src/org/vamsas/test/simpleclient/ArchiveReader.java

   1 package org.vamsas.test.simpleclient;
   2
   3 import java.io.BufferedInputStream;
   4 import java.io.File;
   5 import java.io.InputStream;
   6 import java.io.InputStreamReader;
   7
   8 import org.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchiveReader;
   9 import org.vamsas.objects.core.ApplicationData;
  10 import org.vamsas.objects.core.VAMSAS;
  11 import org.vamsas.objects.core.VamsasDocument;
  12
  13 public class ArchiveReader {
  14   public static boolean reportDocument(VamsasDocument document, VamsasArchiveReader archive) {
  15     if (document!=null) {
  16       System.out.print("Vamsas Document version '"+document.getVersion()+"'");
  17       System.out.print("Document contains "+document.getVAMSASCount()+" VAMSAS Elements and "+document.getApplicationDataCount()+" elements.\n");
  18       if (document.getApplicationDataCount()>0) {
  19         System.out.print("There are "+document.getApplicationDataCount()+" ApplicationData references.\n");
  20         ApplicationData appd[] = document.getApplicationData();
  21         for (int i=0,j=appd.length; i<j; i++) {
  22           System.out.print("Application "+i+": '"+appd[i].getName()+"'\nVersion '"+appd[i].getVersion()+"'\nURN: '"+appd[i].getUrn()+"'\n");
  23           System.out.print("AppData is ");
  24           if (appd[i].getAppDataChoice().getDataReference()!=null) {
  25             String appData=appd[i].getAppDataChoice().getDataReference();
  26             if (appData.length()>1) {
  27               System.out.print("a reference ("+appData+")");
  28               InputStream jstrm;
  29               if ((jstrm=archive.getAppdataStream(appData))!=null)
  30                 System.out.println(" which resolves to a JarEntry.");
  31               else {
  32                 System.out.println(" which does not resolve to a JarEntry.");
  33                 System.err.println("Unresolved appdata reference '"+appData+"'");
  34               }
  35             } else {
  36               System.out.println("an empty reference.");
  37             }
  38           } else {
  39             System.out.println("an embedded chunk of "+appd[i].getAppDataChoice().getData().length+" bytes.");
  40           }
  41         }
  42
  43       }
  44       return true;
  45     } else {
  46       System.out.print("Document Object is null");
  47     }
  48     return false;
  49   }
  50
  51   public static boolean rootReport(VAMSAS[] roots) {
  52     if (roots!=null) {
  53       for (int i=0; i<roots.length; i++) {
  54         VAMSAS r = roots[i];
  55         System.out.print("Vamsas Root "+i+" (id="
  56             +((r.getId()!=null) ? r.getId():"<none>")
  57             +") contains "+r.getDataSetCount()+" DataSets, "
  58             + r.getTreeCount()+" Global trees");
  59       }
  60       return true;
  61     }
  62     return false;
  63   }
  64
  65   public static void main(String args[]) {
  66
  67     try {
  68       File av = new File(args[0]);
  69       VamsasArchiveReader var = new VamsasArchiveReader(av);
  70       VAMSAS roots[]=null;
  71       if (var.isValid()) {
  72         InputStreamReader vdoc = new InputStreamReader(var.getVamsasDocumentStream());
  73         VamsasDocument doc = VamsasDocument.unmarshal(vdoc);
  74         if (reportDocument(doc, var)) {
  75           roots = doc.getVAMSAS();
  76         }
  77       } else {
  78         InputStream vxmlis = var.getVamsasXmlStream();
  79
  80         if (vxmlis!=null) { // Might be an old vamsas file.
  81           BufferedInputStream ixml = new BufferedInputStream(var.getVamsasXmlStream());
  82           InputStreamReader vxml = new InputStreamReader(ixml);
  83           VAMSAS root;
  84           // unmarshal seems to always close the stream (should check this)
  85           if ((root = VAMSAS.unmarshal(vxml))!=null) {
  86             System.out.println("Read a root.");
  87             roots = new VAMSAS[1];
  88             roots[0] = root;
  89           }
  90         }
  91       }
  92       if (!rootReport(roots))
  93         System.err.print(args[0]+" is not a valid vamsas archive.");
  94     } catch (Exception e) {
  95       e.printStackTrace(System.err);
  96     }
  97   }
  98 }