src/jalview/ext/forester/io/ForesterTreeParser.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.ext.archaeopteryx.AptxBinding;
   4 import jalview.ext.archaeopteryx.AptxNodeAssociation;
   5 import jalview.ext.archaeopteryx.ArchaeopteryxInit;
   6 import jalview.gui.Desktop;
   7 import jalview.gui.JvOptionPane;
   8 import jalview.util.MessageManager;
   9 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  10
  11 import java.io.File;
  12 import java.io.IOException;
  13
  14 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  15 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  16 import org.forester.util.ForesterUtil;
  17
  18 public class ForesterTreeParser implements ExternalTreeParserI<MainFrame>
  19 {
  20   private final String filePath;
  21
  22   private final File file;
  23
  24   public ForesterTreeParser(final String treeFilePath)
  25   {
  26     final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFilePath);
  27     if (possibleError != null)
  28     {
  29       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, possibleError,
  30               MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  31               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  32
  33     }
  34     filePath = treeFilePath;
  35     file = new File(filePath);
  36
  37
  38   }
  39
  40   public ForesterTreeParser(final File treeFile) throws IOException
  41   {
  42     final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFile);
  43     if (possibleError != null)
  44     {
  45       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, possibleError,
  46               MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  47               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  48
  49     }
  50     file = treeFile;
  51     filePath = file.getCanonicalPath();
  52   }
  53
  54   @Override
  55   public MainFrame loadTreeFile(AlignmentViewport viewport)
  56   {
  57     String[] AptxArgs = new String[] { "-c",
  58         "_aptx_jalview_configuration_file", filePath };
  59     MainFrame aptx = Archaeopteryx.main(AptxArgs);
  60
  61     AptxNodeAssociation bindAptxNodes = new AptxNodeAssociation(
  62             viewport.getAlignment().getSequencesArray(),
  63             aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel().getPhylogeny());
  64
  65     bindAptxNodes.associateLeavesToSequences();
  66     new AptxBinding(aptx, viewport, bindAptxNodes.getAlignmentWithNodes(),
  67             bindAptxNodes.getNodesWithAlignment());
  68
  69     ArchaeopteryxInit.bindFrameToJalview(aptx);
  70
  71     return aptx;
  72
  73
  74   }
  75   //
  76   // void readPhylogeniesFromURL() {
  77   // URL url = null;
  78   // Phylogeny[] phys = null;
  79   // final String message = "Please enter a complete URL, for example
  80   // \"http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15480?format=nexus\"";
  81   // final String url_string = JOptionPane
  82   // .showInputDialog( this,
  83   // message,
  84   // "Use URL/webservice to obtain a phylogeny",
  85   // JOptionPane.QUESTION_MESSAGE );
  86   // boolean nhx_or_nexus = false;
  87   // if ( ( url_string != null ) && ( url_string.length() > 0 ) ) {
  88   // try {
  89   // url = new URL( url_string );
  90   // PhylogenyParser parser = null;
  91   // if ( url.getHost().toLowerCase().indexOf( "tolweb" ) >= 0 ) {
  92   // parser = new TolParser();
  93   // }
  94   // else {
  95   // parser = ParserUtils
  96   // .createParserDependingOnUrlContents( url,
  97   // getConfiguration().isValidatePhyloXmlAgainstSchema() );
  98   // }
  99   // if ( parser instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
 100   // nhx_or_nexus = true;
 101   // }
 102   // else if ( parser instanceof NHXParser ) {
 103   // nhx_or_nexus = true;
 104   // }
 105   // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 106   // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setWaitCursor();
 107   // }
 108   // else {
 109   // _mainpanel.setWaitCursor();
 110   // }
 111   // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 112   // phys = factory.create( url.openStream(), parser );
 113   // }
 114   // catch ( final MalformedURLException e ) {
 115   // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 116   // "Malformed URL: " + url + "\n" + e.getLocalizedMessage(),
 117   // "Malformed URL",
 118   // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 119   // }
 120   // catch ( final IOException e ) {
 121   // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 122   // "Could not read from " + url + "\n"
 123   // + ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 124   // "Failed to read URL",
 125   // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 126   // }
 127   // catch ( final Exception e ) {
 128   // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 129   // ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 130   // "Unexpected Exception",
 131   // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 132   // }
 133   // finally {
 134   // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 135   // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 136   // }
 137   // else {
 138   // _mainpanel.setArrowCursor();
 139   // }
 140   // }
 141   // if ( ( phys != null ) && ( phys.length > 0 ) ) {
 142   // if ( nhx_or_nexus &&
 143   // getOptions().isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() ) {
 144   // for( final Phylogeny phy : phys ) {
 145   // PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy, "" );
 146   // }
 147   // }
 148   // AptxUtil.addPhylogeniesToTabs( phys,
 149   // new File( url.getFile() ).getName(),
 150   // new File( url.getFile() ).toString(),
 151   // getConfiguration(),
 152   // getMainPanel() );
 153   // _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 154   // }
 155   // }
 156   // activateSaveAllIfNeeded();
 157   // System.gc();
 158   // }
 159
 160 }
 161
 162
 163
 164
 165
 166