src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.analysis.*;
  27 import jalview.commands.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.schemes.*;
  30 import jalview.util.UrlLink;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32
  33 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  34         ActionListener, ItemListener
  35 {
  36   Menu groupMenu = new Menu();
  37
  38   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  39
  40   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  41
  42   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  43
  44   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  45
  46   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  47
  48   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  49
  50   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  51
  52   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  53
  54   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  55
  56   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  57
  58   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  59
  60   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  61
  62   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  63
  64   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  65
  66   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  67
  68   final AlignmentPanel ap;
  69
  70   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  71
  72   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  73
  74   Menu colourMenu = new Menu();
  75
  76   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  77
  78   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  79
  80   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  81
  82   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  83
  84   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  85
  86   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  87
  88   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  89
  90   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  91
  92   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  93
  94   Menu outputmenu = new Menu();
  95
  96   Menu seqMenu = new Menu();
  97
  98   MenuItem pdb = new MenuItem();
  99
 100   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 101
 102   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 103
 104   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
 105
 106   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
 107
 108   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
 109
 110   Sequence seq;
 111
 112   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 113
 114   Menu menu1 = new Menu();
 115
 116   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 117   {
 118     // /////////////////////////////////////////////////////////
 119     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 120     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 121     //
 122     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 123     // ////////////////////////////////////////////////////////
 124
 125     this.ap = apanel;
 126     this.seq = seq;
 127
 128     try
 129     {
 130       jbInit();
 131     } catch (Exception e)
 132     {
 133       e.printStackTrace();
 134     }
 135
 136     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 137     {
 138       MenuItem item = new MenuItem(
 139               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 140
 141       item.addActionListener(this);
 142       outputmenu.add(item);
 143     }
 144
 145     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 146
 147     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 148     {
 149       editGroupName.setLabel(sg.getName());
 150       showText.setState(sg.getDisplayText());
 151       showColourText.setState(sg.getColourText());
 152       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 153       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))
 154       {
 155         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 156       }
 157
 158     }
 159     else
 160     {
 161       remove(hideSeqs);
 162       remove(groupMenu);
 163     }
 164
 165     if (links != null && links.size() > 0)
 166     {
 167       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 168       String link;
 169       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 170       {
 171         link = links.elementAt(i).toString();
 172         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 173         if (!urlLink.isValid())
 174         {
 175           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 176           continue;
 177         }
 178         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 179                                                     // link.indexOf("|"));
 180         final String label = urlLink.getLabel();
 181         if (urlLink.isDynamic())
 182         {
 183
 184           // collect matching db-refs
 185           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq
 186                   .getDBRef(), new String[]
 187           { target });
 188           // collect id string too
 189           String id = seq.getName();
 190           if (dbr != null)
 191           {
 192             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 193             {
 194               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 195               {
 196                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 197                 // string with this link
 198                 id = null;
 199               }
 200               // create Bare ID link for this RUL
 201               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 202                       true);
 203               if (urls != null)
 204               {
 205                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 206                 {
 207                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 208                 }
 209               }
 210             }
 211           }
 212           if (id != null)
 213           {
 214             // create Bare ID link for this RUL
 215             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 216             if (urls != null)
 217             {
 218               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 219               {
 220                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 221               }
 222             }
 223             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 224           }
 225         }
 226         else
 227         {
 228           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 229         }
 230         /*
 231          * final String url;
 232          *
 233          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 234          * string and any matching database reference accessions String url_pref =
 235          * link.substring(link.indexOf("|") + 1, link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 236          *
 237          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 238          *  // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 239          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 240          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 241          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 242          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 243          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 244          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 245          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 246          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 247          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 248          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 249          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 250          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 251          */
 252       }
 253
 254       if (seq != null)
 255       {
 256         seqMenu.add(linkMenu);
 257       }
 258       else
 259       {
 260         add(linkMenu);
 261       }
 262     }
 263     if (seq != null)
 264     {
 265       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 266       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 267     }
 268     else
 269     {
 270       remove(seqMenu);
 271     }
 272
 273     if (!ap.av.hasHiddenRows)
 274     {
 275       remove(revealAll);
 276     }
 277   }
 278
 279   /**
 280    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 281    *
 282    * @param linkMenu
 283    * @param target -
 284    *                menu label string
 285    * @param url -
 286    *                url to open
 287    */
 288   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 289           final String url)
 290   {
 291     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 292   }
 293
 294   /**
 295    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 296    *
 297    * @param linkMenu
 298    * @param target -
 299    *                URL target window
 300    * @param label -
 301    *                menu label string
 302    * @param url -
 303    *                url to open
 304    */
 305   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 306           final String label, final String url)
 307   {
 308     MenuItem item = new MenuItem(label);
 309     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 310     {
 311       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 312       {
 313         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 314       }
 315     });
 316     linkMenu.add(item);
 317   }
 318
 319   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 320   {
 321     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 322     {
 323       abovePIDColour_itemStateChanged();
 324     }
 325     else if (evt.getSource() == showColourText)
 326     {
 327       showColourText_itemStateChanged();
 328     }
 329     else if (evt.getSource() == showText)
 330     {
 331       showText_itemStateChanged();
 332     }
 333     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 334     {
 335       showBoxes_itemStateChanged();
 336     }
 337   }
 338
 339   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 340   {
 341     Object source = evt.getSource();
 342     if (source == clustalColour)
 343     {
 344       clustalColour_actionPerformed();
 345     }
 346     else if (source == zappoColour)
 347     {
 348       zappoColour_actionPerformed();
 349     }
 350     else if (source == taylorColour)
 351     {
 352       taylorColour_actionPerformed();
 353     }
 354     else if (source == hydrophobicityColour)
 355     {
 356       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 357     }
 358     else if (source == helixColour)
 359     {
 360       helixColour_actionPerformed();
 361     }
 362     else if (source == strandColour)
 363     {
 364       strandColour_actionPerformed();
 365     }
 366     else if (source == turnColour)
 367     {
 368       turnColour_actionPerformed();
 369     }
 370     else if (source == buriedColour)
 371     {
 372       buriedColour_actionPerformed();
 373     }
 374     else if (source == nucleotideMenuItem)
 375     {
 376       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 377     }
 378
 379     else if (source == userDefinedColour)
 380     {
 381       userDefinedColour_actionPerformed();
 382     }
 383     else if (source == PIDColour)
 384     {
 385       PIDColour_actionPerformed();
 386     }
 387     else if (source == BLOSUM62Colour)
 388     {
 389       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 390     }
 391     else if (source == noColourmenuItem)
 392     {
 393       noColourmenuItem_actionPerformed();
 394     }
 395     else if (source == conservationMenuItem)
 396     {
 397       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 398     }
 399     else if (source == unGroupMenuItem)
 400     {
 401       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 402     }
 403
 404     else if (source == sequenceName)
 405     {
 406       editName();
 407     }
 408     else if (source == pdb)
 409     {
 410       addPDB();
 411     }
 412     else if (source == hideSeqs)
 413     {
 414       hideSequences(false);
 415     }
 416     else if (source == repGroup)
 417     {
 418       hideSequences(true);
 419     }
 420     else if (source == revealAll)
 421     {
 422       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 423     }
 424
 425     else if (source == editGroupName)
 426     {
 427       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 428               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 429               "Group Description", ap.alignFrame,
 430               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 431
 432       if (dialog.accept)
 433       {
 434         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 435         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 436       }
 437
 438     }
 439     else if (source == copy)
 440     {
 441       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 442     }
 443     else if (source == cut)
 444     {
 445       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 446     }
 447     else if (source == editSequence)
 448     {
 449       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 450
 451       if (sg != null)
 452       {
 453         if (seq == null)
 454           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 455
 456         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 457                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 458                 "Edit Sequence ", null,
 459
 460                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 461
 462         if (dialog.accept)
 463         {
 464           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 465                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 466                           ap.av.getGapCharacter()), sg
 467                           .getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
 468                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.alignment);
 469
 470           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 471
 472           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 473                   .getSequences());
 474         }
 475       }
 476     }
 477     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 478     {
 479       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 480       Vector regions = new Vector();
 481       if (sg != null)
 482       {
 483         int start = sg.getStartRes();
 484         int end = sg.getEndRes() + 1;
 485
 486         do
 487         {
 488           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 489           {
 490             if (start == 0)
 491             {
 492               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);
 493             }
 494
 495             end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);
 496             if (start == end)
 497             {
 498               end = sg.getEndRes() + 1;
 499             }
 500             if (end > sg.getEndRes())
 501             {
 502               end = sg.getEndRes() + 1;
 503             }
 504           }
 505
 506           regions.addElement(new int[]
 507           { start, end });
 508
 509           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 510           {
 511             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);
 512             start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;
 513           }
 514         } while (end < sg.getEndRes());
 515
 516         int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];
 517         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)
 518         {
 519           startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);
 520         }
 521
 522         String description;
 523         int caseChange;
 524
 525         if (source == toggleCase)
 526         {
 527           description = "Toggle Case";
 528           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 529         }
 530         else if (source == toUpper)
 531         {
 532           description = "To Upper Case";
 533           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 534         }
 535         else
 536         {
 537           description = "To Lower Case";
 538           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 539         }
 540
 541         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 542                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences), startEnd,
 543                 caseChange);
 544
 545         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 546
 547         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 548                 .getSequences());
 549
 550       }
 551     }
 552     else if (source == sequenceFeature)
 553     {
 554       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 555       if (sg == null)
 556       {
 557         return;
 558       }
 559       int rsize=0,gSize = sg.getSize();
 560       SequenceI[] rseqs,seqs = new SequenceI[gSize];
 561       SequenceFeature[] tfeatures,features = new SequenceFeature[gSize];
 562
 563       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 564       {
 565         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 566         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 567         if (start<=end)
 568         {
 569           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 570           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end,
 571                 "Jalview");
 572           rsize++;
 573         }
 574       }
 575       rseqs = new SequenceI[rsize];
 576       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 577       System.arraycopy(seqs,0,rseqs, 0, rsize);
 578       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 579       features = tfeatures;
 580       seqs = rseqs;
 581
 582       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 583               features, true, ap))
 584       {
 585         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 586         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 587         ap.highlightSearchResults(null);
 588       }
 589     }
 590     else
 591     {
 592       outputText(evt);
 593     }
 594
 595   }
 596
 597   void outputText(ActionEvent e)
 598   {
 599     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 600
 601     Frame frame = new Frame();
 602     frame.add(cap);
 603     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Selection output - "
 604             + e.getActionCommand(), 600, 500);
 605
 606     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(e
 607             .getActionCommand(), new Alignment(ap.av
 608             .getSelectionAsNewSequence()), ap.av.showJVSuffix));
 609
 610   }
 611
 612   void editName()
 613   {
 614     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(), seq
 615             .getDescription(), "       Sequence Name",
 616             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 617             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 618
 619     if (dialog.accept)
 620     {
 621       seq.setName(dialog.getName());
 622       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 623       ap.paintAlignment(false);
 624     }
 625   }
 626
 627   void addPDB()
 628   {
 629     if (seq.getPDBId() != null)
 630     {
 631       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 632
 633       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 634         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 635         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 636       else
 637         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 638         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 639
 640     }
 641     else
 642     {
 643       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 644       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 645       cap.setPDBImport(seq);
 646       Frame frame = new Frame();
 647       frame.add(cap);
 648       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);
 649     }
 650   }
 651
 652   private void jbInit() throws Exception
 653   {
 654     groupMenu.setLabel("Group");
 655     groupMenu.setLabel("Selection");
 656     sequenceFeature.addActionListener(this);
 657
 658     editGroupName.addActionListener(this);
 659     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 660     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 661
 662     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 663     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 664     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 665     abovePIDColour.addItemListener(this);
 666     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 667     showBoxes.setLabel("Boxes");
 668     showBoxes.setState(true);
 669     showBoxes.addItemListener(this);
 670     sequenceName.addActionListener(this);
 671
 672     showText.setLabel("Text");
 673     showText.addItemListener(this);
 674     showColourText.setLabel("Colour Text");
 675     showColourText.addItemListener(this);
 676     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 677     seqMenu.setLabel("Sequence");
 678     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 679     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 680     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 681     revealAll.setLabel("Reveal All");
 682     menu1.setLabel("Group");
 683     add(groupMenu);
 684     this.add(seqMenu);
 685     this.add(hideSeqs);
 686     this.add(revealAll);
 687     groupMenu.add(editGroupName);
 688     groupMenu.add(editMenu);
 689     groupMenu.add(outputmenu);
 690     groupMenu.add(sequenceFeature);
 691     groupMenu.add(menu1);
 692
 693     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 694     colourMenu.add(clustalColour);
 695     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 696     colourMenu.add(PIDColour);
 697     colourMenu.add(zappoColour);
 698     colourMenu.add(taylorColour);
 699     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 700     colourMenu.add(helixColour);
 701     colourMenu.add(strandColour);
 702     colourMenu.add(turnColour);
 703     colourMenu.add(buriedColour);
 704     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 705     colourMenu.add(userDefinedColour);
 706     colourMenu.addSeparator();
 707     colourMenu.add(abovePIDColour);
 708     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 709
 710     noColourmenuItem.setLabel("None");
 711     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 712
 713     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 714     clustalColour.addActionListener(this);
 715     zappoColour.setLabel("Zappo");
 716     zappoColour.addActionListener(this);
 717     taylorColour.setLabel("Taylor");
 718     taylorColour.addActionListener(this);
 719     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 720     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 721     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 722     helixColour.addActionListener(this);
 723     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 724     strandColour.addActionListener(this);
 725     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 726     turnColour.addActionListener(this);
 727     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 728     buriedColour.addActionListener(this);
 729     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 730
 731     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 732     userDefinedColour.addActionListener(this);
 733     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 734     PIDColour.addActionListener(this);
 735     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 736     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 737     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 738
 739     editMenu.add(copy);
 740     copy.addActionListener(this);
 741     editMenu.add(cut);
 742     cut.addActionListener(this);
 743
 744     editMenu.add(editSequence);
 745     editSequence.addActionListener(this);
 746
 747     editMenu.add(toUpper);
 748     toUpper.addActionListener(this);
 749     editMenu.add(toLower);
 750     toLower.addActionListener(this);
 751     editMenu.add(toggleCase);
 752     seqMenu.add(sequenceName);
 753     seqMenu.add(pdb);
 754     seqMenu.add(repGroup);
 755     menu1.add(unGroupMenuItem);
 756     menu1.add(colourMenu);
 757     menu1.add(showBoxes);
 758     menu1.add(showText);
 759     menu1.add(showColourText);
 760     toggleCase.addActionListener(this);
 761     pdb.addActionListener(this);
 762     hideSeqs.addActionListener(this);
 763     repGroup.addActionListener(this);
 764     revealAll.addActionListener(this);
 765   }
 766
 767   void refresh()
 768   {
 769     ap.paintAlignment(true);
 770   }
 771
 772   protected void clustalColour_actionPerformed()
 773   {
 774     SequenceGroup sg = getGroup();
 775     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg
 776             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), ap.av.alignment
 777             .getWidth());
 778     refresh();
 779   }
 780
 781   protected void zappoColour_actionPerformed()
 782   {
 783     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 784     refresh();
 785   }
 786
 787   protected void taylorColour_actionPerformed()
 788   {
 789     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 790     refresh();
 791   }
 792
 793   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 794   {
 795     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 796     refresh();
 797   }
 798
 799   protected void helixColour_actionPerformed()
 800   {
 801     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 802     refresh();
 803   }
 804
 805   protected void strandColour_actionPerformed()
 806   {
 807     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 808     refresh();
 809   }
 810
 811   protected void turnColour_actionPerformed()
 812   {
 813     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 814     refresh();
 815   }
 816
 817   protected void buriedColour_actionPerformed()
 818   {
 819     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 820     refresh();
 821   }
 822
 823   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 824   {
 825     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 826     refresh();
 827   }
 828
 829   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 830   {
 831     SequenceGroup sg = getGroup();
 832     if (sg.cs == null)
 833     {
 834       return;
 835     }
 836
 837     if (abovePIDColour.getState())
 838     {
 839       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 840               .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 841               .getWidth()));
 842       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 843               .getName());
 844
 845       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 846
 847       SliderPanel.showPIDSlider();
 848
 849     }
 850     else
 851     // remove PIDColouring
 852     {
 853       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 854     }
 855
 856     refresh();
 857
 858   }
 859
 860   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 861   {
 862     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 863   }
 864
 865   protected void PIDColour_actionPerformed()
 866   {
 867     SequenceGroup sg = getGroup();
 868     sg.cs = new PIDColourScheme();
 869     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 870             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 871             .getWidth()));
 872     refresh();
 873   }
 874
 875   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 876   {
 877     SequenceGroup sg = getGroup();
 878
 879     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 880
 881     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 882             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 883             .getWidth()));
 884
 885     refresh();
 886   }
 887
 888   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 889   {
 890     getGroup().cs = null;
 891     refresh();
 892   }
 893
 894   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 895   {
 896     SequenceGroup sg = getGroup();
 897     if (sg.cs == null)
 898     {
 899       return;
 900     }
 901
 902     if (conservationMenuItem.getState())
 903     {
 904
 905       Conservation c = new Conservation("Group",
 906               ResidueProperties.propHash, 3, sg
 907                       .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,
 908               ap.av.alignment.getWidth());
 909
 910       c.calculate();
 911       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);
 912
 913       sg.cs.setConservation(c);
 914
 915       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
 916       SliderPanel.showConservationSlider();
 917     }
 918     else
 919     // remove ConservationColouring
 920     {
 921       sg.cs.setConservation(null);
 922     }
 923
 924     refresh();
 925   }
 926
 927   SequenceGroup getGroup()
 928   {
 929     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 930
 931     // this method won't add a new group if it already exists
 932     if (sg != null)
 933     {
 934       ap.av.alignment.addGroup(sg);
 935     }
 936
 937     return sg;
 938   }
 939
 940   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
 941   {
 942     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 943     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);
 944     ap.av.setSelectionGroup(null);
 945     ap.paintAlignment(true);
 946   }
 947
 948   public void showColourText_itemStateChanged()
 949   {
 950     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
 951     refresh();
 952   }
 953
 954   public void showText_itemStateChanged()
 955   {
 956     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
 957     refresh();
 958   }
 959
 960   public void showBoxes_itemStateChanged()
 961   {
 962     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
 963     refresh();
 964   }
 965
 966   void hideSequences(boolean representGroup)
 967   {
 968     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 969     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
 970     {
 971       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
 972       { seq });
 973       return;
 974     }
 975
 976     ap.av.setSelectionGroup(null);
 977
 978     if (representGroup)
 979     {
 980       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
 981
 982       return;
 983     }
 984
 985     int gsize = sg.getSize();
 986     SequenceI[] hseqs;
 987
 988     hseqs = new SequenceI[gsize];
 989
 990     int index = 0;
 991     for (int i = 0; i < gsize; i++)
 992     {
 993       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
 994     }
 995
 996     ap.av.hideSequence(hseqs);
 997   }
 998
 999 }