src/org/vamsas/test/simpleclient/ArchiveStreamReader.java

   1 package org.vamsas.test.simpleclient;
   2
   3 import java.io.BufferedInputStream;
   4 import java.io.File;
   5 import java.io.InputStream;
   6 import java.io.InputStreamReader;
   7
   8 import org.vamsas.client.simpleclient.SessionFile;
   9 import org.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchiveReader;
  10 import org.vamsas.client.simpleclient.VamsasFile;
  11 import org.vamsas.objects.core.VAMSAS;
  12 import org.vamsas.objects.core.VamsasDocument;
  13
  14 public class ArchiveStreamReader {
  15   /**
  16    * tests VamsasArchiveReader archive reader on a vamsas jar file opened as a stream
  17    * @param args
  18    */
  19   public static void main(String args[]) {
  20
  21     try {
  22       VamsasFile av = new VamsasFile(new File(args[0]));
  23       VamsasArchiveReader var = new VamsasArchiveReader(av.getLock());
  24       VAMSAS roots[]=null;
  25       if (var.isValid()) {
  26         InputStreamReader vdoc = new InputStreamReader(var.getVamsasDocumentStream());
  27         VamsasDocument doc = VamsasDocument.unmarshal(vdoc);
  28         if (ArchiveReports.reportDocument(doc, var, true, System.out)) {
  29           roots = doc.getVAMSAS();
  30         }
  31       } else {
  32         InputStream vxmlis = var.getVamsasXmlStream();
  33
  34         if (vxmlis!=null) { // Might be an old vamsas file.
  35           BufferedInputStream ixml = new BufferedInputStream(var.getVamsasXmlStream());
  36           InputStreamReader vxml = new InputStreamReader(ixml);
  37           VAMSAS root;
  38           // unmarshal seems to always close the stream (should check this)
  39           if ((root = VAMSAS.unmarshal(vxml))!=null) {
  40             System.out.println("Read a root.");
  41             roots = new VAMSAS[1];
  42             roots[0] = root;
  43           }
  44         }
  45       }
  46       if (!ArchiveReports.rootReport(roots, true, System.out))
  47         System.err.print(args[0]+" is not a valid vamsas archive.");
  48     } catch (Exception e) {
  49       e.printStackTrace(System.err);
  50     }
  51   }
  52 }