src/org/vamsas/test/simpleclient/ArchiveReader.java

   1 package org.vamsas.test.simpleclient;
   2
   3 import java.io.BufferedInputStream;
   4 import java.io.File;
   5 import java.io.InputStream;
   6 import java.io.InputStreamReader;
   7 import java.util.Vector;
   8
   9 import org.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchiveReader;
  10 import org.vamsas.objects.core.VAMSAS;
  11 import org.vamsas.objects.core.VamsasDocument;
  12
  13 public class ArchiveReader {
  14   public static boolean reportDocument(VamsasDocument document) {
  15     if (document!=null) {
  16       System.out.print("Vamsas Document version '"+document.getVersion()+"'");
  17       System.out.print("Document contains "+document.getVAMSASCount()+" VAMSAS Elements and "+document.getApplicationDataCount()+" elements.\n");
  18       return true;
  19     } else {
  20       System.out.print("Document Object is null");
  21     }
  22     return false;
  23   }
  24
  25   public static boolean rootReport(VAMSAS[] roots) {
  26     if (roots!=null) {
  27       for (int i=0; i<roots.length; i++) {
  28         VAMSAS r = roots[i];
  29         System.out.print("Vamsas Root "+i+" (id="
  30             +((r.getId()!=null) ? r.getId():"<none>")
  31             +") contains "+r.getDataSetCount()+" DataSets, "
  32             + r.getTreeCount()+" Global trees");
  33       }
  34       return true;
  35     }
  36     return false;
  37   }
  38
  39   public static void main(String args[]) {
  40
  41     try {
  42       File av = new File(args[0]);
  43       VamsasArchiveReader var = new VamsasArchiveReader(av);
  44       VAMSAS roots[]=null;
  45       if (var.isValid()) {
  46         InputStreamReader vdoc = new InputStreamReader(var.getVamsasDocumentStream());
  47         VamsasDocument doc = VamsasDocument.unmarshal(vdoc);
  48         if (reportDocument(doc)) {
  49           roots = doc.getVAMSAS();
  50         }
  51       } else {
  52         InputStream vxmlis = var.getVamsasXmlStream();
  53
  54         if (vxmlis!=null) { // Might be an old vamsas file.
  55           BufferedInputStream ixml = new BufferedInputStream(var.getVamsasXmlStream());
  56           InputStreamReader vxml = new InputStreamReader(ixml);
  57           VAMSAS root;
  58           // unmarshal seems to always close the stream (should check this)
  59           if ((root = VAMSAS.unmarshal(vxml))!=null) {
  60             System.out.println("Read a root.");
  61             roots = new VAMSAS[1];
  62             roots[0] = root;
  63           }
  64         }
  65       }
  66       if (!rootReport(roots))
  67         System.err.print(args[0]+" is not a valid vamsas archive.");
  68     } catch (Exception e) {
  69       e.printStackTrace(System.err);
  70     }
  71   }
  72 }