src/org/vamsas/test/simpleclient/ArchiveWriter.java

   1 package org.vamsas.test.simpleclient;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.InputStream;
   5 import java.io.InputStreamReader;
   6 import java.io.PrintWriter;
   7 import java.text.DateFormat;
   8 import java.util.Date;
   9 import java.util.Hashtable;
  10
  11 import org.apache.commons.logging.Log;
  12 import org.apache.commons.logging.LogFactory;
  13 import org.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive;
  14 import org.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchiveReader;
  15 import org.vamsas.objects.core.ApplicationData;
  16 import org.vamsas.objects.core.Entry;
  17 import org.vamsas.objects.core.Provenance;
  18 import org.vamsas.objects.core.VAMSAS;
  19 import org.vamsas.objects.core.VamsasDocument;
  20
  21 public class ArchiveWriter {
  22
  23   /**
  24    * Test program for writing archive files.
  25    */
  26
  27   static Log log = LogFactory.getLog("org.vamsas.test.simpleclient.ArchiveWriter");
  28
  29   /**
  30    * @param action
  31    *          text for action entry
  32    * @return new Provenance entry for ArchiveWriter created docs.
  33    */
  34   public static Entry newProvenanceEntry(String user, String action) {
  35     log.debug("Adding ProvenanceEntry("+user+","+action+")");
  36     Entry e = new Entry();
  37     e.setAction(action);
  38     e.setUser(user);
  39     e.setDate(new org.exolab.castor.types.Date(new Date()));
  40     return e;
  41   }
  42
  43   public static Provenance newProvenance() {
  44     Provenance list = new Provenance();
  45     list.addEntry(newProvenanceEntry("ArchiveWriter", "Created new Vamsas Document"));
  46     return list;
  47   }
  48   private static void mergeVecs(Object[] destvec, Object[] svec1, Object[] svec2) {
  49     int i;
  50     for (i=0; i<svec1.length; i++)
  51       destvec[i] = svec1[i];
  52     for (int j=0; j<svec2.length; i++, j++)
  53       destvec[i] = svec2[j];
  54   }
  55   // Merge appDataReferences require transfer of jar entries, perhaps with a renaming of the entry.
  56   // Merge appDatas require eventually unique URNS
  57
  58   public static Hashtable hashOfAppDatas(Hashtable ht, ApplicationData[] appdatas) {
  59     if (ht==null)
  60       ht = new Hashtable();
  61     for (int i=0, j=appdatas.length; i<j; i++) {
  62       if (!ht.containsKey(appdatas[i].getUrn())) {
  63         Hashtable aphash = new Hashtable();
  64         ht.put(appdatas[i].getUrn(), aphash);
  65         aphash.put(appdatas[i], appdatas[i].getAppDataChoice().getDataReference());
  66       } else {
  67         // ensure urns and references are unique
  68
  69
  70       }
  71
  72     }
  73     return ht;
  74   }
  75   public static void addAppDataEntry(VamsasArchive darc, VamsasDocument dest,  VamsasArchiveReader sarc, ApplicationData entry) {
  76
  77     // check uniqueness of entry.urn amongst dest.ApplicationData[].urn
  78     //  check uniqueness of entry.user[].urn amongst dest.ApplicationData[].user[].urn
  79     // check uniqueness of entry.user
  80     // entry.getAppDataChoice().getData() or getDataReference is unique
  81     ApplicationData newo = new ApplicationData();
  82     for (int i=0, j=dest.getApplicationDataCount(); i<j; i++) {
  83       ApplicationData o = dest.getApplicationData()[i];
  84       // ensure new urn is really unique
  85       String urn = entry.getUrn();
  86       int v = 1;
  87       while (o.getUrn().equals(urn)) {
  88         urn = entry.getUrn()+v++;
  89       }
  90       // uniqueness of urn
  91       // check each user ApplicationData
  92       // uniqueness (again)
  93       // copy over valid objects
  94       //
  95     }
  96   }
  97   public static boolean mergeDocs(VamsasArchive darc, VamsasDocument dest,  VamsasArchiveReader sarc, VamsasDocument source) {
  98     log.debug("mergeDocs entered.");
  99     // search for appDatas in cdoc
 100     VAMSAS[] newr = new VAMSAS[dest.getVAMSASCount()+source.getVAMSASCount()];
 101     mergeVecs(newr, dest.getVAMSAS(), source.getVAMSAS());
 102     dest.setVAMSAS(newr);
 103     // TODO: should verify that all ids really are unique in newly merged document. If not then what ?
 104
 105     if (source.getApplicationDataCount()>0) {
 106       ApplicationData[] newdat = new ApplicationData[source.getApplicationDataCount()+dest.getApplicationDataCount()];
 107       ApplicationData[] sappd = source.getApplicationData();
 108       // check refs and update/modify if necessary
 109       for (int i=0; i<sappd.length; i++) {
 110         addAppDataEntry(darc, dest, sarc, sappd[i]);
 111       }
 112
 113     }
 114
 115     return true; // success
 116   }
 117
 118
 119   public static void main(String argv[]) {
 120     if (argv.length<1) {
 121       log.fatal("Usage : <archive to create> [(commands)]");
 122       return;
 123     }
 124     File newarch = new File(argv[0]);
 125     int argpos = 0;
 126     try {
 127       // test fully fledged doc construction
 128       VamsasArchive varc = new VamsasArchive(newarch, true);
 129       VamsasDocument docroot;
 130       docroot = new VamsasDocument();
 131       docroot.setProvenance(newProvenance());
 132       while (++argpos<argv.length) {
 133         File archive = new File(argv[argpos]);
 134         if (archive.exists()) {
 135           VamsasArchiveReader vdoc = new VamsasArchiveReader(archive);
 136           if (vdoc.isValid()) {
 137             InputStream istream = vdoc.getVamsasDocumentStream();
 138             if (istream!=null) {
 139               VamsasDocument cdocroot = VamsasDocument.unmarshal(new InputStreamReader(istream));
 140               if (cdocroot!=null)
 141                 mergeDocs(varc, docroot, vdoc, cdocroot);
 142             } else {
 143               if ((istream = vdoc.getVamsasXmlStream())!=null) {
 144                 // make a new vamsas document from the vamsas.xml entry
 145                 VAMSAS root = VAMSAS.unmarshal(new InputStreamReader(istream));
 146                 docroot.getProvenance().addEntry(newProvenanceEntry("user", "added vamsas.xml from "+argv[argpos-1]));
 147                 docroot.addVAMSAS(root);
 148               }
 149             }
 150
 151           }
 152           // Write a dummy vamsas document
 153
 154           PrintWriter docwriter = varc.getDocumentOutputStream();
 155         }
 156       }
 157     } catch (Exception e) {
 158       log.error("Whilst manipulating "+argv[0], e);
 159     }
 160   }
 161 }