runner/compbio/runner/disorder/Disembl.java

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  12  * license notice.\r
  13  */\r
  14 \r
  15 package compbio.runner.disorder;\r
  16 \r
  17 import java.io.File;\r
  18 import java.io.FileInputStream;\r
  19 import java.io.FileNotFoundException;\r
  20 import java.io.IOException;\r
  21 import java.io.InputStream;\r
  22 \r
  23 import org.apache.log4j.Logger;\r
  24 \r
  25 import compbio.data.sequence.ScoreManager;\r
  26 import compbio.data.sequence.SequenceUtil;\r
  27 import compbio.data.sequence.UnknownFileFormatException;\r
  28 import compbio.engine.client.PipedExecutable;\r
  29 import compbio.engine.client.SkeletalExecutable;\r
  30 import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;\r
  31 import compbio.runner.Util;\r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DisEMBL.py smooth_frame peak_frame join_frame fold_coils fold_hotloops\r
  35  * fold_rem465 sequence_file print\r
  36  * \r
  37  * 'A default run would be: ./DisEMBL.py 8 8 4 1.2 1.4 1.2 fasta_file > out'\r
  38  * \r
  39  * This version of DisEMBL is 1.4 (latest available for download in Feb 2011)\r
  40  * capable of outputting raw values\r
  41  * \r
  42  * The values of the parameters are hard coded in DisEMBL.py script.\r
  43  * smooth_frame=8 peak_frame=8 join_frame=4 fold_coils=1.2 fold_hotloops=1.4\r
  44  * fold_rem465=1.2\r
  45  * \r
  46  * Changing these values are not recommended by developers, apart from smoothing\r
  47  * window. However, 5 orders of magnitude changes in this parameter does not\r
  48  * change the output so allowing this change also seems pointless. Finally, the\r
  49  * binary, DisEMBL depends on - Tisean is not happy with arbitruary changes to\r
  50  * these values, so changing them can lead to problems.\r
  51  * \r
  52  * \r
  53  * This is not a standard DisEMBL! The script has been modified!\r
  54  * \r
  55  */\r
  56 public class Disembl extends SkeletalExecutable<Disembl> implements PipedExecutable<Disembl> {\r
  57 \r
  58         private static Logger log = Logger.getLogger(Disembl.class);\r
  59 \r
  60         /**\r
  61          * For the region to be considered disordered the values must exceed these\r
  62          */\r
  63         public final double COILS_EXPECTATION_THRESHOLD = 0.43;\r
  64         public final double REM_EXPECTATION_THRESHOLD = 0.5;\r
  65         public final double LOOPS_EXPECTATION_THRESHOLD = 0.086;\r
  66 \r
  67         /* The parameter list there must not contain same values! */\r
  68         public Disembl() {\r
  69                 // remove default input to prevent it to appear in the parameters list\r
  70                 // that could happen if the parameters are set first\r
  71                 // super.setInput("");\r
  72         }\r
  73 \r
  74         @SuppressWarnings("unchecked")\r
  75         @Override\r
  76         public ScoreManager getResults(String workDirectory)\r
  77                         throws ResultNotAvailableException {\r
  78 \r
  79                 InputStream inStream = null;\r
  80                 ScoreManager results = null;\r
  81 \r
  82                 try {\r
  83                         inStream = new FileInputStream(new File(workDirectory, getOutput()));\r
  84                         results = ScoreManager.newInstance(SequenceUtil\r
  85                                         .readDisembl(inStream));\r
  86                         inStream.close();\r
  87                 } catch (FileNotFoundException e) {\r
  88                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  89                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  90                 } catch (IOException e) {\r
  91                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  92                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  93                 } catch (UnknownFileFormatException e) {\r
  94                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  95                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  96                 } catch (NullPointerException e) {\r
  97                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  98                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  99                 }\r
 100                 log.trace("DRESULTS: " + results);\r
 101                 return results;\r
 102         }\r
 103 \r
 104         @Override\r
 105         public Disembl setInput(String inFile) {\r
 106                 super.setInput(inFile);\r
 107                 cbuilder.setLast(inFile);\r
 108                 return this;\r
 109         }\r
 110 \r
 111         @SuppressWarnings("unchecked")\r
 112         @Override\r
 113         public Class<Disembl> getType() {\r
 114                 return (Class<Disembl>) this.getClass();\r
 115         }\r
 116 \r
 117 }\r