runner/compbio/runner/disorder/RonnWrapper.java

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  17  */\r
  18 \r
  19 package compbio.runner.disorder;\r
  20 \r
  21 import java.io.FileNotFoundException;\r
  22 import java.io.IOException;\r
  23 import java.util.Arrays;\r
  24 import java.util.List;\r
  25 \r
  26 import org.apache.log4j.Logger;\r
  27 \r
  28 import compbio.data.sequence.Alignment;\r
  29 import compbio.data.sequence.UnknownFileFormatException;\r
  30 import compbio.engine.client.Executable;\r
  31 import compbio.engine.client.PipedExecutable;\r
  32 import compbio.engine.client.SkeletalExecutable;\r
  33 import compbio.metadata.Limit;\r
  34 import compbio.metadata.LimitsManager;\r
  35 import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;\r
  36 import compbio.runner.Util;\r
  37 \r
  38 public class RonnWrapper extends SkeletalExecutable<RonnWrapper> implements\r
  39         PipedExecutable<RonnWrapper> {\r
  40     /*\r
  41      * RONN does not accept stdin the file name must be defined as parameter It\r
  42      * can only analyse ONE sequence per run! (or may be not, but the results\r
  43      * gets overriden!) FASTA format is accepted.\r
  44      * \r
  45      * To run it do the following:\r
  46      * \r
  47      * 1) copy ronn executables and task file to work directory\r
  48      * \r
  49      * 2) execute run processes one by one for each sequence\r
  50      */\r
  51 \r
  52     private static final String command = "/homes/pvtroshin/soft/RONNv3_fasta/Ronn_runner.sh";\r
  53 \r
  54     private static Logger log = Logger.getLogger(RonnWrapper.class);\r
  55 \r
  56     // Cache for Limits information\r
  57     private static LimitsManager<RonnWrapper> limits;\r
  58 \r
  59     public static final String KEY_VALUE_SEPARATOR = Util.SPACE;\r
  60 \r
  61     @SuppressWarnings("unchecked")\r
  62     @Override\r
  63     public Alignment getResults(String workDirectory)\r
  64             throws ResultNotAvailableException {\r
  65         try {\r
  66             return Util.readClustalFile(workDirectory, getOutput());\r
  67         } catch (FileNotFoundException e) {\r
  68             log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  69             throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  70         } catch (IOException e) {\r
  71             log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  72             throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  73         } catch (UnknownFileFormatException e) {\r
  74             log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  75             throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  76         } catch (NullPointerException e) {\r
  77             log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  78             throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  79         }\r
  80     }\r
  81 \r
  82     @Override\r
  83     public List<String> getCreatedFiles() {\r
  84         return Arrays.asList(getOutput(), getError());\r
  85     }\r
  86 \r
  87     @Override\r
  88     public RonnWrapper setInput(String inFile) {\r
  89         String input = getInput();\r
  90         super.setInput(inFile);\r
  91         return this;\r
  92     }\r
  93 \r
  94     @Override\r
  95     public Limit<RonnWrapper> getLimit(String presetName) {\r
  96         if (limits == null) {\r
  97             limits = getLimits();\r
  98         }\r
  99         Limit<RonnWrapper> limit = null;\r
 100         if (limits != null) {\r
 101             // this returns default limit if preset is undefined!\r
 102             limit = limits.getLimitByName(presetName);\r
 103         }\r
 104         // If limit is not defined for a particular preset, then return default\r
 105         // limit\r
 106         if (limit == null) {\r
 107             log.debug("Limit for the preset " + presetName\r
 108                     + " is not found. Using default");\r
 109             limit = limits.getDefaultLimit();\r
 110         }\r
 111         return limit;\r
 112     }\r
 113 \r
 114     @Override\r
 115     public LimitsManager<RonnWrapper> getLimits() {\r
 116         // synchronise on static field\r
 117         synchronized (log) {\r
 118             if (limits == null) {\r
 119                 limits = Util.getLimits(this.getClass());\r
 120             }\r
 121         }\r
 122         return limits;\r
 123     }\r
 124 \r
 125     @Override\r
 126     public Class<? extends Executable<?>> getType() {\r
 127         return this.getClass();\r
 128     }\r
 129 }\r