src/org/vamsas/objects/core/RangeAnnotation.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.9M2</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package org.vamsas.objects.core;
   9
  10   //---------------------------------/
  11  //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import java.io.IOException;
  15 import java.io.Reader;
  16 import java.io.Serializable;
  17 import java.io.Writer;
  18 import java.util.Enumeration;
  19 import java.util.Vector;
  20 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;
  21 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  22 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  23 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;
  24 import org.xml.sax.ContentHandler;
  25
  26 /**
  27  * Annotation for a rangeSpec - values can be attached for the
  28  * whole specification, and to each position within the spec.
  29  * following the orientation specified by the ordered set of
  30  * rangeSpec (pos, seg) elements.
  31  *
  32  *
  33  * @version $Revision$ $Date$
  34  */
  35 public class RangeAnnotation extends org.vamsas.objects.core.RangeType
  36 implements java.io.Serializable
  37 {
  38
  39
  40       //--------------------------/
  41      //- Class/Member Variables -/
  42     //--------------------------/
  43
  44     /**
  45      * Primary Key for vamsas object referencing
  46      *
  47      */
  48     private java.lang.String _id;
  49
  50     /**
  51      * objects with modifiable=false will not be
  52      *  modified by a vamsas client update
  53      *
  54      */
  55     private boolean _modifiable = true;
  56
  57     /**
  58      * keeps track of state for field: _modifiable
  59      */
  60     private boolean _has_modifiable;
  61
  62     /**
  63      * Annotation with the same non-empty group
  64      *  name are grouped together
  65      *
  66      */
  67     private java.lang.String _group = "";
  68
  69     /**
  70      * A Das Feature has both a type and a Type ID.
  71      *  We go the route of requiring the type string
  72      *  to be taken from a controlled vocabulary if
  73      *  an application expects others to make sense
  74      *  of it.
  75      *  The type may qualified - so uniprot:CHAIN is a valid type
  76      * name,
  77      *  and considered distinct from someotherDB:CHAIN
  78      *
  79      */
  80     private java.lang.String _type;
  81
  82     /**
  83      * Short, meaningful name for the annotation - if this is
  84      * absent, then the type string should be used in its place.
  85      *
  86      */
  87     private java.lang.String _label;
  88
  89     /**
  90      * Human readable description of the annotation
  91      *
  92      */
  93     private java.lang.String _description;
  94
  95     /**
  96      * TODO: specify this - we have considered taking the GO
  97      * evidence codes as a model for assessing a measure of quality
  98      * to an annotation.
  99      *
 100      */
 101     private java.lang.String _status;
 102
 103     /**
 104      * Annotation Element position maps to
 105      *  ordered positions defined by the
 106      *  sequence of rangeType pos positions or
 107      *  concatenated seg start/end segments.
 108      *
 109      */
 110     private java.util.Vector _annotationElementList;
 111
 112     /**
 113      * Ordered set of optionally named float
 114      *  values for the whole annotation
 115      *
 116      */
 117     private java.util.Vector _scoreList;
 118
 119     /**
 120      * Field _linkList
 121      */
 122     private java.util.Vector _linkList;
 123
 124     /**
 125      * Note:These are mutable so an application
 126      *  should check them each time.
 127      *
 128      */
 129     private java.util.Vector _propertyList;
 130
 131
 132       //----------------/
 133      //- Constructors -/
 134     //----------------/
 135
 136     public RangeAnnotation()
 137      {
 138         super();
 139         setGroup("");
 140         _annotationElementList = new Vector();
 141         _scoreList = new Vector();
 142         _linkList = new Vector();
 143         _propertyList = new Vector();
 144     } //-- org.vamsas.objects.core.RangeAnnotation()
 145
 146
 147       //-----------/
 148      //- Methods -/
 149     //-----------/
 150
 151     /**
 152      * Method addAnnotationElement
 153      *
 154      *
 155      *
 156      * @param vAnnotationElement
 157      */
 158     public void addAnnotationElement(org.vamsas.objects.core.AnnotationElement vAnnotationElement)
 159         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 160     {
 161         _annotationElementList.addElement(vAnnotationElement);
 162     } //-- void addAnnotationElement(org.vamsas.objects.core.AnnotationElement)
 163
 164     /**
 165      * Method addAnnotationElement
 166      *
 167      *
 168      *
 169      * @param index
 170      * @param vAnnotationElement
 171      */
 172     public void addAnnotationElement(int index, org.vamsas.objects.core.AnnotationElement vAnnotationElement)
 173         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 174     {
 175         _annotationElementList.insertElementAt(vAnnotationElement, index);
 176     } //-- void addAnnotationElement(int, org.vamsas.objects.core.AnnotationElement)
 177
 178     /**
 179      * Method addLink
 180      *
 181      *
 182      *
 183      * @param vLink
 184      */
 185     public void addLink(org.vamsas.objects.core.Link vLink)
 186         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 187     {
 188         _linkList.addElement(vLink);
 189     } //-- void addLink(org.vamsas.objects.core.Link)
 190
 191     /**
 192      * Method addLink
 193      *
 194      *
 195      *
 196      * @param index
 197      * @param vLink
 198      */
 199     public void addLink(int index, org.vamsas.objects.core.Link vLink)
 200         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 201     {
 202         _linkList.insertElementAt(vLink, index);
 203     } //-- void addLink(int, org.vamsas.objects.core.Link)
 204
 205     /**
 206      * Method addProperty
 207      *
 208      *
 209      *
 210      * @param vProperty
 211      */
 212     public void addProperty(org.vamsas.objects.core.Property vProperty)
 213         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 214     {
 215         _propertyList.addElement(vProperty);
 216     } //-- void addProperty(org.vamsas.objects.core.Property)
 217
 218     /**
 219      * Method addProperty
 220      *
 221      *
 222      *
 223      * @param index
 224      * @param vProperty
 225      */
 226     public void addProperty(int index, org.vamsas.objects.core.Property vProperty)
 227         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 228     {
 229         _propertyList.insertElementAt(vProperty, index);
 230     } //-- void addProperty(int, org.vamsas.objects.core.Property)
 231
 232     /**
 233      * Method addScore
 234      *
 235      *
 236      *
 237      * @param vScore
 238      */
 239     public void addScore(org.vamsas.objects.core.Score vScore)
 240         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 241     {
 242         _scoreList.addElement(vScore);
 243     } //-- void addScore(org.vamsas.objects.core.Score)
 244
 245     /**
 246      * Method addScore
 247      *
 248      *
 249      *
 250      * @param index
 251      * @param vScore
 252      */
 253     public void addScore(int index, org.vamsas.objects.core.Score vScore)
 254         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 255     {
 256         _scoreList.insertElementAt(vScore, index);
 257     } //-- void addScore(int, org.vamsas.objects.core.Score)
 258
 259     /**
 260      * Method deleteModifiable
 261      *
 262      */
 263     public void deleteModifiable()
 264     {
 265         this._has_modifiable= false;
 266     } //-- void deleteModifiable()
 267
 268     /**
 269      * Method enumerateAnnotationElement
 270      *
 271      *
 272      *
 273      * @return Enumeration
 274      */
 275     public java.util.Enumeration enumerateAnnotationElement()
 276     {
 277         return _annotationElementList.elements();
 278     } //-- java.util.Enumeration enumerateAnnotationElement()
 279
 280     /**
 281      * Method enumerateLink
 282      *
 283      *
 284      *
 285      * @return Enumeration
 286      */
 287     public java.util.Enumeration enumerateLink()
 288     {
 289         return _linkList.elements();
 290     } //-- java.util.Enumeration enumerateLink()
 291
 292     /**
 293      * Method enumerateProperty
 294      *
 295      *
 296      *
 297      * @return Enumeration
 298      */
 299     public java.util.Enumeration enumerateProperty()
 300     {
 301         return _propertyList.elements();
 302     } //-- java.util.Enumeration enumerateProperty()
 303
 304     /**
 305      * Method enumerateScore
 306      *
 307      *
 308      *
 309      * @return Enumeration
 310      */
 311     public java.util.Enumeration enumerateScore()
 312     {
 313         return _scoreList.elements();
 314     } //-- java.util.Enumeration enumerateScore()
 315
 316     /**
 317      * Note: hashCode() has not been overriden
 318      *
 319      * @param obj
 320      * @return boolean
 321      */
 322     public boolean equals(java.lang.Object obj)
 323     {
 324         if ( this == obj )
 325             return true;
 326
 327         if (super.equals(obj)==false)
 328             return false;
 329
 330         if (obj instanceof RangeAnnotation) {
 331
 332             RangeAnnotation temp = (RangeAnnotation)obj;
 333             if (this._id != null) {
 334                 if (temp._id == null) return false;
 335                 else if (!(this._id.equals(temp._id)))
 336                     return false;
 337             }
 338             else if (temp._id != null)
 339                 return false;
 340             if (this._modifiable != temp._modifiable)
 341                 return false;
 342             if (this._has_modifiable != temp._has_modifiable)
 343                 return false;
 344             if (this._group != null) {
 345                 if (temp._group == null) return false;
 346                 else if (!(this._group.equals(temp._group)))
 347                     return false;
 348             }
 349             else if (temp._group != null)
 350                 return false;
 351             if (this._type != null) {
 352                 if (temp._type == null) return false;
 353                 else if (!(this._type.equals(temp._type)))
 354                     return false;
 355             }
 356             else if (temp._type != null)
 357                 return false;
 358             if (this._label != null) {
 359                 if (temp._label == null) return false;
 360                 else if (!(this._label.equals(temp._label)))
 361                     return false;
 362             }
 363             else if (temp._label != null)
 364                 return false;
 365             if (this._description != null) {
 366                 if (temp._description == null) return false;
 367                 else if (!(this._description.equals(temp._description)))
 368                     return false;
 369             }
 370             else if (temp._description != null)
 371                 return false;
 372             if (this._status != null) {
 373                 if (temp._status == null) return false;
 374                 else if (!(this._status.equals(temp._status)))
 375                     return false;
 376             }
 377             else if (temp._status != null)
 378                 return false;
 379             if (this._annotationElementList != null) {
 380                 if (temp._annotationElementList == null) return false;
 381                 else if (!(this._annotationElementList.equals(temp._annotationElementList)))
 382                     return false;
 383             }
 384             else if (temp._annotationElementList != null)
 385                 return false;
 386             if (this._scoreList != null) {
 387                 if (temp._scoreList == null) return false;
 388                 else if (!(this._scoreList.equals(temp._scoreList)))
 389                     return false;
 390             }
 391             else if (temp._scoreList != null)
 392                 return false;
 393             if (this._linkList != null) {
 394                 if (temp._linkList == null) return false;
 395                 else if (!(this._linkList.equals(temp._linkList)))
 396                     return false;
 397             }
 398             else if (temp._linkList != null)
 399                 return false;
 400             if (this._propertyList != null) {
 401                 if (temp._propertyList == null) return false;
 402                 else if (!(this._propertyList.equals(temp._propertyList)))
 403                     return false;
 404             }
 405             else if (temp._propertyList != null)
 406                 return false;
 407             return true;
 408         }
 409         return false;
 410     } //-- boolean equals(java.lang.Object)
 411
 412     /**
 413      * Method getAnnotationElement
 414      *
 415      *
 416      *
 417      * @param index
 418      * @return AnnotationElement
 419      */
 420     public org.vamsas.objects.core.AnnotationElement getAnnotationElement(int index)
 421         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 422     {
 423         //-- check bounds for index
 424         if ((index < 0) || (index > _annotationElementList.size())) {
 425             throw new IndexOutOfBoundsException("getAnnotationElement: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_annotationElementList.size()+ "]");
 426         }
 427
 428         return (org.vamsas.objects.core.AnnotationElement) _annotationElementList.elementAt(index);
 429     } //-- org.vamsas.objects.core.AnnotationElement getAnnotationElement(int)
 430
 431     /**
 432      * Method getAnnotationElement
 433      *
 434      *
 435      *
 436      * @return AnnotationElement
 437      */
 438     public org.vamsas.objects.core.AnnotationElement[] getAnnotationElement()
 439     {
 440         int size = _annotationElementList.size();
 441         org.vamsas.objects.core.AnnotationElement[] mArray = new org.vamsas.objects.core.AnnotationElement[size];
 442         for (int index = 0; index < size; index++) {
 443             mArray[index] = (org.vamsas.objects.core.AnnotationElement) _annotationElementList.elementAt(index);
 444         }
 445         return mArray;
 446     } //-- org.vamsas.objects.core.AnnotationElement[] getAnnotationElement()
 447
 448     /**
 449      * Method getAnnotationElementCount
 450      *
 451      *
 452      *
 453      * @return int
 454      */
 455     public int getAnnotationElementCount()
 456     {
 457         return _annotationElementList.size();
 458     } //-- int getAnnotationElementCount()
 459
 460     /**
 461      * Returns the value of field 'description'. The field
 462      * 'description' has the following description: Human readable
 463      * description of the annotation
 464      *
 465      *
 466      * @return String
 467      * @return the value of field 'description'.
 468      */
 469     public java.lang.String getDescription()
 470     {
 471         return this._description;
 472     } //-- java.lang.String getDescription()
 473
 474     /**
 475      * Returns the value of field 'group'. The field 'group' has
 476      * the following description: Annotation with the same
 477      * non-empty group
 478      *  name are grouped together
 479      *
 480      *
 481      * @return String
 482      * @return the value of field 'group'.
 483      */
 484     public java.lang.String getGroup()
 485     {
 486         return this._group;
 487     } //-- java.lang.String getGroup()
 488
 489     /**
 490      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the
 491      * following description: Primary Key for vamsas object
 492      * referencing
 493      *
 494      *
 495      * @return String
 496      * @return the value of field 'id'.
 497      */
 498     public java.lang.String getId()
 499     {
 500         return this._id;
 501     } //-- java.lang.String getId()
 502
 503     /**
 504      * Returns the value of field 'label'. The field 'label' has
 505      * the following description: Short, meaningful name for the
 506      * annotation - if this is absent, then the type string should
 507      * be used in its place.
 508      *
 509      *
 510      * @return String
 511      * @return the value of field 'label'.
 512      */
 513     public java.lang.String getLabel()
 514     {
 515         return this._label;
 516     } //-- java.lang.String getLabel()
 517
 518     /**
 519      * Method getLink
 520      *
 521      *
 522      *
 523      * @param index
 524      * @return Link
 525      */
 526     public org.vamsas.objects.core.Link getLink(int index)
 527         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 528     {
 529         //-- check bounds for index
 530         if ((index < 0) || (index > _linkList.size())) {
 531             throw new IndexOutOfBoundsException("getLink: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_linkList.size()+ "]");
 532         }
 533
 534         return (org.vamsas.objects.core.Link) _linkList.elementAt(index);
 535     } //-- org.vamsas.objects.core.Link getLink(int)
 536
 537     /**
 538      * Method getLink
 539      *
 540      *
 541      *
 542      * @return Link
 543      */
 544     public org.vamsas.objects.core.Link[] getLink()
 545     {
 546         int size = _linkList.size();
 547         org.vamsas.objects.core.Link[] mArray = new org.vamsas.objects.core.Link[size];
 548         for (int index = 0; index < size; index++) {
 549             mArray[index] = (org.vamsas.objects.core.Link) _linkList.elementAt(index);
 550         }
 551         return mArray;
 552     } //-- org.vamsas.objects.core.Link[] getLink()
 553
 554     /**
 555      * Method getLinkCount
 556      *
 557      *
 558      *
 559      * @return int
 560      */
 561     public int getLinkCount()
 562     {
 563         return _linkList.size();
 564     } //-- int getLinkCount()
 565
 566     /**
 567      * Returns the value of field 'modifiable'. The field
 568      * 'modifiable' has the following description: objects with
 569      * modifiable=false will not be
 570      *  modified by a vamsas client update
 571      *
 572      *
 573      * @return boolean
 574      * @return the value of field 'modifiable'.
 575      */
 576     public boolean getModifiable()
 577     {
 578         return this._modifiable;
 579     } //-- boolean getModifiable()
 580
 581     /**
 582      * Method getProperty
 583      *
 584      *
 585      *
 586      * @param index
 587      * @return Property
 588      */
 589     public org.vamsas.objects.core.Property getProperty(int index)
 590         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 591     {
 592         //-- check bounds for index
 593         if ((index < 0) || (index > _propertyList.size())) {
 594             throw new IndexOutOfBoundsException("getProperty: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_propertyList.size()+ "]");
 595         }
 596
 597         return (org.vamsas.objects.core.Property) _propertyList.elementAt(index);
 598     } //-- org.vamsas.objects.core.Property getProperty(int)
 599
 600     /**
 601      * Method getProperty
 602      *
 603      *
 604      *
 605      * @return Property
 606      */
 607     public org.vamsas.objects.core.Property[] getProperty()
 608     {
 609         int size = _propertyList.size();
 610         org.vamsas.objects.core.Property[] mArray = new org.vamsas.objects.core.Property[size];
 611         for (int index = 0; index < size; index++) {
 612             mArray[index] = (org.vamsas.objects.core.Property) _propertyList.elementAt(index);
 613         }
 614         return mArray;
 615     } //-- org.vamsas.objects.core.Property[] getProperty()
 616
 617     /**
 618      * Method getPropertyCount
 619      *
 620      *
 621      *
 622      * @return int
 623      */
 624     public int getPropertyCount()
 625     {
 626         return _propertyList.size();
 627     } //-- int getPropertyCount()
 628
 629     /**
 630      * Method getScore
 631      *
 632      *
 633      *
 634      * @param index
 635      * @return Score
 636      */
 637     public org.vamsas.objects.core.Score getScore(int index)
 638         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 639     {
 640         //-- check bounds for index
 641         if ((index < 0) || (index > _scoreList.size())) {
 642             throw new IndexOutOfBoundsException("getScore: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_scoreList.size()+ "]");
 643         }
 644
 645         return (org.vamsas.objects.core.Score) _scoreList.elementAt(index);
 646     } //-- org.vamsas.objects.core.Score getScore(int)
 647
 648     /**
 649      * Method getScore
 650      *
 651      *
 652      *
 653      * @return Score
 654      */
 655     public org.vamsas.objects.core.Score[] getScore()
 656     {
 657         int size = _scoreList.size();
 658         org.vamsas.objects.core.Score[] mArray = new org.vamsas.objects.core.Score[size];
 659         for (int index = 0; index < size; index++) {
 660             mArray[index] = (org.vamsas.objects.core.Score) _scoreList.elementAt(index);
 661         }
 662         return mArray;
 663     } //-- org.vamsas.objects.core.Score[] getScore()
 664
 665     /**
 666      * Method getScoreCount
 667      *
 668      *
 669      *
 670      * @return int
 671      */
 672     public int getScoreCount()
 673     {
 674         return _scoreList.size();
 675     } //-- int getScoreCount()
 676
 677     /**
 678      * Returns the value of field 'status'. The field 'status' has
 679      * the following description: TODO: specify this - we have
 680      * considered taking the GO evidence codes as a model for
 681      * assessing a measure of quality to an annotation.
 682      *
 683      *
 684      * @return String
 685      * @return the value of field 'status'.
 686      */
 687     public java.lang.String getStatus()
 688     {
 689         return this._status;
 690     } //-- java.lang.String getStatus()
 691
 692     /**
 693      * Returns the value of field 'type'. The field 'type' has the
 694      * following description: A Das Feature has both a type and a
 695      * Type ID.
 696      *  We go the route of requiring the type string
 697      *  to be taken from a controlled vocabulary if
 698      *  an application expects others to make sense
 699      *  of it.
 700      *  The type may qualified - so uniprot:CHAIN is a valid type
 701      * name,
 702      *  and considered distinct from someotherDB:CHAIN
 703      *
 704      *
 705      * @return String
 706      * @return the value of field 'type'.
 707      */
 708     public java.lang.String getType()
 709     {
 710         return this._type;
 711     } //-- java.lang.String getType()
 712
 713     /**
 714      * Method hasModifiable
 715      *
 716      *
 717      *
 718      * @return boolean
 719      */
 720     public boolean hasModifiable()
 721     {
 722         return this._has_modifiable;
 723     } //-- boolean hasModifiable()
 724
 725     /**
 726      * Method isValid
 727      *
 728      *
 729      *
 730      * @return boolean
 731      */
 732     public boolean isValid()
 733     {
 734         try {
 735             validate();
 736         }
 737         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 738             return false;
 739         }
 740         return true;
 741     } //-- boolean isValid()
 742
 743     /**
 744      * Method marshal
 745      *
 746      *
 747      *
 748      * @param out
 749      */
 750     public void marshal(java.io.Writer out)
 751         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException
 752     {
 753
 754         Marshaller.marshal(this, out);
 755     } //-- void marshal(java.io.Writer)
 756
 757     /**
 758      * Method marshal
 759      *
 760      *
 761      *
 762      * @param handler
 763      */
 764     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)
 765         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException
 766     {
 767
 768         Marshaller.marshal(this, handler);
 769     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)
 770
 771     /**
 772      * Method removeAllAnnotationElement
 773      *
 774      */
 775     public void removeAllAnnotationElement()
 776     {
 777         _annotationElementList.removeAllElements();
 778     } //-- void removeAllAnnotationElement()
 779
 780     /**
 781      * Method removeAllLink
 782      *
 783      */
 784     public void removeAllLink()
 785     {
 786         _linkList.removeAllElements();
 787     } //-- void removeAllLink()
 788
 789     /**
 790      * Method removeAllProperty
 791      *
 792      */
 793     public void removeAllProperty()
 794     {
 795         _propertyList.removeAllElements();
 796     } //-- void removeAllProperty()
 797
 798     /**
 799      * Method removeAllScore
 800      *
 801      */
 802     public void removeAllScore()
 803     {
 804         _scoreList.removeAllElements();
 805     } //-- void removeAllScore()
 806
 807     /**
 808      * Method removeAnnotationElement
 809      *
 810      *
 811      *
 812      * @param index
 813      * @return AnnotationElement
 814      */
 815     public org.vamsas.objects.core.AnnotationElement removeAnnotationElement(int index)
 816     {
 817         java.lang.Object obj = _annotationElementList.elementAt(index);
 818         _annotationElementList.removeElementAt(index);
 819         return (org.vamsas.objects.core.AnnotationElement) obj;
 820     } //-- org.vamsas.objects.core.AnnotationElement removeAnnotationElement(int)
 821
 822     /**
 823      * Method removeLink
 824      *
 825      *
 826      *
 827      * @param index
 828      * @return Link
 829      */
 830     public org.vamsas.objects.core.Link removeLink(int index)
 831     {
 832         java.lang.Object obj = _linkList.elementAt(index);
 833         _linkList.removeElementAt(index);
 834         return (org.vamsas.objects.core.Link) obj;
 835     } //-- org.vamsas.objects.core.Link removeLink(int)
 836
 837     /**
 838      * Method removeProperty
 839      *
 840      *
 841      *
 842      * @param index
 843      * @return Property
 844      */
 845     public org.vamsas.objects.core.Property removeProperty(int index)
 846     {
 847         java.lang.Object obj = _propertyList.elementAt(index);
 848         _propertyList.removeElementAt(index);
 849         return (org.vamsas.objects.core.Property) obj;
 850     } //-- org.vamsas.objects.core.Property removeProperty(int)
 851
 852     /**
 853      * Method removeScore
 854      *
 855      *
 856      *
 857      * @param index
 858      * @return Score
 859      */
 860     public org.vamsas.objects.core.Score removeScore(int index)
 861     {
 862         java.lang.Object obj = _scoreList.elementAt(index);
 863         _scoreList.removeElementAt(index);
 864         return (org.vamsas.objects.core.Score) obj;
 865     } //-- org.vamsas.objects.core.Score removeScore(int)
 866
 867     /**
 868      * Method setAnnotationElement
 869      *
 870      *
 871      *
 872      * @param index
 873      * @param vAnnotationElement
 874      */
 875     public void setAnnotationElement(int index, org.vamsas.objects.core.AnnotationElement vAnnotationElement)
 876         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 877     {
 878         //-- check bounds for index
 879         if ((index < 0) || (index > _annotationElementList.size())) {
 880             throw new IndexOutOfBoundsException("setAnnotationElement: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_annotationElementList.size()+ "]");
 881         }
 882         _annotationElementList.setElementAt(vAnnotationElement, index);
 883     } //-- void setAnnotationElement(int, org.vamsas.objects.core.AnnotationElement)
 884
 885     /**
 886      * Method setAnnotationElement
 887      *
 888      *
 889      *
 890      * @param annotationElementArray
 891      */
 892     public void setAnnotationElement(org.vamsas.objects.core.AnnotationElement[] annotationElementArray)
 893     {
 894         //-- copy array
 895         _annotationElementList.removeAllElements();
 896         for (int i = 0; i < annotationElementArray.length; i++) {
 897             _annotationElementList.addElement(annotationElementArray[i]);
 898         }
 899     } //-- void setAnnotationElement(org.vamsas.objects.core.AnnotationElement)
 900
 901     /**
 902      * Sets the value of field 'description'. The field
 903      * 'description' has the following description: Human readable
 904      * description of the annotation
 905      *
 906      *
 907      * @param description the value of field 'description'.
 908      */
 909     public void setDescription(java.lang.String description)
 910     {
 911         this._description = description;
 912     } //-- void setDescription(java.lang.String)
 913
 914     /**
 915      * Sets the value of field 'group'. The field 'group' has the
 916      * following description: Annotation with the same non-empty
 917      * group
 918      *  name are grouped together
 919      *
 920      *
 921      * @param group the value of field 'group'.
 922      */
 923     public void setGroup(java.lang.String group)
 924     {
 925         this._group = group;
 926     } //-- void setGroup(java.lang.String)
 927
 928     /**
 929      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the
 930      * following description: Primary Key for vamsas object
 931      * referencing
 932      *
 933      *
 934      * @param id the value of field 'id'.
 935      */
 936     public void setId(java.lang.String id)
 937     {
 938         this._id = id;
 939     } //-- void setId(java.lang.String)
 940
 941     /**
 942      * Sets the value of field 'label'. The field 'label' has the
 943      * following description: Short, meaningful name for the
 944      * annotation - if this is absent, then the type string should
 945      * be used in its place.
 946      *
 947      *
 948      * @param label the value of field 'label'.
 949      */
 950     public void setLabel(java.lang.String label)
 951     {
 952         this._label = label;
 953     } //-- void setLabel(java.lang.String)
 954
 955     /**
 956      * Method setLink
 957      *
 958      *
 959      *
 960      * @param index
 961      * @param vLink
 962      */
 963     public void setLink(int index, org.vamsas.objects.core.Link vLink)
 964         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 965     {
 966         //-- check bounds for index
 967         if ((index < 0) || (index > _linkList.size())) {
 968             throw new IndexOutOfBoundsException("setLink: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_linkList.size()+ "]");
 969         }
 970         _linkList.setElementAt(vLink, index);
 971     } //-- void setLink(int, org.vamsas.objects.core.Link)
 972
 973     /**
 974      * Method setLink
 975      *
 976      *
 977      *
 978      * @param linkArray
 979      */
 980     public void setLink(org.vamsas.objects.core.Link[] linkArray)
 981     {
 982         //-- copy array
 983         _linkList.removeAllElements();
 984         for (int i = 0; i < linkArray.length; i++) {
 985             _linkList.addElement(linkArray[i]);
 986         }
 987     } //-- void setLink(org.vamsas.objects.core.Link)
 988
 989     /**
 990      * Sets the value of field 'modifiable'. The field 'modifiable'
 991      * has the following description: objects with modifiable=false
 992      * will not be
 993      *  modified by a vamsas client update
 994      *
 995      *
 996      * @param modifiable the value of field 'modifiable'.
 997      */
 998     public void setModifiable(boolean modifiable)
 999     {
1000         this._modifiable = modifiable;
1001         this._has_modifiable = true;
1002     } //-- void setModifiable(boolean)
1003
1004     /**
1005      * Method setProperty
1006      *
1007      *
1008      *
1009      * @param index
1010      * @param vProperty
1011      */
1012     public void setProperty(int index, org.vamsas.objects.core.Property vProperty)
1013         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1014     {
1015         //-- check bounds for index
1016         if ((index < 0) || (index > _propertyList.size())) {
1017             throw new IndexOutOfBoundsException("setProperty: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_propertyList.size()+ "]");
1018         }
1019         _propertyList.setElementAt(vProperty, index);
1020     } //-- void setProperty(int, org.vamsas.objects.core.Property)
1021
1022     /**
1023      * Method setProperty
1024      *
1025      *
1026      *
1027      * @param propertyArray
1028      */
1029     public void setProperty(org.vamsas.objects.core.Property[] propertyArray)
1030     {
1031         //-- copy array
1032         _propertyList.removeAllElements();
1033         for (int i = 0; i < propertyArray.length; i++) {
1034             _propertyList.addElement(propertyArray[i]);
1035         }
1036     } //-- void setProperty(org.vamsas.objects.core.Property)
1037
1038     /**
1039      * Method setScore
1040      *
1041      *
1042      *
1043      * @param index
1044      * @param vScore
1045      */
1046     public void setScore(int index, org.vamsas.objects.core.Score vScore)
1047         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1048     {
1049         //-- check bounds for index
1050         if ((index < 0) || (index > _scoreList.size())) {
1051             throw new IndexOutOfBoundsException("setScore: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_scoreList.size()+ "]");
1052         }
1053         _scoreList.setElementAt(vScore, index);
1054     } //-- void setScore(int, org.vamsas.objects.core.Score)
1055
1056     /**
1057      * Method setScore
1058      *
1059      *
1060      *
1061      * @param scoreArray
1062      */
1063     public void setScore(org.vamsas.objects.core.Score[] scoreArray)
1064     {
1065         //-- copy array
1066         _scoreList.removeAllElements();
1067         for (int i = 0; i < scoreArray.length; i++) {
1068             _scoreList.addElement(scoreArray[i]);
1069         }
1070     } //-- void setScore(org.vamsas.objects.core.Score)
1071
1072     /**
1073      * Sets the value of field 'status'. The field 'status' has the
1074      * following description: TODO: specify this - we have
1075      * considered taking the GO evidence codes as a model for
1076      * assessing a measure of quality to an annotation.
1077      *
1078      *
1079      * @param status the value of field 'status'.
1080      */
1081     public void setStatus(java.lang.String status)
1082     {
1083         this._status = status;
1084     } //-- void setStatus(java.lang.String)
1085
1086     /**
1087      * Sets the value of field 'type'. The field 'type' has the
1088      * following description: A Das Feature has both a type and a
1089      * Type ID.
1090      *  We go the route of requiring the type string
1091      *  to be taken from a controlled vocabulary if
1092      *  an application expects others to make sense
1093      *  of it.
1094      *  The type may qualified - so uniprot:CHAIN is a valid type
1095      * name,
1096      *  and considered distinct from someotherDB:CHAIN
1097      *
1098      *
1099      * @param type the value of field 'type'.
1100      */
1101     public void setType(java.lang.String type)
1102     {
1103         this._type = type;
1104     } //-- void setType(java.lang.String)
1105
1106     /**
1107      * Method unmarshal
1108      *
1109      *
1110      *
1111      * @param reader
1112      * @return RangeType
1113      */
1114     public static org.vamsas.objects.core.RangeType unmarshal(java.io.Reader reader)
1115         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException
1116     {
1117         return (org.vamsas.objects.core.RangeAnnotation) Unmarshaller.unmarshal(org.vamsas.objects.core.RangeAnnotation.class, reader);
1118     } //-- org.vamsas.objects.core.RangeType unmarshal(java.io.Reader)
1119
1120     /**
1121      * Method validate
1122      *
1123      */
1124     public void validate()
1125         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1126     {
1127         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1128         validator.validate(this);
1129     } //-- void validate()
1130
1131 }