forester/java/src/org/forester/ws/seqdb/EbiDbEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.ws.seqdb;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 import org.forester.go.GoTerm;
  31 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  32 import org.forester.util.ForesterUtil;
  33
  34 public final class EbiDbEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  35
  36     //http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/emb/AAR37336/
  37     private String _pa;
  38     private String _de;
  39     private String _os;
  40     private String _tax_id;
  41     private String _symbol;
  42     private String _provider;
  43
  44     private EbiDbEntry() {
  45     }
  46
  47     @Override
  48     public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
  49         throw new CloneNotSupportedException();
  50     }
  51
  52     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainTextForRefSeq( final List<String> lines ) {
  53         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  54         for( final String line : lines ) {
  55             //  System.out.println( "-" + line );
  56             if ( line.startsWith( "ACCESSION" ) ) {
  57                 e.setPA( DatabaseTools.extract( line, "ACCESSION" ) );
  58             }
  59             else if ( line.startsWith( "DEFINITION" ) ) {
  60                 if ( line.indexOf( "[" ) > 0 ) {
  61                     e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DEFINITION", "[" ) );
  62                 }
  63                 else if ( line.indexOf( "." ) > 0 ) {
  64                     e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DEFINITION", "." ) );
  65                 }
  66                 else {
  67                     e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DEFINITION" ) );
  68                 }
  69             }
  70             else if ( line.startsWith( "SOURCE" ) ) {
  71                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  72                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "SOURCE", "(" ) );
  73                 }
  74                 else {
  75                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "SOURCE" ) );
  76                 }
  77             }
  78         }
  79         return e;
  80     }
  81
  82     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  83         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  84         for( final String line : lines ) {
  85             if ( line.startsWith( "PA" ) ) {
  86                 e.setPA( DatabaseTools.extract( line, "PA" ) );
  87             }
  88             else if ( line.startsWith( "DE" ) ) {
  89                 e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DE" ) );
  90             }
  91             else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
  92                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  93                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "OS", "(" ) );
  94                 }
  95                 else {
  96                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "OS" ) );
  97                 }
  98             }
  99             else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
 100                 if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
 101                     e.setTaxId( DatabaseTools.extract( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
 102                 }
 103             }
 104         }
 105         return e;
 106     }
 107
 108     @Override
 109     public String getAccession() {
 110         return _pa;
 111     }
 112
 113     private void setPA( final String pa ) {
 114         if ( _pa == null ) {
 115             _pa = pa;
 116         }
 117     }
 118
 119     @Override
 120     public String getSequenceName() {
 121         return _de;
 122     }
 123
 124     private void setDe( final String rec_name ) {
 125         if ( _de == null ) {
 126             _de = rec_name;
 127         }
 128     }
 129
 130     @Override
 131     public String getTaxonomyScientificName() {
 132         return _os;
 133     }
 134
 135     private void setOs( final String os ) {
 136         if ( _os == null ) {
 137             _os = os;
 138         }
 139     }
 140
 141     @Override
 142     public String getTaxonomyIdentifier() {
 143         return _tax_id;
 144     }
 145
 146     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 147         if ( _tax_id == null ) {
 148             _tax_id = tax_id;
 149         }
 150     }
 151
 152     @Override
 153     public String getSequenceSymbol() {
 154         return _symbol;
 155     }
 156
 157     @Override
 158     public boolean isEmpty() {
 159         return ( ForesterUtil.isEmpty( getAccession() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceName() )
 160                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyScientificName() )
 161                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyIdentifier() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceSymbol() ) );
 162     }
 163
 164     @Override
 165     public String getProvider() {
 166         return _provider;
 167     }
 168
 169     public void setProvider( final String provider ) {
 170         _provider = provider;
 171     }
 172
 173     @Override
 174     public String getGeneName() {
 175         return null;
 176     }
 177
 178     @Override
 179     public List<GoTerm> getGoTerms() {
 180         return null;
 181     }
 182
 183     @Override
 184     public List<Accession> getCrossReferences() {
 185         return null;
 186     }
 187 }