
1106         }
1107         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
1108         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
1109             System.out.println( "OK." );
1110             succeeded++;
1111         }
1112         else {
1113             System.out.println( "failed." );
1114             failed++;
1115         }
1116         System.out.print( "Genbank accessor parsing: " );
1117         if ( Test.testGenbankAccessorParsing() ) {
1118             System.out.println( "OK." );
1119             succeeded++;
1120         }
1121         else {
1122             System.out.println( "failed." );
1123             failed++;
1124         }
1125         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
1126             System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
1127             if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
1128                 System.out.println( "OK." );
1129                 succeeded++;
1130             }
1131             else {
1132                 System.out.println( "failed." );
1133                 failed++;
1134             }
1135         }
1136         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
1137             System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
1138             if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
1139                 System.out.println( "OK." );
1140                 succeeded++;
1141             }
1142             else {
1143                 System.out.println( "failed." );
1144                 failed++;
1145             }
1146         }
1147         //----
1148         String path = "";
1149         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
1150         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
1151             path = "/usr/local/bin/mafft";
1152         }
1153         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
1154             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
1155         }
1156         else {
1157             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
1158         }
1159         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1160             path = "mafft";
1161         }
1162         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1163             path = "/usr/local/bin/mafft";
1164         }
1165         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1166             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
1167             if ( Test.testMafft( path ) ) {
1168                 System.out.println( "OK." );
1169                 succeeded++;
1170             }
1171             else {
1172                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
1173             }
1174         }
1175         //----
1176         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
1177         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
1178             System.out.println( "OK." );
1179             succeeded++;
1180         }
1181         else {
1182             System.out.println( "failed." );
1183             failed++;
1184         }
1185         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
1186         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
1187             System.out.println( "OK." );
1188             succeeded++;
1189         }
1190         else {
1191             System.out.println( "failed." );
1192             failed++;
1193         }
1194         System.out.println();
1195         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1196         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1197         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1198         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
1199                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
1200         System.out.println();
1201         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
1202         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
1203         System.out.println();
1204         if ( failed < 1 ) {
1205             System.out.println( "OK." );
1206         }
1207         else {
1208             System.out.println( "Not OK." );
1209         }
1210     }
1211
1212     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
1213         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
1214         return p;
1215     }
1216
1217     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
1218         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
1219     }
1220
1221     private static boolean testAminoAcidSequence() {
1222         try {
1223             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
1224             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
1225                 return false;
1226             }
1227             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
1228                 return false;
1229             }
1230             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
1231                 return false;
1232             }
1233             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
1234                 return false;
1235             }
1236             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
1237             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
1238                 return false;
1239             }
1240             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
1241             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1242                 return false;
1243             }
1244             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
1245             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1246                 return false;
1247             }
1248         }
1249         catch ( final Exception e ) {
1250             e.printStackTrace();
1251             return false;
1252         }
1253         return true;
1254     }
1255
1256     private static boolean testBasicDomain() {
1257         try {
1258             final Domain pd = new BasicDomain( "id", 23, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1259             if ( !pd.getDomainId().equals( "id" ) ) {
1260                 return false;
1261             }
1262             if ( pd.getNumber() != 1 ) {
1263                 return false;
1264             }
1265             if ( pd.getTotalCount() != 4 ) {
1266                 return false;
1267             }
1268             if ( !pd.equals( new BasicDomain( "id", 22, 111, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.2, -12 ) ) ) {
1269                 return false;
1270             }
1271             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1272             final BasicDomain a1_copy = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1273             final BasicDomain a1_equal = new BasicDomain( "a", 524, 743994, ( short ) 1, ( short ) 300, 3.0005, 230 );
1274             final BasicDomain a2 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1275             final BasicDomain a3 = new BasicDomain( "A", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1276             if ( !a1.equals( a1 ) ) {
1277                 return false;
1278             }
1279             if ( !a1.equals( a1_copy ) ) {
1280                 return false;
1281             }
1282             if ( !a1.equals( a1_equal ) ) {
1283                 return false;
1284             }
1285             if ( !a1.equals( a2 ) ) {
1286                 return false;
1287             }
1288             if ( a1.equals( a3 ) ) {
1289                 return false;
1290             }
1291             if ( a1.compareTo( a1 ) != 0 ) {
1292                 return false;
1293             }
1294             if ( a1.compareTo( a1_copy ) != 0 ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( a1.compareTo( a1_equal ) != 0 ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( a1.compareTo( a2 ) != 0 ) {
1301                 return false;
1302             }
1303             if ( a1.compareTo( a3 ) == 0 ) {
1304                 return false;
1305             }
1306         }
1307         catch ( final Exception e ) {
1308             e.printStackTrace( System.out );
1309             return false;
1310         }
1311         return true;
1312     }
1313
1314     private static boolean testBasicNodeMethods() {
1315         try {
1316             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
1317                 return false;
1318             }
1319             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
1320             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
1321                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1322             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
1323                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1324             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
1325                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1326             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
1327                 return false;
1328             }
1329             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
1330                 return false;
1331             }
1332             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
1333                 return false;
1334             }
1335             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             if ( !n3.isExternal() ) {
1339                 return false;
1340             }
1341             if ( !n3.isRoot() ) {
1342                 return false;
1343             }
1344             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
1345                 return false;
1346             }
1347         }
1348         catch ( final Exception e ) {
1349             e.printStackTrace( System.out );
1350             return false;
1351         }
1352         return true;
1353     }
1354
1355     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
1356         try {
1357             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1358             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1359             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1360                                                               xml_parser );
1361             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1362                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1363                 return false;
1364             }
1365             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1366                 return false;
1367             }
1368             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1369             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1370             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1371             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1372             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1373                 return false;
1374             }
1375             if ( !t1.isRooted() ) {
1376                 return false;
1377             }
1378             if ( t1.isRerootable() ) {
1379                 return false;
1380             }
1381             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1382                 return false;
1383             }
1384             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1385                 return false;
1386             }
1387             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
1388                 return false;
1389             }
1390             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
1391                 return false;
1392             }
1393             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1394                 return false;
1395             }
1396             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1397                 return false;
1398             }
1399             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1400                 return false;
1401             }
1402             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1406                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1407                 return false;
1408             }
1409             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1410                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1411                 return false;
1412             }
1413             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1414                 return false;
1415             }
1416             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1417                 return false;
1418             }
1419             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1420                 return false;
1421             }
1422             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1423                 return false;
1424             }
1425             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1426                 return false;
1427             }
1428             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1429                 return false;
1430             }
1431             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1432                 return false;
1433             }
1434             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1438                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1439                 return false;
1440             }
1441             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1442                 return false;
1443             }
1444             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1445                 return false;
1446             }
1447             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1448                 return false;
1449             }
1450             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1451                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1452                 return false;
1453             }
1454             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1455                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1456                 return false;
1457             }
1458             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1459                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1460                 return false;
1461             }
1462             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1463                     .equals( "experimental" ) ) {
1464                 return false;
1465             }
1466             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1467                     .equals( "function" ) ) {
1468                 return false;
1469             }
1470             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1471                     .getValue() != 1 ) {
1472                 return false;
1473             }
1474             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1475                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1476                 return false;
1477             }
1478             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1479                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1480                 return false;
1481             }
1482             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1483                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1484                 return false;
1485             }
1486             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1487                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1488                 return false;
1489             }
1490             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1491                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1492                 return false;
1493             }
1494             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1495                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1496                 return false;
1497             }
1498             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1499                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1500                 return false;
1501             }
1502             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1503                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1504                 return false;
1505             }
1506             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1507                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1508                 return false;
1509             }
1510             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1511                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1512                 return false;
1513             }
1514             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1515                 return false;
1516             }
1517             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1518                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1519                 return false;
1520             }
1521             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1522                 return false;
1523             }
1524             final SortedSet<Accession> x = t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getCrossReferences();
1525             if ( x.size() != 4 ) {
1526                 return false;
1527             }
1528             int c = 0;
1529             for( final Accession acc : x ) {
1530                 if ( c == 0 ) {
1531                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1532                         return false;
1533                     }
1534                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1535                         return false;
1536                     }
1537                 }
1538                 c++;
1539             }
1540         }
1541         catch ( final Exception e ) {
1542             e.printStackTrace( System.out );
1543             return false;
1544         }
1545         return true;
1546     }
1547
1548     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1549         try {
1550             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1551             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1552             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1553                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1554             }
1555             else {
1556                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1557             }
1558             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1559                                                               xml_parser );
1560             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1561                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1562                 return false;
1563             }
1564             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1565                 return false;
1566             }
1567             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1568             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1569             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1570                 return false;
1571             }
1572             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1573             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1574                 return false;
1575             }
1576             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1577                 return false;
1578             }
1579             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1580                 return false;
1581             }
1582             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1583                 return false;
1584             }
1585             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1586             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1587             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1588             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1589                 return false;
1590             }
1591             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1592                 return false;
1593             }
1594             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1595                 return false;
1596             }
1597             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1598                 return false;
1599             }
1600             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1601                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1602                 return false;
1603             }
1604             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1605                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1606                 return false;
1607             }
1608             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1609             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1610             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1611             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1612             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1613                 return false;
1614             }
1615             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1616             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1617                 return false;
1618             }
1619             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1620                 return false;
1621             }
1622             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1623                 return false;
1624             }
1625             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1626                 return false;
1627             }
1628             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1629                 return false;
1630             }
1631             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1632                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1633                 return false;
1634             }
1635             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1636                 return false;
1637             }
1638             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1639                 return false;
1640             }
1641             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1642                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1643                 return false;
1644             }
1645             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1646                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1647                 return false;
1648             }
1649             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1650                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1651                 return false;
1652             }
1653             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1654                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1655                 return false;
1656             }
1657             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1658                     .equals( "experimental" ) ) {
1659                 return false;
1660             }
1661             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1662                     .equals( "function" ) ) {
1663                 return false;
1664             }
1665             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1666                     .getValue() != 1 ) {
1667                 return false;
1668             }
1669             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1670                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1671                 return false;
1672             }
1673             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1674                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1675                 return false;
1676             }
1677             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1678                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1679                 return false;
1680             }
1681             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1682                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1683                 return false;
1684             }
1685             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1686                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1687                 return false;
1688             }
1689             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1690                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1691                 return false;
1692             }
1693             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1694                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1695                 return false;
1696             }
1697             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1698                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1699                 return false;
1700             }
1701             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1702                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1703                 return false;
1704             }
1705             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1706                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1707                 return false;
1708             }
1709             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1710                 return false;
1711             }
1712             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1713                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1714                 return false;
1715             }
1716             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1717                 return false;
1718             }
1719             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1720                 return false;
1721             }
1722             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1723                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1724                 return false;
1725             }
1726             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1727                 return false;
1728             }
1729             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1730                 return false;
1731             }
1732             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1733                 return false;
1734             }
1735             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1736                 return false;
1737             }
1738             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1739                     .equals( "ncbi" ) ) {
1740                 return false;
1741             }
1742             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1743                 return false;
1744             }
1745             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1746                     .getName().equals( "B" ) ) {
1747                 return false;
1748             }
1749             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1750                     .getFrom() != 21 ) {
1751                 return false;
1752             }
1753             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1754                 return false;
1755             }
1756             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1757                     .getLength() != 24 ) {
1758                 return false;
1759             }
1760             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1761                     .getConfidence() != 2144 ) {
1762                 return false;
1763             }
1764             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1765                     .equals( "pfam" ) ) {
1766                 return false;
1767             }
1768             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1769                 return false;
1770             }
1771             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1772                 return false;
1773             }
1774             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1775                 return false;
1776             }
1777             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1778                 return false;
1779             }
1780             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1781             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1782                 return false;
1783             }
1784             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1785                 return false;
1786             }
1787             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1788                 return false;
1789             }
1790             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1791                 return false;
1792             }
1793             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1794                 return false;
1795             }
1796             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1797                 return false;
1798             }
1799             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1800                 return false;
1801             }
1802             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1803                 return false;
1804             }
1805             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1806                 return false;
1807             }
1808             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1809                 return false;
1810             }
1811             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1812                 return false;
1813             }
1814             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1815                 return false;
1816             }
1817             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1818                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1819                 return false;
1820             }
1821             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1822                 return false;
1823             }
1824             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1825                 return false;
1826             }
1827             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1831                 return false;
1832             }
1833             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1834                 return false;
1835             }
1836             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1837                 return false;
1838             }
1839             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1840                 return false;
1841             }
1842             //
1843             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1844                 return false;
1845             }
1846             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1847                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1848                 return false;
1849             }
1850             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1851                 return false;
1852             }
1853             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1854                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1855                 return false;
1856             }
1857             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1858                 return false;
1859             }
1860             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1861                 return false;
1862             }
1863             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1864                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1865                 return false;
1866             }
1867             final SortedSet<Accession> x = t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence()
1868                     .getCrossReferences();
1869             if ( x.size() != 4 ) {
1870                 return false;
1871             }
1872             int c = 0;
1873             for( final Accession acc : x ) {
1874                 if ( c == 0 ) {
1875                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1876                         return false;
1877                     }
1878                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1879                         return false;
1880                     }
1881                 }
1882                 c++;
1883             }
1884         }
1885         catch ( final Exception e ) {
1886             e.printStackTrace( System.out );
1887             return false;
1888         }
1889         return true;
1890     }
1891
1892     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1893         try {
1894             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1895             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1896             try {
1897                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1898             }
1899             catch ( final Exception e ) {
1900                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1901             }
1902             if ( xml_parser == null ) {
1903                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1904                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1905                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1906                 }
1907                 else {
1908                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1909                 }
1910             }
1911             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1912                                                               xml_parser );
1913             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1914                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1915                 return false;
1916             }
1917             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1918                 return false;
1919             }
1920             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1921             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1922             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1923             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1924             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1925                 return false;
1926             }
1927             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1928                 return false;
1929             }
1930             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1931                 return false;
1932             }
1933             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1934                 return false;
1935             }
1936             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1937                 return false;
1938             }
1939             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1940                 return false;
1941             }
1942             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1943                 return false;
1944             }
1945             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1946             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1947             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1948                 System.out.println( "errors:" );
1949                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1950                 return false;
1951             }
1952             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1953                 return false;
1954             }
1955             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1956                                                               xml_parser );
1957             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1958                 System.out.println( "errors:" );
1959                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1960                 return false;
1961             }
1962             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1963                 return false;
1964             }
1965             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1966                 return false;
1967             }
1968             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1969                                                               xml_parser );
1970             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1971                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1972                 return false;
1973             }
1974             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1975                 return false;
1976             }
1977             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1978             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1979                 return false;
1980             }
1981             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1982                 return false;
1983             }
1984             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1985                 return false;
1986             }
1987             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1988                 return false;
1989             }
1990             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1991                                                               xml_parser );
1992             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1993                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1994                 return false;
1995             }
1996             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1997                 return false;
1998             }
1999             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
2000             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2001                 return false;
2002             }
2003             s.getNode( "first" );
2004             s.getNode( "<>" );
2005             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
2006             s.getNode( "'''\"" );
2007             s.getNode( "\"\"\"" );
2008             s.getNode( "dick & doof" );
2009         }
2010         catch ( final Exception e ) {
2011             e.printStackTrace( System.out );
2012             return false;
2013         }
2014         return true;
2015     }
2016
2017     private static boolean testBasicProtein() {
2018         try {
2019             final BasicProtein p0 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2020             final Domain a = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2021             final Domain b = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2022             final Domain c = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2023             final Domain d = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2024             final Domain e = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2025             final Domain x = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2026             final Domain y = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2027             p0.addProteinDomain( y );
2028             p0.addProteinDomain( e );
2029             p0.addProteinDomain( b );
2030             p0.addProteinDomain( c );
2031             p0.addProteinDomain( d );
2032             p0.addProteinDomain( a );
2033             p0.addProteinDomain( x );
2034             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2035                 return false;
2036             }
2037             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "=" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2038                 return false;
2039             }
2040             //
2041             final BasicProtein aa0 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2042             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2043             aa0.addProteinDomain( a1 );
2044             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a" ) ) {
2045                 return false;
2046             }
2047             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a" ) ) {
2048                 return false;
2049             }
2050             //
2051             final BasicProtein aa1 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2052             final Domain a11 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2053             final Domain a12 = new BasicDomain( "a", 2, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2054             aa1.addProteinDomain( a11 );
2055             aa1.addProteinDomain( a12 );
2056             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a" ) ) {
2057                 return false;
2058             }
2059             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~a" ) ) {
2060                 return false;
2061             }
2062             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 20, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2063             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2064                 return false;
2065             }
2066             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2067                 return false;
2068             }
2069             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2070                 return false;
2071             }
2072             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 30, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2073             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2074                 return false;
2075             }
2076             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2077                 return false;
2078             }
2079             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2080                 return false;
2081             }
2082             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2083                 return false;
2084             }
2085             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "b", 32, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2086             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2087                 return false;
2088             }
2089             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2090                 return false;
2091             }
2092             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2093                 return false;
2094             }
2095             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2096                 return false;
2097             }
2098             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "c", 1, 2, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2099             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2100                 return false;
2101             }
2102             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2103                 return false;
2104             }
2105             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2106                 return false;
2107             }
2108             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2109                 return false;
2110             }
2111             //
2112             final BasicProtein p00 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2113             final Domain a0 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2114             final Domain b0 = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2115             final Domain c0 = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2116             final Domain d0 = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2117             final Domain e0 = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2118             final Domain e1 = new BasicDomain( "e", 61, 71, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2119             final Domain e2 = new BasicDomain( "e", 62, 72, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2120             final Domain e3 = new BasicDomain( "e", 63, 73, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2121             final Domain e4 = new BasicDomain( "e", 64, 74, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2122             final Domain e5 = new BasicDomain( "e", 65, 75, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2123             final Domain x0 = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2124             final Domain y0 = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2125             final Domain y1 = new BasicDomain( "y", 120, 130, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2126             final Domain y2 = new BasicDomain( "y", 140, 150, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2127             final Domain y3 = new BasicDomain( "y", 160, 170, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2128             final Domain z0 = new BasicDomain( "z", 200, 210, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2129             final Domain z1 = new BasicDomain( "z", 300, 310, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2130             final Domain z2 = new BasicDomain( "z", 400, 410, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2131             final Domain zz0 = new BasicDomain( "Z", 500, 510, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2132             final Domain zz1 = new BasicDomain( "Z", 600, 610, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2133             p00.addProteinDomain( y0 );
2134             p00.addProteinDomain( e0 );
2135             p00.addProteinDomain( b0 );
2136             p00.addProteinDomain( c0 );
2137             p00.addProteinDomain( d0 );
2138             p00.addProteinDomain( a0 );
2139             p00.addProteinDomain( x0 );
2140             p00.addProteinDomain( y1 );
2141             p00.addProteinDomain( y2 );
2142             p00.addProteinDomain( y3 );
2143             p00.addProteinDomain( e1 );
2144             p00.addProteinDomain( e2 );
2145             p00.addProteinDomain( e3 );
2146             p00.addProteinDomain( e4 );
2147             p00.addProteinDomain( e5 );
2148             p00.addProteinDomain( z0 );
2149             p00.addProteinDomain( z1 );
2150             p00.addProteinDomain( z2 );
2151             p00.addProteinDomain( zz0 );
2152             p00.addProteinDomain( zz1 );
2153             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~zzz~Z~Z" ) ) {
2154                 return false;
2155             }
2156             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2157                 return false;
2158             }
2159             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2160                 return false;
2161             }
2162             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 6, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2163                 return false;
2164             }
2165             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 7, "" ).equals( "a~b~c~d~e~e~e~e~e~e~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2166                 return false;
2167             }
2168             // A0  A10  B15  A20  B25  A30  B35  B40  C50  A60  C70  D80
2169             final Domain A0 = new BasicDomain( "A", 0, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2170             final Domain A10 = new BasicDomain( "A", 10, 11, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2171             final Domain B15 = new BasicDomain( "B", 11, 16, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2172             final Domain A20 = new BasicDomain( "A", 20, 100, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2173             final Domain B25 = new BasicDomain( "B", 25, 26, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2174             final Domain A30 = new BasicDomain( "A", 30, 31, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2175             final Domain B35 = new BasicDomain( "B", 31, 40, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2176             final Domain B40 = new BasicDomain( "B", 40, 600, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2177             final Domain C50 = new BasicDomain( "C", 50, 59, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2178             final Domain A60 = new BasicDomain( "A", 60, 395, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2179             final Domain C70 = new BasicDomain( "C", 70, 71, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2180             final Domain D80 = new BasicDomain( "D", 80, 81, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2181             final BasicProtein p = new BasicProtein( "p", "owl", 0 );
2182             p.addProteinDomain( B15 );
2183             p.addProteinDomain( C50 );
2184             p.addProteinDomain( A60 );
2185             p.addProteinDomain( A30 );
2186             p.addProteinDomain( C70 );
2187             p.addProteinDomain( B35 );
2188             p.addProteinDomain( B40 );
2189             p.addProteinDomain( A0 );
2190             p.addProteinDomain( A10 );
2191             p.addProteinDomain( A20 );
2192             p.addProteinDomain( B25 );
2193             p.addProteinDomain( D80 );
2194             List<String> domains_ids = new ArrayList<String>();
2195             domains_ids.add( "A" );
2196             domains_ids.add( "B" );
2197             domains_ids.add( "C" );
2198             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2199                 return false;
2200             }
2201             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2202                 return false;
2203             }
2204             domains_ids.add( "X" );
2205             if ( p.contains( domains_ids, false ) ) {
2206                 return false;
2207             }
2208             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2209                 return false;
2210             }
2211             domains_ids = new ArrayList<String>();
2212             domains_ids.add( "A" );
2213             domains_ids.add( "C" );
2214             domains_ids.add( "D" );
2215             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2216                 return false;
2217             }
2218             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2219                 return false;
2220             }
2221             domains_ids = new ArrayList<String>();
2222             domains_ids.add( "A" );
2223             domains_ids.add( "D" );
2224             domains_ids.add( "C" );
2225             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2226                 return false;
2227             }
2228             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2229                 return false;
2230             }
2231             domains_ids = new ArrayList<String>();
2232             domains_ids.add( "A" );
2233             domains_ids.add( "A" );
2234             domains_ids.add( "B" );
2235             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2236                 return false;
2237             }
2238             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2239                 return false;
2240             }
2241             domains_ids = new ArrayList<String>();
2242             domains_ids.add( "A" );
2243             domains_ids.add( "A" );
2244             domains_ids.add( "A" );
2245             domains_ids.add( "B" );
2246             domains_ids.add( "B" );
2247             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2248                 return false;
2249             }
2250             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2251                 return false;
2252             }
2253             domains_ids = new ArrayList<String>();
2254             domains_ids.add( "A" );
2255             domains_ids.add( "A" );
2256             domains_ids.add( "B" );
2257             domains_ids.add( "A" );
2258             domains_ids.add( "B" );
2259             domains_ids.add( "B" );
2260             domains_ids.add( "A" );
2261             domains_ids.add( "B" );
2262             domains_ids.add( "C" );
2263             domains_ids.add( "A" );
2264             domains_ids.add( "C" );
2265             domains_ids.add( "D" );
2266             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2267                 return false;
2268             }
2269             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2270                 return false;
2271             }
2272         }
2273         catch ( final Exception e ) {
2274             e.printStackTrace( System.out );
2275             return false;
2276         }
2277         return true;
2278     }
2279
2280     private static boolean testBasicTable() {
2281         try {
2282             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
2283             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
2284                 return false;
2285             }
2286             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
2287                 return false;
2288             }
2289             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2290             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2291             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2292             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2293             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2294             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2295             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2296             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2297             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2298                 return false;
2299             }
2300             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2301                 return false;
2302             }
2303             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2304                 return false;
2305             }
2306             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2307                 return false;
2308             }
2309             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2310                 return false;
2311             }
2312             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2313                 return false;
2314             }
2315             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2316                 return false;
2317             }
2318             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
2319                 return false;
2320             }
2321             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
2322                 return false;
2323             }
2324             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
2325                 return false;
2326             }
2327             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
2328             final StringBuffer source = new StringBuffer();
2329             source.append( "" + l );
2330             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
2331             source.append( " 00 01 02 03" + l );
2332             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
2333             source.append( "20 21 22 23 " + l );
2334             source.append( "    30  31    32 33" + l );
2335             source.append( "40 41 42 43" + l );
2336             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2337             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
2338             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), ' ' );
2339             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2340                 return false;
2341             }
2342             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
2343                 return false;
2344             }
2345             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2346                 return false;
2347             }
2348             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2349                 return false;
2350             }
2351             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2352                 return false;
2353             }
2354             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
2355                 return false;
2356             }
2357             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
2358             source1.append( "" + l );
2359             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2360             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2361             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2362             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2363             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2364             source1.append( "40;41;42;43" + l );
2365             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2366             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
2367             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ';' );
2368             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2369                 return false;
2370             }
2371             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
2372                 return false;
2373             }
2374             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2375                 return false;
2376             }
2377             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2378                 return false;
2379             }
2380             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2381                 return false;
2382             }
2383             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
2384                 return false;
2385             }
2386             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
2387                 return false;
2388             }
2389             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
2390                 return false;
2391             }
2392             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
2393             source2.append( "" + l );
2394             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2395             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2396             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2397             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2398             source2.append( "                     " + l );
2399             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2400             source2.append( "40;41;42;43" + l );
2401             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
2402             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
2403             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
2404                                                                         ';',
2405                                                                         false,
2406                                                                         false,
2407                                                                         "comment:",
2408                                                                         false );
2409             if ( tl.size() != 2 ) {
2410                 return false;
2411             }
2412             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
2413             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
2414             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2415                 return false;
2416             }
2417             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
2418                 return false;
2419             }
2420             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2421                 return false;
2422             }
2423             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
2424                 return false;
2425             }
2426             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2427                 return false;
2428             }
2429             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
2430                 return false;
2431             }
2432         }
2433         catch ( final Exception e ) {
2434             e.printStackTrace( System.out );
2435             return false;
2436         }
2437         return true;
2438     }
2439
2440     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
2441         try {
2442             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2443             final TolParser parser = new TolParser();
2444             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
2445             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2446                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2447                 return false;
2448             }
2449             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
2450                 return false;
2451             }
2452             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
2453             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2454                 return false;
2455             }
2456             if ( !t1.isRooted() ) {
2457                 return false;
2458             }
2459             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
2460                 return false;
2461             }
2462             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
2463                 return false;
2464             }
2465             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
2466                 return false;
2467             }
2468             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
2469                 return false;
2470             }
2471             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
2472             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2473                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2474                 return false;
2475             }
2476             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
2477                 return false;
2478             }
2479             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
2480             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
2481                 return false;
2482             }
2483             if ( !t2.isRooted() ) {
2484                 return false;
2485             }
2486             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
2487                 return false;
2488             }
2489             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
2490                 return false;
2491             }
2492             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2493                 return false;
2494             }
2495             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2496                 return false;
2497             }
2498             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
2499                 return false;
2500             }
2501             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
2502                     .equals( "Aquifex" ) ) {
2503                 return false;
2504             }
2505             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
2506             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2507                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2508                 return false;
2509             }
2510             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
2511                 return false;
2512             }
2513             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
2514             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
2515                 return false;
2516             }
2517             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
2518                 return false;
2519             }
2520             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
2521                 return false;
2522             }
2523             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
2524                 return false;
2525             }
2526             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
2527             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2528                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2529                 return false;
2530             }
2531             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
2532                 return false;
2533             }
2534             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
2535             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2536                 return false;
2537             }
2538             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
2539                 return false;
2540             }
2541             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
2542                 return false;
2543             }
2544             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
2545                 return false;
2546             }
2547             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
2548             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2549                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2550                 return false;
2551             }
2552             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2553                 return false;
2554             }
2555             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
2556             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
2557                 return false;
2558             }
2559             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
2560                 return false;
2561             }
2562             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
2563                 return false;
2564             }
2565             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
2566                 return false;
2567             }
2568         }
2569         catch ( final Exception e ) {
2570             e.printStackTrace( System.out );
2571             return false;
2572         }
2573         return true;
2574     }
2575
2576     private static boolean testBasicTreeMethods() {
2577         try {
2578             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2579             final Phylogeny t1 = factory.create();
2580             if ( !t1.isEmpty() ) {
2581                 return false;
2582             }
2583             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
2584             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2585                 return false;
2586             }
2587             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
2588                 return false;
2589             }
2590             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
2591                 return false;
2592             }
2593             if ( t2.isEmpty() ) {
2594                 return false;
2595             }
2596             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
2597             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2598                 return false;
2599             }
2600             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
2601                 return false;
2602             }
2603             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
2604                 return false;
2605             }
2606             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
2607             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
2608             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2609                 return false;
2610             }
2611             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
2612                 return false;
2613             }
2614             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
2615                 return false;
2616             }
2617             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2618             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
2619             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2620                 return false;
2621             }
2622             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
2623                 return false;
2624             }
2625             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2626             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
2627             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
2628                 return false;
2629             }
2630             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
2631             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
2632             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
2633                 return false;
2634             }
2635             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
2636             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
2637             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2638                 return false;
2639             }
2640             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
2641                 return false;
2642             }
2643             final char[] a9 = new char[] { 'a' };
2644             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
2645             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
2646                 return false;
2647             }
2648             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
2649             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
2650             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
2651                 return false;
2652             }
2653         }
2654         catch ( final Exception e ) {
2655             e.printStackTrace( System.out );
2656             return false;
2657         }
2658         return true;
2659     }
2660
2661     private static boolean testConfidenceAssessor() {
2662         try {
2663             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2664             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2665             final Phylogeny[] ev0 = factory
2666                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
2667                              new NHXParser() );
2668             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
2669             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2670                 return false;
2671             }
2672             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2673                 return false;
2674             }
2675             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2676             final Phylogeny[] ev1 = factory
2677                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2678                              new NHXParser() );
2679             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2680             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2681                 return false;
2682             }
2683             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2684                 return false;
2685             }
2686             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2687             final Phylogeny[] ev_b = factory
2688                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2689                              new NHXParser() );
2690             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2691             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2692                 return false;
2693             }
2694             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2695                 return false;
2696             }
2697             //
2698             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2699             final Phylogeny[] ev1x = factory
2700                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2701                              new NHXParser() );
2702             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2703             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2704                 return false;
2705             }
2706             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2707                 return false;
2708             }
2709             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2710             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2711                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2712                              new NHXParser() );
2713             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2714             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2715                 return false;
2716             }
2717             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2718                 return false;
2719             }
2720             //
2721             final Phylogeny[] t2 = factory
2722                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2723                              new NHXParser() );
2724             final Phylogeny[] ev2 = factory
2725                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2726                              new NHXParser() );
2727             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2728                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2729             }
2730             //
2731             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2732                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2733             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2734             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2735             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2736                 return false;
2737             }
2738             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2739                 return false;
2740             }
2741             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2742                 return false;
2743             }
2744         }
2745         catch ( final Exception e ) {
2746             e.printStackTrace();
2747             return false;
2748         }
2749         return true;
2750     }
2751
2752     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2753         try {
2754             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2755                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2756             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2757             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2758                 return false;
2759             }
2760         }
2761         catch ( final Exception e ) {
2762             e.printStackTrace();
2763             return false;
2764         }
2765         return true;
2766     }
2767
2768     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
2769         try {
2770             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
2771             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
2772                 return false;
2773             }
2774             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
2775                 return false;
2776             }
2777             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
2778             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
2779                 return false;
2780             }
2781             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
2782                 return false;
2783             }
2784         }
2785         catch ( final Exception e ) {
2786             e.printStackTrace();
2787             return false;
2788         }
2789         return true;
2790     }
2791
2792     private static boolean testCreateUriForSeqWeb() {
2793         try {
2794             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
2795             n.setName( "tr|B3RJ64" );
2796             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B3RJ64" ) ) {
2797                 return false;
2798             }
2799             n.setName( "B0LM41_HUMAN" );
2800             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B0LM41_HUMAN" ) ) {
2801                 return false;
2802             }
2803             n.setName( "NP_001025424" );
2804             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "NP_001025424" ) ) {
2805                 return false;
2806             }
2807             n.setName( "_NM_001030253-" );
2808             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "NM_001030253" ) ) {
2809                 return false;
2810             }
2811             n.setName( "XM_002122186" );
2812             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "XM_002122186" ) ) {
2813                 return false;
2814             }
2815             n.setName( "dgh_AAA34956_gdg" );
2816             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2817                 return false;
2818             }
2819             n.setName( "AAA34956" );
2820             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2821                 return false;
2822             }
2823             n.setName( "GI:394892" );
2824             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2825                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2826                 return false;
2827             }
2828             n.setName( "gi_394892" );
2829             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2830                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2831                 return false;
2832             }
2833             n.setName( "gi6335_gi_394892_56635_Gi_43" );
2834             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2835                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2836                 return false;
2837             }
2838             n.setName( "P12345" );
2839             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2840                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2841                 return false;
2842             }
2843             n.setName( "gi_fdgjmn-3jk5-243 mnefmn fg023-0 P12345 4395jtmnsrg02345m1ggi92450jrg890j4t0j240" );
2844             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2845                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2846                 return false;
2847             }
2848         }
2849         catch ( final Exception e ) {
2850             e.printStackTrace( System.out );
2851             return false;
2852         }
2853         return true;
2854     }
2855
2856     private static boolean testDataObjects() {
2857         try {
2858             final Confidence s0 = new Confidence();
2859             final Confidence s1 = new Confidence();
2860             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2861                 return false;
2862             }
2863             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2864             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2865             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2866                 return false;
2867             }
2868             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2869                 return false;
2870             }
2871             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2872             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2873                 return false;
2874             }
2875             s3.asSimpleText();
2876             s3.asText();
2877             // Taxonomy
2878             // ----------
2879             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2880             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2881             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2882             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2883             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2884             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2885             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2886             t1.setScientificName( "E. coli" );
2887             t1.setCommonName( "coli" );
2888             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2889             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2890                 return false;
2891             }
2892             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2893             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2894             t2.setScientificName( "what" );
2895             t2.setCommonName( "something" );
2896             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2897                 return false;
2898             }
2899             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2900             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2901                 return false;
2902             }
2903             t1.setIdentifier( null );
2904             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2905             t3.setScientificName( "what" );
2906             t3.setCommonName( "something" );
2907             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2908                 return false;
2909             }
2910             t1.setIdentifier( null );
2911             t1.setTaxonomyCode( "" );
2912             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2913             t4.setCommonName( "something" );
2914             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2915                 return false;
2916             }
2917             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2918             t4.setCommonName( "something" );
2919             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2920                 return false;
2921             }
2922             t1.setIdentifier( null );
2923             t1.setTaxonomyCode( "" );
2924             t1.setScientificName( "" );
2925             t5.setCommonName( "COLI" );
2926             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2927                 return false;
2928             }
2929             t5.setCommonName( "vibrio" );
2930             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2931                 return false;
2932             }
2933             // Identifier
2934             // ----------
2935             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2936             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2937             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2938                 return false;
2939             }
2940             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2941                 return false;
2942             }
2943             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2944                 return false;
2945             }
2946             id1.asSimpleText();
2947             id1.asText();
2948             // ProteinDomain
2949             // ---------------
2950             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2951             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2952             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2953                 return false;
2954             }
2955             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2956                 return false;
2957             }
2958             pd1.asSimpleText();
2959             pd1.asText();
2960             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2961             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2962             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2963                 return false;
2964             }
2965             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2966                 return false;
2967             }
2968             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2969                 return false;
2970             }
2971             pd3.asSimpleText();
2972             pd3.asText();
2973             // DomainArchitecture
2974             // ------------------
2975             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2976             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2977             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2978             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2979             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2980             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2981             domains0.add( d2 );
2982             domains0.add( d0 );
2983             domains0.add( d3 );
2984             domains0.add( d1 );
2985             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2986             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2987                 return false;
2988             }
2989             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2990             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2991                 return false;
2992             }
2993             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2994                 return false;
2995             }
2996             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2997                 return false;
2998             }
2999             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3000             domains1.add( d1 );
3001             domains1.add( d2 );
3002             domains1.add( d4 );
3003             domains1.add( d0 );
3004             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
3005             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
3006                 return false;
3007             }
3008             ds1.asSimpleText();
3009             ds1.asText();
3010             ds1.toNHX();
3011             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
3012             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
3013                 System.out.println( ds3.toNHX() );
3014                 return false;
3015             }
3016             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
3017                 return false;
3018             }
3019             // Event
3020             // -----
3021             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
3022             if ( e1.isDuplication() ) {
3023                 return false;
3024             }
3025             if ( !e1.isFusion() ) {
3026                 return false;
3027             }
3028             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3029                 return false;
3030             }
3031             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3032                 return false;
3033             }
3034             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
3035             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
3036                 return false;
3037             }
3038             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
3039                 return false;
3040             }
3041             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
3042             if ( e2.isDuplication() ) {
3043                 return false;
3044             }
3045             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
3046                 return false;
3047             }
3048             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
3049                 return false;
3050             }
3051             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
3052                 return false;
3053             }
3054             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
3055                 return false;
3056             }
3057             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
3058                 return false;
3059             }
3060             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
3061             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
3062                 return false;
3063             }
3064             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
3065             if ( e3.isDuplication() ) {
3066                 return false;
3067             }
3068             if ( e3.isSpeciation() ) {
3069                 return false;
3070             }
3071             if ( e3.isGeneLoss() ) {
3072                 return false;
3073             }
3074             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3075                 return false;
3076             }
3077             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
3078             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
3079             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3080                 return false;
3081             }
3082             e3 = null;
3083             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
3084                 return false;
3085             }
3086             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
3087             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
3094             e4 = null;
3095             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
3096             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             final Event e5 = new Event();
3103             if ( !e5.isUnassigned() ) {
3104                 return false;
3105             }
3106             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
3107                 return false;
3108             }
3109             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
3110                 return false;
3111             }
3112             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
3113             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
3114                 return false;
3115             }
3116             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
3117                 return false;
3118             }
3119             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
3120             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
3121                 return false;
3122             }
3123             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
3124                 return false;
3125             }
3126             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
3127             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
3128                 return false;
3129             }
3130             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
3131                 return false;
3132             }
3133         }
3134         catch ( final Exception e ) {
3135             e.printStackTrace( System.out );
3136             return false;
3137         }
3138         return true;
3139     }
3140
3141     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
3142         try {
3143             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3144             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3145             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
3146             if ( t0.isEmpty() ) {
3147                 return false;
3148             }
3149             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3150                 return false;
3151             }
3152             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
3153             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3154                 return false;
3155             }
3156             if ( !t0.isEmpty() ) {
3157                 return false;
3158             }
3159             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3160             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3161                 return false;
3162             }
3163             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
3164             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3165                 return false;
3166             }
3167             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
3171             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3172                 return false;
3173             }
3174             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
3175             if ( !t1.isEmpty() ) {
3176                 return false;
3177             }
3178             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3179             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3180                 return false;
3181             }
3182             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
3183             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3184                 return false;
3185             }
3186             t2.toNewHampshireX();
3187             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
3188             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3189                 return false;
3190             }
3191             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
3192             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3193                 return false;
3194             }
3195             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
3196             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3197                 return false;
3198             }
3199             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3200             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3201                 return false;
3202             }
3203             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
3204             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3205                 return false;
3206             }
3207             n = t3.getNode( "A" );
3208             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3209                 return false;
3210             }
3211             n = n.getNextExternalNode();
3212             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3213                 return false;
3214             }
3215             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
3216             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3217                 return false;
3218             }
3219             n = t3.getNode( "C" );
3220             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3221                 return false;
3222             }
3223             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
3224             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3225                 return false;
3226             }
3227             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
3228             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3229                 return false;
3230             }
3231             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3232             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3233                 return false;
3234             }
3235             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
3236             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3237                 return false;
3238             }
3239             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3240             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3241                 return false;
3242             }
3243             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
3244             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3245                 return false;
3246             }
3247             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
3248             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3249                 return false;
3250             }
3251             n = t4.getNode( "A" );
3252             n = n.getNextExternalNode();
3253             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
3254                 return false;
3255             }
3256             n = n.getNextExternalNode();
3257             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3258                 return false;
3259             }
3260             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3261             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
3262                 return false;
3263             }
3264             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3265             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
3266             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3267                 return false;
3268             }
3269             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
3270             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
3271                 return false;
3272             }
3273             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3274             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
3275             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3276                 return false;
3277             }
3278             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
3279             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
3280                 return false;
3281             }
3282             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3283             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
3284             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3285                 return false;
3286             }
3287             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
3288             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
3289                 return false;
3290             }
3291             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3292             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
3293             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3294                 return false;
3295             }
3296             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
3297             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3298                 return false;
3299             }
3300             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3301             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
3302             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3303                 return false;
3304             }
3305             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
3306             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
3307                 return false;
3308             }
3309             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3310             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
3311             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3312                 return false;
3313             }
3314             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
3315             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
3316                 return false;
3317             }
3318             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3319             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
3320             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3321                 return false;
3322             }
3323             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
3324             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
3325                 return false;
3326             }
3327             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
3328             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3329                 return false;
3330             }
3331             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
3332             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
3333                 return false;
3334             }
3335             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
3336             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
3337             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3338                 return false;
3339             }
3340             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3341             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
3342                 return false;
3343             }
3344             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
3345             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3346                 return false;
3347             }
3348             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3349             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
3350                 return false;
3351             }
3352             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
3353             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3354                 return false;
3355             }
3356             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3357             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3358                 return false;
3359             }
3360             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
3361             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3362                 return false;
3363             }
3364             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3365             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3366                 return false;
3367             }
3368             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
3369             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3370                 return false;
3371             }
3372             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3373             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
3374                 return false;
3375             }
3376             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
3377             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3378                 return false;
3379             }
3380             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3381             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
3382                 return false;
3383             }
3384             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
3385             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3386                 return false;
3387             }
3388             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3389             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
3390                 return false;
3391             }
3392             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
3393             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
3394             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3395                 return false;
3396             }
3397             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
3398             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
3399                 return false;
3400             }
3401             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
3402             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
3403             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3404                 return false;
3405             }
3406             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
3407             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
3408                 return false;
3409             }
3410             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
3411             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
3412             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
3413                 return false;
3414             }
3415             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
3416             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3417                 return false;
3418             }
3419             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
3420             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
3421                 return false;
3422             }
3423             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
3424             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3425                 return false;
3426             }
3427             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
3428             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3429                 return false;
3430             }
3431             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
3432             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3433                 return false;
3434             }
3435         }
3436         catch ( final Exception e ) {
3437             e.printStackTrace( System.out );
3438             return false;
3439         }
3440         return true;
3441     }
3442
3443     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
3444         try {
3445             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
3446             dss1.addValue( 82 );
3447             dss1.addValue( 78 );
3448             dss1.addValue( 70 );
3449             dss1.addValue( 58 );
3450             dss1.addValue( 42 );
3451             if ( dss1.getN() != 5 ) {
3452                 return false;
3453             }
3454             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
3455                 return false;
3456             }
3457             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
3458                 return false;
3459             }
3460             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
3461                 return false;
3462             }
3463             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
3464                 return false;
3465             }
3466             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
3467                 return false;
3468             }
3469             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
3470                 return false;
3471             }
3472             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
3473                 return false;
3474             }
3475             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
3476                 return false;
3477             }
3478             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
3479                 return false;
3480             }
3481             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
3482                 return false;
3483             }
3484             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
3485                 return false;
3486             }
3487             dss1.addValue( 123 );
3488             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
3489                 return false;
3490             }
3491             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
3492                 return false;
3493             }
3494             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
3495                 return false;
3496             }
3497             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
3498             dss2.addValue( -1.85 );
3499             dss2.addValue( 57.5 );
3500             dss2.addValue( 92.78 );
3501             dss2.addValue( 57.78 );
3502             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
3503                 return false;
3504             }
3505             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
3506                 return false;
3507             }
3508             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
3509             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
3510                 return false;
3511             }
3512             dss2.addValue( -100 );
3513             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
3514                 return false;
3515             }
3516             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
3517                 return false;
3518             }
3519             final double[] ds = new double[ 14 ];
3520             ds[ 0 ] = 34;
3521             ds[ 1 ] = 23;
3522             ds[ 2 ] = 1;
3523             ds[ 3 ] = 32;
3524             ds[ 4 ] = 11;
3525             ds[ 5 ] = 2;
3526             ds[ 6 ] = 12;
3527             ds[ 7 ] = 33;
3528             ds[ 8 ] = 13;
3529             ds[ 9 ] = 22;
3530             ds[ 10 ] = 21;
3531             ds[ 11 ] = 35;
3532             ds[ 12 ] = 24;
3533             ds[ 13 ] = 31;
3534             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
3535             if ( bins.length != 4 ) {
3536                 return false;
3537             }
3538             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
3539                 return false;
3540             }
3541             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
3542                 return false;
3543             }
3544             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
3545                 return false;
3546             }
3547             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
3548                 return false;
3549             }
3550             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
3551             ds1[ 0 ] = 10.0;
3552             ds1[ 1 ] = 19.0;
3553             ds1[ 2 ] = 9.999;
3554             ds1[ 3 ] = 0.0;
3555             ds1[ 4 ] = 39.9;
3556             ds1[ 5 ] = 39.999;
3557             ds1[ 6 ] = 30.0;
3558             ds1[ 7 ] = 19.999;
3559             ds1[ 8 ] = 30.1;
3560             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
3561             if ( bins1.length != 4 ) {
3562                 return false;
3563             }
3564             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
3565                 return false;
3566             }
3567             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
3568                 return false;
3569             }
3570             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
3571                 return false;
3572             }
3573             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
3574                 return false;
3575             }
3576             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
3577             if ( bins1_1.length != 3 ) {
3578                 return false;
3579             }
3580             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
3581                 return false;
3582             }
3583             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
3584                 return false;
3585             }
3586             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
3587                 return false;
3588             }
3589             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
3590             if ( bins1_2.length != 3 ) {
3591                 return false;
3592             }
3593             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
3594                 return false;
3595             }
3596             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
3597                 return false;
3598             }
3599             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
3600                 return false;
3601             }
3602             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
3603             dss3.addValue( 1 );
3604             dss3.addValue( 1 );
3605             dss3.addValue( 1 );
3606             dss3.addValue( 2 );
3607             dss3.addValue( 3 );
3608             dss3.addValue( 4 );
3609             dss3.addValue( 5 );
3610             dss3.addValue( 5 );
3611             dss3.addValue( 5 );
3612             dss3.addValue( 6 );
3613             dss3.addValue( 7 );
3614             dss3.addValue( 8 );
3615             dss3.addValue( 9 );
3616             dss3.addValue( 10 );
3617             dss3.addValue( 10 );
3618             dss3.addValue( 10 );
3619             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
3620             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
3621             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
3622         }
3623         catch ( final Exception e ) {
3624             e.printStackTrace( System.out );
3625             return false;
3626         }
3627         return true;
3628     }
3629
3630     private static boolean testDir( final String file ) {
3631         try {
3632             final File f = new File( file );
3633             if ( !f.exists() ) {
3634                 return false;
3635             }
3636             if ( !f.isDirectory() ) {
3637                 return false;
3638             }
3639             if ( !f.canRead() ) {
3640                 return false;
3641             }
3642         }
3643         catch ( final Exception e ) {
3644             return false;
3645         }
3646         return true;
3647     }
3648
3649     private static boolean testGenbankAccessorParsing() {
3650         //The format for GenBank Accession numbers are:
3651         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
3652         //Protein:    3 letters + 5 numerals
3653         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
3654         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
3655             return false;
3656         }
3657         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( ".AY423861.2" ).equals( "AY423861.2" ) ) {
3658             return false;
3659         }
3660         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "345_.AY423861.24_345" ).equals( "AY423861.24" ) ) {
3661             return false;
3662         }
3663         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY423861" ) != null ) {
3664             return false;
3665         }
3666         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY4238612" ) != null ) {
3667             return false;
3668         }
3669         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY4238612" ) != null ) {
3670             return false;
3671         }
3672         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "Y423861" ) != null ) {
3673             return false;
3674         }
3675         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
3676             return false;
3677         }
3678         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
3679             return false;
3680         }
3681         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S123456" ) != null ) {
3682             return false;
3683         }
3684         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC123456" ) != null ) {
3685             return false;
3686         }
3687         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
3688             return false;
3689         }
3690         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
3691             return false;
3692         }
3693         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABCD12345" ) != null ) {
3694             return false;
3695         }
3696         return true;
3697     }
3698
3699     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
3700         try {
3701             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3702             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3703             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
3704             n = n.getNextExternalNode();
3705             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3706                 return false;
3707             }
3708             n = n.getNextExternalNode();
3709             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3710                 return false;
3711             }
3712             n = n.getNextExternalNode();
3713             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3714                 return false;
3715             }
3716             n = t1.getNode( "B" );
3717             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3718                 n = n.getNextExternalNode();
3719             }
3720             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
3721             n = t2.getNode( "A" );
3722             n = n.getNextExternalNode();
3723             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3724                 return false;
3725             }
3726             n = n.getNextExternalNode();
3727             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3728                 return false;
3729             }
3730             n = n.getNextExternalNode();
3731             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3732                 return false;
3733             }
3734             n = t2.getNode( "B" );
3735             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3736                 n = n.getNextExternalNode();
3737             }
3738             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3739             n = t3.getNode( "A" );
3740             n = n.getNextExternalNode();
3741             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3742                 return false;
3743             }
3744             n = n.getNextExternalNode();
3745             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3746                 return false;
3747             }
3748             n = n.getNextExternalNode();
3749             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3750                 return false;
3751             }
3752             n = n.getNextExternalNode();
3753             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
3754                 return false;
3755             }
3756             n = n.getNextExternalNode();
3757             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
3758                 return false;
3759             }
3760             n = n.getNextExternalNode();
3761             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
3762                 return false;
3763             }
3764             n = n.getNextExternalNode();
3765             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
3766                 return false;
3767             }
3768             n = t3.getNode( "B" );
3769             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3770                 n = n.getNextExternalNode();
3771             }
3772             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3773             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
3774                 final PhylogenyNode node = iter.next();
3775             }
3776             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3777             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
3778                 final PhylogenyNode node = iter.next();
3779             }
3780             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3781             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
3782             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
3783                 return false;
3784             }
3785             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
3786                 return false;
3787             }
3788             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
3789                 return false;
3790             }
3791             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
3792                 return false;
3793             }
3794             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
3795                 return false;
3796             }
3797             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
3798                 return false;
3799             }
3800             if ( iter.hasNext() ) {
3801                 return false;
3802             }
3803         }
3804         catch ( final Exception e ) {
3805             e.printStackTrace( System.out );
3806             return false;
3807         }
3808         return true;
3809     }
3810
3811     private static boolean testExtractSNFromNodeName() {
3812         try {
3813             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
3814                 return false;
3815             }
3816             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus" )
3817                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
3818                 return false;
3819             }
3820             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus-12" )
3821                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
3822                 return false;
3823             }
3824             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -XS12_Mus_musculus-12" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
3825                 return false;
3826             }
3827             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -1234_Mus_musculus-12 affrre e" )
3828                     .equals( "Mus musculus" ) ) {
3829                 return false;
3830             }
3831         }
3832         catch ( final Exception e ) {
3833             e.printStackTrace( System.out );
3834             return false;
3835         }
3836         return true;
3837     }
3838
3839     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
3840         try {
3841             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3842                 return false;
3843             }
3844             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3845                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3846                 return false;
3847             }
3848             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3849                     .equals( "ARATH" ) ) {
3850                 return false;
3851             }
3852             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3853                     .equals( "ARATH" ) ) {
3854                 return false;
3855             }
3856             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
3857                 return false;
3858             }
3859             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
3860                 return false;
3861             }
3862             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3863                 return false;
3864             }
3865             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " _SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3866                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3867                 return false;
3868             }
3869             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3870                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3871                 return false;
3872             }
3873             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3874                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3875                 return false;
3876             }
3877             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty_SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3878                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3879                 return false;
3880             }
3881             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "ABCD_SOYBN ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3882                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3883                 return false;
3884             }
3885             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3886                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3887                 return false;
3888             }
3889             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( ",SOYBN,", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3890                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3891                 return false;
3892             }
3893             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxx,SOYBN,xxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3894                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3895                 return false;
3896             }
3897             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxxSOYBNxxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ) != null ) {
3898                 return false;
3899             }
3900             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "-SOYBN~", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3901                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3902                 return false;
3903             }
3904             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "NNN8_ECOLI/1-2:0.01",
3905                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT ).equals( "ECOLI" ) ) {
3906                 return false;
3907             }
3908             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "blag_9YX45-blag", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3909                     .equals( "9YX45" ) ) {
3910                 return false;
3911             }
3912             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445",
3913                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3914                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3915                 return false;
3916             }
3917             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE+function = 23445",
3918                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3919                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3920                 return false;
3921             }
3922             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445",
3923                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3924                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3925                 return false;
3926             }
3927             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445",
3928                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3929                 return false;
3930             }
3931             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445",
3932                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3933                 return false;
3934             }
3935             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
3936                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
3937                 return false;
3938             }
3939             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
3940                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
3941                 return false;
3942             }
3943             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445",
3944                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
3945                 return false;
3946             }
3947             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445",
3948                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3949                 return false;
3950             }
3951             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445",
3952                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3953                 return false;
3954             }
3955             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3956                     .equals( "RAT" ) ) {
3957                 return false;
3958             }
3959             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
3960                     .equals( "PIG" ) ) {
3961                 return false;
3962             }
3963             if ( !ParserUtils
3964                     .extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3965                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3966                 return false;
3967             }
3968             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
3969                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3970                 return false;
3971             }
3972             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "_MOUSE ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3973                 return false;
3974             }
3975         }
3976         catch ( final Exception e ) {
3977             e.printStackTrace( System.out );
3978             return false;
3979         }
3980         return true;
3981     }
3982
3983     private static boolean testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() {
3984         try {
3985             PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
3986             n.setName( "tr|B3RJ64" );
3987             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
3988                 return false;
3989             }
3990             n.setName( "tr.B3RJ64" );
3991             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
3992                 return false;
3993             }
3994             n.setName( "tr=B3RJ64" );
3995             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
3996                 return false;
3997             }
3998             n.setName( "tr-B3RJ64" );
3999             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4000                 return false;
4001             }
4002             n.setName( "tr/B3RJ64" );
4003             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4004                 return false;
4005             }
4006             n.setName( "tr\\B3RJ64" );
4007             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4008                 return false;
4009             }
4010             n.setName( "tr_B3RJ64" );
4011             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4012                 return false;
4013             }
4014             n.setName( " tr|B3RJ64 " );
4015             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4016                 return false;
4017             }
4018             n.setName( "-tr|B3RJ64-" );
4019             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4020                 return false;
4021             }
4022             n.setName( "-tr=B3RJ64-" );
4023             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4024                 return false;
4025             }
4026             n.setName( "_tr=B3RJ64_" );
4027             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4028                 return false;
4029             }
4030             n.setName( " tr_tr|B3RJ64_sp|123 " );
4031             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4032                 return false;
4033             }
4034             n.setName( "B3RJ64" );
4035             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4036                 return false;
4037             }
4038             n.setName( "sp|B3RJ64" );
4039             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4040                 return false;
4041             }
4042             n.setName( "sp|B3RJ64C" );
4043             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4044                 return false;
4045             }
4046             n.setName( "sp B3RJ64" );
4047             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4048                 return false;
4049             }
4050             n.setName( "sp|B3RJ6X" );
4051             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4052                 return false;
4053             }
4054             n.setName( "sp|B3RJ6" );
4055             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4056                 return false;
4057             }
4058             n.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4059             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4060                 return false;
4061             }
4062             n.setName( "K1PYK7_PEA" );
4063             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PEA" ) ) {
4064                 return false;
4065             }
4066             n.setName( "K1PYK7_RAT" );
4067             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_RAT" ) ) {
4068                 return false;
4069             }
4070             n.setName( "K1PYK7_PIG" );
4071             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4072                 return false;
4073             }
4074             n.setName( "~K1PYK7_PIG~" );
4075             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4076                 return false;
4077             }
4078             n.setName( "123456_ECOLI-K1PYK7_CRAGI-sp" );
4079             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4080                 return false;
4081             }
4082             n.setName( "K1PYKX_CRAGI" );
4083             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4084                 return false;
4085             }
4086             n.setName( "XXXXX_CRAGI" );
4087             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "XXXXX_CRAGI" ) ) {
4088                 return false;
4089             }
4090             n.setName( "tr|H3IB65|H3IB65_STRPU~2-2" );
4091             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "H3IB65" ) ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             n.setName( "jgi|Lacbi2|181470|Lacbi1.estExt_GeneWisePlus_human.C_10729~2-3" );
4095             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4096                 return false;
4097             }
4098             n.setName( "sp|Q86U06|RBM23_HUMAN~2-2" );
4099             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "Q86U06" ) ) {
4100                 return false;
4101             }
4102             n = new PhylogenyNode();
4103             org.forester.phylogeny.data.Sequence seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4104             seq.setSymbol( "K1PYK7_CRAGI" );
4105             n.getNodeData().addSequence( seq );
4106             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4107                 return false;
4108             }
4109             seq.setSymbol( "tr|B3RJ64" );
4110             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4111                 return false;
4112             }
4113             n = new PhylogenyNode();
4114             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4115             seq.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4116             n.getNodeData().addSequence( seq );
4117             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4118                 return false;
4119             }
4120             seq.setName( "tr|B3RJ64" );
4121             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4122                 return false;
4123             }
4124             n = new PhylogenyNode();
4125             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4126             seq.setAccession( new Accession( "K1PYK8_CRAGI", "?" ) );
4127             n.getNodeData().addSequence( seq );
4128             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK8_CRAGI" ) ) {
4129                 return false;
4130             }
4131             n = new PhylogenyNode();
4132             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4133             seq.setAccession( new Accession( "tr|B3RJ64", "?" ) );
4134             n.getNodeData().addSequence( seq );
4135             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4136                 return false;
4137             }
4138             //
4139             n = new PhylogenyNode();
4140             n.setName( "ACP19736" );
4141             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4142                 return false;
4143             }
4144             n = new PhylogenyNode();
4145             n.setName( "|ACP19736|" );
4146             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4147                 return false;
4148             }
4149         }
4150         catch ( final Exception e ) {
4151             e.printStackTrace( System.out );
4152             return false;
4153         }
4154         return true;
4155     }
4156
4157     private static boolean testFastaParser() {
4158         try {
4159             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
4160                 return false;
4161             }
4162             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
4163                 return false;
4164             }
4165             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
4166             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
4167                 return false;
4168             }
4169             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
4170                 return false;
4171             }
4172             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
4173                 return false;
4174             }
4175             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
4176                 return false;
4177             }
4178             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
4179                 return false;
4180             }
4181             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
4182                 return false;
4183             }
4184         }
4185         catch ( final Exception e ) {
4186             e.printStackTrace();
4187             return false;
4188         }
4189         return true;
4190     }
4191
4192     private static boolean testGeneralMsaParser() {
4193         try {
4194             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
4195             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
4196             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
4197             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
4198             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
4199             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
4200             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
4201             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
4202             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4203                 return false;
4204             }
4205             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4206                 return false;
4207             }
4208             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4209                 return false;
4210             }
4211             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4212                 return false;
4213             }
4214             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4215                 return false;
4216             }
4217             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4218                 return false;
4219             }
4220             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4221                 return false;
4222             }
4223             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4224                 return false;
4225             }
4226             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4227                 return false;
4228             }
4229             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4230                 return false;
4231             }
4232             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4233                 return false;
4234             }
4235             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4236                 return false;
4237             }
4238             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
4239             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4240                 return false;
4241             }
4242             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4243                 return false;
4244             }
4245             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4246                 return false;
4247             }
4248             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
4249             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
4250                 return false;
4251             }
4252             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
4253                 return false;
4254             }
4255             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
4256                 return false;
4257             }
4258             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
4259             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4260                 return false;
4261             }
4262             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4263                 return false;
4264             }
4265             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4266                 return false;
4267             }
4268         }
4269         catch ( final Exception e ) {
4270             e.printStackTrace();
4271             return false;
4272         }
4273         return true;
4274     }
4275
4276     private static boolean testGeneralTable() {
4277         try {
4278             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
4279             t0.setValue( 3, 2, "23" );
4280             t0.setValue( 10, 1, "error" );
4281             t0.setValue( 10, 1, "110" );
4282             t0.setValue( 9, 1, "19" );
4283             t0.setValue( 1, 10, "101" );
4284             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
4285             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
4286             t0.setValue( 0, 0, "00" );
4287             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
4288                 return false;
4289             }
4290             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
4291                 return false;
4292             }
4293             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
4294                 return false;
4295             }
4296             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
4297                 return false;
4298             }
4299             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
4300                 return false;
4301             }
4302             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
4303                 return false;
4304             }
4305             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
4306                 return false;
4307             }
4308             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
4309                 return false;
4310             }
4311             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
4312                 return false;
4313             }
4314             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
4315             t1.setValue( "3", "2", "23" );
4316             t1.setValue( "10", "1", "error" );
4317             t1.setValue( "10", "1", "110" );
4318             t1.setValue( "9", "1", "19" );
4319             t1.setValue( "1", "10", "101" );
4320             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
4321             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
4322             t1.setValue( "0", "0", "00" );
4323             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
4324             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
4325                 return false;
4326             }
4327             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
4328                 return false;
4329             }
4330             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
4331                 return false;
4332             }
4333             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
4334                 return false;
4335             }
4336             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
4337                 return false;
4338             }
4339             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
4340                 return false;
4341             }
4342             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
4343                 return false;
4344             }
4345             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
4346                 return false;
4347             }
4348             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
4349                 return false;
4350             }
4351             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
4352                 return false;
4353             }
4354         }
4355         catch ( final Exception e ) {
4356             e.printStackTrace( System.out );
4357             return false;
4358         }
4359         return true;
4360     }
4361
4362     private static boolean testGetDistance() {
4363         try {
4364             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4365             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
4366                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4367             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
4368                 return false;
4369             }
4370             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
4371                 return false;
4372             }
4373             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
4374                 return false;
4375             }
4376             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4377                 return false;
4378             }
4379             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
4380                 return false;
4381             }
4382             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
4383                 return false;
4384             }
4385             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
4386                 return false;
4387             }
4388             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
4389                 return false;
4390             }
4391             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
4392                 return false;
4393             }
4394             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
4395                 return false;
4396             }
4397             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
4398                 return false;
4399             }
4400             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
4401                 return false;
4402             }
4403             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
4404                 return false;
4405             }
4406             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
4407                 return false;
4408             }
4409             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
4410                 return false;
4411             }
4412             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
4413                 return false;
4414             }
4415             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
4416                 return false;
4417             }
4418             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
4419                 return false;
4420             }
4421             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
4422                 return false;
4423             }
4424             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
4425                 return false;
4426             }
4427             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
4428                 return false;
4429             }
4430             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
4431                 return false;
4432             }
4433             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
4434                 return false;
4435             }
4436             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
4437                 return false;
4438             }
4439             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
4440                 return false;
4441             }
4442             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
4443                 return false;
4444             }
4445             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
4446                 return false;
4447             }
4448             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
4449                 return false;
4450             }
4451             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
4452                 return false;
4453             }
4454             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
4455                 return false;
4456             }
4457             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
4458                 return false;
4459             }
4460             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
4461                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4462             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
4463                 return false;
4464             }
4465             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
4466                 return false;
4467             }
4468             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
4469                 return false;
4470             }
4471             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
4472                 return false;
4473             }
4474             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
4475                 return false;
4476             }
4477             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
4478                 return false;
4479             }
4480             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4481                 return false;
4482             }
4483             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
4484                 return false;
4485             }
4486             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
4487                 return false;
4488             }
4489             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
4490                 return false;
4491             }
4492             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
4493                 return false;
4494             }
4495         }
4496         catch ( final Exception e ) {
4497             e.printStackTrace( System.out );
4498             return false;
4499         }
4500         return true;
4501     }
4502
4503     private static boolean testGetLCA() {
4504         try {
4505             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4506             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
4507                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4508             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
4509             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
4510                 return false;
4511             }
4512             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
4513             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
4514                 return false;
4515             }
4516             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
4517             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
4518                 return false;
4519             }
4520             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
4521             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
4522                 return false;
4523             }
4524             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
4525             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
4526                 return false;
4527             }
4528             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
4529             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
4530                 return false;
4531             }
4532             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
4533             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
4534                 return false;
4535             }
4536             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
4537             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
4538                 return false;
4539             }
4540             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
4541             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
4542                 return false;
4543             }
4544             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
4545             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
4546                 return false;
4547             }
4548             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
4549             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4550                 return false;
4551             }
4552             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
4553             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4554                 return false;
4555             }
4556             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
4557             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4558                 return false;
4559             }
4560             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
4561             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4562                 return false;
4563             }
4564             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
4565             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
4566                 return false;
4567             }
4568             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
4569             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
4570                 return false;
4571             }
4572             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
4573             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4574                 return false;
4575             }
4576             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
4577             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4578                 return false;
4579             }
4580             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
4581             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4582                 return false;
4583             }
4584             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
4585             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4586                 return false;
4587             }
4588             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
4589             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
4590                 return false;
4591             }
4592             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
4593             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
4594                 return false;
4595             }
4596             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
4597             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
4598                 return false;
4599             }
4600             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4601             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
4602             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
4603                 return false;
4604             }
4605             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
4606             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
4607                 return false;
4608             }
4609             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
4610             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
4611                 return false;
4612             }
4613             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
4614             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
4615                 return false;
4616             }
4617             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
4618             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
4619                 return false;
4620             }
4621             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
4622             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
4623                 return false;
4624             }
4625             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
4626             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
4627                 return false;
4628             }
4629             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
4630             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
4631                 return false;
4632             }
4633             final Phylogeny p3 = factory
4634                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
4635                              new NHXParser() )[ 0 ];
4636             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
4637             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
4638                 return false;
4639             }
4640             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
4641             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
4642                 return false;
4643             }
4644             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
4645             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4646                 return false;
4647             }
4648             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
4649             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4650                 return false;
4651             }
4652             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
4653             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
4654                 return false;
4655             }
4656             if ( !ag_3.isRoot() ) {
4657                 return false;
4658             }
4659             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
4660             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
4661                 return false;
4662             }
4663             if ( !al_3.isRoot() ) {
4664                 return false;
4665             }
4666             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
4667             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
4668                 return false;
4669             }
4670             if ( !kl_3.isRoot() ) {
4671                 return false;
4672             }
4673             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
4674             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
4675                 return false;
4676             }
4677             if ( !fl_3.isRoot() ) {
4678                 return false;
4679             }
4680             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
4681             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
4682                 return false;
4683             }
4684             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4685             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
4686             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
4687                 return false;
4688             }
4689             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
4690             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
4691             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
4692                 return false;
4693             }
4694             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
4695             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
4696             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
4697                 return false;
4698             }
4699             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
4700             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
4701             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
4702                 return false;
4703             }
4704         }
4705         catch ( final Exception e ) {
4706             e.printStackTrace( System.out );
4707             return false;
4708         }
4709         return true;
4710     }
4711
4712     private static boolean testGetLCA2() {
4713         try {
4714             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4715             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
4716             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
4717             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
4718                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
4719             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
4720                 return false;
4721             }
4722             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
4723             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
4724             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
4725                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
4726             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
4727                 return false;
4728             }
4729             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
4730                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
4731             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
4732                 return false;
4733             }
4734             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
4735             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
4736             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
4737                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
4738             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
4739                 return false;
4740             }
4741             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
4742                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
4743             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
4744                 System.out.println( p_c_2.getName() );
4745                 System.exit( -1 );
4746                 return false;
4747             }
4748             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
4749                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
4750             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
4751                 return false;
4752             }
4753             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
4754                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
4755             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
4756                 return false;
4757             }
4758             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
4759                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4760             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
4761             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4762                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
4763             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
4764                 return false;
4765             }
4766             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
4767                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
4768             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
4769                 return false;
4770             }
4771             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4772                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
4773             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
4774                 return false;
4775             }
4776             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
4777                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
4778             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
4779                 return false;
4780             }
4781             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
4782                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
4783             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
4784                 return false;
4785             }
4786             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
4787                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
4788             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
4789                 return false;
4790             }
4791             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
4792                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
4793             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
4794                 return false;
4795             }
4796             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4797                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
4798             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
4799                 return false;
4800             }
4801             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4802                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
4803             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
4804                 return false;
4805             }
4806             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
4807                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
4808             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
4809                 return false;
4810             }
4811             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4812                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
4813             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4814                 return false;
4815             }
4816             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
4817                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
4818             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4819                 return false;
4820             }
4821             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
4822                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
4823             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4824                 return false;
4825             }
4826             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
4827                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
4828             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4829                 return false;
4830             }
4831             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4832                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
4833             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
4834                 return false;
4835             }
4836             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
4837                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
4838             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
4839                 return false;
4840             }
4841             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
4842                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
4843             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4844                 return false;
4845             }
4846             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4847                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
4848             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4849                 return false;
4850             }
4851             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
4852                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
4853             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4854                 return false;
4855             }
4856             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
4857                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
4858             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4859                 return false;
4860             }
4861             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
4862                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
4863             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
4864                 return false;
4865             }
4866             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
4867                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
4868             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
4869                 return false;
4870             }
4871             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
4872                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
4873             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
4874                 return false;
4875             }
4876             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4877             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
4878             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4879                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
4880             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
4881                 return false;
4882             }
4883             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
4884                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
4885             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
4886                 return false;
4887             }
4888             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4889                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
4890             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
4891                 return false;
4892             }
4893             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
4894                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
4895             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
4896                 return false;
4897             }
4898             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4899                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
4900             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
4901                 return false;
4902             }
4903             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
4904                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
4905             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
4906                 return false;
4907             }
4908             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
4909                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
4910             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
4911                 return false;
4912             }
4913             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4914                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
4915             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
4916                 return false;
4917             }
4918             final Phylogeny p3 = factory
4919                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
4920                              new NHXParser() )[ 0 ];
4921             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
4922             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
4923                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
4924             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
4925                 return false;
4926             }
4927             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4928                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
4929             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
4930                 return false;
4931             }
4932             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4933                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
4934             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4935                 return false;
4936             }
4937             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4938                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
4939             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4940                 return false;
4941             }
4942             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4943                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
4944             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
4945                 return false;
4946             }
4947             if ( !ag_3.isRoot() ) {
4948                 return false;
4949             }
4950             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4951                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
4952             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
4953                 return false;
4954             }
4955             if ( !al_3.isRoot() ) {
4956                 return false;
4957             }
4958             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
4959                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
4960             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
4961                 return false;
4962             }
4963             if ( !kl_3.isRoot() ) {
4964                 return false;
4965             }
4966             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
4967                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
4968             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
4969                 return false;
4970             }
4971             if ( !fl_3.isRoot() ) {
4972                 return false;
4973             }
4974             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
4975                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
4976             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
4977                 return false;
4978             }
4979             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4980             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
4981             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
4982                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
4983             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
4984                 return false;
4985             }
4986             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
4987             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
4988             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
4989                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
4990             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
4991                 return false;
4992             }
4993             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
4994             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
4995             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
4996                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
4997             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
4998                 return false;
4999             }
5000             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
5001             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
5002             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
5003                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
5004             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
5005                 return false;
5006             }
5007             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5008                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5009             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
5010                 return false;
5011             }
5012             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5013                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5014             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
5015                 return false;
5016             }
5017             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5018                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5019             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
5020                 return false;
5021             }
5022             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5023                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5024             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
5025                 return false;
5026             }
5027             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5028                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
5029             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
5030                 return false;
5031             }
5032         }
5033         catch ( final Exception e ) {
5034             e.printStackTrace( System.out );
5035             return false;
5036         }
5037         return true;
5038     }
5039
5040     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
5041         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
5042         try {
5043             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5044                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5045             parser1.parse();
5046             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5047                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5048             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
5049             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
5050                 return false;
5051             }
5052             if ( proteins.size() != 4 ) {
5053                 return false;
5054             }
5055             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
5056                 return false;
5057             }
5058             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
5059                 return false;
5060             }
5061             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
5062                 return false;
5063             }
5064             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
5065             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
5066                 return false;
5067             }
5068             if ( p1.getLength() != 850 ) {
5069                 return false;
5070             }
5071             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
5072             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
5073                 return false;
5074             }
5075             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
5076                 return false;
5077             }
5078             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
5079             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
5080                 return false;
5081             }
5082             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
5083             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
5084                 return false;
5085             }
5086             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
5087                 return false;
5088             }
5089             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
5090                 return false;
5091             }
5092             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
5093                 return false;
5094             }
5095             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
5096                 return false;
5097             }
5098             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
5099                 return false;
5100             }
5101             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
5102                 return false;
5103             }
5104             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
5105                 return false;
5106             }
5107             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
5108                 return false;
5109             }
5110             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
5111                 return false;
5112             }
5113         }
5114         catch ( final Exception e ) {
5115             e.printStackTrace( System.out );
5116             return false;
5117         }
5118         return true;
5119     }
5120
5121     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
5122         try {
5123             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5124             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
5125             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
5126             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
5127             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
5128                 return false;
5129             }
5130             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
5131             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
5132                 return false;
5133             }
5134             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
5135             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
5136                 return false;
5137             }
5138             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
5139             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
5140                 return false;
5141             }
5142         }
5143         catch ( final Exception e ) {
5144             e.printStackTrace( System.out );
5145             return false;
5146         }
5147         return true;
5148     }
5149
5150     private static boolean testLevelOrderIterator() {
5151         try {
5152             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5153             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5154             PhylogenyNodeIterator it0;
5155             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
5156                 it0.next();
5157             }
5158             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5159                 it0.next();
5160             }
5161             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
5162             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5163                 return false;
5164             }
5165             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5166                 return false;
5167             }
5168             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5169                 return false;
5170             }
5171             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5172                 return false;
5173             }
5174             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5175                 return false;
5176             }
5177             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5178                 return false;
5179             }
5180             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5181                 return false;
5182             }
5183             if ( it.hasNext() ) {
5184                 return false;
5185             }
5186             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
5187                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5188             PhylogenyNodeIterator it2;
5189             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
5190                 it2.next();
5191             }
5192             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
5193                 it2.next();
5194             }
5195             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
5196             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
5197                 return false;
5198             }
5199             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
5200                 return false;
5201             }
5202             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
5203                 return false;
5204             }
5205             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
5206                 return false;
5207             }
5208             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
5209                 return false;
5210             }
5211             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
5212                 return false;
5213             }
5214             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
5215                 return false;
5216             }
5217             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
5218                 return false;
5219             }
5220             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
5221                 return false;
5222             }
5223             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
5224                 return false;
5225             }
5226             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
5227                 return false;
5228             }
5229             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
5230                 return false;
5231             }
5232             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
5233                 return false;
5234             }
5235             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
5236                 return false;
5237             }
5238             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
5239                 return false;
5240             }
5241             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
5242                 return false;
5243             }
5244             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
5245                 return false;
5246             }
5247             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
5248                 return false;
5249             }
5250             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
5251                 return false;
5252             }
5253             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
5254                 return false;
5255             }
5256             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
5257                 return false;
5258             }
5259             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
5260                 return false;
5261             }
5262             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
5263                 return false;
5264             }
5265             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
5266                 return false;
5267             }
5268             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
5269                 return false;
5270             }
5271             if ( it3.hasNext() ) {
5272                 return false;
5273             }
5274             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5275             PhylogenyNodeIterator it4;
5276             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
5277                 it4.next();
5278             }
5279             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
5280                 it4.next();
5281             }
5282             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
5283             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
5284                 return false;
5285             }
5286             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
5287                 return false;
5288             }
5289             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
5290                 return false;
5291             }
5292             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
5293                 return false;
5294             }
5295             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
5296                 return false;
5297             }
5298             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
5299             PhylogenyNodeIterator it6;
5300             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
5301                 it6.next();
5302             }
5303             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
5304                 it6.next();
5305             }
5306             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
5307             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
5308                 return false;
5309             }
5310             if ( it.hasNext() ) {
5311                 return false;
5312             }
5313         }
5314         catch ( final Exception e ) {
5315             e.printStackTrace( System.out );
5316             return false;
5317         }
5318         return true;
5319     }
5320
5321     private static boolean testMafft( final String path ) {
5322         try {
5323             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
5324             opts.add( "--maxiterate" );
5325             opts.add( "1000" );
5326             opts.add( "--localpair" );
5327             opts.add( "--quiet" );
5328             Msa msa = null;
5329             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
5330             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
5331             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
5332                 return false;
5333             }
5334             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
5335                 return false;
5336             }
5337         }
5338         catch ( final Exception e ) {
5339             e.printStackTrace( System.out );
5340             return false;
5341         }
5342         return true;
5343     }
5344
5345     private static boolean testMidpointrooting() {
5346         try {
5347             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5348             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
5349             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
5350             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
5351                 return false;
5352             }
5353             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5354                 return false;
5355             }
5356             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
5357                            1 ) ) {
5358                 return false;
5359             }
5360             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5361                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5362             if ( !t1.isRooted() ) {
5363                 return false;
5364             }
5365             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5366             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5367                 return false;
5368             }
5369             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5370                 return false;
5371             }
5372             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5373                 return false;
5374             }
5375             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5376                 return false;
5377             }
5378             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5379                 return false;
5380             }
5381             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5382                 return false;
5383             }
5384             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5385             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5386             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5387                 return false;
5388             }
5389             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5390                 return false;
5391             }
5392             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5393                 return false;
5394             }
5395             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5396                 return false;
5397             }
5398             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5399                 System.exit( -1 );
5400                 return false;
5401             }
5402             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5403                 return false;
5404             }
5405         }
5406         catch ( final Exception e ) {
5407             e.printStackTrace( System.out );
5408             return false;
5409         }
5410         return true;
5411     }
5412
5413     private static boolean testMsaQualityMethod() {
5414         try {
5415             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
5416             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
5417             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
5418             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
5419             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
5420             l.add( s0 );
5421             l.add( s1 );
5422             l.add( s2 );
5423             l.add( s3 );
5424             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
5425             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
5426                 return false;
5427             }
5428             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
5429                 return false;
5430             }
5431             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
5432                 return false;
5433             }
5434             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
5435                 return false;
5436             }
5437         }
5438         catch ( final Exception e ) {
5439             e.printStackTrace( System.out );
5440             return false;
5441         }
5442         return true;
5443     }
5444
5445     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
5446         try {
5447             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5448             PhylogenyNode n;
5449             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5450             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5451             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
5452             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5453             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5454             n = t0.getFirstExternalNode();
5455             while ( n != null ) {
5456                 ext.add( n );
5457                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5458             }
5459             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5460                 return false;
5461             }
5462             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5463                 return false;
5464             }
5465             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5466                 return false;
5467             }
5468             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
5469                 return false;
5470             }
5471             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
5472                 return false;
5473             }
5474             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
5475                 return false;
5476             }
5477             ext.clear();
5478             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5479             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
5480             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5481             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5482             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5483             n = t1.getNode( "ab" );
5484             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5485             while ( n != null ) {
5486                 ext.add( n );
5487                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5488             }
5489             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5490                 return false;
5491             }
5492             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5493                 return false;
5494             }
5495             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5496                 return false;
5497             }
5498             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
5499                 return false;
5500             }
5501             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
5502                 return false;
5503             }
5504             //
5505             //
5506             ext.clear();
5507             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5508             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
5509             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5510             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5511             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5512             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5513             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5514             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5515             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5516             n = t2.getNode( "ab" );
5517             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5518             while ( n != null ) {
5519                 ext.add( n );
5520                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5521             }
5522             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5523                 return false;
5524             }
5525             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5526                 return false;
5527             }
5528             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5529                 return false;
5530             }
5531             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5532                 return false;
5533             }
5534             //
5535             //
5536             ext.clear();
5537             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5538             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
5539             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5540             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5541             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5542             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5543             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5544             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5545             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5546             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5547             n = t3.getNode( "ab" );
5548             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5549             while ( n != null ) {
5550                 ext.add( n );
5551                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5552             }
5553             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5554                 return false;
5555             }
5556             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5557                 return false;
5558             }
5559             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5560                 return false;
5561             }
5562             //
5563             //
5564             ext.clear();
5565             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5566             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
5567             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5568             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5569             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5570             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5571             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5572             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5573             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5574             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5575             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
5576             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
5577             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
5578                 return false;
5579             }
5580             //
5581             //
5582             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5583             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
5584             ext.clear();
5585             n = t5.getFirstExternalNode();
5586             while ( n != null ) {
5587                 ext.add( n );
5588                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5589             }
5590             if ( ext.size() != 8 ) {
5591                 return false;
5592             }
5593             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5594                 return false;
5595             }
5596             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5597                 return false;
5598             }
5599             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5600                 return false;
5601             }
5602             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5603                 return false;
5604             }
5605             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5606                 return false;
5607             }
5608             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5609                 return false;
5610             }
5611             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
5612                 return false;
5613             }
5614             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
5615                 return false;
5616             }
5617             //
5618             //
5619             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5620             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
5621             ext.clear();
5622             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5623             n = t6.getNode( "ab" );
5624             while ( n != null ) {
5625                 ext.add( n );
5626                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5627             }
5628             if ( ext.size() != 7 ) {
5629                 return false;
5630             }
5631             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5632                 return false;
5633             }
5634             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5635                 return false;
5636             }
5637             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5638                 return false;
5639             }
5640             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5641                 return false;
5642             }
5643             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5644                 return false;
5645             }
5646             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5647                 return false;
5648             }
5649             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5650                 return false;
5651             }
5652             //
5653             //
5654             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5655             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
5656             ext.clear();
5657             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5658             n = t7.getNode( "a" );
5659             while ( n != null ) {
5660                 ext.add( n );
5661                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5662             }
5663             if ( ext.size() != 7 ) {
5664                 return false;
5665             }
5666             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5667                 return false;
5668             }
5669             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5670                 return false;
5671             }
5672             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
5673                 return false;
5674             }
5675             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5676                 return false;
5677             }
5678             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5679                 return false;
5680             }
5681             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5682                 return false;
5683             }
5684             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5685                 return false;
5686             }
5687             //
5688             //
5689             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5690             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
5691             ext.clear();
5692             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5693             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5694             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5695             n = t8.getNode( "a" );
5696             while ( n != null ) {
5697                 ext.add( n );
5698                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5699             }
5700             if ( ext.size() != 7 ) {
5701                 return false;
5702             }
5703             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5704                 return false;
5705             }
5706             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5707                 return false;
5708             }
5709             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
5710                 System.out.println( "2 fail" );
5711                 return false;
5712             }
5713             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5714                 return false;
5715             }
5716             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5717                 return false;
5718             }
5719             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5720                 return false;
5721             }
5722             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5723                 return false;
5724             }
5725             //
5726             //
5727             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5728             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
5729             ext.clear();
5730             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5731             n = t9.getNode( "a" );
5732             while ( n != null ) {
5733                 ext.add( n );
5734                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5735             }
5736             if ( ext.size() != 7 ) {
5737                 return false;
5738             }
5739             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5740                 return false;
5741             }
5742             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5743                 return false;
5744             }
5745             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5746                 return false;
5747             }
5748             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5749                 return false;
5750             }
5751             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5752                 return false;
5753             }
5754             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5755                 return false;
5756             }
5757             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5758                 return false;
5759             }
5760             //
5761             //
5762             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5763             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
5764             ext.clear();
5765             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5766             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
5767             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
5768             n = t10.getNode( "a" );
5769             while ( n != null ) {
5770                 ext.add( n );
5771                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5772             }
5773             if ( ext.size() != 7 ) {
5774                 return false;
5775             }
5776             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5777                 return false;
5778             }
5779             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5780                 return false;
5781             }
5782             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5783                 return false;
5784             }
5785             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5786                 return false;
5787             }
5788             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5789                 return false;
5790             }
5791             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5792                 return false;
5793             }
5794             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5795                 return false;
5796             }
5797             //
5798             //
5799             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5800             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
5801             ext.clear();
5802             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5803             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5804             n = t11.getNode( "a" );
5805             while ( n != null ) {
5806                 ext.add( n );
5807                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5808             }
5809             if ( ext.size() != 6 ) {
5810                 return false;
5811             }
5812             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5813                 return false;
5814             }
5815             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5816                 return false;
5817             }
5818             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5819                 return false;
5820             }
5821             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5822                 return false;
5823             }
5824             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5825                 return false;
5826             }
5827             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5828                 return false;
5829             }
5830             //
5831             //
5832             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5833             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
5834             ext.clear();
5835             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5836             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5837             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
5838             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
5839             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
5840             n = t12.getNode( "a" );
5841             while ( n != null ) {
5842                 ext.add( n );
5843                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5844             }
5845             if ( ext.size() != 6 ) {
5846                 return false;
5847             }
5848             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5849                 return false;
5850             }
5851             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5852                 return false;
5853             }
5854             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5855                 return false;
5856             }
5857             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5858                 return false;
5859             }
5860             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5861                 return false;
5862             }
5863             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5864                 return false;
5865             }
5866             //
5867             //
5868             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5869             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
5870             ext.clear();
5871             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5872             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
5873             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5874             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5875             n = t13.getNode( "ab" );
5876             while ( n != null ) {
5877                 ext.add( n );
5878                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5879             }
5880             if ( ext.size() != 5 ) {
5881                 return false;
5882             }
5883             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5884                 return false;
5885             }
5886             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5887                 return false;
5888             }
5889             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5890                 return false;
5891             }
5892             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5893                 return false;
5894             }
5895             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5896                 return false;
5897             }
5898             //
5899             //
5900             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5901             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
5902             ext.clear();
5903             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5904             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
5905             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5906             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5907             n = t14.getNode( "ab" );
5908             while ( n != null ) {
5909                 ext.add( n );
5910                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5911             }
5912             if ( ext.size() != 5 ) {
5913                 return false;
5914             }
5915             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5916                 return false;
5917             }
5918             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5919                 return false;
5920             }
5921             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5922                 return false;
5923             }
5924             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5925                 return false;
5926             }
5927             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5928                 return false;
5929             }
5930             //
5931             //
5932             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5933             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
5934             ext.clear();
5935             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5936             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
5937             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5938             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5939             n = t15.getNode( "ab" );
5940             while ( n != null ) {
5941                 ext.add( n );
5942                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5943             }
5944             if ( ext.size() != 6 ) {
5945                 return false;
5946             }
5947             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5948                 return false;
5949             }
5950             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5951                 return false;
5952             }
5953             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5954                 return false;
5955             }
5956             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5957                 return false;
5958             }
5959             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
5960                 return false;
5961             }
5962             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5963                 return false;
5964             }
5965             //
5966             //
5967             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5968             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
5969             ext.clear();
5970             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5971             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
5972             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5973             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5974             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5975             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5976             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5977             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
5978             n = t16.getNode( "ab" );
5979             while ( n != null ) {
5980                 ext.add( n );
5981                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5982             }
5983             if ( ext.size() != 4 ) {
5984                 return false;
5985             }
5986             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5987                 return false;
5988             }
5989             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5990                 return false;
5991             }
5992             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
5993                 return false;
5994             }
5995             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5996                 return false;
5997             }
5998         }
5999         catch ( final Exception e ) {
6000             e.printStackTrace( System.out );
6001             return false;
6002         }
6003         return true;
6004     }
6005
6006     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
6007         try {
6008             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
6009             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
6010             parser.parse();
6011             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
6012             if ( labels.length != 7 ) {
6013                 return false;
6014             }
6015             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6016                 return false;
6017             }
6018             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6019                 return false;
6020             }
6021             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6022                 return false;
6023             }
6024             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6025                 return false;
6026             }
6027             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6028                 return false;
6029             }
6030             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6031                 return false;
6032             }
6033             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6034                 return false;
6035             }
6036             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6037             parser.parse();
6038             labels = parser.getCharStateLabels();
6039             if ( labels.length != 7 ) {
6040                 return false;
6041             }
6042             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6043                 return false;
6044             }
6045             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6046                 return false;
6047             }
6048             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6049                 return false;
6050             }
6051             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6052                 return false;
6053             }
6054             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6055                 return false;
6056             }
6057             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6058                 return false;
6059             }
6060             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6061                 return false;
6062             }
6063         }
6064         catch ( final Exception e ) {
6065             e.printStackTrace( System.out );
6066             return false;
6067         }
6068         return true;
6069     }
6070
6071     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
6072         try {
6073             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
6074             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
6075             parser.parse();
6076             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
6077             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
6078                 return false;
6079             }
6080             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
6081                 return false;
6082             }
6083             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6084                 return false;
6085             }
6086             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6087                 return false;
6088             }
6089             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6090                 return false;
6091             }
6092             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6093                 return false;
6094             }
6095             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6096                 return false;
6097             }
6098             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
6099                 return false;
6100             }
6101             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
6102                 return false;
6103             }
6104             //            if ( labels.length != 7 ) {
6105             //                return false;
6106             //            }
6107             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6108             //                return false;
6109             //            }
6110             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6111             //                return false;
6112             //            }
6113             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6114             //                return false;
6115             //            }
6116             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6117             //                return false;
6118             //            }
6119             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6120             //                return false;
6121             //            }
6122             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6123             //                return false;
6124             //            }
6125             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6126             //                return false;
6127             //            }
6128             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6129             //            parser.parse();
6130             //            labels = parser.getCharStateLabels();
6131             //            if ( labels.length != 7 ) {
6132             //                return false;
6133             //            }
6134             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6135             //                return false;
6136             //            }
6137             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6138             //                return false;
6139             //            }
6140             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6141             //                return false;
6142             //            }
6143             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6144             //                return false;
6145             //            }
6146             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6147             //                return false;
6148             //            }
6149             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6150             //                return false;
6151             //            }
6152             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6153             //                return false;
6154             //            }
6155         }
6156         catch ( final Exception e ) {
6157             e.printStackTrace( System.out );
6158             return false;
6159         }
6160         return true;
6161     }
6162
6163     private static boolean testNexusTreeParsing() {
6164         try {
6165             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6166             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6167             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
6168             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6169                 return false;
6170             }
6171             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6172                 return false;
6173             }
6174             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6175                 return false;
6176             }
6177             phylogenies = null;
6178             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
6179             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6180                 return false;
6181             }
6182             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6183                 return false;
6184             }
6185             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
6186                 return false;
6187             }
6188             phylogenies = null;
6189             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
6190             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6191                 return false;
6192             }
6193             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6194                 return false;
6195             }
6196             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6197                 return false;
6198             }
6199             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6200                 return false;
6201             }
6202             phylogenies = null;
6203             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
6204             if ( phylogenies.length != 18 ) {
6205                 return false;
6206             }
6207             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6208                 return false;
6209             }
6210             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
6211                 return false;
6212             }
6213             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
6214                 return false;
6215             }
6216             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6217                 return false;
6218             }
6219             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6220                 return false;
6221             }
6222             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6223                 return false;
6224             }
6225             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6226                 return false;
6227             }
6228             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6229                 return false;
6230             }
6231             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6232                 return false;
6233             }
6234             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6235                 return false;
6236             }
6237             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
6238                 return false;
6239             }
6240             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
6241                 return false;
6242             }
6243             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6244                 return false;
6245             }
6246             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
6247                 return false;
6248             }
6249             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
6250                 return false;
6251             }
6252             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6253                 return false;
6254             }
6255             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
6256                 return false;
6257             }
6258             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
6259                 return false;
6260             }
6261             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6262                 return false;
6263             }
6264             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
6265                 return false;
6266             }
6267             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
6268                 return false;
6269             }
6270             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6271                 return false;
6272             }
6273             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
6274                 return false;
6275             }
6276             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
6277                 return false;
6278             }
6279             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6280                 return false;
6281             }
6282             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
6283                 return false;
6284             }
6285             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
6286                 return false;
6287             }
6288             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6289                 return false;
6290             }
6291             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
6292                 return false;
6293             }
6294             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
6295                 return false;
6296             }
6297             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6298                 return false;
6299             }
6300             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
6301                 return false;
6302             }
6303             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
6304                 return false;
6305             }
6306             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6307                 return false;
6308             }
6309             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
6310                 return false;
6311             }
6312             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
6313                 return false;
6314             }
6315             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6316                 return false;
6317             }
6318             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
6319                 return false;
6320             }
6321             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
6322                 return false;
6323             }
6324             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6325                 return false;
6326             }
6327         }
6328         catch ( final Exception e ) {
6329             e.printStackTrace( System.out );
6330             return false;
6331         }
6332         return true;
6333     }
6334
6335     private static boolean testNexusTreeParsingIterating() {
6336         try {
6337             final NexusPhylogeniesParser p = new NexusPhylogeniesParser();
6338             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex" );
6339             if ( !p.hasNext() ) {
6340                 return false;
6341             }
6342             Phylogeny phy = p.next();
6343             if ( phy == null ) {
6344                 return false;
6345             }
6346             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6347                 return false;
6348             }
6349             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6350                 return false;
6351             }
6352             if ( p.hasNext() ) {
6353                 return false;
6354             }
6355             phy = p.next();
6356             if ( phy != null ) {
6357                 return false;
6358             }
6359             //
6360             p.reset();
6361             if ( !p.hasNext() ) {
6362                 return false;
6363             }
6364             phy = p.next();
6365             if ( phy == null ) {
6366                 return false;
6367             }
6368             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6369                 return false;
6370             }
6371             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6372                 return false;
6373             }
6374             if ( p.hasNext() ) {
6375                 return false;
6376             }
6377             phy = p.next();
6378             if ( phy != null ) {
6379                 return false;
6380             }
6381             ////
6382             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex" );
6383             if ( !p.hasNext() ) {
6384                 return false;
6385             }
6386             phy = p.next();
6387             if ( phy == null ) {
6388                 return false;
6389             }
6390             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6391                 return false;
6392             }
6393             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6394                 return false;
6395             }
6396             if ( p.hasNext() ) {
6397                 return false;
6398             }
6399             phy = p.next();
6400             if ( phy != null ) {
6401                 return false;
6402             }
6403             //
6404             p.reset();
6405             if ( !p.hasNext() ) {
6406                 return false;
6407             }
6408             phy = p.next();
6409             if ( phy == null ) {
6410                 return false;
6411             }
6412             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6413                 return false;
6414             }
6415             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6416                 return false;
6417             }
6418             if ( p.hasNext() ) {
6419                 return false;
6420             }
6421             phy = p.next();
6422             if ( phy != null ) {
6423                 return false;
6424             }
6425             ////
6426             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex" );
6427             if ( !p.hasNext() ) {
6428                 return false;
6429             }
6430             phy = p.next();
6431             if ( phy == null ) {
6432                 return false;
6433             }
6434             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6435                 return false;
6436             }
6437             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6438                 return false;
6439             }
6440             if ( phy.isRooted() ) {
6441                 return false;
6442             }
6443             if ( p.hasNext() ) {
6444                 return false;
6445             }
6446             phy = p.next();
6447             if ( phy != null ) {
6448                 return false;
6449             }
6450             //
6451             p.reset();
6452             if ( !p.hasNext() ) {
6453                 return false;
6454             }
6455             phy = p.next();
6456             if ( phy == null ) {
6457                 return false;
6458             }
6459             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6460                 return false;
6461             }
6462             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6463                 return false;
6464             }
6465             if ( p.hasNext() ) {
6466                 return false;
6467             }
6468             phy = p.next();
6469             if ( phy != null ) {
6470                 return false;
6471             }
6472             ////
6473             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4_1.nex" );
6474             //            if ( phylogenies.length != 18 ) {
6475             //                return false;
6476             //            }
6477             //0
6478             if ( !p.hasNext() ) {
6479                 return false;
6480             }
6481             phy = p.next();
6482             if ( phy == null ) {
6483                 return false;
6484             }
6485             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6486                 return false;
6487             }
6488             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
6489                 return false;
6490             }
6491             //1
6492             if ( !p.hasNext() ) {
6493                 return false;
6494             }
6495             phy = p.next();
6496             if ( phy == null ) {
6497                 return false;
6498             }
6499             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6500                 return false;
6501             }
6502             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
6503                 return false;
6504             }
6505             //2
6506             if ( !p.hasNext() ) {
6507                 return false;
6508             }
6509             phy = p.next();
6510             if ( phy == null ) {
6511                 return false;
6512             }
6513             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6514                 return false;
6515             }
6516             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6517                 return false;
6518             }
6519             if ( phy.isRooted() ) {
6520                 return false;
6521             }
6522             //3
6523             if ( !p.hasNext() ) {
6524                 return false;
6525             }
6526             phy = p.next();
6527             if ( phy == null ) {
6528                 return false;
6529             }
6530             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
6531                 return false;
6532             }
6533             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6534                 return false;
6535             }
6536             if ( !phy.isRooted() ) {
6537                 return false;
6538             }
6539             //4
6540             if ( !p.hasNext() ) {
6541                 return false;
6542             }
6543             phy = p.next();
6544             if ( phy == null ) {
6545                 return false;
6546             }
6547             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
6548                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6549                 return false;
6550             }
6551             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6552                 return false;
6553             }
6554             if ( !phy.isRooted() ) {
6555                 return false;
6556             }
6557             //5
6558             if ( !p.hasNext() ) {
6559                 return false;
6560             }
6561             phy = p.next();
6562             if ( phy == null ) {
6563                 return false;
6564             }
6565             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6566                 return false;
6567             }
6568             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6569                 return false;
6570             }
6571             if ( phy.isRooted() ) {
6572                 return false;
6573             }
6574             //6
6575             if ( !p.hasNext() ) {
6576                 return false;
6577             }
6578             phy = p.next();
6579             if ( phy == null ) {
6580                 return false;
6581             }
6582             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
6583                 return false;
6584             }
6585             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6586                 return false;
6587             }
6588             if ( !phy.isRooted() ) {
6589                 return false;
6590             }
6591             //7
6592             if ( !p.hasNext() ) {
6593                 return false;
6594             }
6595             phy = p.next();
6596             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6597                 return false;
6598             }
6599             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6600                 return false;
6601             }
6602             if ( !phy.isRooted() ) {
6603                 return false;
6604             }
6605             //8
6606             if ( !p.hasNext() ) {
6607                 return false;
6608             }
6609             phy = p.next();
6610             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6611                 return false;
6612             }
6613             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((AA,BB),CC);" ) ) {
6614                 return false;
6615             }
6616             if ( !phy.getName().equals( "tree 8" ) ) {
6617                 return false;
6618             }
6619             //9
6620             if ( !p.hasNext() ) {
6621                 return false;
6622             }
6623             phy = p.next();
6624             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6625                 return false;
6626             }
6627             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),cc);" ) ) {
6628                 return false;
6629             }
6630             if ( !phy.getName().equals( "tree 9" ) ) {
6631                 return false;
6632             }
6633             //10
6634             if ( !p.hasNext() ) {
6635                 return false;
6636             }
6637             phy = p.next();
6638             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6639                 return false;
6640             }
6641             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6642                 return false;
6643             }
6644             if ( !phy.getName().equals( "tree 10" ) ) {
6645                 return false;
6646             }
6647             if ( !phy.isRooted() ) {
6648                 return false;
6649             }
6650             //11
6651             if ( !p.hasNext() ) {
6652                 return false;
6653             }
6654             phy = p.next();
6655             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6656                 return false;
6657             }
6658             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((1,2),3);" ) ) {
6659                 return false;
6660             }
6661             if ( !phy.getName().equals( "tree 11" ) ) {
6662                 return false;
6663             }
6664             if ( phy.isRooted() ) {
6665                 return false;
6666             }
6667             //12
6668             if ( !p.hasNext() ) {
6669                 return false;
6670             }
6671             phy = p.next();
6672             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6673                 return false;
6674             }
6675             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((aa,bb),cc);" ) ) {
6676                 return false;
6677             }
6678             if ( !phy.getName().equals( "tree 12" ) ) {
6679                 return false;
6680             }
6681             if ( !phy.isRooted() ) {
6682                 return false;
6683             }
6684             //13
6685             if ( !p.hasNext() ) {
6686                 return false;
6687             }
6688             phy = p.next();
6689             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6690                 return false;
6691             }
6692             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6693                 return false;
6694             }
6695             if ( !phy.getName().equals( "tree 13" ) ) {
6696                 return false;
6697             }
6698             if ( !phy.isRooted() ) {
6699                 return false;
6700             }
6701             //14
6702             if ( !p.hasNext() ) {
6703                 return false;
6704             }
6705             phy = p.next();
6706             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6707                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6708                 return false;
6709             }
6710             if ( !phy
6711                     .toNewHampshire()
6712                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6713                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6714                 return false;
6715             }
6716             if ( !phy.getName().equals( "tree 14" ) ) {
6717                 return false;
6718             }
6719             if ( !phy.isRooted() ) {
6720                 return false;
6721             }
6722             //15
6723             if ( !p.hasNext() ) {
6724                 return false;
6725             }
6726             phy = p.next();
6727             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6728                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6729                 return false;
6730             }
6731             if ( !phy
6732                     .toNewHampshire()
6733                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6734                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6735                 return false;
6736             }
6737             if ( !phy.getName().equals( "tree 15" ) ) {
6738                 return false;
6739             }
6740             if ( phy.isRooted() ) {
6741                 return false;
6742             }
6743             //16
6744             if ( !p.hasNext() ) {
6745                 return false;
6746             }
6747             phy = p.next();
6748             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6749                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6750                 return false;
6751             }
6752             if ( !phy
6753                     .toNewHampshire()
6754                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6755                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6756                 return false;
6757             }
6758             if ( !phy.getName().equals( "tree 16" ) ) {
6759                 return false;
6760             }
6761             if ( !phy.isRooted() ) {
6762                 return false;
6763             }
6764             //17
6765             if ( !p.hasNext() ) {
6766                 return false;
6767             }
6768             phy = p.next();
6769             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6770                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6771                 return false;
6772             }
6773             if ( !phy
6774                     .toNewHampshire()
6775                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6776                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6777                 return false;
6778             }
6779             if ( !phy.getName().equals( "tree 17" ) ) {
6780                 return false;
6781             }
6782             if ( phy.isRooted() ) {
6783                 return false;
6784             }
6785             //
6786             if ( p.hasNext() ) {
6787                 return false;
6788             }
6789             phy = p.next();
6790             if ( phy != null ) {
6791                 return false;
6792             }
6793             p.reset();
6794             //0
6795             if ( !p.hasNext() ) {
6796                 return false;
6797             }
6798             phy = p.next();
6799             if ( phy == null ) {
6800                 return false;
6801             }
6802             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6803                 return false;
6804             }
6805             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
6806                 return false;
6807             }
6808             //1
6809             if ( !p.hasNext() ) {
6810                 return false;
6811             }
6812             phy = p.next();
6813             if ( phy == null ) {
6814                 return false;
6815             }
6816             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6817                 return false;
6818             }
6819             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
6820                 return false;
6821             }
6822             //2
6823             if ( !p.hasNext() ) {
6824                 return false;
6825             }
6826             phy = p.next();
6827             if ( phy == null ) {
6828                 return false;
6829             }
6830             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6831                 return false;
6832             }
6833             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6834                 return false;
6835             }
6836             if ( phy.isRooted() ) {
6837                 return false;
6838             }
6839             //3
6840             if ( !p.hasNext() ) {
6841                 return false;
6842             }
6843             phy = p.next();
6844             if ( phy == null ) {
6845                 return false;
6846             }
6847             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
6848                 return false;
6849             }
6850             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6851                 return false;
6852             }
6853             if ( !phy.isRooted() ) {
6854                 return false;
6855             }
6856             //4
6857             if ( !p.hasNext() ) {
6858                 return false;
6859             }
6860             phy = p.next();
6861             if ( phy == null ) {
6862                 return false;
6863             }
6864             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
6865                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6866                 return false;
6867             }
6868             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6869                 return false;
6870             }
6871             if ( !phy.isRooted() ) {
6872                 return false;
6873             }
6874             //5
6875             if ( !p.hasNext() ) {
6876                 return false;
6877             }
6878             phy = p.next();
6879             if ( phy == null ) {
6880                 return false;
6881             }
6882             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6883                 return false;
6884             }
6885             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6886                 return false;
6887             }
6888             if ( phy.isRooted() ) {
6889                 return false;
6890             }
6891         }
6892         catch ( final Exception e ) {
6893             e.printStackTrace( System.out );
6894             return false;
6895         }
6896         return true;
6897     }
6898
6899     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
6900         try {
6901             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6902             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6903             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
6904             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6905                 return false;
6906             }
6907             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6908                 return false;
6909             }
6910             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
6911                 return false;
6912             }
6913             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
6914                 return false;
6915             }
6916             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
6917                 return false;
6918             }
6919             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
6920                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
6921                 return false;
6922             }
6923             phylogenies = null;
6924             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
6925             if ( phylogenies.length != 3 ) {
6926                 return false;
6927             }
6928             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6929                 return false;
6930             }
6931             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
6932                 return false;
6933             }
6934             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6935                 return false;
6936             }
6937             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
6938                 return false;
6939             }
6940             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
6941                 return false;
6942             }
6943             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
6944                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
6945                 return false;
6946             }
6947             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6948                 return false;
6949             }
6950             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
6951                 return false;
6952             }
6953             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
6954                 return false;
6955             }
6956             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
6957                 return false;
6958             }
6959             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
6960                 return false;
6961             }
6962             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
6963                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
6964                 return false;
6965             }
6966             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6967                 return false;
6968             }
6969             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
6970                 return false;
6971             }
6972             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
6973                 return false;
6974             }
6975             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
6976                 return false;
6977             }
6978             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
6979                 return false;
6980             }
6981             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
6982                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
6983                 return false;
6984             }
6985             phylogenies = null;
6986             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
6987             if ( phylogenies.length != 3 ) {
6988                 return false;
6989             }
6990             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6991                 return false;
6992             }
6993             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
6994                 return false;
6995             }
6996             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6997                 return false;
6998             }
6999             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7000                 return false;
7001             }
7002             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7003                 return false;
7004             }
7005             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7006                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7007                 return false;
7008             }
7009             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7010                 return false;
7011             }
7012             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7013                 return false;
7014             }
7015             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7016                 return false;
7017             }
7018             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7019                 return false;
7020             }
7021             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7022                 return false;
7023             }
7024             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7025                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7026                 return false;
7027             }
7028             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7029                 return false;
7030             }
7031             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7032                 return false;
7033             }
7034             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7035                 return false;
7036             }
7037             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7038                 return false;
7039             }
7040             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7041                 return false;
7042             }
7043             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7044                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7045                 return false;
7046             }
7047         }
7048         catch ( final Exception e ) {
7049             e.printStackTrace( System.out );
7050             return false;
7051         }
7052         return true;
7053     }
7054
7055     private static boolean testNHParsing() {
7056         try {
7057             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7058             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
7059             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
7060                 return false;
7061             }
7062             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
7063             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
7064             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
7065             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
7066             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
7067                 return false;
7068             }
7069             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
7070                 return false;
7071             }
7072             final Phylogeny p1b = factory
7073                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
7074                              new NHXParser() )[ 0 ];
7075             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
7076                 return false;
7077             }
7078             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
7079                 return false;
7080             }
7081             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7082             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
7083             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
7084             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7085             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
7086             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
7087             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
7088             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
7089             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
7090             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
7091             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
7092                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
7093                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
7094                                                     new NHXParser() );
7095             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
7096                 return false;
7097             }
7098             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
7099                 return false;
7100             }
7101             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
7102                 return false;
7103             }
7104             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
7105                 return false;
7106             }
7107             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
7108             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
7109             final String p16_S = "((A,B),C)";
7110             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
7111             if ( p16.length != 1 ) {
7112                 return false;
7113             }
7114             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
7115                 return false;
7116             }
7117             final String p17_S = "(C,(A,B))";
7118             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
7119             if ( p17.length != 1 ) {
7120                 return false;
7121             }
7122             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
7123                 return false;
7124             }
7125             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
7126             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
7127             if ( p18.length != 1 ) {
7128                 return false;
7129             }
7130             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
7131                 return false;
7132             }
7133             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
7134             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
7135             if ( p19.length != 1 ) {
7136                 return false;
7137             }
7138             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
7139                 return false;
7140             }
7141             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
7142             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
7143             if ( p20.length != 1 ) {
7144                 return false;
7145             }
7146             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
7147                 return false;
7148             }
7149             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
7150             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
7151             if ( p21.length != 1 ) {
7152                 return false;
7153             }
7154             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
7155                 return false;
7156             }
7157             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
7158             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
7159             if ( p22.length != 1 ) {
7160                 return false;
7161             }
7162             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
7163                 return false;
7164             }
7165             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7166             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
7167             if ( p23.length != 1 ) {
7168                 System.out.println( "xl=" + p23.length );
7169                 System.exit( -1 );
7170                 return false;
7171             }
7172             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
7173                 return false;
7174             }
7175             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7176             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
7177             if ( p24.length != 1 ) {
7178                 return false;
7179             }
7180             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
7181                 return false;
7182             }
7183             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7184             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7185             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
7186             if ( p241.length != 2 ) {
7187                 return false;
7188             }
7189             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
7190                 return false;
7191             }
7192             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
7193                 return false;
7194             }
7195             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
7196                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
7197                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
7198                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
7199                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
7200                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
7201                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
7202                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
7203             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
7204             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
7205                 return false;
7206             }
7207             final String p26_S = "(A,B)ab";
7208             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
7209             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
7210                 return false;
7211             }
7212             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7213             final Phylogeny[] p27s = factory.create( p27_S, new NHXParser() );
7214             if ( p27s.length != 1 ) {
7215                 System.out.println( "xxl=" + p27s.length );
7216                 System.exit( -1 );
7217                 return false;
7218             }
7219             if ( !p27s[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7220                 System.out.println( p27s[ 0 ].toNewHampshireX() );
7221                 System.exit( -1 );
7222                 return false;
7223             }
7224             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
7225                                                     new NHXParser() );
7226             if ( p27.length != 1 ) {
7227                 System.out.println( "yl=" + p27.length );
7228                 System.exit( -1 );
7229                 return false;
7230             }
7231             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7232                 System.out.println( p27[ 0 ].toNewHampshireX() );
7233                 System.exit( -1 );
7234                 return false;
7235             }
7236             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7237             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7238             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
7239             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
7240             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
7241                                                     new NHXParser() );
7242             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
7243                 return false;
7244             }
7245             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
7246                 return false;
7247             }
7248             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
7249                 return false;
7250             }
7251             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
7252                 return false;
7253             }
7254             if ( p28.length != 4 ) {
7255                 return false;
7256             }
7257             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
7258             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
7259             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
7260                 return false;
7261             }
7262             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
7263             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
7264             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
7265                 return false;
7266             }
7267             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
7268             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
7269             if ( ( p32.length != 0 ) ) {
7270                 return false;
7271             }
7272             final String p33_S = "A";
7273             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
7274             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
7275                 return false;
7276             }
7277             final String p34_S = "B;";
7278             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
7279             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
7280                 return false;
7281             }
7282             final String p35_S = "B:0.2";
7283             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
7284             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
7285                 return false;
7286             }
7287             final String p36_S = "(A)";
7288             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
7289             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
7290                 return false;
7291             }
7292             final String p37_S = "((A))";
7293             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
7294             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
7295                 return false;
7296             }
7297             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7298             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
7299             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
7300                 return false;
7301             }
7302             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7303             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
7304             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
7305                 return false;
7306             }
7307             final String p40_S = "(A,B,C)";
7308             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
7309             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
7310                 return false;
7311             }
7312             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
7313             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
7314             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
7315                 return false;
7316             }
7317             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
7318             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
7319             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
7320                 return false;
7321             }
7322             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
7323             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
7324             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
7325                 return false;
7326             }
7327             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
7328             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
7329             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
7330                 return false;
7331             }
7332             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
7333             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
7334             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
7335                 return false;
7336             }
7337             final String p46_S = "";
7338             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
7339             if ( p46.length != 0 ) {
7340                 return false;
7341             }
7342             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7343             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7344                 return false;
7345             }
7346             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7347             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7348                 return false;
7349             }
7350             final Phylogeny p49 = factory
7351                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
7352                              new NHXParser() )[ 0 ];
7353             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7354                 return false;
7355             }
7356             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7357             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
7358                 return false;
7359             }
7360             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7361                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
7362                 return false;
7363             }
7364             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
7365                 return false;
7366             }
7367             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
7368                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
7369                 return false;
7370             }
7371             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7372             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
7373                 return false;
7374             }
7375             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7376             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
7377                 return false;
7378             }
7379             final Phylogeny p53 = factory
7380                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
7381                              new NHXParser() )[ 0 ];
7382             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
7383                 return false;
7384             }
7385             //
7386             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7387             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
7388                 return false;
7389             }
7390             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7391                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
7392                 return false;
7393             }
7394         }
7395         catch ( final Exception e ) {
7396             e.printStackTrace( System.out );
7397             return false;
7398         }
7399         return true;
7400     }
7401
7402     private static boolean testNHParsingIter() {
7403         try {
7404             final String p0_str = "(A,B);";
7405             final NHXParser p = new NHXParser();
7406             p.setSource( p0_str );
7407             if ( !p.hasNext() ) {
7408                 return false;
7409             }
7410             final Phylogeny p0 = p.next();
7411             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
7412                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
7413                 return false;
7414             }
7415             if ( p.hasNext() ) {
7416                 return false;
7417             }
7418             if ( p.next() != null ) {
7419                 return false;
7420             }
7421             //
7422             final String p00_str = "(A,B)root;";
7423             p.setSource( p00_str );
7424             final Phylogeny p00 = p.next();
7425             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
7426                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
7427                 return false;
7428             }
7429             //
7430             final String p000_str = "A;";
7431             p.setSource( p000_str );
7432             final Phylogeny p000 = p.next();
7433             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
7434                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
7435                 return false;
7436             }
7437             //
7438             final String p0000_str = "A";
7439             p.setSource( p0000_str );
7440             final Phylogeny p0000 = p.next();
7441             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
7442                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
7443                 return false;
7444             }
7445             //
7446             p.setSource( "(A)" );
7447             final Phylogeny p00000 = p.next();
7448             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
7449                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
7450                 return false;
7451             }
7452             //
7453             final String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
7454             p.setSource( p1_str );
7455             if ( !p.hasNext() ) {
7456                 return false;
7457             }
7458             final Phylogeny p1_0 = p.next();
7459             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
7460                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
7461                 return false;
7462             }
7463             if ( !p.hasNext() ) {
7464                 return false;
7465             }
7466             final Phylogeny p1_1 = p.next();
7467             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7468                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
7469                 return false;
7470             }
7471             if ( !p.hasNext() ) {
7472                 return false;
7473             }
7474             final Phylogeny p1_2 = p.next();
7475             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
7476                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
7477                 return false;
7478             }
7479             if ( !p.hasNext() ) {
7480                 return false;
7481             }
7482             final Phylogeny p1_3 = p.next();
7483             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7484                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
7485                 return false;
7486             }
7487             if ( p.hasNext() ) {
7488                 return false;
7489             }
7490             if ( p.next() != null ) {
7491                 return false;
7492             }
7493             //
7494             final String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
7495             p.setSource( p2_str );
7496             if ( !p.hasNext() ) {
7497                 return false;
7498             }
7499             Phylogeny p2_0 = p.next();
7500             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7501                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7502                 return false;
7503             }
7504             if ( !p.hasNext() ) {
7505                 return false;
7506             }
7507             Phylogeny p2_1 = p.next();
7508             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7509                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7510                 return false;
7511             }
7512             if ( !p.hasNext() ) {
7513                 return false;
7514             }
7515             Phylogeny p2_2 = p.next();
7516             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
7517                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
7518                 return false;
7519             }
7520             if ( !p.hasNext() ) {
7521                 return false;
7522             }
7523             Phylogeny p2_3 = p.next();
7524             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7525                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
7526                 return false;
7527             }
7528             if ( !p.hasNext() ) {
7529                 return false;
7530             }
7531             Phylogeny p2_4 = p.next();
7532             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
7533                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
7534                 return false;
7535             }
7536             if ( p.hasNext() ) {
7537                 return false;
7538             }
7539             if ( p.next() != null ) {
7540                 return false;
7541             }
7542             ////
7543             p.reset();
7544             if ( !p.hasNext() ) {
7545                 return false;
7546             }
7547             p2_0 = p.next();
7548             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7549                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7550                 return false;
7551             }
7552             if ( !p.hasNext() ) {
7553                 return false;
7554             }
7555             p2_1 = p.next();
7556             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7557                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7558                 return false;
7559             }
7560             if ( !p.hasNext() ) {
7561                 return false;
7562             }
7563             p2_2 = p.next();
7564             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
7565                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
7566                 return false;
7567             }
7568             if ( !p.hasNext() ) {
7569                 return false;
7570             }
7571             p2_3 = p.next();
7572             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7573                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
7574                 return false;
7575             }
7576             if ( !p.hasNext() ) {
7577                 return false;
7578             }
7579             p2_4 = p.next();
7580             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
7581                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
7582                 return false;
7583             }
7584             if ( p.hasNext() ) {
7585                 return false;
7586             }
7587             if ( p.next() != null ) {
7588                 return false;
7589             }
7590             //
7591             final String p3_str = "((A,B),C)abc";
7592             p.setSource( p3_str );
7593             if ( !p.hasNext() ) {
7594                 return false;
7595             }
7596             final Phylogeny p3_0 = p.next();
7597             if ( !p3_0.toNewHampshire().equals( "((A,B),C)abc;" ) ) {
7598                 return false;
7599             }
7600             if ( p.hasNext() ) {
7601                 return false;
7602             }
7603             if ( p.next() != null ) {
7604                 return false;
7605             }
7606             //
7607             final String p4_str = "((A,B)ab,C)abc";
7608             p.setSource( p4_str );
7609             if ( !p.hasNext() ) {
7610                 return false;
7611             }
7612             final Phylogeny p4_0 = p.next();
7613             if ( !p4_0.toNewHampshire().equals( "((A,B)ab,C)abc;" ) ) {
7614                 return false;
7615             }
7616             if ( p.hasNext() ) {
7617                 return false;
7618             }
7619             if ( p.next() != null ) {
7620                 return false;
7621             }
7622             //
7623             final String p5_str = "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd";
7624             p.setSource( p5_str );
7625             if ( !p.hasNext() ) {
7626                 return false;
7627             }
7628             final Phylogeny p5_0 = p.next();
7629             if ( !p5_0.toNewHampshire().equals( "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd;" ) ) {
7630                 return false;
7631             }
7632             if ( p.hasNext() ) {
7633                 return false;
7634             }
7635             if ( p.next() != null ) {
7636                 return false;
7637             }
7638             //
7639             final String p6_str = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7640             p.setSource( p6_str );
7641             if ( !p.hasNext() ) {
7642                 return false;
7643             }
7644             Phylogeny p6_0 = p.next();
7645             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
7646                 return false;
7647             }
7648             if ( p.hasNext() ) {
7649                 return false;
7650             }
7651             if ( p.next() != null ) {
7652                 return false;
7653             }
7654             p.reset();
7655             if ( !p.hasNext() ) {
7656                 return false;
7657             }
7658             p6_0 = p.next();
7659             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
7660                 return false;
7661             }
7662             if ( p.hasNext() ) {
7663                 return false;
7664             }
7665             if ( p.next() != null ) {
7666                 return false;
7667             }
7668             //
7669             final String p7_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7670             p.setSource( p7_str );
7671             if ( !p.hasNext() ) {
7672                 return false;
7673             }
7674             Phylogeny p7_0 = p.next();
7675             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7676                 return false;
7677             }
7678             if ( p.hasNext() ) {
7679                 return false;
7680             }
7681             if ( p.next() != null ) {
7682                 return false;
7683             }
7684             p.reset();
7685             if ( !p.hasNext() ) {
7686                 return false;
7687             }
7688             p7_0 = p.next();
7689             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7690                 return false;
7691             }
7692             if ( p.hasNext() ) {
7693                 return false;
7694             }
7695             if ( p.next() != null ) {
7696                 return false;
7697             }
7698             //
7699             final String p8_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde ((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde";
7700             p.setSource( p8_str );
7701             if ( !p.hasNext() ) {
7702                 return false;
7703             }
7704             Phylogeny p8_0 = p.next();
7705             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7706                 return false;
7707             }
7708             if ( !p.hasNext() ) {
7709                 return false;
7710             }
7711             if ( !p.hasNext() ) {
7712                 return false;
7713             }
7714             Phylogeny p8_1 = p.next();
7715             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
7716                 return false;
7717             }
7718             if ( p.hasNext() ) {
7719                 return false;
7720             }
7721             if ( p.next() != null ) {
7722                 return false;
7723             }
7724             p.reset();
7725             if ( !p.hasNext() ) {
7726                 return false;
7727             }
7728             p8_0 = p.next();
7729             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7730                 return false;
7731             }
7732             if ( !p.hasNext() ) {
7733                 return false;
7734             }
7735             p8_1 = p.next();
7736             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
7737                 return false;
7738             }
7739             if ( p.hasNext() ) {
7740                 return false;
7741             }
7742             if ( p.next() != null ) {
7743                 return false;
7744             }
7745             p.reset();
7746             //
7747             p.setSource( "" );
7748             if ( p.hasNext() ) {
7749                 return false;
7750             }
7751             //
7752             p.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ) );
7753             if ( !p.hasNext() ) {
7754                 return false;
7755             }
7756             Phylogeny p_27 = p.next();
7757             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
7758                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
7759                 System.exit( -1 );
7760                 return false;
7761             }
7762             if ( p.hasNext() ) {
7763                 return false;
7764             }
7765             if ( p.next() != null ) {
7766                 return false;
7767             }
7768             p.reset();
7769             if ( !p.hasNext() ) {
7770                 return false;
7771             }
7772             p_27 = p.next();
7773             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
7774                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
7775                 System.exit( -1 );
7776                 return false;
7777             }
7778             if ( p.hasNext() ) {
7779                 return false;
7780             }
7781             if ( p.next() != null ) {
7782                 return false;
7783             }
7784         }
7785         catch ( final Exception e ) {
7786             e.printStackTrace( System.out );
7787             return false;
7788         }
7789         return true;
7790     }
7791
7792     private static boolean testNHXconversion() {
7793         try {
7794             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
7795             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
7796             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
7797             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
7798             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
7799                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1]" );
7800             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
7801                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
7802             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
7803                 return false;
7804             }
7805             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
7806                 return false;
7807             }
7808             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
7809                 return false;
7810             }
7811             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
7812                 return false;
7813             }
7814             if ( !n5.toNewHampshireX().equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:B=56]" ) ) {
7815                 return false;
7816             }
7817             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:B=100]" ) ) {
7818                 System.out.println( n6.toNewHampshireX() );
7819                 return false;
7820             }
7821         }
7822         catch ( final Exception e ) {
7823             e.printStackTrace( System.out );
7824             return false;
7825         }
7826         return true;
7827     }
7828
7829     private static boolean testNHXNodeParsing() {
7830         try {
7831             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
7832             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
7833             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
7834             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
7835             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
7836                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
7837             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
7838                 return false;
7839             }
7840             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
7841                 return false;
7842             }
7843             if ( n3.isDuplication() ) {
7844                 return false;
7845             }
7846             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
7847                 return false;
7848             }
7849             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
7850                 return false;
7851             }
7852             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
7853                 return false;
7854             }
7855             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
7856                 return false;
7857             }
7858             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
7859                 return false;
7860             }
7861             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
7862                 return false;
7863             }
7864             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
7865                 return false;
7866             }
7867             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
7868                 return false;
7869             }
7870             if ( !n5.isDuplication() ) {
7871                 return false;
7872             }
7873             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
7874                 return false;
7875             }
7876             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
7877                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2:0.01",
7878                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7879             if ( !n8.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
7880                 return false;
7881             }
7882             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7883                 return false;
7884             }
7885             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
7886                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-12:0.01",
7887                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7888             if ( !n9.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-12" ) ) {
7889                 return false;
7890             }
7891             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7892                 return false;
7893             }
7894             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
7895                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7896             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
7897                 return false;
7898             }
7899             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
7900                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7901             if ( !n20.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
7902                 return false;
7903             }
7904             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7905                 return false;
7906             }
7907             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
7908                     .createInstanceFromNhxString( "N20_ECOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
7909             if ( !n20x.getName().equals( "N20_ECOL1/1-2" ) ) {
7910                 return false;
7911             }
7912             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
7913                 return false;
7914             }
7915             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
7916                     .createInstanceFromNhxString( "N20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7917             if ( !n20xx.getName().equals( "N20_eCOL1/1-2" ) ) {
7918                 return false;
7919             }
7920             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
7921                 return false;
7922             }
7923             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
7924                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7925             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
7926                 return false;
7927             }
7928             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
7929                 return false;
7930             }
7931             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
7932                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7933             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
7934                 return false;
7935             }
7936             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
7937                 return false;
7938             }
7939             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
7940                     .createInstanceFromNhxString( "N21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
7941             if ( !n21.getName().equals( "N21_PIG" ) ) {
7942                 return false;
7943             }
7944             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
7945                 return false;
7946             }
7947             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
7948                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7949             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
7950                 return false;
7951             }
7952             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
7953                 return false;
7954             }
7955             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
7956                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7957             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
7958                 return false;
7959             }
7960             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
7961                 return false;
7962             }
7963             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
7964                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7965             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
7966                 return false;
7967             }
7968             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
7969                 return false;
7970             }
7971             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
7972                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7973             if ( !a.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
7974                 return false;
7975             }
7976             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
7977                 return false;
7978             }
7979             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
7980                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN/1000-2000",
7981                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
7982             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN/1000-2000" ) ) {
7983                 return false;
7984             }
7985             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
7986                 return false;
7987             }
7988             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
7989                     .createInstanceFromNhxString( "N10_Bovin_1/1000-2000",
7990                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7991             if ( !c2.getName().equals( "N10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
7992                 return false;
7993             }
7994             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).length() > 0 ) {
7995                 return false;
7996             }
7997             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
7998                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
7999             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
8000                 return false;
8001             }
8002             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
8003                 return false;
8004             }
8005             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
8006                     .createInstanceFromNhxString( "N111111_ECOLI/1-2:0.4",
8007                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8008             if ( !n11.getName().equals( "N111111_ECOLI/1-2" ) ) {
8009                 return false;
8010             }
8011             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8012                 return false;
8013             }
8014             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8015                 return false;
8016             }
8017             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
8018                     .createInstanceFromNhxString( "N111111-ECOLI---/jdj:0.4",
8019                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8020             if ( !n12.getName().equals( "N111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
8021                 return false;
8022             }
8023             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8024                 return false;
8025             }
8026             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
8027                 return false;
8028             }
8029             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
8030                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_MOUSE", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8031             if ( !o.getName().equals( "ABCD_MOUSE" ) ) {
8032                 return false;
8033             }
8034             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
8035                 return false;
8036             }
8037             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8038                 return false;
8039             }
8040             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8041                 return false;
8042             }
8043             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8044                 return false;
8045             }
8046             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8047                 return false;
8048             }
8049             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8050                 return false;
8051             }
8052             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8053                 return false;
8054             }
8055             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
8056                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
8057             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
8058                 return false;
8059             }
8060             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
8061                 return false;
8062             }
8063             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
8064             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
8065                 return false;
8066             }
8067             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
8068                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8069             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
8070                 return false;
8071             }
8072             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
8073                 return false;
8074             }
8075             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8076                 return false;
8077             }
8078             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8079                 return false;
8080             }
8081             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
8082                     .createInstanceFromNhxString( "BLA1_9QX45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8083             if ( !n14.getName().equals( "BLA1_9QX45/1-2" ) ) {
8084                 return false;
8085             }
8086             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "9QX45" ) ) {
8087                 return false;
8088             }
8089             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
8090                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
8091                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8092             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
8093                 return false;
8094             }
8095             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8096                 return false;
8097             }
8098             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
8099                 return false;
8100             }
8101             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
8102                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
8103                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8104             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
8105                 return false;
8106             }
8107             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8108                 return false;
8109             }
8110             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
8111                 return false;
8112             }
8113             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
8114                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
8115                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8116             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
8117                 return false;
8118             }
8119             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
8120                 return false;
8121             }
8122             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
8123                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8124             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
8125                 return false;
8126             }
8127             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8128                 return false;
8129             }
8130             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
8131                 return false;
8132             }
8133             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode
8134                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1-roejojoej", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8135             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
8136                 return false;
8137             }
8138             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8139                 return false;
8140             }
8141             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode
8142                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1234567-roejojoej",
8143                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8144             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
8145                 return false;
8146             }
8147             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8148                 return false;
8149             }
8150             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode
8151                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345678-roejojoej",
8152                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8153             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8154                 return false;
8155             }
8156             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode
8157                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8158             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8159                 return false;
8160             }
8161             final PhylogenyNode n40 = PhylogenyNode
8162                     .createInstanceFromNhxString( "bcl2_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8163             if ( !n40.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8164                 return false;
8165             }
8166             final PhylogenyNode n41 = PhylogenyNode
8167                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8168             if ( n41.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8169                 return false;
8170             }
8171             final PhylogenyNode n42 = PhylogenyNode
8172                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8173             if ( n42.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8174                 return false;
8175             }
8176             final PhylogenyNode n43 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345",
8177                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
8178             if ( n43.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8179                 return false;
8180             }
8181             final PhylogenyNode n44 = PhylogenyNode
8182                     .createInstanceFromNhxString( "12345~1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8183             if ( n44.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8184                 return false;
8185             }
8186         }
8187         catch ( final Exception e ) {
8188             e.printStackTrace( System.out );
8189             return false;
8190         }
8191         return true;
8192     }
8193
8194     private static boolean testNHXParsing() {
8195         try {
8196             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8197             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
8198             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
8199                 return false;
8200             }
8201             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
8202             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
8203             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8204                 return false;
8205             }
8206             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
8207             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
8208             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
8209                 return false;
8210             }
8211             final Phylogeny[] p3 = factory
8212                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
8213                              new NHXParser() );
8214             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8215                 return false;
8216             }
8217             final Phylogeny[] p4 = factory
8218                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
8219                              new NHXParser() );
8220             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8221                 return false;
8222             }
8223             final Phylogeny[] p5 = factory
8224                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
8225                              new NHXParser() );
8226             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8227                 return false;
8228             }
8229             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8230             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8231             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
8232             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
8233                 return false;
8234             }
8235             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8236             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8237             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
8238             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
8239                 return false;
8240             }
8241             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
8242             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
8243             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
8244             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
8245                 return false;
8246             }
8247             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
8248             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8249                 return false;
8250             }
8251             final Phylogeny p10 = factory
8252                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
8253                              new NHXParser() )[ 0 ];
8254             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8255                 return false;
8256             }
8257         }
8258         catch ( final Exception e ) {
8259             e.printStackTrace( System.out );
8260             return false;
8261         }
8262         return true;
8263     }
8264
8265     private static boolean testNHXParsingMB() {
8266         try {
8267             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8268             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
8269                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8270                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8271                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8272                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8273                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8274                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8275                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8276                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
8277             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
8278                 return false;
8279             }
8280             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
8281                 return false;
8282             }
8283             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
8284                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
8285                 return false;
8286             }
8287             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
8288                 return false;
8289             }
8290             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
8291                 return false;
8292             }
8293             final Phylogeny p2 = factory
8294                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
8295                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8296                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8297                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8298                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8299                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8300                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8301                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8302                                      + "7.369400000000000e-02}])",
8303                              new NHXParser() )[ 0 ];
8304             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
8305                 return false;
8306             }
8307             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
8308                 return false;
8309             }
8310         }
8311         catch ( final Exception e ) {
8312             e.printStackTrace( System.out );
8313             System.exit( -1 );
8314             return false;
8315         }
8316         return true;
8317     }
8318
8319     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
8320         try {
8321             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8322             final NHXParser p = new NHXParser();
8323             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
8324             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
8325                 return false;
8326             }
8327             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
8328             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
8329                 return false;
8330             }
8331             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
8332                 return false;
8333             }
8334             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
8335                 return false;
8336             }
8337             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
8338                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
8339                 return false;
8340             }
8341             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
8342                 return false;
8343             }
8344             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
8345                 return false;
8346             }
8347             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
8348                 return false;
8349             }
8350             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
8351                 return false;
8352             }
8353             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
8354                 return false;
8355             }
8356             final NHXParser p1p = new NHXParser();
8357             p1p.setIgnoreQuotes( true );
8358             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
8359             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8360                 return false;
8361             }
8362             final NHXParser p2p = new NHXParser();
8363             p1p.setIgnoreQuotes( false );
8364             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
8365             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8366                 return false;
8367             }
8368             final NHXParser p3p = new NHXParser();
8369             p3p.setIgnoreQuotes( false );
8370             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
8371             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
8372                 return false;
8373             }
8374             final NHXParser p4p = new NHXParser();
8375             p4p.setIgnoreQuotes( false );
8376             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
8377             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
8378                 return false;
8379             }
8380             final Phylogeny p10 = factory
8381                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
8382                              new NHXParser() )[ 0 ];
8383             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8384             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8385                 return false;
8386             }
8387             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8388             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8389                 return false;
8390             }
8391             //
8392             final Phylogeny p12 = factory
8393                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
8394                              new NHXParser() )[ 0 ];
8395             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8396             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8397                 return false;
8398             }
8399             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8400             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8401                 return false;
8402             }
8403             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
8404             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8405                 return false;
8406             }
8407             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
8408             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8409                 return false;
8410             }
8411         }
8412         catch ( final Exception e ) {
8413             e.printStackTrace( System.out );
8414             return false;
8415         }
8416         return true;
8417     }
8418
8419     private static boolean testNodeRemoval() {
8420         try {
8421             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8422             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
8423             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
8424             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
8425                 return false;
8426             }
8427             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
8428             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
8429             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
8430                 return false;
8431             }
8432             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
8433             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
8434             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
8435                 return false;
8436             }
8437         }
8438         catch ( final Exception e ) {
8439             e.printStackTrace( System.out );
8440             return false;
8441         }
8442         return true;
8443     }
8444
8445     private static boolean testPhylogenyBranch() {
8446         try {
8447             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
8448             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
8449             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
8450             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
8451             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
8452                 return false;
8453             }
8454             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
8455                 return false;
8456             }
8457             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
8458                 return false;
8459             }
8460             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
8461             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
8462             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
8463             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
8464                 return false;
8465             }
8466             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
8467                 return false;
8468             }
8469             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
8470             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
8471                 return false;
8472             }
8473             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
8474                 return false;
8475             }
8476             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
8477                 return false;
8478             }
8479         }
8480         catch ( final Exception e ) {
8481             e.printStackTrace( System.out );
8482             return false;
8483         }
8484         return true;
8485     }
8486
8487     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
8488         try {
8489             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8490             PhyloXmlParser xml_parser = null;
8491             try {
8492                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
8493             }
8494             catch ( final Exception e ) {
8495                 // Do nothing -- means were not running from jar.
8496             }
8497             if ( xml_parser == null ) {
8498                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
8499                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
8500                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
8501                 }
8502                 else {
8503                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
8504                 }
8505             }
8506             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
8507                                                               xml_parser );
8508             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
8509                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
8510                 return false;
8511             }
8512             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
8513                 return false;
8514             }
8515             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
8516             PhylogenyNode n = null;
8517             Distribution d = null;
8518             n = t1.getNode( "root node" );
8519             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8520                 return false;
8521             }
8522             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8523                 return false;
8524             }
8525             d = n.getNodeData().getDistribution();
8526             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
8527                 return false;
8528             }
8529             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8530                 return false;
8531             }
8532             if ( d.getPolygons() != null ) {
8533                 return false;
8534             }
8535             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
8536                 return false;
8537             }
8538             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8539                 return false;
8540             }
8541             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8542                 return false;
8543             }
8544             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
8545                 return false;
8546             }
8547             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
8548                 return false;
8549             }
8550             n = t1.getNode( "node a" );
8551             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8552                 return false;
8553             }
8554             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
8555                 return false;
8556             }
8557             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
8558             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
8559                 return false;
8560             }
8561             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8562                 return false;
8563             }
8564             if ( d.getPolygons() != null ) {
8565                 return false;
8566             }
8567             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
8568                 return false;
8569             }
8570             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8571                 return false;
8572             }
8573             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8574                 return false;
8575             }
8576             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
8577                 return false;
8578             }
8579             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
8580                 return false;
8581             }
8582             n = t1.getNode( "node bb" );
8583             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8584                 return false;
8585             }
8586             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8587                 return false;
8588             }
8589             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
8590             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
8591                 return false;
8592             }
8593             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
8594                 return false;
8595             }
8596             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
8597                 return false;
8598             }
8599             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
8600                 return false;
8601             }
8602             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
8603                 return false;
8604             }
8605             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
8606                 return false;
8607             }
8608             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
8609                 return false;
8610             }
8611             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
8612                 return false;
8613             }
8614             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
8615             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8616                 return false;
8617             }
8618             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
8619                 return false;
8620             }
8621             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
8622                 return false;
8623             }
8624             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8625                 return false;
8626             }
8627             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
8628                 return false;
8629             }
8630             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
8631                 return false;
8632             }
8633             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
8634                 return false;
8635             }
8636             p = d.getPolygons().get( 1 );
8637             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8638                 return false;
8639             }
8640             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
8641                 return false;
8642             }
8643             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
8644                 return false;
8645             }
8646             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8647                 return false;
8648             }
8649             // Roundtrip:
8650             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
8651             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
8652             if ( rt.length != 1 ) {
8653                 return false;
8654             }
8655             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
8656             n = t1_rt.getNode( "root node" );
8657             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8658                 return false;
8659             }
8660             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8661                 return false;
8662             }
8663             d = n.getNodeData().getDistribution();
8664             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
8665                 return false;
8666             }
8667             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8668                 return false;
8669             }
8670             if ( d.getPolygons() != null ) {
8671                 return false;
8672             }
8673             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
8674                 return false;
8675             }
8676             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8677                 return false;
8678             }
8679             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8680                 return false;
8681             }
8682             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
8683                 return false;
8684             }
8685             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
8686                 return false;
8687             }
8688             n = t1_rt.getNode( "node a" );
8689             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8690                 return false;
8691             }
8692             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
8693                 return false;
8694             }
8695             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
8696             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
8697                 return false;
8698             }
8699             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8700                 return false;
8701             }
8702             if ( d.getPolygons() != null ) {
8703                 return false;
8704             }
8705             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
8706                 return false;
8707             }
8708             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8709                 return false;
8710             }
8711             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8712                 return false;
8713             }
8714             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
8715                 return false;
8716             }
8717             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
8718                 return false;
8719             }
8720             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
8721             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8722                 return false;
8723             }
8724             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8725                 return false;
8726             }
8727             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
8728             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
8729                 return false;
8730             }
8731             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
8732                 return false;
8733             }
8734             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
8735                 return false;
8736             }
8737             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
8738                 return false;
8739             }
8740             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
8741                 return false;
8742             }
8743             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
8744                 return false;
8745             }
8746             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
8747                 return false;
8748             }
8749             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
8750                 return false;
8751             }
8752             p = d.getPolygons().get( 0 );
8753             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8754                 return false;
8755             }
8756             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
8757                 return false;
8758             }
8759             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
8760                 return false;
8761             }
8762             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8763                 return false;
8764             }
8765             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
8766                 return false;
8767             }
8768             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
8769                 return false;
8770             }
8771             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
8772                 return false;
8773             }
8774             p = d.getPolygons().get( 1 );
8775             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8776                 return false;
8777             }
8778             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
8779                 return false;
8780             }
8781             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
8782                 return false;
8783             }
8784             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8785                 return false;
8786             }
8787         }
8788         catch ( final Exception e ) {
8789             e.printStackTrace( System.out );
8790             return false;
8791         }
8792         return true;
8793     }
8794
8795     private static boolean testPostOrderIterator() {
8796         try {
8797             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8798             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8799             PhylogenyNodeIterator it0;
8800             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
8801                 it0.next();
8802             }
8803             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
8804                 it0.next();
8805             }
8806             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8807             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
8808             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8809                 return false;
8810             }
8811             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8812                 return false;
8813             }
8814             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8815                 return false;
8816             }
8817             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8818                 return false;
8819             }
8820             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8821                 return false;
8822             }
8823             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8824                 return false;
8825             }
8826             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
8827                 return false;
8828             }
8829             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
8830                 return false;
8831             }
8832             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
8833                 return false;
8834             }
8835             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
8836                 return false;
8837             }
8838             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
8839                 return false;
8840             }
8841             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
8842                 return false;
8843             }
8844             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
8845                 return false;
8846             }
8847             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
8848                 return false;
8849             }
8850             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8851                 return false;
8852             }
8853             if ( it.hasNext() ) {
8854                 return false;
8855             }
8856         }
8857         catch ( final Exception e ) {
8858             e.printStackTrace( System.out );
8859             return false;
8860         }
8861         return true;
8862     }
8863
8864     private static boolean testPreOrderIterator() {
8865         try {
8866             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8867             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8868             PhylogenyNodeIterator it0;
8869             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
8870                 it0.next();
8871             }
8872             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
8873                 it0.next();
8874             }
8875             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
8876             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8877                 return false;
8878             }
8879             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8880                 return false;
8881             }
8882             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8883                 return false;
8884             }
8885             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8886                 return false;
8887             }
8888             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8889                 return false;
8890             }
8891             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8892                 return false;
8893             }
8894             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8895                 return false;
8896             }
8897             if ( it.hasNext() ) {
8898                 return false;
8899             }
8900             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8901             it = t1.iteratorPreorder();
8902             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8903                 return false;
8904             }
8905             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
8906                 return false;
8907             }
8908             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8909                 return false;
8910             }
8911             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8912                 return false;
8913             }
8914             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8915                 return false;
8916             }
8917             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8918                 return false;
8919             }
8920             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8921                 return false;
8922             }
8923             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8924                 return false;
8925             }
8926             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
8927                 return false;
8928             }
8929             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
8930                 return false;
8931             }
8932             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
8933                 return false;
8934             }
8935             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
8936                 return false;
8937             }
8938             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
8939                 return false;
8940             }
8941             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
8942                 return false;
8943             }
8944             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
8945                 return false;
8946             }
8947             if ( it.hasNext() ) {
8948                 return false;
8949             }
8950         }
8951         catch ( final Exception e ) {
8952             e.printStackTrace( System.out );
8953             return false;
8954         }
8955         return true;
8956     }
8957
8958     private static boolean testPropertiesMap() {
8959         try {
8960             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
8961             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
8962             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
8963             final Property p2 = new Property( "something:else",
8964                                               "?",
8965                                               "improbable:research",
8966                                               "xsd:decimal",
8967                                               AppliesTo.NODE );
8968             pm.addProperty( p0 );
8969             pm.addProperty( p1 );
8970             pm.addProperty( p2 );
8971             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
8972                 return false;
8973             }
8974             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
8975                 return false;
8976             }
8977             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
8978                 return false;
8979             }
8980             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
8981                 return false;
8982             }
8983             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
8984                 return false;
8985             }
8986             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
8987                 return false;
8988             }
8989             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
8990             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
8991                 return false;
8992             }
8993             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
8994                 return false;
8995             }
8996             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
8997                 return false;
8998             }
8999         }
9000         catch ( final Exception e ) {
9001             e.printStackTrace( System.out );
9002             return false;
9003         }
9004         return true;
9005     }
9006
9007     private static boolean testProteinId() {
9008         try {
9009             final ProteinId id1 = new ProteinId( "a" );
9010             final ProteinId id2 = new ProteinId( "a" );
9011             final ProteinId id3 = new ProteinId( "A" );
9012             final ProteinId id4 = new ProteinId( "b" );
9013             if ( !id1.equals( id1 ) ) {
9014                 return false;
9015             }
9016             if ( id1.getId().equals( "x" ) ) {
9017                 return false;
9018             }
9019             if ( id1.getId().equals( null ) ) {
9020                 return false;
9021             }
9022             if ( !id1.equals( id2 ) ) {
9023                 return false;
9024             }
9025             if ( id1.equals( id3 ) ) {
9026                 return false;
9027             }
9028             if ( id1.hashCode() != id1.hashCode() ) {
9029                 return false;
9030             }
9031             if ( id1.hashCode() != id2.hashCode() ) {
9032                 return false;
9033             }
9034             if ( id1.hashCode() == id3.hashCode() ) {
9035                 return false;
9036             }
9037             if ( id1.compareTo( id1 ) != 0 ) {
9038                 return false;
9039             }
9040             if ( id1.compareTo( id2 ) != 0 ) {
9041                 return false;
9042             }
9043             if ( id1.compareTo( id3 ) != 0 ) {
9044                 return false;
9045             }
9046             if ( id1.compareTo( id4 ) >= 0 ) {
9047                 return false;
9048             }
9049             if ( id4.compareTo( id1 ) <= 0 ) {
9050                 return false;
9051             }
9052             if ( !id4.getId().equals( "b" ) ) {
9053                 return false;
9054             }
9055             final ProteinId id5 = new ProteinId( " C " );
9056             if ( !id5.getId().equals( "C" ) ) {
9057                 return false;
9058             }
9059             if ( id5.equals( id1 ) ) {
9060                 return false;
9061             }
9062         }
9063         catch ( final Exception e ) {
9064             e.printStackTrace( System.out );
9065             return false;
9066         }
9067         return true;
9068     }
9069
9070     private static boolean testReIdMethods() {
9071         try {
9072             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9073             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9074             final long count = PhylogenyNode.getNodeCount();
9075             p.levelOrderReID();
9076             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
9077                 return false;
9078             }
9079             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9080                 return false;
9081             }
9082             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9083                 return false;
9084             }
9085             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9086                 return false;
9087             }
9088             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9089                 return false;
9090             }
9091             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9092                 return false;
9093             }
9094             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9095                 return false;
9096             }
9097             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9098                 return false;
9099             }
9100             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9101                 return false;
9102             }
9103             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9104                 return false;
9105             }
9106             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9107                 return false;
9108             }
9109             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9110                 return false;
9111             }
9112             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9113                 return false;
9114             }
9115             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9116                 return false;
9117             }
9118             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9119                 return false;
9120             }
9121         }
9122         catch ( final Exception e ) {
9123             e.printStackTrace( System.out );
9124             return false;
9125         }
9126         return true;
9127     }
9128
9129     private static boolean testRerooting() {
9130         try {
9131             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9132             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
9133                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9134             if ( !t1.isRooted() ) {
9135                 return false;
9136             }
9137             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9138             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9139             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9140             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9141             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9142             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9143             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9144             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9145             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9146             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9147             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9148             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9149             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9150             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9151             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9152             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9153             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9154             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9155             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9156             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9157             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9158             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9159             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9160             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9161             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9162             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9163             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9164             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9165             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
9166                 return false;
9167             }
9168             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
9169                 return false;
9170             }
9171             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
9172                 return false;
9173             }
9174             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9175                 return false;
9176             }
9177             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9178                 return false;
9179             }
9180             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
9181                 return false;
9182             }
9183             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
9184                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9185             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9186             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9187             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9188             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9189             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9190             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9191             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9192             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9193             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9194             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9195             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9196             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9197             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9198             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9199             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9200             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9201             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9202             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9203             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9204             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9205             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9206             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9207             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9208             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9209             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9210             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9211             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9212             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9213             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9214             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9215             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9216             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9217             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9218             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9219             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9220             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9221             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9222             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9223             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9224             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9225             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9226             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9227             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9228             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9229             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9230             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9231                 return false;
9232             }
9233             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9234                 return false;
9235             }
9236             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9237             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9238                 return false;
9239             }
9240             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9241                 return false;
9242             }
9243             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9244             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9245                 return false;
9246             }
9247             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9248                 return false;
9249             }
9250             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9251                 return false;
9252             }
9253             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9254             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9255                 return false;
9256             }
9257             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9258                 return false;
9259             }
9260             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9261                 return false;
9262             }
9263             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9264             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9265                 return false;
9266             }
9267             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9268                 return false;
9269             }
9270             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9271             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9272                 return false;
9273             }
9274             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9275                 return false;
9276             }
9277             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
9278                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9279             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9280             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9281                 return false;
9282             }
9283             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9284                 return false;
9285             }
9286             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9287                 return false;
9288             }
9289             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9290             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9291                 return false;
9292             }
9293             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9294                 return false;
9295             }
9296             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9297                 return false;
9298             }
9299             t3.reRoot( t3.getRoot() );
9300             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9301                 return false;
9302             }
9303             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9304                 return false;
9305             }
9306             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9307                 return false;
9308             }
9309         }
9310         catch ( final Exception e ) {
9311             e.printStackTrace( System.out );
9312             return false;
9313         }
9314         return true;
9315     }
9316
9317     private static boolean testSDIse() {
9318         try {
9319             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9320             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
9321             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
9322             gene1.setRooted( true );
9323             species1.setRooted( true );
9324             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
9325             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
9326                 return false;
9327             }
9328             final Phylogeny species2 = factory
9329                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9330                              new NHXParser() )[ 0 ];
9331             final Phylogeny gene2 = factory
9332                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9333                              new NHXParser() )[ 0 ];
9334             species2.setRooted( true );
9335             gene2.setRooted( true );
9336             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
9337             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9338                 return false;
9339             }
9340             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
9341                 return false;
9342             }
9343             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
9344                 return false;
9345             }
9346             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
9347                 return false;
9348             }
9349             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
9350                 return false;
9351             }
9352             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
9353                 return false;
9354             }
9355             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
9356                 return false;
9357             }
9358             final Phylogeny species3 = factory
9359                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9360                              new NHXParser() )[ 0 ];
9361             final Phylogeny gene3 = factory
9362                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9363                              new NHXParser() )[ 0 ];
9364             species3.setRooted( true );
9365             gene3.setRooted( true );
9366             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
9367             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9368                 return false;
9369             }
9370             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
9371                 return false;
9372             }
9373             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
9374                 return false;
9375             }
9376             final Phylogeny species4 = factory
9377                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9378                              new NHXParser() )[ 0 ];
9379             final Phylogeny gene4 = factory
9380                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9381                              new NHXParser() )[ 0 ];
9382             species4.setRooted( true );
9383             gene4.setRooted( true );
9384             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
9385             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9386                 return false;
9387             }
9388             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
9389                 return false;
9390             }
9391             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
9392                 return false;
9393             }
9394             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9395                 return false;
9396             }
9397             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9398                 return false;
9399             }
9400             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9401                 return false;
9402             }
9403             final Phylogeny species5 = factory
9404                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9405                              new NHXParser() )[ 0 ];
9406             final Phylogeny gene5 = factory
9407                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9408                              new NHXParser() )[ 0 ];
9409             species5.setRooted( true );
9410             gene5.setRooted( true );
9411             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
9412             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
9413                 return false;
9414             }
9415             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
9416                 return false;
9417             }
9418             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
9419                 return false;
9420             }
9421             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9422                 return false;
9423             }
9424             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9425                 return false;
9426             }
9427             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9428                 return false;
9429             }
9430             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
9431             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
9432             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
9433             final Phylogeny species6 = factory
9434                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9435                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9436                              new NHXParser() )[ 0 ];
9437             final Phylogeny gene6 = factory
9438                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
9439                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
9440                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
9441                              new NHXParser() )[ 0 ];
9442             species6.setRooted( true );
9443             gene6.setRooted( true );
9444             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
9445             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
9446                 return false;
9447             }
9448             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
9449                 return false;
9450             }
9451             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9452                 return false;
9453             }
9454             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9455                 return false;
9456             }
9457             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
9458                 return false;
9459             }
9460             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
9461                 return false;
9462             }
9463             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
9464                 return false;
9465             }
9466             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
9467                 return false;
9468             }
9469             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
9470                 return false;
9471             }
9472             sdi6.computeMappingCostL();
9473             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
9474                 return false;
9475             }
9476             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9477                 return false;
9478             }
9479             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9480                 return false;
9481             }
9482             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
9483                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
9484                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
9485                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
9486                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
9487             species7.setRooted( true );
9488             final Phylogeny gene7_1 = Test
9489                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
9490             gene7_1.setRooted( true );
9491             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
9492             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9493                 return false;
9494             }
9495             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
9496                 return false;
9497             }
9498             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
9499                 return false;
9500             }
9501             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
9502                 return false;
9503             }
9504             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
9505                 return false;
9506             }
9507             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
9508                 return false;
9509             }
9510             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
9511                 return false;
9512             }
9513             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
9514                 return false;
9515             }
9516             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
9517                 return false;
9518             }
9519             final Phylogeny gene7_2 = Test
9520                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
9521             gene7_2.setRooted( true );
9522             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
9523             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9524                 return false;
9525             }
9526             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
9527                 return false;
9528             }
9529             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
9530                 return false;
9531             }
9532             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
9533                 return false;
9534             }
9535             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
9536                 return false;
9537             }
9538             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
9539                 return false;
9540             }
9541             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
9542                 return false;
9543             }
9544             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
9545                 return false;
9546             }
9547             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
9548                 return false;
9549             }
9550             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
9551                 return false;
9552             }
9553         }
9554         catch ( final Exception e ) {
9555             return false;
9556         }
9557         return true;
9558     }
9559
9560     private static boolean testSDIunrooted() {
9561         try {
9562             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9563             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
9564             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
9565             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
9566             PhylogenyBranch br = iter.next();
9567             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
9568                 return false;
9569             }
9570             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
9571                 return false;
9572             }
9573             br = iter.next();
9574             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9575                 return false;
9576             }
9577             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9578                 return false;
9579             }
9580             br = iter.next();
9581             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
9582                 return false;
9583             }
9584             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
9585                 return false;
9586             }
9587             br = iter.next();
9588             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9589                 return false;
9590             }
9591             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9592                 return false;
9593             }
9594             br = iter.next();
9595             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9596                 return false;
9597             }
9598             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9599                 return false;
9600             }
9601             br = iter.next();
9602             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9603                 return false;
9604             }
9605             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9606                 return false;
9607             }
9608             br = iter.next();
9609             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9610                 return false;
9611             }
9612             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9613                 return false;
9614             }
9615             br = iter.next();
9616             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9617                 return false;
9618             }
9619             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9620                 return false;
9621             }
9622             br = iter.next();
9623             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9624                 return false;
9625             }
9626             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9627                 return false;
9628             }
9629             br = iter.next();
9630             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9631                 return false;
9632             }
9633             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9634                 return false;
9635             }
9636             br = iter.next();
9637             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9638                 return false;
9639             }
9640             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9641                 return false;
9642             }
9643             br = iter.next();
9644             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
9645                 return false;
9646             }
9647             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
9648                 return false;
9649             }
9650             br = iter.next();
9651             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9652                 return false;
9653             }
9654             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9655                 return false;
9656             }
9657             br = iter.next();
9658             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
9659                 return false;
9660             }
9661             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
9662                 return false;
9663             }
9664             br = iter.next();
9665             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
9666                 return false;
9667             }
9668             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
9669                 return false;
9670             }
9671             if ( iter.hasNext() ) {
9672                 return false;
9673             }
9674             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
9675             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
9676             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
9677             br = iter1.next();
9678             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
9679                 return false;
9680             }
9681             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
9682                 return false;
9683             }
9684             br = iter1.next();
9685             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9686                 return false;
9687             }
9688             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9689                 return false;
9690             }
9691             br = iter1.next();
9692             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9693                 return false;
9694             }
9695             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9696                 return false;
9697             }
9698             if ( iter1.hasNext() ) {
9699                 return false;
9700             }
9701             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
9702             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
9703             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
9704             br = iter2.next();
9705             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
9706                 return false;
9707             }
9708             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
9709                 return false;
9710             }
9711             br = iter2.next();
9712             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9713                 return false;
9714             }
9715             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9716                 return false;
9717             }
9718             br = iter2.next();
9719             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9720                 return false;
9721             }
9722             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9723                 return false;
9724             }
9725             if ( iter2.hasNext() ) {
9726                 return false;
9727             }
9728             final Phylogeny species0 = factory
9729                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9730                              new NHXParser() )[ 0 ];
9731             final Phylogeny gene1 = factory
9732                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
9733                              new NHXParser() )[ 0 ];
9734             species0.setRooted( true );
9735             gene1.setRooted( true );
9736             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
9737             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
9738             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9739                 return false;
9740             }
9741             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
9742                 return false;
9743             }
9744             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
9745                 return false;
9746             }
9747             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
9748                 return false;
9749             }
9750             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9751                 return false;
9752             }
9753             final Phylogeny gene2 = factory
9754                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
9755                              new NHXParser() )[ 0 ];
9756             gene2.setRooted( true );
9757             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
9758             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9759                 return false;
9760             }
9761             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9762                 return false;
9763             }
9764             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9765                 return false;
9766             }
9767             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
9768                 return false;
9769             }
9770             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9771                 return false;
9772             }
9773             final Phylogeny species6 = factory
9774                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9775                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9776                              new NHXParser() )[ 0 ];
9777             final Phylogeny gene6 = factory
9778                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9779                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9780                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9781                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9782                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9783                              new NHXParser() )[ 0 ];
9784             species6.setRooted( true );
9785             gene6.setRooted( true );
9786             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
9787             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9788                 return false;
9789             }
9790             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9791                 return false;
9792             }
9793             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9794                 return false;
9795             }
9796             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9797                 return false;
9798             }
9799             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9800                 return false;
9801             }
9802             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9803                 return false;
9804             }
9805             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9806                 return false;
9807             }
9808             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9809                 return false;
9810             }
9811             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9812                 return false;
9813             }
9814             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9815                 return false;
9816             }
9817             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9818                 return false;
9819             }
9820             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9821                 return false;
9822             }
9823             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9824                 return false;
9825             }
9826             p6 = null;
9827             final Phylogeny species7 = factory
9828                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9829                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9830                              new NHXParser() )[ 0 ];
9831             final Phylogeny gene7 = factory
9832                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9833                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9834                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9835                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9836                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9837                              new NHXParser() )[ 0 ];
9838             species7.setRooted( true );
9839             gene7.setRooted( true );
9840             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
9841             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9842                 return false;
9843             }
9844             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9845                 return false;
9846             }
9847             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9848                 return false;
9849             }
9850             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9851                 return false;
9852             }
9853             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
9854                 return false;
9855             }
9856             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9857                 return false;
9858             }
9859             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9860                 return false;
9861             }
9862             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9863                 return false;
9864             }
9865             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9866                 return false;
9867             }
9868             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9869                 return false;
9870             }
9871             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9872                 return false;
9873             }
9874             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9875                 return false;
9876             }
9877             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9878                 return false;
9879             }
9880             p7 = null;
9881             final Phylogeny species8 = factory
9882                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9883                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9884                              new NHXParser() )[ 0 ];
9885             final Phylogeny gene8 = factory
9886                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9887                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9888                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9889                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9890                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9891                              new NHXParser() )[ 0 ];
9892             species8.setRooted( true );
9893             gene8.setRooted( true );
9894             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
9895             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9896                 return false;
9897             }
9898             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9899                 return false;
9900             }
9901             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9902                 return false;
9903             }
9904             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9905                 return false;
9906             }
9907             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9908                 return false;
9909             }
9910             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9911                 return false;
9912             }
9913             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9914                 return false;
9915             }
9916             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9917                 return false;
9918             }
9919             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9920                 return false;
9921             }
9922             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9923                 return false;
9924             }
9925             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9926                 return false;
9927             }
9928             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9929                 return false;
9930             }
9931             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9932                 return false;
9933             }
9934             p8 = null;
9935         }
9936         catch ( final Exception e ) {
9937             e.printStackTrace( System.out );
9938             return false;
9939         }
9940         return true;
9941     }
9942
9943     private static boolean testSequenceIdParsing() {
9944         try {
9945             Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
9946             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
9947                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
9948                 if ( id != null ) {
9949                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9950                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
9951                 }
9952                 return false;
9953             }
9954             //
9955             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms|gb_ADF31344" );
9956             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
9957                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
9958                 if ( id != null ) {
9959                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9960                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
9961                 }
9962                 return false;
9963             }
9964             //
9965             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
9966             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
9967                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
9968                 if ( id != null ) {
9969                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9970                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
9971                 }
9972                 return false;
9973             }
9974             //
9975             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_AAA96518_1" );
9976             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
9977                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
9978                 if ( id != null ) {
9979                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9980                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
9981                 }
9982                 return false;
9983             }
9984             //
9985             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
9986             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
9987                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
9988                 if ( id != null ) {
9989                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9990                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
9991                 }
9992                 return false;
9993             }
9994             //
9995             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
9996             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
9997                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
9998                 if ( id != null ) {
9999                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10000                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10001                 }
10002                 return false;
10003             }
10004             //
10005             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "emb_CAA73223_1_primates_" );
10006             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10007                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10008                 if ( id != null ) {
10009                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10010                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10011                 }
10012                 return false;
10013             }
10014             //
10015             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites|ref_XP_002434188_1" );
10016             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10017                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10018                 if ( id != null ) {
10019                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10020                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10021                 }
10022                 return false;
10023             }
10024             //
10025             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
10026             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10027                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10028                 if ( id != null ) {
10029                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10030                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10031                 }
10032                 return false;
10033             }
10034             //
10035             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "P4A123" );
10036             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10037                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getSource().equals( "uniprot" ) ) {
10038                 if ( id != null ) {
10039                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10040                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10041                 }
10042                 return false;
10043             }
10044             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "XP_12345" );
10045             if ( id != null ) {
10046                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10047                 System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10048                 return false;
10049             }
10050         }
10051         catch ( final Exception e ) {
10052             e.printStackTrace( System.out );
10053             return false;
10054         }
10055         return true;
10056     }
10057
10058     private static boolean testSequenceWriter() {
10059         try {
10060             final String n = ForesterUtil.LINE_SEPARATOR;
10061             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 5 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10062                 return false;
10063             }
10064             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 4 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10065                 return false;
10066             }
10067             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 3 ).toString().equals( ">name" + n + "awe" + n + "s" ) ) {
10068                 return false;
10069             }
10070             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 2 ).toString().equals( ">name" + n + "aw" + n + "es" ) ) {
10071                 return false;
10072             }
10073             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 1 ).toString()
10074                     .equals( ">name" + n + "a" + n + "w" + n + "e" + n + "s" ) ) {
10075                 return false;
10076             }
10077             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "abcdefghij", 3 ).toString()
10078                     .equals( ">name" + n + "abc" + n + "def" + n + "ghi" + n + "j" ) ) {
10079                 return false;
10080             }
10081         }
10082         catch ( final Exception e ) {
10083             e.printStackTrace();
10084             return false;
10085         }
10086         return true;
10087     }
10088
10089     private static boolean testSpecies() {
10090         try {
10091             final Species s1 = new BasicSpecies( "a" );
10092             final Species s2 = new BasicSpecies( "a" );
10093             final Species s3 = new BasicSpecies( "A" );
10094             final Species s4 = new BasicSpecies( "b" );
10095             if ( !s1.equals( s1 ) ) {
10096                 return false;
10097             }
10098             if ( s1.getSpeciesId().equals( "x" ) ) {
10099                 return false;
10100             }
10101             if ( s1.getSpeciesId().equals( null ) ) {
10102                 return false;
10103             }
10104             if ( !s1.equals( s2 ) ) {
10105                 return false;
10106             }
10107             if ( s1.equals( s3 ) ) {
10108                 return false;
10109             }
10110             if ( s1.hashCode() != s1.hashCode() ) {
10111                 return false;
10112             }
10113             if ( s1.hashCode() != s2.hashCode() ) {
10114                 return false;
10115             }
10116             if ( s1.hashCode() == s3.hashCode() ) {
10117                 return false;
10118             }
10119             if ( s1.compareTo( s1 ) != 0 ) {
10120                 return false;
10121             }
10122             if ( s1.compareTo( s2 ) != 0 ) {
10123                 return false;
10124             }
10125             if ( s1.compareTo( s3 ) != 0 ) {
10126                 return false;
10127             }
10128             if ( s1.compareTo( s4 ) >= 0 ) {
10129                 return false;
10130             }
10131             if ( s4.compareTo( s1 ) <= 0 ) {
10132                 return false;
10133             }
10134             if ( !s4.getSpeciesId().equals( "b" ) ) {
10135                 return false;
10136             }
10137             final Species s5 = new BasicSpecies( " C " );
10138             if ( !s5.getSpeciesId().equals( "C" ) ) {
10139                 return false;
10140             }
10141             if ( s5.equals( s1 ) ) {
10142                 return false;
10143             }
10144         }
10145         catch ( final Exception e ) {
10146             e.printStackTrace( System.out );
10147             return false;
10148         }
10149         return true;
10150     }
10151
10152     private static boolean testSplit() {
10153         try {
10154             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10155             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
10156             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
10157             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
10158             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10159             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10160             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10161             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10162             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10163             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10164             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10165             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10166             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10167             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
10168             // System.out.println( s0.toString() );
10169             //
10170             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10171             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10172             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10173             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10174                 return false;
10175             }
10176             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10177             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10178             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10179             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10180             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10181             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10182             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10183             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10184             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10185                 return false;
10186             }
10187             //
10188             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10189             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10190             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10191             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10192             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10193                 return false;
10194             }
10195             //
10196             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10197             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10198             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10199             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10200             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10201             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10202                 return false;
10203             }
10204             //
10205             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10206             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10207             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10208             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10209             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10210             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10211                 return false;
10212             }
10213             //
10214             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10215             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10216             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10217             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10218             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10219                 return false;
10220             }
10221             //
10222             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10223             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10224             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10225             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10226                 return false;
10227             }
10228             //
10229             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10230             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10231             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10232             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10233             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10234             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10235             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10236                 return false;
10237             }
10238             //
10239             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10240             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10241             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10242             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10243             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10244                 return false;
10245             }
10246             //
10247             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10248             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10249             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10250             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10251             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10252             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10253                 return false;
10254             }
10255             //
10256             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10257             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10258             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10259             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10260                 return false;
10261             }
10262             //
10263             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10264             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10265             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10266             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10267             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10268             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10269                 return false;
10270             }
10271             //
10272             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10273             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10274             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10275             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10276             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10277             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10278             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10279                 return false;
10280             }
10281             //
10282             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10283             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10284             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10285             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10286             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10287                 return false;
10288             }
10289             //
10290             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10291             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10292             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10293             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10294                 return false;
10295             }
10296             //
10297             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10298             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10299             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10300             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10301                 return false;
10302             }
10303             //
10304             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10305             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10306             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10307             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10308                 return false;
10309             }
10310             //
10311             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10312             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10313             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10314             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10315                 return false;
10316             }
10317             //
10318             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10319             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10320             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10321             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10322                 return false;
10323             }
10324             //
10325             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10326             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10327             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10328             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10329                 return false;
10330             }
10331             //
10332             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10333             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10334             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10335             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10336             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10337                 return false;
10338             }
10339             //
10340             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10341             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10342             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10343             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10344             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10345                 return false;
10346             }
10347             //
10348             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10349             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10350             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10351             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10352             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10353                 return false;
10354             }
10355             //
10356             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10357             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10358             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10359             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10360             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10361             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10362                 return false;
10363             }
10364             /////////
10365             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10366             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10367             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10368             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10369             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10370             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10371             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10372             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10373             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10374             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10375             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10376             //                return false;
10377             //            }
10378             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10379             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10380             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10381             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10382             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10383             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10384             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10385             //                return false;
10386             //            }
10387             //            //
10388             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10389             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10390             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10391             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10392             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10393             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10394             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10395             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10396             //                return false;
10397             //            }
10398             //            //
10399             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10400             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10401             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10402             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10403             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10404             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10405             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10406             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10407             //                return false;
10408             //            }
10409             //            //
10410             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10411             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10412             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10413             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10414             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10415             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10416             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10417             //                return false;
10418             //            }
10419             //            //
10420             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10421             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10422             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10423             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10424             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10425             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10426             //                return false;
10427             //            }
10428             //
10429             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10430             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10431             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10432             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10433             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10434             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10435                 return false;
10436             }
10437             //
10438             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10439             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10440             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10441             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10442             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10443             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10444                 return false;
10445             }
10446             ///////////////////////////
10447             //
10448             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10449             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10450             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10451             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10452             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10453             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10454                 return false;
10455             }
10456             //
10457             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10458             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10459             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10460             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10461             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10462             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10463                 return false;
10464             }
10465             //
10466             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10467             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10468             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10469             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10470             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10471             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10472                 return false;
10473             }
10474             //
10475             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10476             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10477             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10478             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10479             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10480             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10481                 return false;
10482             }
10483             //
10484             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10485             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10486             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10487             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10488             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10489             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10490                 return false;
10491             }
10492             //
10493             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10494             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10495             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10496             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10497             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10498                 return false;
10499             }
10500             //
10501             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10502             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10503             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10504             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10505             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10506             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10507             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10508                 return false;
10509             }
10510             //
10511             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10512             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10513             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10514             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10515             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10516             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10517             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10518                 return false;
10519             }
10520             //
10521             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10522             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10523             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10524             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10525             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10526             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10527             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10528                 return false;
10529             }
10530             //
10531             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10532             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10533             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10534             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10535             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10536             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10537             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10538             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10539                 return false;
10540             }
10541         }
10542         catch ( final Exception e ) {
10543             e.printStackTrace();
10544             return false;
10545         }
10546         return true;
10547     }
10548
10549     private static boolean testSplitStrict() {
10550         try {
10551             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10552             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
10553             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
10554             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10555             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10556             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10557             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10558             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10559             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10560             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10561             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
10562             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10563             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10564             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10565             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10566                 return false;
10567             }
10568             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10569             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10570             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10571             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10572             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10573             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10574             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10575             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10576             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10577                 return false;
10578             }
10579             //
10580             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10581             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10582             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10583             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10584             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10585                 return false;
10586             }
10587             //
10588             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10589             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10590             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10591             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10592             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10593             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10594                 return false;
10595             }
10596             //
10597             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10598             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10599             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10600             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10601             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10602             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10603                 return false;
10604             }
10605             //
10606             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10607             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10608             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10609             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10610             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10611                 return false;
10612             }
10613             //
10614             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10615             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10616             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10617             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10618                 return false;
10619             }
10620             //
10621             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10622             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10623             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10624             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10625             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10626             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10627             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10628                 return false;
10629             }
10630             //
10631             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10632             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10633             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10634             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10635             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10636                 return false;
10637             }
10638             //
10639             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10640             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10641             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10642             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10643             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10644             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10645                 return false;
10646             }
10647             //
10648             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10649             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10650             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10651             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10652                 return false;
10653             }
10654             //
10655             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10656             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10657             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10658             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10659             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10660             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10661                 return false;
10662             }
10663             //
10664             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10665             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10666             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10667             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10668             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10669             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10670             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10671                 return false;
10672             }
10673             //
10674             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10675             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10676             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10677             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10678             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10679                 return false;
10680             }
10681             //
10682             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10683             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10684             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10685             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10686                 return false;
10687             }
10688             //
10689             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10690             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10691             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10692             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10693                 return false;
10694             }
10695             //
10696             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10697             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10698             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10699             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10700                 return false;
10701             }
10702             //
10703             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10704             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10705             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10706             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10707                 return false;
10708             }
10709             //
10710             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10711             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10712             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10713             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10714                 return false;
10715             }
10716             //
10717             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10718             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10719             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10720             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10721                 return false;
10722             }
10723             //
10724             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10725             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10726             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10727             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10728             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10729                 return false;
10730             }
10731             //
10732             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10733             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10734             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10735             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10736             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10737                 return false;
10738             }
10739             //
10740             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10741             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10742             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10743             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10744             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10745                 return false;
10746             }
10747             //
10748             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10749             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10750             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10751             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10752             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10753             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10754                 return false;
10755             }
10756         }
10757         catch ( final Exception e ) {
10758             e.printStackTrace();
10759             return false;
10760         }
10761         return true;
10762     }
10763
10764     private static boolean testSubtreeDeletion() {
10765         try {
10766             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10767             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
10768             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
10769             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
10770                 return false;
10771             }
10772             t1.toNewHampshireX();
10773             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
10774             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
10775                 return false;
10776             }
10777             t1.toNewHampshireX();
10778             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
10779             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10780                 return false;
10781             }
10782             t1.toNewHampshireX();
10783             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
10784             t1.toNewHampshireX();
10785             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10786                 return false;
10787             }
10788             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
10789             t1.toNewHampshireX();
10790             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
10791                 return false;
10792             }
10793             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
10794             t1.toNewHampshireX();
10795             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10796                 return false;
10797             }
10798             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
10799             t1.toNewHampshireX();
10800             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10801                 return false;
10802             }
10803             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
10804             t1.toNewHampshireX();
10805             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10806                 return false;
10807             }
10808             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
10809             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
10810                 return false;
10811             }
10812             if ( !t1.isEmpty() ) {
10813                 return false;
10814             }
10815             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
10816             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
10817             t2.toNewHampshireX();
10818             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
10819                 return false;
10820             }
10821             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
10822             t2.toNewHampshireX();
10823             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10824                 return false;
10825             }
10826             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
10827             t2.toNewHampshireX();
10828             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10829                 return false;
10830             }
10831         }
10832         catch ( final Exception e ) {
10833             e.printStackTrace( System.out );
10834             return false;
10835         }
10836         return true;
10837     }
10838
10839     private static boolean testSupportCount() {
10840         try {
10841             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10842             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
10843             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
10844                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
10845                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
10846                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
10847                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
10848                                                               new NHXParser() );
10849             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
10850             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
10851             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10852                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
10853                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
10854                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10855                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10856                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10857                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
10858                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10859                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
10860                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
10861                                                               new NHXParser() );
10862             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
10863             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
10864             while ( it.hasNext() ) {
10865                 final PhylogenyNode n = it.next();
10866                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
10867                     return false;
10868                 }
10869             }
10870             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
10871             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
10872                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
10873             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
10874             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
10875             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
10876                 return false;
10877             }
10878             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
10879                 return false;
10880             }
10881             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
10882                 return false;
10883             }
10884             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
10885                 return false;
10886             }
10887             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
10888                 return false;
10889             }
10890             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
10891                 return false;
10892             }
10893             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
10894                 return false;
10895             }
10896             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
10897                 return false;
10898             }
10899             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
10900                 return false;
10901             }
10902             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
10903                 return false;
10904             }
10905             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10906             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
10907                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
10908             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
10909             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
10910             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
10911                 return false;
10912             }
10913             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
10914                 return false;
10915             }
10916             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
10917                 return false;
10918             }
10919             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
10920                 return false;
10921             }
10922             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
10923                 return false;
10924             }
10925             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
10926                 return false;
10927             }
10928             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
10929                 return false;
10930             }
10931             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
10932                 return false;
10933             }
10934             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
10935                 return false;
10936             }
10937             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
10938                 return false;
10939             }
10940             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10941             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10942             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
10943             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
10944                 return false;
10945             }
10946             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10947             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10948             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
10949             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
10950                 return false;
10951             }
10952             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10953             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
10954             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
10955             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
10956                 return false;
10957             }
10958             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
10959             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
10960             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
10961             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
10962                 return false;
10963             }
10964         }
10965         catch ( final Exception e ) {
10966             e.printStackTrace( System.out );
10967             return false;
10968         }
10969         return true;
10970     }
10971
10972     private static boolean testSupportTransfer() {
10973         try {
10974             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10975             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
10976                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
10977             final Phylogeny p2 = factory
10978                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
10979             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
10980                 return false;
10981             }
10982             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
10983                 return false;
10984             }
10985             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
10986             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
10987             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
10988                 return false;
10989             }
10990             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
10991                 return false;
10992             }
10993             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
10994                 return false;
10995             }
10996             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
10997                 return false;
10998             }
10999             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
11000                 return false;
11001             }
11002             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
11003                 return false;
11004             }
11005             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
11006                 return false;
11007             }
11008             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
11009                 return false;
11010             }
11011         }
11012         catch ( final Exception e ) {
11013             e.printStackTrace( System.out );
11014             return false;
11015         }
11016         return true;
11017     }
11018
11019     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
11020         try {
11021             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode
11022                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11023             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11024                 return false;
11025             }
11026             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
11027                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345x", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11028             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11029                 System.out.println( n1.toString() );
11030                 return false;
11031             }
11032             final PhylogenyNode n2x = PhylogenyNode
11033                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11034             if ( n2x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11035                 return false;
11036             }
11037             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
11038                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11039             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11040                 System.out.println( n3.toString() );
11041                 return false;
11042             }
11043             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
11044                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11045             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11046                 System.out.println( n4.toString() );
11047                 return false;
11048             }
11049             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
11050                     .createInstanceFromNhxString( "12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11051             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11052                 System.out.println( n5.toString() );
11053                 return false;
11054             }
11055             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
11056                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11057             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11058                 System.out.println( n6.toString() );
11059                 return false;
11060             }
11061             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode
11062                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345_blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11063             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11064                 System.out.println( n7.toString() );
11065                 return false;
11066             }
11067             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
11068                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11069             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11070                 System.out.println( n8.toString() );
11071                 return false;
11072             }
11073             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
11074                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345/blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11075             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11076                 System.out.println( n9.toString() );
11077                 return false;
11078             }
11079             final PhylogenyNode n10x = PhylogenyNode
11080                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12X45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11081             if ( n10x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11082                 System.out.println( n10x.toString() );
11083                 return false;
11084             }
11085             final PhylogenyNode n10xx = PhylogenyNode
11086                     .createInstanceFromNhxString( "blag_1YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11087             if ( n10xx.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11088                 System.out.println( n10xx.toString() );
11089                 return false;
11090             }
11091             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
11092                     .createInstanceFromNhxString( "blag_9YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11093             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "9YX45" ) ) {
11094                 System.out.println( n10.toString() );
11095                 return false;
11096             }
11097             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
11098                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11099             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11100                 System.out.println( n11.toString() );
11101                 return false;
11102             }
11103             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
11104                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus_musculus",
11105                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11106             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
11107                 System.out.println( n12.toString() );
11108                 return false;
11109             }
11110             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
11111                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11112             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11113                 System.out.println( n13.toString() );
11114                 return false;
11115             }
11116         }
11117         catch ( final Exception e ) {
11118             e.printStackTrace( System.out );
11119             return false;
11120         }
11121         return true;
11122     }
11123
11124     private static boolean testTreeMethods() {
11125         try {
11126             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11127             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11128             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t0.getNode( "abcd" ) );
11129             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((A,B,C,D)abcd,E)" ) ) {
11130                 System.out.println( t0.toNewHampshireX() );
11131                 return false;
11132             }
11133             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A:0.1,B)ab:0.2,C)abc:0.3,D)abcd:0.4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11134             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t1.getNode( "abcd" ) );
11135             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 0.6 ) ) {
11136                 return false;
11137             }
11138             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
11139                 return false;
11140             }
11141             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 0.3 ) ) {
11142                 return false;
11143             }
11144         }
11145         catch ( final Exception e ) {
11146             e.printStackTrace( System.out );
11147             return false;
11148         }
11149         return true;
11150     }
11151
11152     private static boolean testSequenceDbWsTools1() {
11153         try {
11154             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
11155             n.setName( "NP_001025424" );
11156             Accession acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11157             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11158                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11159                 return false;
11160             }
11161             n.setName( "340 0559 -- _NP_001025424_dsfdg15 05" );
11162             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11163             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11164                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11165                 return false;
11166             }
11167             n.setName( "NP_001025424.1" );
11168             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11169             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11170                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11171                 return false;
11172             }
11173             n.setName( "NM_001030253" );
11174             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11175             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11176                     || !acc.getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
11177                 return false;
11178             }
11179             n.setName( "BCL2_HUMAN" );
11180             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11181             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11182                     || !acc.getValue().equals( "BCL2_HUMAN" ) ) {
11183                 System.out.println( acc.toString() );
11184                 return false;
11185             }
11186             n.setName( "P10415" );
11187             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11188             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11189                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11190                 System.out.println( acc.toString() );
11191                 return false;
11192             }
11193             n.setName( " P10415 " );
11194             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11195             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11196                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11197                 System.out.println( acc.toString() );
11198                 return false;
11199             }
11200             n.setName( "_P10415|" );
11201             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11202             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11203                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11204                 System.out.println( acc.toString() );
11205                 return false;
11206             }
11207             n.setName( "AY695820" );
11208             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11209             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11210                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
11211                 System.out.println( acc.toString() );
11212                 return false;
11213             }
11214             n.setName( "_AY695820_" );
11215             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11216             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11217                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
11218                 System.out.println( acc.toString() );
11219                 return false;
11220             }
11221             n.setName( "AAA59452" );
11222             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11223             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11224                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
11225                 System.out.println( acc.toString() );
11226                 return false;
11227             }
11228             n.setName( "_AAA59452_" );
11229             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11230             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11231                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
11232                 System.out.println( acc.toString() );
11233                 return false;
11234             }
11235             n.setName( "AAA59452.1" );
11236             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11237             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11238                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
11239                 System.out.println( acc.toString() );
11240                 return false;
11241             }
11242             n.setName( "_AAA59452.1_" );
11243             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11244             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11245                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
11246                 System.out.println( acc.toString() );
11247                 return false;
11248             }
11249             n.setName( "GI:94894583" );
11250             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11251             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
11252                     || !acc.getValue().equals( "94894583" ) ) {
11253                 System.out.println( acc.toString() );
11254                 return false;
11255             }
11256         }
11257         catch ( final Exception e ) {
11258             return false;
11259         }
11260         return true;
11261     }
11262
11263     private static boolean testSequenceDbWsTools2() {
11264         try {
11265             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode( "NP_001025424" );
11266             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n1 );
11267             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getName().equals( "Bcl2" ) ) {
11268                 return false;
11269             }
11270             if ( !n1.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
11271                 return false;
11272             }
11273             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11274                 return false;
11275             }
11276             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11277                 return false;
11278             }
11279             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "NM_001030253" );
11280             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n2 );
11281             System.out.println( n2.toString() );
11282             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getName()
11283                     .equals( "Danio rerio B-cell leukemia/lymphoma 2 (bcl2), mRNA" ) ) {
11284                 return false;
11285             }
11286             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
11287                 return false;
11288             }
11289             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11290                 return false;
11291             }
11292             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
11293                 return false;
11294             }
11295             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "NM_184234.2" );
11296             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n3 );
11297             System.out.println( "n=" + n3.toString() );
11298             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getName()
11299                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
11300                 return false;
11301             }
11302             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11303                 return false;
11304             }
11305             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11306                 return false;
11307             }
11308             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_184234" ) ) {
11309                 return false;
11310             }
11311         }
11312         catch ( final IOException e ) {
11313             System.out.println();
11314             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11315             e.printStackTrace( System.out );
11316             return true;
11317         }
11318         catch ( final Exception e ) {
11319             e.printStackTrace();
11320             return false;
11321         }
11322         return true;
11323     }
11324
11325     private static boolean testEbiEntryRetrieval() {
11326         try {
11327             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAK41263" );
11328             if ( !entry.getAccession().equals( "AAK41263" ) ) {
11329                 System.out.println( entry.getAccession() );
11330                 return false;
11331             }
11332             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Sulfolobus solfataricus P2" ) ) {
11333                 System.out.println( entry.getTaxonomyScientificName() );
11334                 return false;
11335             }
11336             if ( !entry.getSequenceName()
11337                     .equals( "Sulfolobus solfataricus P2 Glycogen debranching enzyme, hypothetical (treX-like)" ) ) {
11338                 System.out.println( entry.getSequenceName() );
11339                 return false;
11340             }
11341             // if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "" ) ) {
11342             //     System.out.println( entry.getSequenceSymbol() );
11343             //     return false;
11344             // }
11345             if ( !entry.getGeneName().equals( "treX-like" ) ) {
11346                 System.out.println( entry.getGeneName() );
11347                 return false;
11348             }
11349             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "273057" ) ) {
11350                 System.out.println( entry.getTaxonomyIdentifier() );
11351                 return false;
11352             }
11353             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefValue().equals( "3.2.1.33" ) ) {
11354                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefValue() );
11355                 return false;
11356             }
11357             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefSource().equals( "EC" ) ) {
11358                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefSource() );
11359                 return false;
11360             }
11361             if ( entry.getCrossReferences().size() != 5 ) {
11362                 return false;
11363             }
11364             //
11365             final SequenceDatabaseEntry entry1 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "ABJ16409" );
11366             if ( !entry1.getAccession().equals( "ABJ16409" ) ) {
11367                 return false;
11368             }
11369             if ( !entry1.getTaxonomyScientificName().equals( "Felis catus" ) ) {
11370                 System.out.println( entry1.getTaxonomyScientificName() );
11371                 return false;
11372             }
11373             if ( !entry1.getSequenceName().equals( "Felis catus (domestic cat) partial BCL2" ) ) {
11374                 System.out.println( entry1.getSequenceName() );
11375                 return false;
11376             }
11377             if ( !entry1.getTaxonomyIdentifier().equals( "9685" ) ) {
11378                 System.out.println( entry1.getTaxonomyIdentifier() );
11379                 return false;
11380             }
11381             if ( !entry1.getGeneName().equals( "BCL2" ) ) {
11382                 System.out.println( entry1.getGeneName() );
11383                 return false;
11384             }
11385             if ( entry1.getCrossReferences().size() != 6 ) {
11386                 return false;
11387             }
11388             //
11389             final SequenceDatabaseEntry entry2 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "NM_184234" );
11390             if ( !entry2.getAccession().equals( "NM_184234" ) ) {
11391                 return false;
11392             }
11393             if ( !entry2.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11394                 System.out.println( entry2.getTaxonomyScientificName() );
11395                 return false;
11396             }
11397             if ( !entry2.getSequenceName()
11398                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
11399                 System.out.println( entry2.getSequenceName() );
11400                 return false;
11401             }
11402             if ( !entry2.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
11403                 System.out.println( entry2.getTaxonomyIdentifier() );
11404                 return false;
11405             }
11406             if ( !entry2.getGeneName().equals( "RBM39" ) ) {
11407                 System.out.println( entry2.getGeneName() );
11408                 return false;
11409             }
11410             if ( entry2.getCrossReferences().size() != 3 ) {
11411                 return false;
11412             }
11413             //
11414             final SequenceDatabaseEntry entry3 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "HM043801" );
11415             if ( !entry3.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
11416                 return false;
11417             }
11418             if ( !entry3.getTaxonomyScientificName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus" ) ) {
11419                 System.out.println( entry3.getTaxonomyScientificName() );
11420                 return false;
11421             }
11422             if ( !entry3.getSequenceName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus RAF gene, complete cds" ) ) {
11423                 System.out.println( entry3.getSequenceName() );
11424                 return false;
11425             }
11426             if ( !entry3.getTaxonomyIdentifier().equals( "6326" ) ) {
11427                 System.out.println( entry3.getTaxonomyIdentifier() );
11428                 return false;
11429             }
11430             if ( !entry3.getSequenceSymbol().equals( "RAF" ) ) {
11431                 System.out.println( entry3.getSequenceSymbol() );
11432                 return false;
11433             }
11434             if ( !ForesterUtil.isEmpty( entry3.getGeneName() ) ) {
11435                 return false;
11436             }
11437             if ( entry3.getCrossReferences().size() != 8 ) {
11438                 return false;
11439             }
11440             //
11441             //
11442             final SequenceDatabaseEntry entry4 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAA36557.1" );
11443             if ( !entry4.getAccession().equals( "AAA36557" ) ) {
11444                 return false;
11445             }
11446             if ( !entry4.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11447                 System.out.println( entry4.getTaxonomyScientificName() );
11448                 return false;
11449             }
11450             if ( !entry4.getSequenceName().equals( "Homo sapiens (human) ras protein" ) ) {
11451                 System.out.println( entry4.getSequenceName() );
11452                 return false;
11453             }
11454             if ( !entry4.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
11455                 System.out.println( entry4.getTaxonomyIdentifier() );
11456                 return false;
11457             }
11458             if ( !entry4.getGeneName().equals( "ras" ) ) {
11459                 System.out.println( entry4.getGeneName() );
11460                 return false;
11461             }
11462             //            if ( !entry4.getChromosome().equals( "ras" ) ) {
11463             //                System.out.println( entry4.getChromosome() );
11464             //                return false;
11465             //            }
11466             //            if ( !entry4.getMap().equals( "ras" ) ) {
11467             //                System.out.println( entry4.getMap() );
11468             //                return false;
11469             //            }
11470             //
11471             //TODO fails:
11472             //            final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "M30539" );
11473             //            if ( !entry5.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
11474             //                return false;
11475             //            }
11476         }
11477         catch ( final IOException e ) {
11478             System.out.println();
11479             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11480             e.printStackTrace( System.out );
11481             return true;
11482         }
11483         catch ( final Exception e ) {
11484             e.printStackTrace();
11485             return false;
11486         }
11487         return true;
11488     }
11489
11490     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
11491         try {
11492             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
11493             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
11494                 return false;
11495             }
11496             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
11497                 return false;
11498             }
11499             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
11500                 return false;
11501             }
11502             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "mAspAT" ) ) {
11503                 return false;
11504             }
11505             if ( !entry.getGeneName().equals( "GOT2" ) ) {
11506                 return false;
11507             }
11508             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
11509                 return false;
11510             }
11511         }
11512         catch ( final IOException e ) {
11513             System.out.println();
11514             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11515             e.printStackTrace( System.out );
11516             return true;
11517         }
11518         catch ( final Exception e ) {
11519             return false;
11520         }
11521         return true;
11522     }
11523
11524     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
11525         try {
11526             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
11527                                                                                                  10 );
11528             if ( results.size() != 1 ) {
11529                 return false;
11530             }
11531             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11532                 return false;
11533             }
11534             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11535                 return false;
11536             }
11537             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11538                 return false;
11539             }
11540             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11541                 return false;
11542             }
11543             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11544                 return false;
11545             }
11546             results = null;
11547             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
11548             if ( results.size() != 1 ) {
11549                 return false;
11550             }
11551             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11552                 return false;
11553             }
11554             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11555                 return false;
11556             }
11557             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11558                 return false;
11559             }
11560             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11561                 return false;
11562             }
11563             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11564                 return false;
11565             }
11566             results = null;
11567             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
11568             if ( results.size() != 1 ) {
11569                 return false;
11570             }
11571             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11572                 return false;
11573             }
11574             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11575                 return false;
11576             }
11577             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11578                 return false;
11579             }
11580             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11581                 return false;
11582             }
11583             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11584                 return false;
11585             }
11586             results = null;
11587             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
11588             if ( results.size() != 1 ) {
11589                 return false;
11590             }
11591             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11592                 return false;
11593             }
11594             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11595                 return false;
11596             }
11597             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11598                 return false;
11599             }
11600             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11601                 return false;
11602             }
11603             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11604                 return false;
11605             }
11606             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
11607                 return false;
11608             }
11609             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
11610                 return false;
11611             }
11612             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11613                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11614                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11615                 return false;
11616             }
11617             //
11618             results = null;
11619             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Xenopus tropicalis", 10 );
11620             if ( results.size() != 1 ) {
11621                 return false;
11622             }
11623             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11624                 return false;
11625             }
11626             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11627                 return false;
11628             }
11629             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11630                 return false;
11631             }
11632             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11633                 return false;
11634             }
11635             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11636                 return false;
11637             }
11638             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11639                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11640                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11641                 return false;
11642             }
11643             //
11644             results = null;
11645             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "8364", 10 );
11646             if ( results.size() != 1 ) {
11647                 return false;
11648             }
11649             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11650                 return false;
11651             }
11652             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11653                 return false;
11654             }
11655             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11656                 return false;
11657             }
11658             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11659                 return false;
11660             }
11661             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11662                 return false;
11663             }
11664             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11665                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11666                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11667                 return false;
11668             }
11669             //
11670             results = null;
11671             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "XENTR", 10 );
11672             if ( results.size() != 1 ) {
11673                 return false;
11674             }
11675             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11676                 return false;
11677             }
11678             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11679                 return false;
11680             }
11681             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11682                 return false;
11683             }
11684             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11685                 return false;
11686             }
11687             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11688                 return false;
11689             }
11690             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11691                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11692                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11693                 return false;
11694             }
11695         }
11696         catch ( final IOException e ) {
11697             System.out.println();
11698             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11699             e.printStackTrace( System.out );
11700             return true;
11701         }
11702         catch ( final Exception e ) {
11703             return false;
11704         }
11705         return true;
11706     }
11707
11708     private static boolean testWabiTxSearch() {
11709         try {
11710             String result = "";
11711             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
11712             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
11713             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
11714                 return false;
11715             }
11716             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
11717             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
11718                 return false;
11719             }
11720             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
11721             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
11722                 return false;
11723             }
11724             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
11725             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11726                 return false;
11727             }
11728             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
11729             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
11730                 return false;
11731             }
11732             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
11733             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
11734                 return false;
11735             }
11736             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
11737             queries.add( "Campylobacter coli" );
11738             queries.add( "Escherichia coli" );
11739             queries.add( "Arabidopsis" );
11740             queries.add( "Trichoplax" );
11741             queries.add( "Samanea saman" );
11742             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
11743             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
11744             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
11745             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
11746             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
11747             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
11748             ranks.add( RANKS.FAMILY );
11749             ranks.add( RANKS.GENUS );
11750             ranks.add( RANKS.TRIBE );
11751             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
11752             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
11753             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
11754         }
11755         catch ( final Exception e ) {
11756             System.out.println();
11757             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11758             e.printStackTrace( System.out );
11759             return false;
11760         }
11761         return true;
11762     }
11763 }