src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.analysis.*;
  27 import jalview.commands.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.schemes.*;
  30 import jalview.util.UrlLink;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32
  33 public class APopupMenu
  34     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener
  35 {
  36   Menu groupMenu = new Menu();
  37   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  38   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  39   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  40   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  41   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  42   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  43   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  44   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  45   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  46   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  47   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  48   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  49   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  50   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  51   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  52
  53   final AlignmentPanel ap;
  54   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  55   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  56   Menu colourMenu = new Menu();
  57   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  58   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  59   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  60   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  61   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  62   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  63   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  64   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  65   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  66   Menu outputmenu = new Menu();
  67   Menu seqMenu = new Menu();
  68   MenuItem pdb = new MenuItem();
  69   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
  70   MenuItem repGroup = new MenuItem();
  71   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
  72   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
  73   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
  74
  75   Sequence seq;
  76   MenuItem revealAll = new MenuItem();
  77   Menu menu1 = new Menu();
  78
  79   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
  80   {
  81     ///////////////////////////////////////////////////////////
  82     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
  83     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
  84     //
  85     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
  86     //////////////////////////////////////////////////////////
  87
  88     this.ap = apanel;
  89     this.seq = seq;
  90
  91     try
  92     {
  93       jbInit();
  94     }
  95     catch (Exception e)
  96     {
  97       e.printStackTrace();
  98     }
  99
 100     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length;
 101          i++)
 102     {
 103       MenuItem item = new MenuItem(jalview.io.AppletFormatAdapter.
 104                                    WRITEABLE_FORMATS[i]);
 105
 106       item.addActionListener(this);
 107       outputmenu.add(item);
 108     }
 109
 110     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 111
 112     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 113     {
 114       editGroupName.setLabel(sg.getName());
 115       showText.setState(sg.getDisplayText());
 116       showColourText.setState(sg.getColourText());
 117       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 118       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))
 119       {
 120         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 121       }
 122
 123     }
 124     else
 125     {
 126       remove(hideSeqs);
 127       remove(groupMenu);
 128     }
 129
 130     if (links != null && links.size()>0)
 131     {
 132       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 133       String link;
 134       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 135       {
 136         link = links.elementAt(i).toString();
 137         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 138         if (!urlLink.isValid())
 139         {
 140           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 141           continue;
 142         }
 143         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0, link.indexOf("|"));
 144         final String label = urlLink.getLabel();
 145         if (urlLink.isDynamic())
 146         {
 147
 148           // collect matching db-refs
 149           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new String[]{target});
 150           // collect id string too
 151           String id = seq.getName();
 152           if (dbr!=null)
 153           {
 154             for (int r=0;r<dbr.length; r++)
 155             {
 156               if (id!=null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 157               {
 158                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with this link
 159                 id = null;
 160               }
 161               // create Bare ID link for this RUL
 162               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(), true);
 163               if (urls!=null)
 164               {
 165                 for (int u=0; u<urls.length; u+=2)
 166                 {
 167                   addshowLink(linkMenu, label+"|"+urls[u],urls[u+1]);
 168                 }
 169               }
 170             }
 171           }
 172           if (id!=null)
 173           {
 174             // create Bare ID link for this RUL
 175             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 176             if (urls!=null)
 177             {
 178               for (int u=0; u<urls.length; u+=2)
 179               {
 180                 addshowLink(linkMenu, label,urls[u+1]);
 181               }
 182             }
 183             // addshowLink(linkMenu, target,  url_pref + id + url_suff);
 184           }
 185         } else {
 186           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 187         }
 188         /*final String url;
 189
 190         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)
 191         {
 192           // Substitute SEQUENCE_ID string and any matching database reference accessions
 193           String url_pref = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 194                   link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 195
 196           String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 197
 198           // collect matching db-refs
 199           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new String[]{target});
 200           // collect id string too
 201           String id = seq.getName();
 202           if (id.indexOf("|") > -1)
 203           {
 204             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);
 205           }
 206           if (dbr!=null)
 207           {
 208             for (int r=0;r<dbr.length; r++)
 209             {
 210               if (dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 211               {
 212                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with this link
 213                 id = null;
 214               }
 215               addshowLink(linkMenu, dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 216                       url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff);
 217             }
 218           }
 219           if (id!=null)
 220           {
 221             // create Bare ID link for this RUL
 222             addshowLink(linkMenu, target,  url_pref + id + url_suff);
 223           }
 224         } else {
 225           addshowLink(linkMenu, target, link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 226         } */
 227       }
 228
 229       if (seq != null)
 230       {
 231         seqMenu.add(linkMenu);
 232       }
 233       else
 234       {
 235         add(linkMenu);
 236       }
 237     }
 238     if (seq != null)
 239     {
 240       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 241       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 242     }
 243     else
 244     {
 245       remove(seqMenu);
 246     }
 247
 248     if (!ap.av.hasHiddenRows)
 249     {
 250       remove(revealAll);
 251     }
 252   }
 253   /**
 254    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 255    * @param linkMenu
 256    * @param target - menu label string
 257    * @param url - url to open
 258    */
 259   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target, final String url)
 260   {
 261     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 262   }
 263   /**
 264    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 265    * @param linkMenu
 266    * @param target - URL target window
 267    * @param label - menu label string
 268    * @param url - url to open
 269    */
 270   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target, final String label, final String url)
 271   {
 272     MenuItem item = new MenuItem(label);
 273     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 274     {
 275       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 276       {
 277         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 278       }
 279     });
 280     linkMenu.add(item);
 281   }
 282
 283
 284   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 285   {
 286     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 287     {
 288       abovePIDColour_itemStateChanged();
 289     }
 290     else if (evt.getSource() == showColourText)
 291     {
 292       showColourText_itemStateChanged();
 293     }
 294     else if (evt.getSource() == showText)
 295     {
 296       showText_itemStateChanged();
 297     }
 298     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 299     {
 300       showBoxes_itemStateChanged();
 301     }
 302   }
 303
 304   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 305   {
 306     Object source = evt.getSource();
 307     if (source == clustalColour)
 308     {
 309       clustalColour_actionPerformed();
 310     }
 311     else if (source == zappoColour)
 312     {
 313       zappoColour_actionPerformed();
 314     }
 315     else if (source == taylorColour)
 316     {
 317       taylorColour_actionPerformed();
 318     }
 319     else if (source == hydrophobicityColour)
 320     {
 321       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 322     }
 323     else if (source == helixColour)
 324     {
 325       helixColour_actionPerformed();
 326     }
 327     else if (source == strandColour)
 328     {
 329       strandColour_actionPerformed();
 330     }
 331     else if (source == turnColour)
 332     {
 333       turnColour_actionPerformed();
 334     }
 335     else if (source == buriedColour)
 336     {
 337       buriedColour_actionPerformed();
 338     }
 339     else if (source == nucleotideMenuItem)
 340     {
 341       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 342     }
 343
 344     else if (source == userDefinedColour)
 345     {
 346       userDefinedColour_actionPerformed();
 347     }
 348     else if (source == PIDColour)
 349     {
 350       PIDColour_actionPerformed();
 351     }
 352     else if (source == BLOSUM62Colour)
 353     {
 354       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 355     }
 356     else if (source == noColourmenuItem)
 357     {
 358       noColourmenuItem_actionPerformed();
 359     }
 360     else if (source == conservationMenuItem)
 361     {
 362       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 363     }
 364     else if (source == unGroupMenuItem)
 365     {
 366       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 367     }
 368
 369     else if (source == sequenceName)
 370     {
 371       editName();
 372     }
 373     else if (source == pdb)
 374     {
 375       addPDB();
 376     }
 377     else if (source == hideSeqs)
 378     {
 379       hideSequences(false);
 380     }
 381     else if (source == repGroup)
 382     {
 383       hideSequences(true);
 384     }
 385     else if (source == revealAll)
 386     {
 387       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 388     }
 389
 390     else if (source == editGroupName)
 391     {
 392       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
 393           getGroup().getName(),
 394           getGroup().getDescription(),
 395           "       Group Name",
 396           "Group Description",
 397           ap.alignFrame,
 398           "Edit Group Name / Description",
 399           500,100, true);
 400
 401       if (dialog.accept)
 402       {
 403         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 404         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 405       }
 406
 407     }
 408     else if (source == copy)
 409     {
 410       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 411     }
 412     else if (source == cut)
 413     {
 414       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 415     }
 416     else if(source == editSequence)
 417     {
 418       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 419
 420       if(sg!=null)
 421       {
 422         if (seq == null)
 423           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 424
 425         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 426             sg.getStartRes(),
 427             sg.getEndRes() + 1),
 428                                                    null,
 429                                                    "Edit Sequence ",
 430                                                    null,
 431
 432                                                    ap.alignFrame,
 433                                                    "Edit Sequence",
 434                                                    500, 100, true);
 435
 436         if (dialog.accept)
 437         {
 438           EditCommand editCommand = new EditCommand(
 439               "Edit Sequences", EditCommand.REPLACE,
 440               dialog.getName().replace(' ', ap.av.getGapCharacter()),
 441               sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
 442               sg.getStartRes(), sg.getEndRes()+1, ap.av.alignment
 443               );
 444
 445           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 446
 447           ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
 448                                  ap.av.getAlignment().getSequences());
 449         }
 450       }
 451     }
 452     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 453     {
 454       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 455       Vector regions = new Vector();
 456       if (sg != null)
 457       {
 458         int start = sg.getStartRes();
 459         int end = sg.getEndRes() + 1;
 460
 461         do
 462         {
 463           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 464           {
 465             if (start == 0)
 466             {
 467               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);
 468             }
 469
 470             end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);
 471             if (start == end)
 472             {
 473               end = sg.getEndRes() + 1;
 474             }
 475             if (end > sg.getEndRes())
 476             {
 477               end = sg.getEndRes() + 1;
 478             }
 479           }
 480
 481           regions.addElement(new int[]
 482                              {start, end});
 483
 484           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 485           {
 486             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);
 487             start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;
 488           }
 489         }
 490         while (end < sg.getEndRes());
 491
 492         int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];
 493         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)
 494         {
 495           startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);
 496         }
 497
 498         String description;
 499         int caseChange;
 500
 501         if (source == toggleCase)
 502         {
 503           description = "Toggle Case";
 504           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 505         }
 506         else if (source == toUpper)
 507         {
 508           description = "To Upper Case";
 509           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 510         }
 511         else
 512         {
 513           description = "To Lower Case";
 514           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 515         }
 516
 517         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(
 518             description, sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
 519             startEnd, caseChange
 520             );
 521
 522         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 523
 524         ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
 525                                  ap.av.getAlignment().getSequences());
 526
 527       }
 528     }
 529     else if(source == sequenceFeature)
 530     {
 531       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 532       if (sg == null)
 533       {
 534         return;
 535       }
 536
 537       int gSize = sg.getSize();
 538       SequenceI[] seqs = new SequenceI[gSize];
 539       SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[gSize];
 540
 541       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 542       {
 543         seqs[i] = sg.getSequenceAt(i);
 544         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 545         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 546         features[i] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end,
 547                                           "Jalview");
 548       }
 549
 550       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer()
 551           .amendFeatures(seqs, features, true, ap))
 552       {
 553         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 554         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 555         ap.highlightSearchResults(null);
 556       }
 557     }
 558     else
 559     {
 560       outputText(evt);
 561     }
 562
 563   }
 564
 565   void outputText(ActionEvent e)
 566   {
 567     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 568
 569     Frame frame = new Frame();
 570     frame.add(cap);
 571     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 572                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),
 573                                      600, 500);
 574
 575     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 576         e.getActionCommand(),
 577         new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),
 578         ap.av.showJVSuffix));
 579
 580   }
 581
 582   void editName()
 583   {
 584     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
 585         seq.getName(),
 586         seq.getDescription(),
 587         "       Sequence Name",
 588         "Sequence Description",
 589         ap.alignFrame,
 590         "Edit Sequence Name / Description",
 591         500,100, true);
 592
 593     if (dialog.accept)
 594     {
 595       seq.setName(dialog.getName());
 596       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 597       ap.paintAlignment(false);
 598     }
 599   }
 600
 601   void addPDB()
 602   {
 603     if(seq.getPDBId()!=null)
 604     {
 605       PDBEntry entry = (PDBEntry)seq.getPDBId().firstElement();
 606
 607       if ( ap.av.applet.jmolAvailable )
 608        new jalview.appletgui.AppletJmol(entry,
 609                                         new Sequence[]{seq},
 610                                         null,
 611                                         ap,
 612                                         AppletFormatAdapter.URL);
 613      else
 614        new MCview.AppletPDBViewer(entry,
 615                                   new Sequence[]{seq},
 616                                   null,
 617                                   ap,
 618                                   AppletFormatAdapter.URL);
 619
 620     }
 621     else
 622     {
 623       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 624       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 625       cap.setPDBImport(seq);
 626       Frame frame = new Frame();
 627       frame.add(cap);
 628       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);
 629     }
 630   }
 631
 632   private void jbInit()
 633       throws Exception
 634   {
 635     groupMenu.setLabel("Group");
 636     groupMenu.setLabel("Selection");
 637     sequenceFeature.addActionListener(this);
 638
 639     editGroupName.addActionListener(this);
 640     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 641     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 642
 643     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 644     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 645     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 646     abovePIDColour.addItemListener(this);
 647     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 648     showBoxes.setLabel("Boxes");
 649     showBoxes.setState(true);
 650     showBoxes.addItemListener(this);
 651     sequenceName.addActionListener(this);
 652
 653     showText.setLabel("Text");
 654     showText.addItemListener(this);
 655     showColourText.setLabel("Colour Text");
 656     showColourText.addItemListener(this);
 657     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 658     seqMenu.setLabel("Sequence");
 659     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 660     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 661     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 662     revealAll.setLabel("Reveal All");
 663     menu1.setLabel("Group");
 664     add(groupMenu);
 665     this.add(seqMenu);
 666     this.add(hideSeqs);
 667     this.add(revealAll);
 668     groupMenu.add(editGroupName);
 669     groupMenu.add(editMenu);
 670     groupMenu.add(outputmenu);
 671     groupMenu.add(sequenceFeature);
 672     groupMenu.add(menu1);
 673
 674     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 675     colourMenu.add(clustalColour);
 676     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 677     colourMenu.add(PIDColour);
 678     colourMenu.add(zappoColour);
 679     colourMenu.add(taylorColour);
 680     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 681     colourMenu.add(helixColour);
 682     colourMenu.add(strandColour);
 683     colourMenu.add(turnColour);
 684     colourMenu.add(buriedColour);
 685     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 686     colourMenu.add(userDefinedColour);
 687     colourMenu.addSeparator();
 688     colourMenu.add(abovePIDColour);
 689     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 690
 691     noColourmenuItem.setLabel("None");
 692     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 693
 694     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 695     clustalColour.addActionListener(this);
 696     zappoColour.setLabel("Zappo");
 697     zappoColour.addActionListener(this);
 698     taylorColour.setLabel("Taylor");
 699     taylorColour.addActionListener(this);
 700     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 701     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 702     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 703     helixColour.addActionListener(this);
 704     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 705     strandColour.addActionListener(this);
 706     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 707     turnColour.addActionListener(this);
 708     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 709     buriedColour.addActionListener(this);
 710     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 711
 712     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 713     userDefinedColour.addActionListener(this);
 714     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 715     PIDColour.addActionListener(this);
 716     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 717     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 718     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 719
 720     editMenu.add(copy);
 721     copy.addActionListener(this);
 722     editMenu.add(cut);
 723     cut.addActionListener(this);
 724
 725     editMenu.add(editSequence);
 726     editSequence.addActionListener(this);
 727
 728     editMenu.add(toUpper);
 729     toUpper.addActionListener(this);
 730     editMenu.add(toLower);
 731     toLower.addActionListener(this);
 732     editMenu.add(toggleCase);
 733     seqMenu.add(sequenceName);
 734     seqMenu.add(pdb);
 735     seqMenu.add(repGroup);
 736     menu1.add(unGroupMenuItem);
 737     menu1.add(colourMenu);
 738     menu1.add(showBoxes);
 739     menu1.add(showText);
 740     menu1.add(showColourText);
 741     toggleCase.addActionListener(this);
 742     pdb.addActionListener(this);
 743     hideSeqs.addActionListener(this);
 744     repGroup.addActionListener(this);
 745     revealAll.addActionListener(this);
 746   }
 747
 748   void refresh()
 749   {
 750     ap.paintAlignment(true);
 751   }
 752
 753   protected void clustalColour_actionPerformed()
 754   {
 755     SequenceGroup sg = getGroup();
 756     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),
 757                                      ap.av.alignment.getWidth());
 758     refresh();
 759   }
 760
 761   protected void zappoColour_actionPerformed()
 762   {
 763     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 764     refresh();
 765   }
 766
 767   protected void taylorColour_actionPerformed()
 768   {
 769     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 770     refresh();
 771   }
 772
 773   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 774   {
 775     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 776     refresh();
 777   }
 778
 779   protected void helixColour_actionPerformed()
 780   {
 781     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 782     refresh();
 783   }
 784
 785   protected void strandColour_actionPerformed()
 786   {
 787     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 788     refresh();
 789   }
 790
 791   protected void turnColour_actionPerformed()
 792   {
 793     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 794     refresh();
 795   }
 796
 797   protected void buriedColour_actionPerformed()
 798   {
 799     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 800     refresh();
 801   }
 802
 803   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 804   {
 805     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 806     refresh();
 807   }
 808
 809   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 810   {
 811     SequenceGroup sg = getGroup();
 812     if (sg.cs == null)
 813     {
 814       return;
 815     }
 816
 817     if (abovePIDColour.getState())
 818     {
 819       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.
 820           hiddenRepSequences), 0,
 821                                                ap.av.alignment.getWidth()));
 822       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,
 823           getGroup().getName());
 824
 825       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 826
 827       SliderPanel.showPIDSlider();
 828
 829     }
 830     else // remove PIDColouring
 831     {
 832       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 833     }
 834
 835     refresh();
 836
 837   }
 838
 839   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 840   {
 841     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 842   }
 843
 844   protected void PIDColour_actionPerformed()
 845   {
 846     SequenceGroup sg = getGroup();
 847     sg.cs = new PIDColourScheme();
 848     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.
 849         hiddenRepSequences), 0,
 850                                              ap.av.alignment.getWidth()));
 851     refresh();
 852   }
 853
 854   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 855   {
 856     SequenceGroup sg = getGroup();
 857
 858     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 859
 860     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.
 861         hiddenRepSequences), 0,
 862                                              ap.av.alignment.getWidth()));
 863
 864     refresh();
 865   }
 866
 867   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 868   {
 869     getGroup().cs = null;
 870     refresh();
 871   }
 872
 873   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 874   {
 875     SequenceGroup sg = getGroup();
 876     if (sg.cs == null)
 877     {
 878       return;
 879     }
 880
 881     if (conservationMenuItem.getState())
 882     {
 883
 884       Conservation c = new Conservation("Group",
 885                                         ResidueProperties.propHash, 3,
 886                                         sg.getSequences(ap.av.
 887           hiddenRepSequences), 0,
 888                                         ap.av.alignment.getWidth());
 889
 890       c.calculate();
 891       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);
 892
 893       sg.cs.setConservation(c);
 894
 895       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
 896       SliderPanel.showConservationSlider();
 897     }
 898     else // remove ConservationColouring
 899     {
 900       sg.cs.setConservation(null);
 901     }
 902
 903     refresh();
 904   }
 905
 906   SequenceGroup getGroup()
 907   {
 908     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 909
 910     // this method won't add a new group if it already exists
 911     if (sg != null)
 912     {
 913       ap.av.alignment.addGroup(sg);
 914     }
 915
 916     return sg;
 917   }
 918
 919   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
 920   {
 921     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 922     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);
 923     ap.av.setSelectionGroup(null);
 924     ap.paintAlignment(true);
 925   }
 926
 927   public void showColourText_itemStateChanged()
 928   {
 929     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
 930     refresh();
 931   }
 932
 933   public void showText_itemStateChanged()
 934   {
 935     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
 936     refresh();
 937   }
 938
 939   public void showBoxes_itemStateChanged()
 940   {
 941     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
 942     refresh();
 943   }
 944
 945   void hideSequences(boolean representGroup)
 946   {
 947     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 948     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
 949     {
 950       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
 951                          {seq});
 952       return;
 953     }
 954
 955     ap.av.setSelectionGroup(null);
 956
 957     if (representGroup)
 958     {
 959       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
 960
 961       return;
 962     }
 963
 964     int gsize = sg.getSize();
 965     SequenceI[] hseqs;
 966
 967     hseqs = new SequenceI[gsize];
 968
 969     int index = 0;
 970     for (int i = 0; i < gsize; i++)
 971     {
 972       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
 973     }
 974
 975     ap.av.hideSequence(hseqs);
 976   }
 977
 978 }