src/jalview/datamodel/CigarCigar.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 public class CigarCigar\r
  22     extends CigarSimple\r
  23 {\r
  24   SeqCigar refCigar;\r
  25   /**\r
  26    * Apply CIGAR operations to the result of another cigar\r
  27    * @param cigar Cigar\r
  28    */\r
  29   CigarCigar(SeqCigar cigar)\r
  30   {\r
  31     super();\r
  32     refCigar = cigar;\r
  33   }\r
  34 \r
  35   /**\r
  36    *\r
  37    * @return String formed by applying CIGAR operations to the reference object\r
  38    * @param GapChar char\r
  39    * @todo Implement this jalview.datamodel.Cigar method\r
  40    */\r
  41   public String getSequenceString(char GapChar)\r
  42   {\r
  43     if (length == 0)\r
  44     {\r
  45       return "";\r
  46     }\r
  47     String refString = refCigar.getSequenceString(GapChar);\r
  48     if (refString != null)\r
  49     {\r
  50       return (length == 0) ? "" :\r
  51           (String) getSequenceAndDeletions(refString, GapChar)[0];\r
  52     }\r
  53     else\r
  54     {\r
  55       return null;\r
  56     }\r
  57   }\r
  58 \r
  59 }\r