src/org/vamsas/test/simpleclient/ArchiveReader.java

   1 package org.vamsas.test.simpleclient;
   2
   3 import java.io.BufferedInputStream;
   4 import java.io.File;
   5 import java.io.InputStream;
   6 import java.io.InputStreamReader;
   7
   8 import org.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchiveReader;
   9 import org.vamsas.objects.core.VAMSAS;
  10 import org.vamsas.objects.core.VamsasDocument;
  11
  12 public class ArchiveReader {
  13   /**
  14    * tests VamsasArchiveReader archive reader on a vamsas jar file
  15    * @param args
  16    */
  17   public static void main(String args[]) {
  18
  19     try {
  20       File av = new File(args[0]);
  21       VamsasArchiveReader var = new VamsasArchiveReader(av);
  22       VAMSAS roots[]=null;
  23       if (var.isValid()) {
  24         InputStreamReader vdoc = new InputStreamReader(var.getVamsasDocumentStream());
  25         VamsasDocument doc = VamsasDocument.unmarshal(vdoc);
  26         if (ArchiveReports.reportDocument(doc, var, true, System.out)) {
  27           roots = doc.getVAMSAS();
  28         }
  29       } else {
  30         InputStream vxmlis = var.getVamsasXmlStream();
  31
  32         if (vxmlis!=null) { // Might be an old vamsas file.
  33           BufferedInputStream ixml = new BufferedInputStream(var.getVamsasXmlStream());
  34           InputStreamReader vxml = new InputStreamReader(ixml);
  35           VAMSAS root;
  36           // unmarshal seems to always close the stream (should check this)
  37           if ((root = VAMSAS.unmarshal(vxml))!=null) {
  38             System.out.println("Read a root.");
  39             roots = new VAMSAS[1];
  40             roots[0] = root;
  41           }
  42         }
  43       }
  44       if (!ArchiveReports.rootReport(roots, true, System.out))
  45         System.err.print(args[0]+" is not a valid vamsas archive.");
  46     } catch (Exception e) {
  47       e.printStackTrace(System.err);
  48     }
  49   }
  50 }