src/jalview/schemes/HMMERColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
   4 import jalview.datamodel.HiddenMarkovModel;
   5 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.util.ColorUtils;
   8 import jalview.util.Comparison;
   9
  10 import java.awt.Color;
  11 import java.util.List;
  12 import java.util.Map;
  13
  14 public class HMMERColourScheme extends ResidueColourScheme
  15 {
  16
  17   AnnotatedCollectionI alignment;
  18
  19   HiddenMarkovModel hmm;
  20
  21   boolean peptideSpecific;
  22
  23   boolean nucleotideSpecific;
  24
  25   public HMMERColourScheme(HiddenMarkovModel markov)
  26   {
  27     hmm = markov;
  28   }
  29   public HMMERColourScheme()
  30   {
  31
  32   }
  33
  34   @Override
  35   public Color findColour(char symbol, int position, SequenceI seq,
  36           String consensusResidue, float pid)
  37   {
  38     if (hmm ==null)
  39     {
  40       return Color.white;
  41     }
  42     return findColour(symbol, position);
  43   }
  44
  45   public Color findColour(char symbol, int position)
  46   {
  47
  48     if (Comparison.isGap(symbol))
  49     {
  50       return Color.white;
  51     }
  52     if (Character.isLowerCase(symbol))
  53     {
  54       return new Color(230, 0, 0);
  55     }
  56     Double prob;
  57     prob = hmm.getMatchEmissionProbability(position, symbol);
  58     double freq = 0;
  59     String alpha = hmm.getAlphabetType();
  60     if (!ResidueProperties.backgroundFrequencies.get(alpha).containsKey(symbol))
  61     {
  62       return Color.white;
  63     }
  64     else
  65     {
  66       freq = ResidueProperties.backgroundFrequencies.get(alpha).get(symbol);
  67     }
  68     if (prob == 0)
  69     {
  70       return new Color(230, 0, 0);
  71     }
  72     Double value = Math.log(prob / freq) / Math.log(2);
  73     Color colour = null;
  74     if (value > 0)
  75     {
  76
  77       colour = ColorUtils.getGraduatedColour(value.floatValue(), 0,
  78               Color.WHITE, 6.52f, Color.blue);
  79     }
  80     else if (value < 0)
  81     {
  82       return Color.ORANGE;
  83
  84     }
  85     return colour;
  86
  87   }
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  94   @Override
  95   public void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI collection,
  96           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps)
  97   {
  98           List<SequenceI> seqs = collection.getSequences();
  99             for (SequenceI seq : seqs)
 100             {
 101               if (seq.getHMM() != null)
 102               {
 103                 hmm = seq.getHMM();
 104                 break;
 105               }
 106             }
 107
 108   }
 109
 110
 111
 112   @Override
 113   public ColourSchemeI getInstance(AnnotatedCollectionI sg,
 114           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
 115   {
 116           HiddenMarkovModel markov = null;
 117             List<SequenceI> seqs = sg.getSequences();
 118             for (SequenceI seq : seqs)
 119             {
 120               if (seq.getHMM() != null)
 121               {
 122                 markov = seq.getHMM();
 123                 break;
 124               }
 125             }
 126             HMMERColourScheme colour = new HMMERColourScheme(markov);
 127             return colour;
 128
 129   }
 130
 131   @Override
 132   public boolean isApplicableTo(AnnotatedCollectionI ac)
 133   {
 134       return true;
 135
 136   }
 137
 138   @Override
 139   public String getSchemeName()
 140   {
 141
 142     return JalviewColourScheme.HMMER.name();
 143   }
 144
 145   @Override
 146   public boolean isSimple()
 147   {
 148     // TODO Auto-generated method stub
 149     return false;
 150   }
 151
 152 }