src/uk/ac/vamsas/client/VorbaXmlBinder.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package uk.ac.vamsas.client;
   5
   6 import java.io.IOException;
   7 import java.io.PrintWriter;
   8 import java.io.Reader;
   9 import java.io.Writer;
  10 import java.lang.reflect.Field;
  11 import java.util.Hashtable;
  12 import java.util.Iterator;
  13 import java.util.Vector;
  14
  15 import org.apache.commons.logging.Log;
  16 import org.apache.commons.logging.LogFactory;
  17 import org.exolab.castor.mapping.FieldHandler;
  18 import org.exolab.castor.mapping.GeneralizedFieldHandler;
  19 import org.exolab.castor.mapping.ValidityException;
  20 import org.exolab.castor.xml.IDResolver;
  21 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;
  22 import org.exolab.castor.xml.MarshalListener;
  23 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  24 import org.exolab.castor.xml.UnmarshalListener;
  25 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  26 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;
  27
  28 import uk.ac.vamsas.objects.core.VamsasDocument;
  29 /**
  30  * Implements the Vamsas Vobject ID machinery for translating
  31  * between non-volatile XML IDs and Vobject references. Use the
  32  * marshalling and unmarshalling methods in this class in order
  33  * to add automatically computed values for required fields in objects,
  34  * so as to avoid validation exceptions when marshalling new objects
  35  * into the vamsas document.
  36  */
  37 public class VorbaXmlBinder implements UnmarshalListener {
  38   private static Log log = LogFactory.getLog(VorbaXmlBinder.class);
  39   private final IVorbaIdFactory vorbafactory;
  40
  41   private final Vector obj;
  42   private final Hashtable oldobjhashes;
  43   private final Hashtable objrefs;
  44   private final Vector updatedobjs;
  45
  46   public VorbaXmlBinder(IVorbaIdFactory vorbafactory, Vector obj, Hashtable objrefs, Hashtable oldobjhashes, Vector updatedobjs) {
  47     this.vorbafactory = vorbafactory;
  48     this.obj = obj;
  49     this.objrefs = objrefs;
  50     this.oldobjhashes = oldobjhashes;
  51     this.updatedobjs = updatedobjs;
  52   }
  53
  54   /*
  55    * (non-Javadoc)
  56    *
  57    * @see org.exolab.castor.xml.UnmarshalListener#attributesProcessed(java.lang.Object)
  58    */
  59   public void attributesProcessed(Object object) {
  60   }
  61
  62   /*
  63    * (non-Javadoc)
  64    *
  65    * @see org.exolab.castor.xml.UnmarshalListener#fieldAdded(java.lang.String,
  66    *      java.lang.Object, java.lang.Object)
  67    */
  68   public void fieldAdded(String fieldName, Object parent, Object child) {
  69     if (parent instanceof Vobject && child instanceof Vobject) {
  70       if (((Vobject) child).V_parent==null) {
  71         // System.err.println("Setting parent of "+fieldName);
  72         ((Vobject) child).setV_parent((Vobject) parent);
  73       }
  74     }
  75   }
  76
  77   /*
  78    * (non-Javadoc)
  79    *
  80    * @see org.exolab.castor.xml.UnmarshalListener#initialized(java.lang.Object)
  81    */
  82   public void initialized(Object object) {
  83   }
  84
  85   /*
  86    * Check if the object has an 'id' field - if it does, copy the value into
  87    * the VorbaId field of Vobject, and add the Vobject to the VorbaId hash.
  88    *
  89    * @see org.exolab.castor.xml.UnmarshalListener#unmarshalled(java.lang.Object)
  90    */
  91   public void unmarshalled(Object newobj) {
  92     if (newobj instanceof Vobject) {
  93       Vobject nobj = (Vobject) newobj;
  94       nobj.set__stored_in_document(true);
  95       try {
  96         if (nobj.isRegisterable() && nobj.___id_field!=null) {
  97           VorbaId nobj_id=null;
  98           // look for the id field (should be an NCName string)
  99           nobj.__vorba = vorbafactory;
 100           // use the Vobject accessor method to avoid unpleasant security exceptions.
 101           String idstring = nobj.__getInstanceIdField();
 102           if (idstring!=null) {
 103             if (idstring.length() > 0) {
 104               nobj.setVorbaId(VorbaId.newId(idstring));
 105               if (objrefs.containsKey(nobj_id=nobj.getVorbaId()) && !objrefs.get(nobj.getVorbaId()).equals(nobj)) {
 106                 System.err.println("Serious problem : duplicate id '"+idstring+"' found! expect badness.");
 107                 // TODO: HANDLE duplicate XML ids correctly
 108               }
 109               objrefs.put(nobj_id, nobj);
 110             } else {
 111               // add to list of objects without a valid vorbaId
 112               obj.add(nobj);
 113             }
 114           } else {
 115             // TODO: add to list of objects without a valid vorbaId
 116             obj.add(nobj);
 117           }
 118
 119         nobj.doHash();
 120         // check to see if new object was present in old object hash
 121         if (oldobjhashes.containsKey(nobj.getVorbaId())) {
 122           Vobjhash oldhash = (Vobjhash) oldobjhashes.get(nobj.getVorbaId());
 123           if (oldhash.isUpdated(nobj)) {
 124             // mark the object as updated in this document read.
 125             nobj.set__updated_since_last_read(true);
 126             oldobjhashes.put(nobj_id, new Vobjhash(nobj));
 127             updatedobjs.addElement(nobj);
 128           }
 129         }
 130       }
 131       } catch (Exception e) {
 132         return;
 133       };
 134
 135     }
 136   }
 137
 138   /**
 139    * writes the VamsasDocument to the given stream.
 140    * TODO: ensure that (at least) default provenance entries are written for objects.
 141    * @param outstream
 142    * @param vorba valid VorbaIdFactory to construct any missing IDs
 143    * @param doc
 144    * @throws IOException
 145    * @throws MarshalException
 146    * @throws ValidationException
 147    */
 148   public static void putVamsasDocument(PrintWriter outstream, VorbaIdFactory vorba, VamsasDocument doc)
 149       throws IOException, MarshalException, ValidationException {
 150     // Ensure references
 151     if (vorba==null)
 152       throw new Error("Null VorbaIdFactory Parameter");
 153     if (doc.__vorba==null)
 154       doc.__vorba = vorba;
 155     doc.__ensure_instance_ids(); // this may take a while. Do we allow for cyclic references ?
 156     doc.marshal(outstream);
 157
 158   }
 159   /**
 160    * creates new VorbaId references where necessary for newly unmarshalled objects
 161    * @param unrefed
 162    * @param objrefs
 163    * @return false if any new object references were made
 164    */
 165   private static boolean ensure_references(Vector unrefed, Hashtable objrefs) {
 166     boolean sync=true;
 167     if (unrefed.size()>0) {
 168       sync=false; // document is out of sync - ids have been created.
 169       java.util.Iterator newobj = unrefed.listIterator();
 170       while (newobj.hasNext()) {
 171         Vobject o = (Vobject) newobj.next();
 172         // forces registration and id field update.
 173         VorbaId id = o.getVorbaId();
 174         if (!objrefs.containsKey(id)) {
 175           objrefs.put(id, o);
 176         } else {
 177           if (!objrefs.get(id).equals(o))
 178             throw new Error("Serious! Duplicate reference made by vorbaIdFactory!");
 179         }
 180       }
 181     }
 182     return sync;
 183   }
 184   /**
 185      * Unmarshals a vamsasDocument Vobject from a stream, registers
 186      * unregistered objects, records existing VorbaIds, and completes
 187      * the uk.ac.vamsas.client.Vobject housekeeping fields.
 188      * For a valid unmarshalling, the array of returned objects also includes
 189      * a <return>sync</return> parameter which is true if new VorbaIds
 190      * were created. If sync is false, then the caller should ensure that the
 191      * vamsasDocument is written back to disk to propagate the new VorbaIds.
 192      *  TODO: ensure that provenance is correct for newly registered objects
 193      * as getVamsasObjects but will detect updated objects based on differing hash values
 194      * obtained from the VorbaIdFactory's VorbaId, Vobject.get__last_Hash() pairs (if any)
 195      * @param instream - the XML input stream
 196    * @param factory - the SimpleClient's properly configured VorbaId factory to make new references.
 197    * @param root the root element's uk.ac.vamsas.objects.core Vobject.
 198      * @return null or {(Object) VamsasDocument Vobject, (Object) Hashtable of Vobject references, (Object) Boolean(sync), (Object) Vector of updated objects in document }
 199      */
 200   public static Object[] getVamsasObjects(Reader instream,
 201         VorbaIdFactory factory, Vobject root) {
 202     Unmarshaller unmarshaller = new Unmarshaller(root);
 203       unmarshaller.setIDResolver(new IDResolver() {
 204         public Object resolve(String id) {
 205           VorbaXmlBinder.log.warn("Warning - id " + id
 206               + " is not found in the Vamsas XML!");
 207           return null;
 208         }
 209       });
 210       final Hashtable objrefs = new Hashtable();
 211       if (factory.extanthashv==null)
 212         factory.extanthashv=new Hashtable();
 213       final Hashtable oobjhashes=factory.extanthashv;
 214       final VorbaIdFactory vorbafactory = factory;
 215       final Vector unrefedObj =  new Vector();
 216       final Vector updatedObj = new Vector();
 217       unmarshaller.setUnmarshalListener(new VorbaXmlBinder(vorbafactory, unrefedObj, objrefs, oobjhashes, updatedObj));
 218       // Call the unmarshaller.
 219       try {
 220         while (instream.ready()) {
 221           // TODO: mark objects in oobjhash prior to unmarshalling, to detect when objects have been lost through an update.
 222           //tohere
 223           Object obj = unmarshaller.unmarshal(instream);
 224           boolean sync=ensure_references(unrefedObj, objrefs);
 225           if (!(obj instanceof Vobject))
 226             return null;
 227           vorbafactory.setNewIdHash(objrefs); // update the Document IO Handler's set of vorbaId<>Object bindings.
 228           return new Object[] { obj, objrefs, new Boolean(sync),updatedObj};
 229           }
 230       } catch (MarshalException e) {
 231         // TODO Auto-generated catch block
 232         e.printStackTrace();
 233       } catch (ValidationException e) {
 234         // TODO Auto-generated catch block
 235         e.printStackTrace();
 236       } catch (IOException e) {
 237         // TODO Auto-generated catch block
 238         e.printStackTrace();
 239       }
 240       return null;
 241     }
 242 }