src/org/vamsas/test/objects/Core.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package org.vamsas.test.objects;
   5
   6 import org.vamsas.objects.core.Alignment;
   7 import org.vamsas.objects.core.AlignmentSequence;
   8 import org.vamsas.objects.core.DataSet;
   9 import org.vamsas.objects.core.Sequence;
  10 import org.vamsas.objects.core.VAMSAS;
  11 import org.vamsas.objects.utils.Seq;
  12 import org.vamsas.objects.utils.SymbolDictionary;
  13
  14 /**
  15  * @author jim
  16  * test XSD-Java binding classes in org.vamsas.objects.core
  17  */
  18 public class Core {
  19   /**
  20    *
  21    * complete any automatically completable entries in the dataset
  22    * @param ds
  23    */
  24   public static void complete(DataSet ds) {
  25     Sequence[] q = ds.getSequence();
  26     for (int i=0,j=q.length; i<j; i++) {
  27       q[i].setStart(i+1);
  28       q[i].setEnd(q[i].getSequence().length()+i+1);
  29     }
  30   }
  31
  32   public static VAMSAS getDemoVamsas() {
  33      VAMSAS v=new VAMSAS();
  34      DataSet ds = new DataSet();
  35      ds.addSequence(Seq.newSequence("Dummy1","ASDFLEQ",SymbolDictionary.STANDARD_AA, 5, 11));
  36      complete(ds);
  37      v.addDataSet(ds);
  38      Alignment al = new Alignment();
  39
  40      al.addAlignmentSequence(new AlignmentSequence());
  41      return v;
  42    }
  43   /**
  44    * @param args
  45    */
  46   public static void main(String[] args) {
  47     // TODO Auto-generated method stub
  48
  49   }
  50
  51 }